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판례 / 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함
판례 정보 서울행정법원 일반행정

이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함

원고는 2016년 제1기 및 제2기에 bbb과 ccc으로부터 수취한 세금계산서와 관련하여 부가가치세 부과처분 취소를 구하였다. 피고는 bbb이 발행한 세금계산서와 ccc이 발행한 세금계산서가 실물거래 없이 발행되었거나 사실과 다른 세금계산서라고 보아 매입세액을 부인하고 부가가치세를 경정·고지하였다. 법원은 이 사건 각 세금계산서가 용역 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었고, 원고가 실제 용역 공급을 인정할 만한 증거를 충분히 제출하지 못하였다고 보았다. 이에 따라 원고의 청구를 모두 기각하였다.

서울행정법원-2022-구합-87788 2023.09.05 마지막 업데이트 2026.06.04

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2022-구합-87788
사건구분
구합
선고일
2023.09.05
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 이 사건 제1세금계산서가 실제 홈페이지 및 보안 웹메일 시스템 구축 용역 공급에 따른 세금계산서인지 여부
  • 이 사건 제2세금계산서가 가공거래에 따른 세금계산서인지 또는 원고 주장처럼 위장거래에 따른 세금계산서인지 여부
  • 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지에 관한 증명책임의 귀속과 전환 여부
  • 원고가 제출한 계약서, 확인서, 계좌거래내역 등이 실제 용역 공급을 인정하기에 충분한지 여부
  • 비정상적인 자금 이체 및 현금 출금·입금 내역을 실물거래 존재 여부 판단에서 어떻게 평가할 것인지 여부

판례 포인트

  • 세금계산서의 필요적 기재사항이 실제 공급 주체, 공급받는 주체, 가액, 시기 등과 일치하지 않으면 사실과 다른 세금계산서에 해당할 수 있다.
  • 과세관청이 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점을 상당한 정도로 증명한 경우, 실제 용역 공급 및 비용 지출에 관한 자료를 제시하기 쉬운 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다.
  • 계약서상 금액과 실제 지급액이 불일치하고, 계약서에 서명·날인이 없으며, 거래 경위에 관한 당사자 진술이 불일치하는 경우 실물거래 인정에 불리하게 평가될 수 있다.
  • 거래대금이 여러 관련자 계좌를 거쳐 반복적으로 이체되거나 현금 출금되어 사용처 추적이 어려운 경우, 실제 공급대가인지 의심할 사정으로 고려될 수 있다.
  • 주변인의 확인서나 현금거래 주장만으로는 객관적 금융증빙을 대체하기 어렵다.
  • 거래상대방 대표자가 실제 거래 세금계산서가 아니라고 확인하고 수정신고를 한 사정은 사실과 다른 세금계산서 판단의 근거가 될 수 있다.
  • 납세자가 세무조사 단계의 진술과 조세심판·소송 단계의 주장을 달리하는 경우 그 주장의 설득력이 낮게 평가될 수 있다.

자주 묻는 질문

Q 용역 공급 없이 발행된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있나요?

A 서울행정법원은 이 사건 각 세금계산서가 용역의 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보았습니다. 이에 따라 실제 용역 공급이 있었다는 점은 원고가 증명할 필요가 있었지만, 제출된 증거만으로는 이를 인정하기 부족하다고 판단했습니다.

Q 사실과 다른 세금계산서라는 점의 증명책임은 누구에게 있나요?

A 판결은 원칙적으로 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점은 과세관청이 증명해야 한다고 보았습니다. 다만 과세관청이 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점을 상당한 정도로 증명한 경우에는, 실제 비용 지출이나 용역 공급이 있었다는 점을 장부와 증빙으로 제시하기 쉬운 납세자가 증명할 필요가 있다고 판단했습니다.

Q 계약서 금액과 실제 입금액이 다르면 세금계산서의 실제 거래 인정에 불리한가요?

