2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우 종전주택 보유기간은 직전주택 양도일부터 기산해야함

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 0000년 귀속 양도소득세 0원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

처분의 경위

가. 원고는 0000. 00. 00. 서울 00구 0000길 000, 000동 0호(이하 ‘이 사건 제1주택’이라 한다)를 취득하였고, 원고의 배우자 j은 0000. 00. 00. 경기 00군 00면 000 지상 0층 단독주택(이하 ‘이 사건 제2 주택’이라 한다)을 취득하였다.

나. j은 0000. 00. 00. 이 사건 제2 주택을 양도하고, 0000. 00.경 과세대상 주택으로 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고와 j은 0000. 00. 00. 서울 00구 000, 000동 0호(이하 ‘이 사건 제3 주택’이라 한다)의 각 1/2 지분을 각 취득하였고, 원고는 같은 날 이 사건 제1주택을 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

라. 원고는 0000. 00. 00. 이 사건 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 대상으로 보아 0원 초과분에 대하여 0000년 귀속 양도소득세 0원을 예정신고ㆍ납부하였다.

마. 피고는 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제5항 단서(이하 ‘이 사건 단서조항’이라 한다)에 따라 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외에 주택을 모두 처분한 후 1주택을 보유하게 된 경우로서 이 사건 제1 주택의 보유기간 기산일이 이 사건 제2 주택의 양도일(0000. 00. 00.)이므로, 1세대 1주택 비과세요건 중 보유기간 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 0000. 00. 00. 원고에게 0000년 귀속 양도소득세 0원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8, 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 단서조항은 본문에서 ‘2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다’(이하 ‘이 사건 단서조항 본문’이라 한다)고 규정하면서, 괄호 부분 전단에서 ‘제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되’(이하 ‘이 사건 단서조항 괄호 전단’이라 한다)라고 규정하고 있다.

원고는 이 사건 제1 주택을 취득하고 1년 이상이 지난 후 이 사건 제3 주택을 취득하였고, 이 사건 제3 주택을 취득한 후 1년 이내에 이 사건 제1 주택을 양도하였을뿐만 아니라 이 사건 제3 주택 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 제3 주택으로 세대 전원이 이사하고 전입신고까지 마치는 등 이 사건 양도가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 대상에 해당하므로, 이 사건 단서조항 괄호 전단에 따라 이 사건 단서조항 본문이 적용되지 않는다고 보아야 한다.

따라서 이 사건 제1 주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제1 주택의 취득일(0000. 00. 00.)로 보아야 함에도, 이 사건 단서조항을 적용하여 이 사건 제1 주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제2 주택의 양도일(0000. 00. 00.)로 본 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법령의 개정 경과 및 관련 법리

가) 양도소득 비과세 특례 적용대상인 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 종래 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항은 ‘자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 규정한 소득세법 제95조 제4항에 의하도록 규정하고 있었다.

그런데 구 소득세법 시행령이 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되면서, 보유기간 계산에 관한 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항에 ‘다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다’는 단서조항이 신설되었다.

그리고 그 부칙(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호) 제1조 단서 제3호는 2021. 1. 1.부터 위 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서조항을 시행하는 것으로, 제2조 제2항은 시행일(2021. 1. 1.) 이후 양도하는 분부터 위 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서조항을 적용하는 것으로 각 규정하였다.

위 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서조항은 위와 같이 신설된 이후 몇 차례 소폭의 개정을 거쳤으나 그 기본적인 내용을 계속 유지한 채로 지속되어 오다가, 소득세법 시행령이 2022. 5. 31. 대통령령 제32645호로 개정되는 과정에서 삭제되었다.

