원고가 농업을 주된 사업으로 영위하는 법인인지 여부 등

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

1. 청구취지

피고가 2021. 4. 16. 원고에 대하여 한 2019년도 귀속 법인세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 1. 19. 농업경영, 농산물의 가공 및 판매 등을 목적사업으로 설립된

농업회사법인이다.

나. 원고는 2018. 3. 27. 춘천지방법원 원주지원 2015타경4568 부동산임의경매 절차

에서 강원도 원*시 부*면 법*리 7**-2 답 1,297㎡ 외 110개 필지 합계 57,957㎡

등을 경락받고 매각대금을 완납하였다. 원고는 2019. 5. 20. 이AA으로부터 강원도 원*시 부*면 법*리 3* 전 1967㎡ 외 15필지 면적 합계 26,617㎡를 매매대금

690,000,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

다. 원고는 2019. 5. 27. 피BB개발 주식회사(이하 ‘피BB개발’이라 한다)에 위

나.항과 같이 경락받거나 매수한 토지 합계 184,574㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를

매매대금 69억 원에 매각하는 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고

같은 날 계약금 18억 4,000만 원을 지급받았다.

라. 원고는 2020. 3. 30. 과세표준 4,916,482,648원(= 법인세 2,316,997,048원 + 토지 등 양도소득에 대한 법인세 2,599,485,600원), 산출세액 703,347,969원(= 법인세 443,399,409원 + 토지 등 양도소득에 대한 법인세 259,948,560원)으로 2019년도 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고하고 법인세를 납부하였다.

마. 원고는 2021. 2. 9. 피고를 상대로, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지의 양

도가 농업을 주된 사업으로 하는 농업회사법인이 소유하는 농지(전, 답)의 양도로서 법

인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에 해당한다고 주장하면서, 기존의 2019년도

귀속 법인세 신고내역 중 토지 등 양도소득액에 해당하는 법인세액 합계 259,948,560

원을 0원으로 하는 내용의 경정청구를 하였다.

바. 피고는 2021. 4. 16. “원고의 2018~2019 사업연도 수입금액을 분석한바 농업을

주된 사업으로 하는 법인으로 보기 어려움, 쟁점 토지는 2018년부터 매수법인인 피BB

개발(주)가 골프장 조성사업을 진행하고 있는 토지이고, 청구법인이 경매로 취득하

여 단기간에 양도한 점을 보았을 때 농업을 목적으로 취득했다고 보기 어려움”이라는

이유를 들어 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

사. 원고는 2021. 6. 9. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 조세심판을 청구하였

으나, 2021. 11. 19. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1부터 6호증, 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 원고의 주장 요지

원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

가. 원고는 농업을 주된 사업으로 하는 법인이고, 이 사건 토지는 비사업용 토지에

해당하지 아니한다. 그럼에도 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로 법인세를 부

과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 설령 원고가 농업을 주된 사업으로 하는 농업회사법인으로 인정되지 않는다고 하더라도 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기가 마쳐지지 않은 이상 이 사건 토지가

피BB개발에게 양도되었다고 볼 수 없어 양도소득의 익금 산입시기가 도래하지 않

았다.

3. 판단

가. 원고가 농업을 주된 사업으로 하는 농업법인에 해당하는지 여부

앞서 든 증거들, 갑 제9부터 17호증, 을 제1, 5, 6, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의

취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지

의 소유기간 동안 농업을 수행하였다거나 이를 주된 사업으로 하였다고 보기 어렵고,

달리 이를 인정할 증거가 없으며(원고는 2018년 사업연도에 농업활동을 수행하지 않았음을 인정하고 있다), 2019년도 사업연도 중 원고의 수익은 이 사건 토지의 양도차익만 존재하였는바 원고가 위 기간 중 ‘부동산업’ 또는 ‘부동산매매업’을 주된 사업으로 하였다고 보일 뿐이다. 따라서 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 ‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지’로서 비사업용 토지에 해당한다고 판단되고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유없다.

1) 원고는 2018. 1. 19. 설립된 후 2018. 3. 27. 경매절차에서 이 사건 토지 중 일

부의 소유권을 취득하였고, 2019. 5. 20. 이 사건 토지 중 나머지의 소유권을 취득한

다음 2019. 5. 27. 피BB개발에게 위와 같이 경락받거나 매수한 이 사건 토지를 매매대금 6,900,000,000원에 매각하였다.

