대표자 초과보수액이 손금불산입되는 상여에 해당하는지 여부

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한 별지 1 기재 법인세 부과처분, 소득금액변동통지 및 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2018. 3. 2. 설립되어 플라스틱 성형 제조업 등을 하는 회사이다. 최AA는 BB 주식회사(이하 ‘BB’라 한다)의 실제 운영자이면서, 원고의 사내이사로서 대표자이자 주식 전부를 보유한 사람이다.

 나. 원고는 2018년부터 2019년 사이 반도체를 외부 충격, 전자파로부터 보호하는포장용구인 ‘트레이(tray)’, ‘○○ case[반도체 포장상자로 속상자(inner case), 겉상자(outer case)로 구성되고, 이하 ‘이 사건 제품’이라 한다]‘를 생산해 판매하였다. 원고는 2018년 사업연도에 8억 원, 2019년 사업연도에 13억 2,000만 원을 최AA에게 급여 명목으로 지급하였다.

 다. 서울지방국세청장은 원고의 2018년, 2019년 사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, ① 최AA에게 지급한 급여는 법인의 이익을 대표자에게 분여하기 위해 급여의 형식만 취했고 실질은 이익처분이라고 보아 매출액이 유사한 동종업체 중 대표이사 급여가 높은 상위 3개 업체의 대표이사 급여 평균액을 초과하는 금액을 손금불산입하고, ② 원고가 특수관계법인인 BB에 이 사건 제품의 제조용역을 무상 제공한 것에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 임가공료 상당액을 익금산입한 결의서 내역을 피고에게 통보하였다.

 라. 피고는 2021. 6. 3. 원고에 대하여 2018년 사업연도 법인세 271,288,590원, 2019년 사업연도 법인세 358,689,910원을 경정 처분하였고, 2021. 6. 4. 원고 대표자 최AA를 소득의 귀속자로 하여 2018년 귀속 785,332,453원, 2019년 귀속 1,236,033,258원의 소득금액변동통지를 하였다.

 마. 원고는 위 처분의 취지에 따라 2020년 사업연도에 최AA에게 지급한 급여 중 당해연도 비교업체의 급여 평균액을 초과한 1,192,166,667원을 손금불산입하고, BB에 무상 제공한 제조용역에 대한 임가공료 상당액 434,671,923원을 익금산입하여 2020년 사업연도 법인세 330,202,809원을 신고하였다.

 바. 원고는 2021. 9. 17. 위 마항 금액을 손금산입 및 익금불산입한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 법인세액(98,535,414원)과 신고한 법인세액(330,202,809원)과의 차액 231,667,395원에 대하여 경정청구를 하였다. 피고는 2021. 11. 30. 원고 회사의 경정청구를 거부하였다(이하 라항의 법인세 경정·고지, 소득금액변동통지, 바항의 경정청구 거부를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 하고, 구체적 내용은 아래 표 기재와 같다).

 사. 원고는 조세심판청구를 제기하였으나 2022. 8. 17. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 15호증(가지번호 있는 것은 가지번호포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

 가. 최AA는 제품 개발, 생산, 영업, 판매 등 원고 회사의 업무 전반을 총괄하였고, 매출액 증대에 결정적 기여를 하였다. 이 사건 급여는 최AA의 업무수행에 대한 대가로 정당하게 지급된 것이다. 이 사건 급여 전부가 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 손금산입의 대상이 됨에도, 초과급여 명목 금액을 손금불산입한 것은 위법하다.

 나. BB는 원고 공장 일부를 임차하여 이 사건 제품을 직접 생산하였을 뿐, 원고로부터 임가공 용역을 무상으로 제공받은 사실이 없다. 피고가 임가공료 명목 금액을 익금산입한 것은 위법하다.

 3. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

 4.이 사건 처분의 위법성에 관한 판단

  1) 관련 규정 및 법리

  법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되나, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적․계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 참조).

  2) 구체적 판단

  앞서 인정한 사실, 갑 제4, 12 내지 14, 16, 17호증, 을 제3, 4, 9 내지 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 최AA의 급여가 법인에 유보된 이익을 분여하기 위해 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보기 부족하다. 이 사건 처분 중 초과급여 명목 금액의 손금불산입에 기초한 부분은 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

   가) 피고는 조사 당시 동일한 업종 중 매출액이 유사한 업체를 선별한 후, 대표

자 급여액 상위 3개 업체의 최근 3년간 평균 급여와 최AA의 급여의 차액을 초과급여로 산정하였다. 피고가 밝힌 각 업체의 2018년 총수입금액, 대표자 급여 차감 전 영업이익, 대표자급여 3개년 평균, 대표급여비율 등은 아래와 같다.

  나) 위와 같은 비교가 타당성을 가지려면 각 사업체들이 수행하는 영업의 종류가 원고와 실질적으로 유사함은 물론, 회사의 규모, 지배구조 및 경영 현황, 영업이익률, 대표자의 기여가 어느 정도 대등해야 하는데, 피고가 제출한 자료만으로는 위 업체들이 비교 대상으로 적절한지 불분명하다(피고는 업체명을 공개하지 않았고, 이 사건 변론 과정에서 급여액 상위 3개 업체의 급여내역, 법인등기부상 사업목적, 업종코드와 연도별 매출액 등을 밝혔으나 그로부터 위 요소들을 추단할 수 없는 것은 마찬가지이다). 원고와 급여액 상위 3개 업체 모두 매출이 ‘포장용 플라스틱 성형용기 제조업’에서 발생하였으나, 포장용 플라스틱 성형용기의 용도와 종류가 다양한 만큼 그것만으로 대표 급여의 적정성을 비교하기에 충분치 않다.

