법인세 이월결손금 공제한도가 도입되기 전에 발생한 이월결손금에 대해 공제한도를 적용하는 것은 적법함

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2021. 10. 8. 원고에 대하여 한 2018연결사업연도 법인세 *,***,***,***원의경정거부처분 중 ***,***,***원을 초과하는 부분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1984. 10. 20. 설립되어 부실채권 및 기업투자, 기타투자 등을 영위하고 있는 회사로서 소외 bbb 유한회사의 연결모법인이다.

나. 원고는 2018연결사업연도 법인세 과세표준과 세액 신고 시 구 법인세법(2015.12. 15. 법률 제13555호로 개정되어 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제76조의13 제1항 단서(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다 )에 따라 각 연결사업연도 소득 70% 상당의 이월결손금을 공제하였다.

다. 그런데 원고는 이 사건 규정의 시행일(2016. 1. 1.) 이전인 2015연결사업연도에 발생한 결손금 ***,***,***,***원(이하 ‘이 사건 결손금’이라 한다)에 대하여는 이 사건 규정에 따른 공제한도가 적용되지 않는다고 주장하며, 2021. 7. 23. 피고에게 2018연결사업연도 법인세 1,***,***,***원, 2019연결사업연도 법인세 ***,***,***원의 경정청구를 하였다.

라. 이에 피고는 2021. 10. 14. ‘이 사건 규정의 시행일 후 개시한 사업연도 법인세 과세표준 계산 시에는 위 규정에서 정한 이월결손금 공제한도가 적용되는 것’이라는 이유로 위 경정청구를 거부하였다.

마. 원고는 2021. 11. 5. 피고에게 2018연결사업연도 및 2019연결사업연도 법인세 과세표준 계산 시 각 연결사업연도 소득의 80%를 한도로 이월결손금 공제를 적용해달라고 하며 재차 경정청구를 하였고, 이에 피고는 2018연결사업연도 법인세 ***,***,***원, 2019연결사업연도 법인세 ***,***,***원을 감액경정하였다(이하 2018연결사업연도 법인세 중 위와 같이 ***,***,***원을 감액경정하고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2021. 12. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 18. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 규정이 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되면서 구 법인세법에 이월결손금의 공제한도가 신설되었으나(각 연결사업연도 소득의 80%), 부칙에서 위 규정의 시행일 이전에 이미 발생한 결손금에 대하여도 적용되는지에 관하여는 별도의 경과규정을 두지 않았다. 따라서 위 규정은 그 시행일인 2016. 1. 1. 이후에 발생하는 결손금에 대하여만 적용된다고 보아야 하는데, 피고는 이와 달리 이 사건 결손금에까지 위 규정이 적용된다는 전제에서 이 사건 처분을 하였는바, 이는 납세자에게 불리한 소급입법과세에 해당하는 것이어서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 규정의 개정연혁과 취지

가) 이월결손금 공제 범위의 변천

(1) 2015. 12. 15. 법인세법 개정으로 이 사건 규정이 신설되면서, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 모든 연결납세법인은 각 사업연도 소득의 100분의 80까지만 이월결손금 공제를 할 수 있도록 그 공제 범위가 축소되었다.

(2) 이후 2017. 12. 19. 법인세법 개정으로 공제 범위가 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70)으로 축소되었고, 이후 현재까지 유지되고 있다.

나) 이월결손금 공제 한도 도입의 취지

(1) 결손금이란 당해 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 말하고(구 법인세법 제14조 제2항), 이월결손금이란 당해 사업연도 개시일 전에 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 채 당해 사업연도로 이월된 결손금을 말한다.

(2) 법인세법상 각 사업연도의 소득계산에 있어서는 사업연도 독립의 원칙이 적용되므로, 각 사업연도의 소득계산은 당해 사업연도의 익금과 손금으로 충당하고 이전 사업연도의 결손금을 다음 사업연도에 반영할 수 없음이 원칙이다(구 법인세법 제14조, 제40조). 다만, 이를 관철하면 결손법인이 자본유지도 하지 못한 채 조세를 부담하는 다소 불합리한 결과를 초래할 수 있다. 이를 방지하기 위하여 법인세법은 결손금의 이월공제 제도를 마련하여 일정한 기간 내에 발생한 결손금에 한하여 그 후 사업연도의 과세표준에서 공제할 수 있도록 허용하고 있는바, 법인세법상의 이월결손금 공제제도는 조세부담의 형평성과 법인의 자본유지 등의 정책적 고려에 따라 시행되고 있는 것이다.

(3) 이 사건 규정이 개정되기 이전에는 이월결손금 공제를 통해 소득금액 전액을 공제받을 수가 있었는데, 과거 발생한 결손으로 대규모 이월결손금이 발생한 법인의 경우당해 연도에 이익이 발생하더라도 이월결손금 공제를 통하여 과세표준을 0원으로 맞추어 법인세를 전혀 내지 않는 경우가 발생하게 되었다. 이에 따라 이 사건 규정은 이월결손금 공제제도를 유지하되 이월결손금 공제가 특정 사업연도에 집중되지 않도록 연간 공제 한도를 설정하여 흑자법인으로 하여금 매년 최소한의 법인세 부담을 하게 하기 위하여 신설된 것이다.

