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판례 / 종합소득세부과처분 취소
판례 정보 서울행정법원 일반행정

종합소득세부과처분 취소

서울행정법원은 AAA의 대표자인 원고에게 한 2017년부터 2019년 귀속 종합소득세 부과처분의 취소 청구를 기각하였다. AAA은 대표자 가지급금을 실제 변제받거나 상계한 사실이 없음에도 현금 변제 또는 상계로 회계처리하였고, 법원은 이를 AAA이 원고에 대한 가지급금 채권을 포기한 것으로 보아 인정상여 소득처분이 위법하지 않다고 판단하였다. 또한 지급수수료, 인건비, 법인카드 관련 금원은 업무관련성 없이 사용되었거나 가공 인건비로 인정되어 사외유출 및 원고 귀속으로 보았다. AAA에 대한 원천징수분 갑종근로소득세 부과처분이 있었더라도 AAA이 세금을 납부하지 않았으므로 중복과세가 아니며, 법인통지용 소득금액변동통지와 원고에 대한 고지가 있었으므로 가산세 부과도 위법하지 않다고 판단하였다.

서울행정법원-2024-구합-51844 2025.07.11 마지막 업데이트 2026.05.27

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2024-구합-51844
사건구분
구합
선고일
2025.07.11
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 대표자 가지급금을 실제 변제 또는 상계 없이 회계상 소멸 처리한 경우 법인이 채권을 포기한 것으로 보아 인정상여 소득처분을 할 수 있는지
  • 지급수수료, 인건비, 법인카드 사용액이 업무무관 사용 또는 가공비용으로 인정되는 경우 사외유출 및 대표자 귀속으로 볼 수 있는지
  • AAA에 대한 원천징수분 갑종근로소득세 부과처분과 원고에 대한 종합소득세 부과처분이 중복과세에 해당하는지
  • 소득자통지용 소득금액변동통지서를 원고에게 송달하지 않은 경우 가산세 부과가 위법한지

판례 포인트

  • 특수관계인 대표자에 대한 가지급금 채권을 실제 회수하지 않았음에도 변제 또는 상계된 것으로 회계처리한 경우, 법인이 실질적으로 채권을 포기한 것으로 평가될 수 있다.
  • 실제 변제나 상계로 소멸하지 않았으나 회계상 소멸 처리된 가지급금 채권 상당액은 익금산입 및 사외유출로 보아 대표자에게 귀속된 상여로 소득처분될 수 있다.
  • 대표이사 등 실질적 경영자가 법인 자금을 유용한 경우 특별한 사정이 없는 한 지출 자체로 사외유출에 해당한다는 기존 대법원 법리가 적용되었다.
  • 원천징수의무자에게 원천징수분 세액이 부과되었더라도 실제 납부가 이루어지지 않았다면 그 사정만으로 소득자에 대한 종합소득세 부과가 중복과세가 되는 것은 아니다.
  • 법인통지용 소득금액변동통지서가 법인에 송달되고 법인의 소재지 불명 또는 송달불능 사유가 없다면 소득자통지용 소득금액변동통지서를 별도로 송달할 필요가 없다고 보았다.

자주 묻는 질문

Q 대표자 가지급금을 실제로 변제받지 않았는데 현금 변제나 상계로 회계처리하면 인정상여가 될 수 있나요?

A 서울행정법원은 AAA이 대표자인 원고로부터 가지급금을 실제 변제받거나 상계한 사실이 없는데도 현금 변제 또는 상계로 회계처리한 점을 인정했습니다. 법원은 이러한 처리를 특수관계인인 원고에 대한 가지급금 채권을 법인이 포기한 것으로 보아, 그 금액이 사외유출되어 대표자인 원고에게 귀속된 인정상여에 해당한다고 판단했습니다.

Q 특수관계가 소멸되지 않았다는 이유로 대표자 가지급금 익금산입을 다툴 수 있나요?

A 원고는 특수관계가 소멸되지 않았으므로 대표자 가지급금을 익금에 산입할 수 없다고 주장했습니다. 그러나 법원은 이 사건이 단순히 특수관계 소멸일까지 회수하지 않은 경우가 아니라, 법인이 실제로 가지급금 채권을 포기한 것으로 볼 수 있는 사안이라고 보았습니다. 따라서 해당 시행령 규정의 적용 여부가 문제되지 않는다고 판단했습니다.

Q 대표이사가 법인카드, 지급수수료, 가공 인건비를 사적으로 사용하면 인정상여로 볼 수 있나요?