A 이 사건에서 법원은 원고가 bbb에 입금한 금액이 계약서상 계약금액과 일치하지 않는 점을 실제 거래 인정에 불리한 사정으로 보았습니다. 또한 원고가 제시한 일부 S/W 공급계약서에 당사자의 서명·날인이 없다는 점도 고려했습니다. 이런 사정들은 세금계산서 기재 공급대가가 실제 거래에 부합하는지 의심하게 하는 요소로 평가되었습니다.

Q 복잡한 자금 이체와 현금 출금 내역은 허위 세금계산서 판단에 영향을 주나요?

A 법원은 원고와 bbb 및 관련자들 사이에서 여러 차례 이체와 현금 출금이 반복된 금융거래가 일반적인 상거래 내역으로 보이지 않는다고 판단했습니다. 특히 일부 금액이 관련자 계좌를 거쳐 현금으로 출금되고, 비슷한 시기 원고 대표자 개인계좌로 현금이 입금된 사정을 실제 거래처럼 보이기 위한 금융거래로 의심했습니다.

Q 주변인의 확인서만으로 현금 차용이나 변제 사실을 입증할 수 있나요?

A 이 사건에서 원고는 대표자 개인계좌에 입금된 현금이 지인들로부터 차용하거나 변제받은 돈이라고 주장하며 확인서 등을 제출했습니다. 그러나 법원은 큰 금액의 현금거래를 객관적으로 뒷받침할 증거가 부족하고, 확인서가 주변인들의 진술에 그친다고 보아 원고의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단했습니다.

Q 실제 공급자가 세금계산서 발행자와 다르다는 위장거래 주장은 어떻게 판단되었나요?

A 원고는 ccc으로부터 받은 제2세금계산서가 가공거래가 아니라 실제 용역은 bbb이 제공한 위장거래라고 주장했습니다. 그러나 원고 대표자가 ccc 대표와 연락한 적이 없고 별도 계약서도 없다고 진술한 점, ccc 대표가 실제 거래 세금계산서가 아니라는 확인서를 작성하고 수정신고를 한 점 등이 고려되었습니다. 법원은 제출 자료만으로 위장거래라고 보기 어렵다고 판단했습니다.

Q 서울행정법원 2022구합87788 사건에서 부가가치세 부과처분 취소 청구는 인정되었나요?

A 서울행정법원은 2023년 9월 5일 원고의 부가가치세 부과처분 취소 청구를 모두 기각했습니다. 법원은 이 사건 각 세금계산서가 용역 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었고, 원고가 실제 용역 공급을 충분히 입증하지 못했다고 보았습니다.

판결 내용

  • 부가
이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함 국승
  • 서울행정법원-2022-구합-87788
  • 귀속년도 : 2023
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2023.09.20.
  • 생산일자 : 2023.09.05.
  • 진행상태 : 진행중
관련 주제어
영수증 실질과세
관련 법령
부가가치세법 제32조 국세기본법 제14조
요지 판결내용 상세내용

요지

이 사건 각 세금계산서는 용역의 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것으으로, 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 점에 관하여는 원고가 이를 증명할 필요가 있는데, 원고가 제출한 증거들만으로는 이러한 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2022구합87788 부가가치세부과처분취소

원 고

aaa

피 고

구로세무서장

변 론 종 결

2023. 07. 18.

판 결 선 고

2023. 09. 05.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다

청구취지

피고가 원고에게 한 2021. 8. 5.자 2016년 1기분 귀속 부가가치세 xxx,xxx,xxx원

및 2021. 8. 1.자 2016년 2기분 귀속 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 각 부과처분을 모두

취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 데이터베이스 및 온라인 정보제공업을 목적으로 하는 법인이다.