2) 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가) 관련 법리

(1) 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실·법률관계에 작용하는지 아니면 현재 진행 중인 사실·법률관계에 작용하는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분된다. 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이고 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량 과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌법재판소 2008. 5. 29. 선고 2006헌바99 결정, 헌법재판소 2017. 7. 27. 선고 2016헌바275 결정 등 참조).

(2) 법인세의 과세기간, 즉 사업연도는 법인세 과세표준과 세액을 산정함에 있어서 기초가 되는 시간적 단위로서, 각 사업연도의 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 공제한 금액이 법인세 과세표준이 되고, 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액이 된다. 이와 같이 과세표준을 구성하는 일부 손익항목은 거래시기마다 확정되는 것이 아니라 사업연도가 종료된 시점에서 구체적으로 그 금액의 확정이 가능하므로, 과세기간인 사업연도 종료 당시에 과세표준이 확정되면서 이를 내용으로 하는 과세요건이 완성되고 그 때 조세채무가 성립한다[헌법재판소 2004. 7. 15. 선고 2003헌바45, 56, 82(병합) 결정 등 참조]. 그런데 당기 사업연도 종료 당시에 과세표준에서 공제되지 않은 결손금은 차후 사업연도의 소득금액 공제요소가 될 수 있어 차후 사업연도 종료 시에 소득금액에서 그 이월된 결손금의 공제가 확정될 때까지는 그 공제여부가 불확정적인 상태로 남아 있으므로, 그 이월된 결손금과 관련된 사실·법률관계는 그 결손금이 발생한 당해 사업연도 종료 시에 완성되거나 종결된다고 볼 수 없다.

나) 구체적 판단

(1) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 결손금이 원고의 2015연결사업연도에 발생한 사실, 이 사건 결손금의 최초 공제는 원고가 2018연결사업연도 법인세 과세표준을 신고하면서 이루어진 사실을 각 인정할 수 있고, 이에 따르면 이 사건 결손금의 공제 여부가 확정됨으로써 그와 관련된 사실·법률관계가 완성된 것은 이 사건 규정일의 시행일인 2016. 1. 1. 이후임이 명백하다. 결국 이 사건 처분은 이미 사업연도가 종료됨으로써 과세요건이 완성된 사실·법률관계에 대하여 이 사건 규정을 소급적용한 것이 아니라, 이 사건 규정의 시행 후 종료되는 사실·법률관계에 대하여 위 규정을 적용한 것이고, 이는 원칙적으로 허용되는 부진정소급입법에 해당한다.

(2) 다만 부진정소급입법의 경우라도 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 문제되나, 아래의 각 사정을 종합해 보면, 이 사건 결손금에 관하여 이 사건 규정에서 정하는 공제한도를 적용하는 것이 신뢰보호원칙에 위배된다고 보기도 어렵다.

(가) 이 사건 규정은 안정된 세수를 확보하는 한편 실질적인 조세부담의 공평을 실현하고자 조세정책적 차원에서 도입된 것이고, 법률을 개정함에 있어 경과규정을 어떻게 규정할 것인지는 원칙적으로 입법자가 합리적 재량의 범위 내에서 정책적 판단에 따라 결정할 문제이다.

(나) 기득권 보호 내지 종래 법적 상태의 존속에 대한 신뢰보호를 위하여 일정한 유예기간을 부여하는 경과규정을 마련하지 않았다는 것만으로 언제나 합리적 재량의 범위를 현저히 벗어난 자의적 조치에 해당한다거나 사회통념상 불합리하다고 할 수는 없다. 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정 정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 크고, 따라서 조세에 관한 법규·제도는 항시 신축적으로 변할 수밖에 없으므로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라는 기대나 신뢰가 항상 보호될 수도 없다.

(다) 이 사건 규정에 따라 공제한도에서 제외되는 비율이 각 연결사업연도 소득의 20%에 불과하고, 공제한도를 넘어선 결손금은 그대로 소멸하는 것이 아니라 남은 공제기간 동안 계속 이월되어 추가 공제를 받을 수 있는바, 납세자의 실질적인 세부담이 가중되었다고 단정하기도 어렵다.

(라) 원고가 막연히 과거의 조세법령에 따라 이월결손금 공제 혜택이 그대로 유지될 것이라고 신뢰하였다고 하더라도, 이러한 신뢰는 단순한 기대에 불과할 뿐이어서 이를 헌법상 권리로서 보호하여야 할 신뢰라고 보기 어렵다. 개정 전 규정의 존속에 대한 원고의 신뢰가 이 사건 규정으로 추구하는 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 할 수도 없다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 처분은 적법하고 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.