2) 원고의 표준손익계산서상 2018년도 및 2019년도의 영업활동에 따른 수입과 비

용에 해당하는 매출액과 매출원가 모두 0원으로 전무하고 매출총이익도 0원이다. 2018년도에는 원고는 소액의 이자수익(1,734,310원)과 잡이익(10,750원)만 발생하여 당기순손실을 기록하였고, 원고의 2019년도의 수입금액은 영업외수익으로 분류된, 이 사건 토지의 매각에 따른 유형자산처분이익(2,599,385,600원)과 이자수익(856,532원)만 존재하며, 손익계산서상 농업활동에 따른 매출이나 관련 원가의 지출은 일체 확인되지 아니한다.

3) 원고의 주장 자체에 의하더라도, 원고가 2018. 3. 27. 임의경매절차에서 취득한

토지의 경우 종전 토지 소유자가 농작물을 경작하고 있었기에 그곳에서 농작물을 재배

하지 못하였다는 것이다. 그러나 원고가 2019년도에도 위 각 토지에서 농업활동을 하

지 못할 이유가 없음에도 원고는 영농준비활동이나 영농활동을 전혀 하지 않았고,

2019. 5. 20. 매수한 농지들과 함께 2019. 5. 27. 일괄하여 이 사건 토지를 피BB개발에게 매도하였다. 원고가 2018년 및 2019년 연중 생산하여 판매한 농산품 매출은 0원, 그에 대응하는 비용 등 매출원가도 0원이다. 또한 원고는 이 사건 매매계약을 체결하고 대금을 수령함으로써 그 소유의 토지를 모두 양도하여 원고 스스로 작성한 2019.12. 31.자 재무상태표(표준대차대조표) 상 비유동자산 금액이 0원인 법인이 되었다.

4) 법인세법 시행령 제92조의5 제2항 제1호에 따르면 2 이상의 서로 다른 사업을

영위하는 경우 주업은 사업별 수입금액이 큰 사업으로 판단한다. 원고가 2019. 9. 26.

경 원주농협양곡유통센터로부터 금강밀(종자) 4,194,820원, 유박비료 1,359,540원 합계 5,554,360원 상당을 매입하고 2019. 11.경 세금계산서를 발행받고, 원고가 2020. 7. 3.경 원주농협양곡유통센터에 우리밀을 4,790,850원에 공급하고 세금계산서를 발행한 사실은 각 인정되나 이는 이 사건 매매계약 체결 이후의 사정에 불과할 뿐 아니라, 설령 원고가 그 주장과 같이 2019. 9. 26. 금강밀 종자 및 비료 등을 5,554,360원 어치 구입하여 파종하였고 그 다음 해 4,790,850원의 매출액이 발생하였다고 하더라도 이를 이 사건 토지의 매각으로 인한 양도차익인 2,599,485,600원과 비교하면 이는 결코 2019년 사업연도 원고의 주업으로 평가할 수 없는 극히 소액이다.

5) 여기에 원고와 피BB개발은 모두 2018. 1. 19. 설립되었는데, 원고의 설립

당시 대표이사와 피BB개발의 대표이사가 모두 정CC으로 동일한 점, 피BB개발은 여가관련 서비스업(골프장 운영업)을 영위할 목적으로 사업자등록을 한 법인인

점, 원고는 2019. 5. 20. 이AA으로부터 이 사건 토지 중 일부를 매수한 다음 매수일

로부터 불과 7일 만에 이 사건 매매계약을 체결하여 피BB개발에 매각한 점, 2018

년 및 2019년 사업연도 중 농업활동으로 인한 매출 및 매출원가(비용) 내역이 원고의

재무제표상 일체 확인되지 않고, 원고는 2019. 12. 11. 피BB개발로부터 이 사건 매매계약에 따른 잔금을 지급받음으로써 원고 소유의 토지는 전부 피BB개발 등에 사실상 이전되었으며, 농업의 기반이 되는 농지가 남지 않게 된 점, 손익계산서 상 원고의 매출액과 판매비 및 관리비의 상대적 규모 등 원고가 농업을 목적으로 설립된 것이라고 보기 어려운 사정이 다수 존재한다.

6) 원고는 2020년도에 우리밀을 생산하여 4,790,830원의 매출을 올렸고, 2021년도

에도 벼, 밀을 수확하여 판매한 점 등을 내세우며 원고가 농업을 주된 사업으로 하는

법인에 해당한다고 주장하나, 이는 2019년도 귀속 법인세 납세의무의 성립 이후의 사

후적 사정일 뿐, 이 사건 처분의 적법여부에 관한 판단을 달리할 사유가 될 수 없다.