A 법원은 AAA이 지급수수료, 법인카드 비용, 이명노·유영숙에게 지급했다는 인건비를 업무와 무관하게 사용하거나 가공 인건비로 처리한 사실을 인정했습니다. 대표이사 등이 법인 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 처음부터 회수를 전제로 한 것으로 보기 어려워 지출 자체로 사외유출에 해당한다고 보았습니다. 이에 따라 해당 금액이 원고에게 귀속되었거나 귀속이 불분명해 대표자인 원고에게 귀속된 것으로 간주된다고 판단했습니다.

Q 법인에 원천징수분 근로소득세가 부과된 뒤 대표자에게 종합소득세를 부과하면 중복과세인가요?

A 원고는 AAA에 대한 원천징수분 갑종근로소득세 부과처분이 취소되지 않은 상태에서 자신에게 종합소득세를 부과한 것은 중복과세라고 주장했습니다. 그러나 법원은 AAA이 원고로부터 해당 근로소득을 원천징수하지 않았고, 관련 처분에 따른 세금도 납부하지 않은 사실을 근거로 중복과세에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

Q 소득자통지용 소득금액변동통지서를 받지 못하면 인정상여 가산세가 위법한가요?

A 원고는 소득자통지용 소득금액변동통지서를 받지 못했으므로 신고·납부의무 해태를 전제로 한 가산세가 위법하다고 주장했습니다. 법원은 소득자통지용 통지는 법인의 소재지가 불분명하거나 법인에 송달할 수 없는 경우에 필요한데, 이 사건에서는 AAA이 법인통지용 소득금액변동통지서를 받은 점을 확인했습니다. 또한 원고에게 법인에 통지했다는 사실이 고지된 것으로 보아, 소득자통지용 통지가 필요하지 않다고 판단했습니다.

Q 서울행정법원 2024구합51844 사건에서 종합소득세 부과처분 취소 청구는 어떻게 판단됐나요?

A 서울행정법원은 2025년 7월 11일 원고의 종합소득세 부과처분 취소 청구를 모두 기각했습니다. 법원은 대표자 가지급금의 허위 변제·상계 회계처리, 업무무관 법인카드 사용, 가공 인건비 등이 인정상여 처분의 근거가 될 수 있다고 보았습니다. 또한 중복과세 주장과 가산세 위법 주장도 받아들이지 않았습니다.

판결 내용

  • 종소
종합소득세부과처분 취소 국승
  • 서울행정법원-2024-구합-51844
  • 귀속년도 : 2017
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2026.01.14.
  • 생산일자 : 2025.07.11.
  • 진행상태 : 진행중
관련 법령
법인세법 제15조
요지 판결내용 상세내용

요지

대표자 가지급금을 변제받거나 상계한 사실이 없음에도 현금으로 변제받거나 상계소멸한 것으로 회계처리한 것에 대해 법인이 실질적으로 그 채권을 포기하거나 면제한 것으로 볼 수 있음,

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2024구합51844 종합소득세부과처분취소

원 고

○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 23.

판 결 선 고

2025. 7. 11.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 12. 15. 원고에게 한 2017년 귀속 종합소득세 253,418,110원(가산세 35,667,543원 포함), 2018년 귀속 종합소득세 257,420,910원(가산세 36,230,920원 포함), 2019년 귀속 종합소득세 95,290,680원(가산세 13,411,767원 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’이라 한다)의 대표자인 사내이사이다.

나. 북인천세무서장은 2021. 8. 5.부터 2021. 10. 17.까지 AAA에 대한 법인통합조사 실시 결과, AAA이 2017~2019 사업연도에 아래 금원을 사업과 무관하게 사용하였다며 그 금액을 원고에 대한 상여로 소득처분(이하 ‘이 사건 소득처분’이라 한다)하고 2022. 3. 11. AAA에 대하여 이 사건 소득처분으로 인한 2018년 내지 2020년 귀속 원천징수분 갑종근로소득세를 부과(이하 ‘관련 처분’이라 한다)하였다.