그 삭제의 취지에 관하여 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32645호)의 개정이유문은 ‘종전에는 다주택자가 1주택을 제외한 다른 모든 주택을 처분하여 1주택자가 된 경우에는 일반적인 1세대 1주택자의 경우와는 달리 1주택자가 된 날부터 보유기간을 다시 기산하여 양도소득세 비과세요건의 충족 여부를 판단하도록 하였으나, 앞으로는 일반적인 1세대 1주택자의 경우와 마찬가지로 해당 주택의 취득일부터 보유기간을 기산하도록 하여 납세자의 불편을 해소하고 주택 매물이 동결되는 부작용을 방지

함’이라고 명시하였다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 참조).

2) 구체적 판단

가) 이 사건 양도 당시 적용되는 이 사건 단서조항은 양도소득 비과세 특례 적용대상인 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ‘제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택 은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(건축법 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다’고 규정하고 있다.

나) 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 제1 주택과 이 사건 제2 주택 등 2주택 이상을 보유하였던 세대로서, 0000. 00. 00. 이 사건 제2 주택을 양도하여 이 사건 제1주택만을 보유하던 중 이 사건 제3 주택을 취득하고 이 사건 제1 주택을 양도하였는바, 원고는 이 사건 단서조항 본문에 규정된 ’2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우‘에 해당함이 명백하다. 이 사건 단서조항에 따르면, 이러한 경우 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 규정되어 있으므로, 이 사건 제1 주택의 보유기간 기산일은 이 사건 제2 주택의 양도일인 0000. 00. 00.이다.

다) 원고는 이 사건 제1 주택을 취득하고 1년 이상이 지난 후 이 사건 제3 주택을 취득하였고, 이 사건 제3 주택을 취득한 후 1년 이내에 이 사건 제1 주택을 양도하였을 뿐만 아니라 이 사건 제3 주택 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 제3 주택으로 세대 전원이 이사하고 전입신고까지 마치는 등 이 사건 양도가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 대상에 해당하므로, 이 사건 단서조항 괄호 전단에 따라 이 사건 단서조항 본문이 적용되지 않는다고 주장한다.

그러나 ① 이 사건 처분의 근거가 된 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(구 소득세법 제4조 제1항 제3호), 예외적으로 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(구 소득세법 제89조), 특히 원고가 주장하는 일정한 요건을 충족한 2주택자의 종전주택 양도에 대하여 양도소득세를 부과하지 않는 구 소득세법 등 관계 법령의 해당 규정은 명백한 특혜규정이므로, 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석하여야 하는 점, ② 앞서 살펴본 바와 같이 구 소득세법 시행령이 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되면서 제154조 제5항 단서를 신설하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함으로써 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정된 점, ③ 구 소득세법이 일시적 1세대 2주택의 경우에도 양도소득에 대한 비과세가 가능하도록 규정한 것은, 상속ㆍ부양ㆍ혼인 등의 다양한 사유로 1세대 2주택이 될 수밖에 없는 상황이 발생하는 현실을 반영하여 1세대 1주택에 대한 예외를 규정한 것이므로, 엄격한 요건 아래에서만 이를 인정함이 타당한데, 이 사건에서 원고의 주장과 같이 기존주택 처분에 따른 양도소득이 비과세되기 위한 기존주택의 보유기간 기산점을 직전 양도주택을 처분한 시점이 아니라 기존주택의 취득 시점으로 보게 될 경우, 2주택 보유자의 기존주택이 일시적 1세대 2주택에 해당하지 아니하여 그 양도소득에 대하여 과세되는 상황에서 1주택을 추가로 취득함으로써 기존주택의 양도소득을 비과세 되도록 악용하는 것이 가능한 점, ④ 이 사건 단서조항 괄호 전단은 그 문언상 구 소득세법 시행령 제155조 등에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우, 즉 1개의 주택을 보유한 1세대가 신규로 1개의 주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우만을 상정하고 있을 뿐, 원고와 같이 2주택을 보유한 세대가 1주택을 처분하여 1주택 보유자가 된 경우를 상정하고 있지 않고, 만일 원고의 주장과 같이 이 사건 제2 주택이 처분되었다고 해서 원고를 비과세 대상인 1세대 2주택으로 취급하게 되면, 종전에 과세대상이 되었던 다주택 소유 관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 초래되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 양도에 대하여 이 사건 단서조항 괄호 전단이 적용된다고 볼 수 없다.

