이 사건 토지가 처분일 기준 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용되었는지 여부

상세내용

청 주 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2023구합50665 경정청구거부처분취소

원 고 GGGGGGGG종중

피 고 JJ세무서장

변 론 종 결 2024. 5. 30.

판 결 선 고 2024. 9. 5.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

   피고가 2022. 4. 4. 원고에게 한 2020년 귀속 법인세 593,548,340원 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

   가. 원고의 지위

     원고는 GGGG GGG의 후손들로 구성된 단체¹⁾로서 2020. 12. 1. 제례행사 및 묘역관리 선영수호 종중재산관리를 고유사업으로 하는 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인이다.

   나. 2018. 8.경의 매매계약²⁾

     1) 원고는 2018. 8. 7. HHH에게 OOO시 OO읍 CC리(이하‘CC리’ 라고만 한다) 산54-1(그 중 일부가 CC리 산54-42 산54-43로 각 분할되기 전의 산54-1을 말한다) 중 일부 면적을 포함한 그 일대 토지 합계 40,340.5㎡를 매매대금 30억 6,550만 원에 매도하되 계약금 3억 655만 원을 제외한 잔금 27억 5,895만 원은 2020. 2. 6. 지급받고 그 잔금 수령과 동시에 소유권이전등기에 필요한 서류 및 위 토지의 인도를 하는 내용의 매매계약을 체결하였다 위 매매계약에는 다음 기재(생략)와 같은 특약 및 공유물분할합의서가 첨부되어 있었다.

    2) 원고는 HHH에게 CC리 산54-1(역시 CC리 산54-42, 산54-43 로 각 분할되기 전의 산54-1을 말한다).359-2, 258-3, 258-4 합계 4필지 면적 43,018.5㎡를 매매대금 32억 6,800만 원에 매도하되 계약금 3억 2,680만 원을 제외한 잔금 29억 4,120만 원은 2020. 2. 9. 지급하고 그 잔금 수령과 동시에 소유권이전등기에 필요한 서류 및 위 토지의 인도를 하는 내용의 매매계약을 체결하였다. 위 매매계약에는 다음 기재(생략)와 같은 특약이 있었다.

다. CC리 산54-1 임야의 분할

 CC리 산54-1 임야 204,669㎡는, 그 중 22,314㎡는 CC리 산54-42로, 2020. 3. 31. 그 중 50,287㎡는 CC리 산54-43으로 각 분할되었다(이하 위 CC리 산54-42, 같은 리 산54-43을 ‘이 사건 토지 ’라고 한다).

라. 2020. 12.경의 매매계약³⁾

     1) 원고는 2020. 12. 4. WWW 외 6인에게 CC리 산54-42 임야 22,314㎡를 매매대금 1,687,500,000원에 매도하되, 계약금 170,850,000원은 위 계약 당일 지급받고, 나머지 잔금은 2020. 12. 21.에 지급받으며, 잔금 수령과 동시에 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부하고 위 토지를 인도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

     2) 원고는 주식회사 DDDDDD(대표이사 HHH)에게 CC리 산54-43 임야 50,287㎡를 매매대금 1,519,825,000원에 매도하되, 위 매매대금 전부를 2020. 12. 21. 지급받고, 이를 지급받음과 동시에 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부하고 위 토지를 인도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

     3) 위와 같이 2020. 12. 4. 각 체결된 매매계약에 따라, 2020. 12. 21. 각 토지에 관한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

마. 법인세 신고 및 경정청구

     1) 원고는 2021. 3. 31. 사업연도 2020. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지의 법인세 정기신고를 하면서 과세표준 5,934,140,500원, 산출세액 1,166,828,100원으로 신고하고 이를 납부하였다.

     2) 원고는 2022. 2. 9. CC리 산54-42 임야 22,314㎡, CC리 산54-43 임야 50,287㎡ 는 각 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용된 것으로서 과세대상이 아니라는 취지로 법인세 593,548,340원을 환급하여 달하는 경정청구를 하였으나(이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다), 피고는 2022. 4. 4. 원고의 고유목적 사업에 직접 사용한 사실이 확인되지 않아 경정청구를 기각한다는 취지로 결정하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

     3) 이에 불복하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 1. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다.