나. 서초세무서장은 2020. 7. 20.부터 2020. 10. 20.까지 주식회사 bbb(이

하 ‘bbb’이라 한다)에 대한 2016년 제1기부터 2016년 제2기까지 법인제세통

합조사를 실시한 결과, bbb이 원고에게 발행한 2016년 제1기 공급가액

xxx,xxx,xxx원의 세금계산서 1건, 2016년 제2기 공급가액 합계 xxx,xxx,xxx원의 세금계

산서 3건, 총합계 xxx,xxx,xxx원의 세금계산서 4건(이하 ‘이 사건 제1세금계산서’라 한

다)은 실물거래 없이 발행된 것이라고 보고 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 2021. 4. 13.부터 2021. 6. 5.까지 원고에 대한 2016년 제2기 부가가치

세 세목별조사를 실시한 결과, 원고가 주식회사 ccc(이하 ‘ccc’이라 한다)으로부터

받은 공급가액 합계 xxx,xxx,xxx원의 세금계산서 1건(이하 ‘이 사건 제2세금계산서’라

하고, 이 사건 제1세금계산서와 합하여 ‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다)은 사실과

다른 세금계산서라고 보았다.

라. 피고는 위 통보 및 조사 결과에 따라 아래 표와 같이 2021. 8. 1. 2016년 제2기

분 부가가치세 xxx,xxx,xxx원을, 2021. 8. 5. 2016년 제1기분 부가가치세

xxx,xxx,xxx원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).1)

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 10. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으

나, 2022. 9. 7. 기각결정을 받았다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 각 세금계산서는 아래와 같이 실제 거래를 수반한 것이므로, 이와 다른 전

제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

1) 원고는 bbb으로부터 홈페이지 구축과 정보보호 웹메일 서버 개발용역등을 받고 이

사건 제1세금계산서를 수취하였다.

2) 이 사건 제2세금계산서는 실물거래를 수반한 ‘위장거래’이므로 ‘가공거래’로 볼

수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 bbb에서 근무하는 ddd을 통해 2016. 6. 1. bbb과 홈페이지 및 보안

웹메일 시스템 구축을 위하여 계약금액을 5천만 원으로 정하여 용역계약을

체결하였다(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다).

2) 원고의 대표자 eee에 대한 피고 측의 심문조서의 주요 내용은 아래와 같다

문) 주식회사 fff과 주식회사 bbb은 2016. 6. 1. 계약기간 2016. 6.1.부터 2016. 11. 30.까지

홈페이지 및 보안 웹메일 시스템 구축 목적으로 계약금액

xx,xxx,xxx원 표준계약서를 작성하였습니다. 이는 어떻게 진행되었나요.

답) 정상적으로 진행하였습니다.

문) 2016. 3. 1. 작성한 표준계약서와 2016. 6. 1. 작성한 표준계약서는 어떤 차이가 있나

요?

답) 2016. 3. 1. 계약서 작성 후 추가비용이 발생하여 2016. 3. 1.2) 추가계약을 하게 되었

습니다. 2016. 3. 1. 계약한 정보보안컨설팅 인력파견 계약과 2016. 6. 1. 계약은 동일 업

무에 대한 것입니다.

문) 2016. 6. 1. 추가비용으로 계약서를 작성하였다면 추가비용 금액을 추산한 근거자료는

있나요?

답) 산출은 하였으나 자료는 없습니다.

문) 2016. 6. 1. 작성한 홈페이지 및 보안웹메일 시스템 구축 표준계약서와 달리 2016. 6.24.

웹메일서버구축 및 개발용역, 발주금액 xxx,xxx,xxx원 발주서를 bbb에 보냈는데 표준계약서

계약금액 xxx,xxx,xxx원에서 발주금액 xxx,xxx,xxx원으로 변경한 사유는무엇이며, 이에 대한

근거자료는 있나요?

답) 개발과정에서 기능을 추가하여 계약금액을 변경하였습니다. 구체적 자료는 남아 있지

않습니다.

문) 웹메일 개발이 무엇인가요?

답) 네이버나 카카오에서 제공하는 오픈메일 서비스와 달리 기관, 조직 특성에 맞춰 보안기

능을 강화하여 제공하는 겁니다.

문) 웹메일을 개발하고 매출은 얼마나 발생하였나요?