다. 피고는 이 사건 소득처분으로 인해 원고의 2017년부터 2019년까지의 각 종합소득금액이 변동되었다는 것을 이유로 2022. 12. 15. 원고에게 청구취지 기재 각 종합소득세 부과처분(가산세 포함)(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제2, 7호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 처분사유의 존부

1) 대표자 가지급금 부분에 관하여

가) 앞서 든 증거들, 을 제3, 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① AAA은 대표자인 원고로부터 2017 사업연도에 대표자 가지급금을 변제받은 사실이 없음에도 대표자 가지급금 604,800,000원을 현금으로 변제받은 것으로 회계처리한 사실, ② AAA은 2018, 2019 사업연도에 주식회사 BB스틸(이하 ‘BB스틸’이라 한다),원고와 사이에 상계합의를 하거나 원고에 대한 가지급금 채권으로 BB스틸에 대한 선수금 채무를 실제로 소멸시킨 사실이 없음에도 2018년도에 총 535,000,000원, 2019년도에 총 204,500,000원의 원고에 대한 가지급금 채권과 위 선수금 채무가 상계된 것으로 회계처리한 사실, ③ 이에 원고는 2021. 9.경 세무대리인의 조력을 받고 있던 상황에서 ‘AAA은 실제로 회수하지 않은 2017 사업연도 가지급금 채권을 현금으로 처리하였고, 위 2018, 2019 사업연도 가지급금 채권을 위 선수금 채무와 상계처리하여 위 2018, 2019 사업연도 가지급금 채권을 포기하였는바, 이는 대표자 상여처분 대상임을 확인한다’는 내용의 확인서를 과세관청에 제출한 사실 등이 인정된다.

위와 같이 AAA이 현금변제를 받았다고 하거나 상계처리하였다고 허위로 회계처리한 것은 특수관계인인 원고에 대한 위 2017 사업연도, 2018 사업연도, 2019 사업연도의 각 가지급금 채권을 포기한 것이라고 봄이 타당하다. 이에 따라 피고는 세무조정 과정에서 실제 변제 내지 상계로 소멸하지 않았으나 소멸한 것으로 회계처리된 위 각 가지급금 채권 상당액을 익금으로 산입한 것이고, 위 각 가지급금 채권의 포기로 인해 익금산입된 위 각 가지급금 채권 상당액은 실제로는 사내에 남아있지 않아 사외유출된 것으로 볼 수 있으며 위 각 가지급금 채권 상당액은 대표자인 원고에게 귀속된 것이므로 이 부분에 관한 이 사건 소득처분을 위법하다고 보기 어렵다.

나) 원고는 ‘대표자 가지급금은 법인세법 시행령 제11조 제9호 가목에 따라 원고와 AAA 사이의 특수관계가 소멸되지 않는 한 익금에 산입할 수 없고, 익금에 산입할 수 없는 이상 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항에 따른 소득처분 대상이 아니다’는 취지로 주장하나, 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금 등을 원칙적으로 익금에 산입하도록 정하고 있는 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9의2호 가목 내지 구 법인세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호 가목은 법인이 정당한 사유 없이 특수관계가 소멸되는 날까지 업무무관 가지급금 등을 회수하지 않은 경우 법인이 실질적으로 그 채권을 포기하거나 채무를 면제한 것으로 보아 그 채권 상당액을 익금에 산입하도록 하는 규정이므로 실제로 법인(AAA)이 특수관계인(원고)에 대한 위 각 가지급금 채권을 포기한 이 사건에서 그 적용 여부가 문제되지 않는다.

이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 지급수수료, 인건비, 법인카드 부분에 관하여

앞서 채택한 증거들에 의하면, AAA이 2017 사업연도와 2018 사업연도에 지급수수료로 지출한 비용 합계 9,759,562원과 2017 내지 2019 사업연도에 법인카드로 지출한 비용 합계 47,937,300원은 원고가 업무관련성 없이 사용한 것이고, AAA이 2017 내지 2019 사업연도에 이명노, 유영숙에게 지급하였다는 인건비 합계 83,350,000원 역시 가공의 인건비였던 사실, 원고는 위와 같은 ‘지급수수료, 인건비, 법인카드’ 관련 금원을 사적으로 사용하였다는 내용의 확인서를 과세관청에 제출한 사실 등이 인정된다.

법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출자체로서 이미 사외유출에 해당하고(대법원 2012. 6. 28. 선고 2011두32676 판결 등 참조), 이 사건에서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정이 있다고 보이지도 않는다. 위 지급수수료, 인건비, 법인카드 관련 금원이 사외유출되어 원고에게 귀속되었거나 적어도 그 귀속이 불분명하여 대표자인 원고에게 귀속된 것으로 간주되므로 이 부분에 관한 이 사건 소득처분을 위법하다고 보기 어렵다.