나. 이 사건 토지의 양도에 따른 익금 산입시기 도래여부

1) 관련법리

법인세법 제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 정하고, 같은 조 제2항은

익금과 손금의 귀속사업연도의 범위를 대통령령에 위임하고 있는데, 그 위임에 따른

구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구

법인세법 시행령’이라 한다) 제68조 제1항은 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때

자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는

사업연도로 한다고 정하고 있으며, 제3호에서 상품 등 외의 자산의 양도의 경우 그 대

금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)

를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그

이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 이러한 법

인세법의 체계내에서는 등기 또는 등록에 관계없이 매매계약 후 대금을 모두 지급한

양수인을 실질적인 소유자로 보아야 하고, 토지 등 자산의 양도에 따른 익금의 산입시

기는 등기 또는 등록에 관계없이 원칙적으로 대금청산이 되어 그 자산이 유상으로 사

실상 이전된 사업연도가 되어야 한다.

2) 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피BB개발이 이 사건 매매계약

당일인 2019. 5. 27. 계약금을 지급하고, 2019. 12. 11. 무렵 잔금 50억 6,000만원을 청산한 사실이 인정되는바, 이 사건 토지는 이 사건 매매계약에 따른 매매대금 69억 원 전액이 2019. 12. 11.경 완납됨에 따라 위 일자가 속하는 원고의 2019년 사업연도 귀속 법인세의 산정을 위한 익금으로 확정되었다. 원고 스스로도 이와 같이 대금청산이 이루어졌음을 전제로 이 사건 매매계약에 따른 매매대금을 2019년도 귀속 익금으로 산입하여 법인세를 신고 및 납부하고 2019. 12. 31.자 재무상태표상 비유동자산 계정에서 이 사건 토지의 가액을 삭제한 바 있음은 앞서 본 바와 같다.

물론 갑 제18호증의 기재에 의하면, 원고와 피BB개발이 2019. 12. 4. 이 사건

매매계약의 내용에 “원고가 이 사건 토지에 대한 가등기 및 근저당권설정에 동의하고,

매수인인 피BB개발로부터 대출을 받는 당일 50억 6,000만 원을 지급하며, 피BB

개발이 매매대금 지급일로부터 1년 이내에 농지취득자격증명을 득하여 소유권이전등

기를 마치지 못하는 경우 이 사건 매매계약의 매매대금을 69억 원에서 75억원으로 증

액하고, 잔금 50억 6,000만 원을 중도금으로 변경하며, 6억 원을 추가로 지급하기로 한다”라는 내용을 추가하는 합의를 한 사실, 이후 피BB개발이 농지취득자격증명을

득하지 못하였고 이 사건 토지에 관하여 피BB개발 명의로 소유권이전등기가 마쳐

지지 못한 사실은 각 인정된다.

그러나 설령 원고와 피BB개발 사이에 잔금청산일로부터 1년 이내에 소유권이

전등기가 이루어지지 않는 경우 매매대금을 증액하기로 하는 추가합의가 있었고, 잔금

청산일로부터 1년 이내에 실제 소유권이전등기가 이루어지지 못하여 매매대금 증액을

위한 조건이 성취되었다고 하더라도, 이미 이 사건 매매계약에 따른 잔금이 2019. 12.

11. 청산된 이상 이 사건 매매계약에 따른 익금이 귀속될 사업연도는 2019년도로 확정되었다. 원고의 2019년도 귀속 법인세 납세의무가 성립 및 확정되고 세액까지 납부된 이후 우연히 이 사건 매매계약에 따른 매매대금을 증액하기 위한 조건이 성취되었다고 하더라도, 이로써 원고의 2019년도 귀속 법인세 납세의무가 일부 소급하여 소멸한다거나 이를 사유로 한 경정청구가 허용된다고 볼 수도 없다.

특히 농지취득자격증명은 농지를 취득하는 자가 그 소유권이전등기신청시에 첨부

할 서류로서 농지취득인에게 농지취득의 자격이 있다는 것을 증명하는 것일 뿐 농지취

득의 원인이 되는 법률행위(매매 등)의 효력을 발생시키는 요건은 아니고, 단지 소유권

이전등기를 신청하는데 필요한 첨부서류일 뿐이므로 농지취득자격증명을 받지 못하였

다고 하더라도 이 사건 매매계약이 그 자체로 무효로 되는 것이 아닐 뿐만 아니라 앞

서 본 바와 같이 등기 또는 등록에 관계없이 대금청산일을 자산의 양도에 따른 익금의

귀속시기로 보는 법인세법의 체계 내에서는 농지취득자격증명이 없다는 사유로 양도소

득세를 부과하는데 장애사유가 되지 않는다는 점에서도 더욱 그러하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.