답) 보안컨설팅 서비스 일환으로 활용하였기에 웹메일 관련 매출은 없습니다.

문) bbb이 개발한 웹메일(스마트 메일러 4.0) 솔루션을 공급받은 것으로 2016. 9.

26. 작성한 스마트메일러 정품공급확약서를 제출하였습니다. 이는 별도 가액을 지불하고

공급받은 것인가요?

답) 개발계약의 일환으로 지급받은 것으로 별도 금액을 지급하지 아니하였습니다.

문) 2016. 7. 1. 작성한 전자세금계산서에 따르면 웹메일서버구축 및 개발 관련하여 공급

대가가 xxx,xxx,xxx원으로 확인됩니다. 발주금액 xxx,xxx,xxx원과 차이는 무엇 때문인가

요?

답) 특정 기능에 대하여 향후에 개발하기로 하고 가액을 조정하였을 겁니다.

문) 2016. 12. 9.부터 2017. 1. 4.까지 입금일자 기준 13일간 990,000원 1회, 1,000,000

원 5회, 5,000,000원 19회, 11,000,000원 1회, 15,000,000원 2회, 19,000,000원 2회로

합계 30회, 179,990,000원을 현금 입금한 것으로 확인됩니다. 20,000,000원 이하 금액으

로 30회 분산하여 현금 입금한 사유는 무엇인가요?

답) 배우자 모르게 입금하려 분산하여 입금하였습니다.

문) 현금 입금액 179,990,000원의 자금원천 관련 증빙으로 xxx의 100,000,000원 변제

사실 확인서, xxx의 30,000,000원 차용 사실 확인서, xxx의 15,000,000원 차용 사실 확인서,

xxx의 15,000,000원 차용 사실 확인서, xxx의 50,000,000원 변제 사실확인서, xxx의

50,000,000원 변제 사실 확인서를 제출하였습니다. 위 거래는 모두 현금거래라는 건가요?

답) 네 물론입니다.

문) 현금거래라면 차용 및 상대방이 변제한 금액에 대하여 언제, 얼마를 현금수령을 하였는

지 확인할 증빙은 있나요?

답) 기록하며 현금을 주고받지는 않았습니다. 딱 다섯 명이고 그때그때 주고받았던 기록을

암기를 하였기에 바로 기록으로 남기지 않았습니다.

문) bbb에 대하여 서초세무서에서 조사하며 작성한 xxx의 심문조서에 "청구법

인에 2016. 10. 20. 160,000,000원의 자금이 입금된 후 2016. 10. 20. 2회에 걸쳐 케이

아이디엔의 국민은행 계좌로 입금된 후 2016, 10. 27. 매출처인 ccc의 농협은행 계좌로

147,900,000원이 이체된 후 2016. 10. 31. ccc으로부터 133,110,111원이 bbb

에 입금되고, xxx과 xxx에게 각각 50,000,000원 이체하였으며 동 자금이 직원들의

계좌를 통해 돌고 돌아 2016. 12. 9. 국민은행 xxx지점에서 ggg이 내방하여 1

억 원을 현금으로 출금"하였다는 내용이 있습니다. ggg은 bbb의 직원으로 ddd의 지시에 따라

2016. 12. 9. 1억 원을 현금출금하였습니다. bbb의 직원이 ddd의 지시에 따라 현금 출금한

1억 원을 국민은행 계좌(계좌주 eee)의 2016. 12. 9.부터 2016. 12. 20.까지 입금한 금액 및

시기가 일치합니다. bbb으로부터 1억 원 현금을 돌려받아 본인계좌로 입금한 것 아닌가요?

답) 아닙니다. 그런 사실 없습니다.

문) bbb 국민은행 계좌에서 2016. 12. 28. 2회 4천만 원 합계 8천만 원 현금출

금된 것으로 확인됩니다. bbb 계좌에서 현금출금한 8천만 원은 본인 계좌의

2016. 12. 29.부터 2017. 1. 4.까지 입금한 금액 79,990,000원과 1만 원 차이로 금액 및

시기가 거의 일치합니다. bbb으로부터 8천만 원을 돌려받아 본인 계좌로 입금한

것 아닌가요?

