2020. 2. 11. 이후 양도하는 분부터 개정 후 소득세법 시행령 제163조 규정을 적용한 것은 정당함

주 문

청구취지

피고가 2020. 9. 29. 원고에게 한 2020년도 2기분 양도소득세 167,875,636원 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 망 이BB은 ○○ □구 △△동 62-24 대 177.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 위 지상 주택(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다. 또한 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 소유하던 중 2018. 4. 24. 사망하였다. 망 이BB의 상속인인 원고 등은 2020. 4. 29. 이 사건 토지에 관하여 2018. 4. 24. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다(이CC, 이DD, 이EE : 각 12.5/100 지분, 원고 : 62.5/100 지분).

나. 이 사건 각 부동산을 공유하던 원고 등은 2020. 4. 27.자 매매(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)를 이유로 2020. 5. 25. 주식회사 JJ에게 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이 사건 양도대금은 15억 원이었다.

다. 원고는 2020. 7. 31. 피고에게 양도가액 937,500,000원(15억 원 × 62.5/100)에서 취득가액 449,556,188원[기준시가 436,396,563원(698,234,500 × 62.5/100) + 취득세 13,159,625원]을 기준으로 하여 양도소득세 168,777,525원을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2020. 8. 4. 이 사건 각 부동산에 관하여 상속 당시로 소급하여 감정한 금액이 908,627,781원(1,453,804,450원 × 62.5/100)이어서, 정당한 양도소득세는 901,889원이므로 167,875,636원(기 납부 168,777,525원 – 901,889원)을 환급해달라는 취지의 양도소득세 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다). 이에 피고는 2020. 9. 29. 감정평가금액이 지가변동을 반영한 합리적인 감정가액으로 보기 어렵다는 이유로 이 사건 경정청구를 거부하는 내용의 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 피고의 주장

피고는 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되고 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제163조 제9항 본문(이하 ‘개정 후 규정’이라 한다)에 의해 이 사건 처분을 한 것으로 처분사유를 변경한다.

2) 원고의 주장

개정 후 규정에 따르기 위해서는 세무서장 등이 결정·경정한 가액이 있어야 함에도 피고는 이 사건 경정청구 전에 상속세를 결정한 사실이 없어, 이 사건 양도와 관련하여서는 개정 후 규정이 적용될 수 없다. 따라서 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제163조 제9항 본문을 적용하여야 하므로, 위법한 이 사건 처분의 취소를 구한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 처분사유 변경의 적법 여부

과세처분 취소소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 과세표준 및 세액의 객관적 존부이고, 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지 그 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침하기 위하여 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유를 교환‧변경할 수 있다(대법원 2002. 3. 12. 선고 2000두2181 판결 참조). 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사‧확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적‧절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 참조).

피고는 이 사건 소송 계속 중 2022. 8. 1.자 답변서를 통하여 처분사유를 변경하였다. 이 사건 처분은 ‘이 사건 각 부동산에 관한 양도차익을 계산함에 있어 필요경비로 공제되는 취득가액을 감정법인에 의한 감정가액으로 인정하여 양도소득세를 감액경정해 달라’는 청구에 대한 거부처분이므로, 이 사건 소송의 심판 대상은 원고가 작성한 양도소득 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 소송 계속 중 처분사유를 변경한 것은 그 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침하기 위하여 처분의 동일성이 유지되는 범위내에서 처분사유를 변경한 것으로 적법하다.

라. 구체적 판단

을 제1, 3, 5호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 각 부동산을 상속받고도 이에 관한 상속세 신고를 하지 않자, 피고는 2020. 4. 8. 기준시가 등 보충적 평가법에 따라 이 사건 각 부동산에 관한 상속세 과세표준을 698,234,500원으로 결정한 후 원고에 대한 상속세를 0원으로 결정한 사실, 다만 최초 결의서 작성시 상속재산가액이 잘못 입력되어 피고가 2021. 5. 26. 상속세 경정 결의를 한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 각 부동산에 관하여는 상속세 과세표준을 결정한 가액이 있는 경우로서 이 사건 각 부동산의 양도차익을 계산함에 있어 필요경비로 공제되는 취득가액을 이 사건 상속세 결정 당시 평가액인 698,234,500원 중 원고의 지분을 곱한가격을 기준으로 산정한 이 사건 처분은 적법하다.

한편, 원고는 상속세결정결의서(을 제1호증)를 통지받지 못하였기 때문에, 피고가 결정·경정한 가액이 있더라도 이에 관하여 외부적인 효과가 발생하지는 않는다는 취지로 주장하므로 살피건대, ① 을 제7호증의 기재에 의하면, 피고는 이 사건 소송 계속중 상속세 결정(경정)결의서 명세를 원고에게 등기로 송달한 사실이 인정되는 점, ② 원고가 2020. 7. 31. 피고에게 제출한 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서의 양도소득금액계산명세서 중 이 사건 각 부동산 취득가액란에 449,556,188원(매입가액 436,396,563원 + 취득세 13,159,625원)이라고 기재하였는데, 위 436,396,563원은 을 제1호증의 재산평가명세서 중 이 사건 각 부동산에 관한 평가액의 합계액인 698,234,500원 중 원고의 지분 62.5/100에 해당하는 금액(원 미만 반올림)이어서, 원고는 2020. 7. 31. 이전에 이미 피고가 이 사건 각 부동산에 관한 결정·경정한 가액이 존재하였음을 알고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

사. 소결론

개정 후 규정을 적용한 이 사건 처분은 정당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.