   다) 원고의 전체 영업이익에서 최AA의 급여가 차지하는 비율은 3개년 평균 약 65%인데, 위 동종업종 매출액 기준 유사업체 중 2곳도 그 비율이 60%에 가깝다. 원고의 영업이익률이 비교 대상 업체들보다 훨씬 높다는 점까지 고려한다면, 단지 영업이익에서 대표의 보수 비중이 크다는 사정만으로 정상적인 급여가 아니라고 단정하기에 부족하다.

 나. 이 사건 임가공료를 익금산입한 것이 적법한지 여부

  1) 관련 규정의 내용

  과세관청은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다(구 법인세법 제52조 제1항). 제1항 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다(위 법 제52조 제4항). 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 본문은 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’ 중 하나로 ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’를 규정한다.

  2) 구체적 판단

 앞서 든 증거들, 갑 제5 내지 11, 18 내지 23호증, 을 제2, 5 내지 8호증의 기재

와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정을 종합하면, 원고는 특수관계법인인 BB에 단순히 작업장 일부를 임대한 것이 아니고 이 사건 제품의 제조용역을 무상 제공하였음이 인정된다. 이는 부당행위계산 부인에 따른 익금산입 대상에 해당하므로, 이 사건 처분 중 임가공료 상당액을 익금산입한 부분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

   가) 원고와 BB는 2021. 3. 18. 조사청에 ‘임가공 관련 경위서’를 제출하였다. 그 내용에 의하면, 2018년 3월경 BB는 작업장 크기 등 문제로 거래처의 주문량에 맞춰 이 사건 제품을 직접 생산하기가 힘들었고, 원고는 이 사건 제품 제작에 특화된 생산공정을 갖추어 대량 생산이 가능했기 때문에 이를 전담하여 생산하였고, 2020년 3월경부터 BB가 속상자(inner case) 부분을 직접 생산할 때까지 이러한 생산 체계를 유지하였다.

   나) 최AA는 2021년 4월경 “원고는 2018년부터 2019년까지 각 사업연도에 BB가 ㈜코스탯아이앤씨에 납품하는 ‘○○ Case’를 임가공하였으나, 특수관계자인 BB에 무상으로 용역을 제공하였다”는 취지로 확인서를 작성하였고, 위 확인서상 미수취한 임가공료는 849,320,528원(2018년 444,070,240원, 2019년 405,250,288원)이다(을 제3호증). 위 확인서는 원고의 세무대리인이 입회하여 작성되었다.

   다) 원고가 밝힌 BB에 대한 임가공 용역 제공 경위는 조사청의 조사결과로도 뒷받침된다. 2018년에서 2019년 사이 원고와 BB는 이 사건 제품을 비슷한 양으로 생산하여 판매한 것으로 기록되어 있는데, 원고는 BB보다 생산에 투입한 인원이 많았고, 제조에 필요한 재단·절곡기도 많이 보유하고 있었다. BB의 경리·회계 담당 직원 이영주의 진술에 의하면, 이 사건 제품 생산과 재고에 관한 정확한 자료는 원고 직원 최유진이 보유했고, 이영주는 납품에 필요한 연간 출고분 정도의 정보만 파악하고 있었다.

   라) 원고는, 피고가 내세우는 생산기록(‘EC CASE/KT CASE 재고 현황’) 파일은 편의상 생산날짜를 임의로 구분하여 관리한 것으로서 신뢰하기 어렵고, BB와 원고는 생산 능력에 차이가 없었으며, 이영주의 진술 또한 믿기 어렵다는 취지로 주장한다. 그러나 원고와 BB가 비슷한 규모의 인력을 투입하였다는 점을 뒷받침하기 위하여 제출된 갑 제9, 10호증만으로는 원고와 BB가 유사한 규모의 인력을 투입하였다고 인정하기 부족하다(갑 제9호증은 원고에 대한 임금청구 서류로서 인력공급 상대방으로 원고와 BB가 모두 기재되어 있고, 갑 제10호증은 BB에 대한 임금청구 서류로서, 이 사건 제품이 아니라 반도체 트레이를 생산하는 인원들인 것으로 보인다. 한편 원고가 제출한 일용직 인건비 금액과 세금계산서 공급가액이 완전히 일치하지도 않는다). 보유한 재단·절곡기 등 기자재의 숫자 역시 원고의 주장이 현장 조사결과 촬영된 사진과 일치하지 않는 등 원고의 주장을 그대로 받아들이기 어렵다.

 다. 취소의 범위

과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 또한 경정거부취소소송에 있어서도 적법한 세액을 산출할만한 자료가 없다면 위 법리에 따라 법원은 경정거부처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그에 따른 불이익은 처분청인 피고가 부담하게 된다. BB에 제공한 임가공 용역대가를 익금산입한 부분은 적법하고, 최AA의 초과급여 명목 금액을 손금불산입한 부분은 위법하다. 이 사건 처분 중 임가공료를 익금산입하여 계산한 정당한 세액을 초과하는 부분이 위법하여 취소되어야 할 것이나, 당사자들이 제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 위와 같은 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로 이 사건 처분 전부를 취소한다.

5. 결론

 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.