바. CC리 산54-43 임야의 분할

     CC리 산54-43 임야 50,287㎡는 2022. 5. 25. CC리 259-15 임야 50,287㎡로 등록 전환되었고, 위 같은 날 그 중 5,281㎡는 CC리 259-17로, 21,001㎡는 CC리 259-18로, 18,482㎡는 259-19로 각 분할되었다(CC리 259-15 임야는 면적이 5,523㎡로 줄어들었다).

   사. 피고의 일부 감액경정처분

     피고는 원고의 이 사건 소 제기 이후인 2023. 11. 29. 직권으로 이 사건 처분 중 CC리 259-15 임야 5,523㎡ 부분의 양도차익에 대한 법인세 과세 해당액 29,739,160원(이하 ‘이 사건 감액부분’이라 한다)을 감액하는 내용의 감액경정처분을 하였다.

   [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 19, 21, 25, 31호증, 을 제6호증의 각 기(가지번호 있는 경우 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전항변에 관한 판단

   가. 항변의 요지

     1) 원고의 대표자 BBB가 적법하게 선출된 대표자인지 불분명하고, 원고로부터 이 사건 소제기를 위한 적법한 수권을 받았는지도 알 수 없으므로, 이 사건 소는 부적법하다.

     2) 피고는 당초의 법인세 부과처분을 감액하는 경정처분을 하였으므로, 이 사건 처분 중 이 사건 감액부분의 취소를 구하는 부분은 소의 이익이 없다.

 나. 판단

     1) 적법한 대표권과 소제기의 수권 유무

       이 사건 변론종결 이후 원고가 제출한 참고자료들에 의하면, 원고 종중의 연고항존자인 LLL의 위임을 받은 BBB가 통지 가능한 종원들에게 개별적으로 소집통지를 하여 개최된 2024. 7. 11.자 임시총회에서 기존의 BBB를 대표자로 선임한 총회 결의와 이 사건 소제기에 대한 수권 결의를 추인하는 결의를 한 사실이 인정되는바 결국 이 사건 소는 적법한 대표자가 소제기의 특별수권을 받아 제기한 것과 다름없게 되었으므로 적법하다. 이 부분 피고의 주장은 이유 없다.

     2) 이 사건 감액부분의 취소를 구하는 부분

       감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이어서, 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).

       피고가 2023. 11. 29. 원고에 대한 당초의 법인세 부과처분을 감액하는 경정처분을 하였음은 앞서 본바와 같으므로, 항고소송의 대상은 위 감액경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분인 이 사건 나머지 처분이 된다. 따라서 당초의 이 사건 처분 중 위 감액경정처분에 의하여 취소된 이 사건 감액부분의 취소 청구에 관한 소는 이미 소멸하고 없는 부분에 대한 것으로 그 소의 이익이 없어 부적법하다. 이 부분 피고의 주장은 이유 있다.

3. 나머지 처분의 적법 여부에 관한 판단

   가. 원고 주장의 요지

     이 사건 2차 계약은 이 사건 1차 계약을 승계한 것으로서 동일성을 가지고 있으므로, 원고가 이 사건 쟁점 토지를 고유목적사업에 사용하고 있었는지 여부는 이 사건 1차 계약을 기준으로 판단하여야 한다. 원고는 이 사건 1차 계약 당시 이 사건 쟁점 토지 부분을 고유목적사업에 사용하고 있었으므로 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

      별지2 기재와 같다.

다. 이 사건 토지가 그 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용되고 있었던 토지인지 여부

     1) 관련 법리

       조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

       법인세법 제4조 제1항, 제3항 제5호는‘비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 발생하는 소득으로 보아 법인세를 부과하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정한 수입은 제외한다.’고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항은 법인세 면제요건을 ‘해당 유형자산 등의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우’로 정하고 있다. 이때 ‘비영리내국법인이 유형자산 등을 고유목적에 직접 사용 하였는지’ 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 비영리내국법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 ‘고유’ 목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 등 참조). 위 각 규정형식과 문언에 비추어 보면 해당 유형자산등이 ‘처분일 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 유형자 산 등’에 해당하여 과세소득의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명해야 한다.