원고는 국세청 예규(법령해석재산-1305, 2021. 11. 22.)와 기획재정부 예규(재산세제과-953, 2021. 11. 2., 재산세제과-678, 2023. 5. 10.)에 의하면 이 사건 제1 주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제1 주택의 취득일로 보아야 한다고도 주장하나, 위 국세청 예규는 2021. 1. 1. 현재 1주택 보유자가 신규주택을 취득하여 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 상태에서 종전주택을 양도하는 경우에 관한 것이고, 위 기획재정부 예규(재산세제과-953, 2021. 11. 2.)는 3주택 보유자가 1주택을 양도하는 경우나 2주택 보유자가 2021. 1. 1. 전에 1주택 외의 주택을 모두 양도(과세)한 후 신규주택을 취득하여 2021. 1. 1. 현재 일시적 2주택이 되어 종전주택을 양도하는 경우에 관한 것이며, 위 기획재정부 예규(재산세제과-678, 2023. 5. 10.)는 종전주택과 장기임대주택 및 신규주택(2018. 9. 13. 이전 계약)을 순차적으로 취득하고 2021. 1. 1. 이후 신규주택을 양도(과세)하고 종전주택을 양도한 경우에 관한 것으로서 이 사건 제1 주택과 이 사건 제2 주택 등 2주택을 보유하다가 이 사건 단서조항 시행 이후 이 사건 제2 주택을 양도하여 이 사건 제1 주택만 보유하던 중 이 사건 제3 주택을 취득하고 이 사건 제1 주택을 양도한 원고와는 구체적인 사안을 달리한다.

원고는 이 사건 단서조항이 불명확하게 규정되어 법적 안정성이나 예측 가능성을 침해할 위험성이 다분하므로 조세법률주의에 위배될 뿐만 아니라 다주택자에 대한 차별로서 조세형평의 원칙에 반하므로, 이 사건 단서조항에 근거한 이 사건 처분도 위법하다는 취지로 주장하나, ① 이 사건 단서조항은 이 사건 단서조항 본문과 이 사건 단서조항 괄호 부분으로 구성되어 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 상세히 규정하고 있는 점, ② 조세 법령에 있어 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 감면요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 않은 한 입법자의 입법재량에 속한다고 할 것으로, 이 사건 단서조항의 시행으로 결과적으로 차별이 발생한다고 하더라도 그러한 사정만으로 조세형평에 반한다고 볼수 없는 점, ③ 이 사건 단서조항이 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되어 소득세법 제95조 제4항에 따라 1세대 1주택의 보유기간을 계산하게 되었으나, 그 부칙 제2조 및 개정이유문의 내용을 고려할 때 이는 이 사건 단서조항이 위법하다는 인식하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이 아니라, 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 조세정책적인 고려 및 입법자의 입법재량권 행사에 따른 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 단서조항이 조세법률주의에 위배된다거나 조세형평의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

원고는, 원고의 세대가 자녀의 치료 및 교육 목적으로 이 사건 제2 주택을 취득 및 양도하고 이 사건 제3 주택을 취득하고 이 사건 제1 주택을 양도하였을 뿐, 양도소득을 얻거나 투자할 목적에서 위와 같은 일련의 행위를 한 것이 아니어서 이 사건 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 한다는 취지로도 주장하나, 원고의 주장과 같이 양도소득을 얻거나 투자할 목적인지 여부를 살펴서 이 사건 단서조항의 적용 여부를 개별적으로 판단하는 것은 법문의 가능한 해석범위를 벗어날 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 예외적으로 엄격한 요건 아래에서만 양도소득에 대한 비과세가 가능하도록 규정한 소득세법에 정면으로 반하는 것이어서 받아들일 수 없다

라) 결국 피고가 이 사건 제1 주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제2 주택의 양도일로 보아 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.