이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 중복과세 여부

원고는 AAA에 대한 관련 처분이 취소되지 않는 상태에서 내려진 동일한 인정상여 처분금액에 관련된 이 사건 처분은 중복과세에 해당한다고 주장한다.

원천징수대상인 근로소득에 대하여 원천징수의무자가 원천징수세액을 납부하면 그 납부된 범위 내에서 원천납세의무자의 납세의무가 소멸하는 것이어서 이를 소득자에 대하여 종합소득세로 부과할 수 없다(대법원 1981. 10. 13. 선고 80누288 판결, 대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두5666 판결 등 참조). 반면 갑종근로소득이 원천세를 징수할 소득이라고 하더라도 그 소득이 소득세법이 정한 종합소득 과세표준에 합산하여 신고하여야 할 소득으로서 그 원천징수가 누락되었다면 그 소득자에 대하여 종합소득세로서 이를 부과할 수 있다(대법원 1981. 9. 22. 선고 79누347 판결, 대법원 1992. 3. 13. 선고 91누9527 판결 등 참조). 여기서 원천징수의 누락이란 원천징수의무자가 현실적으로 원천징수세액 징수 절차의 이행을 하지 아니한 것을 의미한다.

이 사건에서 AAA이 원고로부터 이 사건 소득처분으로 인한 근로소득을 원천징수하지 않은 사실, 이에 북인천세무서장이 AAA에 관련 처분을 하였으나 AAA이 관련 처분에 따른 세금을 납부하지는 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 북인천세무서장이 2022. 3. 11. AAA에 관련 처분을 하였다는 등의 사정만으로 이 사건 처분이 중복과세에 해당한다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 이 사건 처분 중 가산세 부분의 위법 여부

원고는 ‘이 사건 처분에 관해 소득자통지용 소득금액변동통지서를 송달받지 못한 이상 원고의 신고·납부의무 해태를 전제로 하여 가산세를 부과할 수 없다’고 주장한다. 소득세법 시행령 제192조 제1항은 ‘법인세법에 의하여 세무서장 등이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때에 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 등이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령으로 정하는 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지해야 한다. 다만, 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지해야 한다’고 규정하고 있고, 제4항은 ‘세무서장 등이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다’고 규정하고 있다. 소득세법 시행규칙 제100조 제24호는, 소득세법 시행령 제192조 제1항에 따른 소득금액변동통지를 별지 제22호서식(1)이 정하고 있는 법인통지용 소득금액변동통지서에 의하여 하는 것을 원칙으로 하면서, 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서의 규정에 의하여 통지하는 경우에는 별지 제22호서식(2)가 정하고 있는 소득자통지용 소득금액변동통지서에 의하여 하도록 정하고 있다.

갑 제3, 7호증, 을 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 북인천세무서장이 2022. 2. 25. 법인통지용 소득금액변동통지서에 의하여 대표자가 원고인 AAA에 대해 이 사건 소득처분에 관한 소득금액변동통지를 한 점, ② 원고는 원고가 소득자통지용 소득금액변동통지서에 의하여 소득금액변동통지를 받지 못한 점을 들어 이 사건 처분 중 가산세 부과처분이 위법하다고 주장하나, 소득자통지용 소득금액변동통지서에 의한 소득자에 대한 소득금액변동통지는 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서의 사유가 있는 때, 즉 ‘법인의 소재지가 분명하지않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우’에 하여야 하는 것인데 AAA이 법인통지용 소득금액변동통지서에 의하여 소득금액변동통지를 받은 점, ③ 북인천세무서장이 2022. 2. 25.경 소득세법 시행령 제192조 제4항에 따라 원고에게 AAA에 소득금액변동통지서를 통지하였다는 사실을 고지한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 북인천세무서장이 원고에게 소득자통지용 소득금액변동통지서에 의하여 소득금액변동통지를 할 필요가

없으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

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관련 법령

법인세법 제15조 법인세법 제67조 법인세법 시행령 제106조 제1항 법인세법 시행령 제11조 제9호 가목 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9의2호 가목 구 법인세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호 가목 소득세법 시행령 제192조 제1항 소득세법 시행령 제192조 제4항 소득세법 시행규칙 제100조 제24호 대법원 2012. 6. 28. 선고 2011두32676 판결 대법원 1981. 10. 13. 선고 80누288 판결 대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두5666 판결 대법원 1981. 9. 22. 선고 79누347 판결 대법원 1992. 3. 13. 선고 91누9527 판결

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