     2) 구체적 판단

가) 원고는 이 사건 2차 계약은 이 사건 1차 계약과 동일성을 가지는 것으로서 처분일은 이 사건 1차 계약 당시인 2018. 8.경을 기준으로 판단되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들 을 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 이 사건 2차 계약은 이 사건 1차 계약과는 별개의 새로운 계약이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 2차 계약이 있었던 2020. 12.경을 이 사건 토지 처분일로 보아야 할 것인바, 그렇다면 이 사건 토지 처분을 위해 이 사건 토지를 CC리 54-1 토지로부터 분할한 2020. 3. 6. 및 2020. 3. 31.부터 위 처분일까지 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 볼 여지가 없지는 않다.

          ① 피고는 2022. 3. 7.경 원고에게 이 사건 경정청구와 관련하여, 이 사건 2차 계약의 특약사항 제5조를 확인할 수 있는 이 사건 1차 계약과 관련된 계약서 등 증빙자료를 요청한 바 있고, 원고는 이에 관하여 “2018. 8. 7. 당초 매매계약서가 작성되었으나 매수자의 자금사정으로 잔금이 치러지지 않아 계약이 해제되었다가 다시 매매계약을 체결하였습니다. 당초 계약이 해제되면서 매매계약서가 필요 없어지자 모두 폐기하였습니다.”라는 취지로 답변하였다.

          ② 이 사건 1차 계약(당시에는 이 사건 토지가 분할되기 전이었다)의 매수인은 HHH이었으나, 이 사건 2차 계약의 매수인은 WWW 외 6인 또는 주식회사 DDDDDD로서 그 당사자가 다르고, 그 매매대금도 다르다. 한편 이 사건 2차 계약 제5조 특약사항에 ‘당사자 사이에 체결된 이 사건 1차 계약의 별지 4항과 9항은 유효하다’는 취지의 기재가 존재하는 사실은 인정되나 그 외에 이 사건 1차 계약을 인용하고 있는 부분은 보이지 않는다. 따라서 위 기재만으로는 이 사건 1차 계약이 계속하여 유효함을 전제로 이를 다시 확인한 것에 불과하다고 보기는 어렵다(오히려 이 사건 1차 계약의 별지 4항과 9항 이외에는 효력이 없다고 볼 수도 있다). 원고는 이 사건 1차 계약과 관련되어 수령한 계약금도 반환하지 아니하였으므로 위 계약이 해제되었다고 볼 수 없다는 취지로 주장하나, 이 사건 1차 계약과 이 사건 2차 계약은 각 계약서에서 정하고 있는 계약금이 모두 다르고, 기존에 수령한 계약금의 청산 등을 정하고 있는 조항도 없으며, 원고가 수령하였던 계약금이 반환되지 아니하였다는 점을 인정할 자료도 뚜렷하지 않다.

          나) 원고의 주장과 같이 2018. 8. 당시를 처분일로 보고 나아가 살펴보더라도 앞서 든 증거들, 갑 제16, 20, 26호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재 내지 영상, 이 법원의 주식회사 DDDDDD에 대한 사실조회 회신결과에 변론 전체의 취지를 더하여 보면 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 이 사건 1차 계약이 있었던 2018. 8.경으로부터 그 직전 3년 이상 동안 이 사건 토지가 원고의 고유목적사업에 계속하여 사용되어 왔다는 사실을 인정하기 어렵다. 따라서 이를 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

           ① 원고는 제례행사 및 묘역관리 선영수호 종중재산관리 등을 목적으로 하여 구성된 종중으로, 원고의 정관(갑 제20호증) 제2조는 ‘선조( 동애공)의 위덕을 받들어 봉사와 선영 수호 및 재산의 영구보전을 기함을 물론 자손 상호간의 친목 단결과 번영을 도모함을 목적으로 한다’고 정하고 있다. 앞서 본 법리에 비추어 보면 이 사건 토지가 2018. 8.경을 기준으로 그 이전 3년간 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산에 해당하기 위해서는 원고 고유의 목적사업인 제례행사 및 묘역관리 선영수호, 종중재산관리 등의 활동 자체에 직접 사용되어야 한다. 그런데 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 토지의 거의 대부분을 차지하는 자연림 상태의 임야를 실제로 위 활동에 사용하였다고 인정하기 어렵고, 종중재산으로 존재하였다는 사정 자체만으로 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수도 없다(이 사건 토지 부분은 분할 후 CC리 산54-1 임야에 위치한 분묘와 상당한 거리를 두고 있으므로, 이 사건 토지에 식재되어 있는 수목이 금양임야로서의 역할을 한다고도 볼 수 없다).

          ② 이 사건 토지와 CC리 산54-1 토지에는 별지1 도면 표시와 같이 크게 네 군데에 분묘가 위치하여 있는데, 이 사건 토지에는 한 군데, 분할되고 남은 CC리 산54-1 토지에 세 군데가 위치하여 있다, 그 중 원고가 관리하여 온 것으로 보이는 분묘는 이 사건 토지가 아니라 분할되고 남은 CC리 산54-1에 위치한 분묘들이고(갑 제10호증의 각 영상), 이 사건 토지 중 분할 후 CC리 259-15 임야에 위치하여 있었던 분묘는 원고의 주장에 의하더라도 종중원 SSS가 관리하여 왔다는 것이며(갑 제26호증의 각 영상), 그 관리의 형태가 외관상 확연하게 구별되고 있다. 즉 원고가 관리하여 왔다고 주장하는 분할 후 CC리 산54-1 임야에 위치한 분묘와 그 주변 수목은 모두 깔끔하게 관리되어 있으나, CC리 259-15 임야에 위치한 분묘와 그 주변 수목은 잘 관리되어 있지 아니하다. 또한 원고가 위 CC리 259-15 임야에서 시제를 지내는 등으로 종중 고유의 활동을 하였다는 자료도 보이지 않는다.

          ③ 앞서 본 바와 같이, 원고는 이 사건 1차 계약을 체결하면서 매매대상 토지에 있는 분묘와 지상물을 철거한 다음 토지를 인도하여 주기로 약정하였다. 원고의 주장에 의하면, 위 분묘를 관리하여 오던 원고 종중원 SSS는 KKK에게 분묘의 처리를 부탁하였고, KKK은 2022. 3. 22. 이 사건 토지 지상의 분묘를 모두 파묘하여 유골을 화장 및 분골하였고, 이를 현장에 뿌렸다는 것이다. 그런데 원고가 위 분묘를 종중원의 분묘로서 관리하고 수호하여 왔다면, 이를 바로 인근의 CC리 산54-1 토지에 이장할 수 있음에도 이를 화장하였다는 점을 쉽게 이해할 수 없고, 심지어 이 사건 토지의 매수인인 HHH가 이 사건 토지를 공장 설립 목적으로 사용할 예정임을 알면서도 화장한 유골을 이장한 것이 아니라 이를 분묘가 있던 현장에 뿌렸다는 것이어서 더욱 납득하기 어렵다.

          ④ 한편 피고가 CC리 29-15 임야 5,523㎡에 대한 양도차익에 관하여 법인세 과세소득에서 제외하여 그에 해당하는 법인세를 감액하여 주었다고 하더라도, 분할 전 CC리 산54-1 임야의 면적이 204,669㎡에 이르는 점⁴⁾ 54-1 204,669㎡에 비추어 그것만으로 위 임야 부분을 제외한 나머지 이 사건 토지 부분에 대해서까지 고유목적사업에 직접 사용된 토지라는 사실을 인정하였다고 볼 수 없다.

4. 결론

   그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 감액부분의 취소 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.