답) 아닙니다. 그런 사실 없습니다.

문) 본인 계좌로 bbb 직원 xxx로부터 2017. 1. 6. 5백만 원, 2017. 1. 9. 5백만 원, 2017.

2. 13. 4백만 원, 2017. 4. 11. 4백만 원 합계 18백만 원 입금된 것이 확인됩니다. 이는

무엇인가요?

답) 제가 검수하는 과정에서 산출물 대비 과다한 지출이라 되돌려 받았습니다.

3) bbb에서 근무하는 ddd에 대한 피고 측의 심문조서 중 주요 내용은

아래와 같다.

문) [㈜bbb과 ㈜fff의 금융거래내역을 진술자에게 보여주며 조서 말미

에 첨부하기로 하고] 인력파견 계약서 내용과 다르게 ㈜fff으로부터 2016. 6.

27. 3천만 원, 2016. 6. 28. 7천만 원이 각각 입금되었는데 입금된 내용에 대하여 설명하

여 주세요.

답) 3천만 원은 인력파견업무에 대한 대가이며 구두상 합의에 의해서 인력파견업무가 종료

되었습니다. 7천만 원은 보안웹메일 라이선스 사용대가입니다. 7천만 원에 대한 계약서는

없습니다.

문) bbb과 청구법인의 금융거래에 대하여 질문하겠습니다. 청구법인에서 2016.

6. 27. 3천만 원과 2016. 6. 28. 7천만 원의 자금이 bbb의 국민은행 계좌

(860601-**-***259)로 입금된 후 bbb의 직원이며 주식회사 hhh의 대표인 iii의 SC제일은행

계좌(2016. 6. 28. 신규개설, 427-**-***552)로 2016. 6.28. 1억 원을 송금하였고 2016.

6. 29. iii은 SC제일은행을 내방하여 전액 현금출금하고 동 금액을 당시 bbb의 본부장인

ddd의 배우자이며 직원인 xxx의 SC제일은행 계좌(427-**-***196)로 2016. 6. 29.

현금입금하였으며, xxx는 직원인 xxx의국민은행 계좌(860601-**-***217)로 2016. 6. 30. 동

1억 원을 이체하였고 xxx는 2016. 7. 1. 역시 직원인 xxx의 국민은행계좌

(201301*****622)로 3회에 걸쳐 1억 원을 이체하였으며, 동 금액을 xxx은 본인의 국민은행

계좌(086602-**-***558)로 이체한 후 2016. 7. 4. 역시 직원인 ggg의 국민은행 계좌

(805502-**-***802)로 3회에 걸쳐 재이체하였고, ggg은 2016. 7. 5. 국민은행 창구에서

현금으로 1억 원을 출금하여 6천만 원은 본인 계좌에 입금한 후 즉시 bbb의 국민은행 계좌

(860601-**-***259)에 송금하였으며, 4천만 원은 hhh의 신한은행 계좌(1400*****265)로

송금한 후 동 4천만 원이 bbb의 국민은행 계좌(860601-**-***259)에 입금되었고 bbb은 2016. 7. 6. ggg의 국민은행 계좌(805502-**-***802)에 6천만 원을 송금하였으며, 2016.

7. 6. ggg은 국민은행 창구에서 현금으로 본인에게 입금된 6천만 원과 bbb의 국민은행 계좌

(860601-**-***259)에서 4,100만 원을 현금으로 출금하였습니다. 동 1억 원의 자금을

12회에 걸쳐 돌린 후 현금으로 출금한 이유는 무엇인가요

답) iii 대표가 법인을 설립하는 과정에서 나머지 사람들도 법인을 설립하기 위하여 잔

고증명서가 필요하여 돈을 이체하였습니다. 회계는 당시에 xxx이 담당을 해서 제가 정확

히는 모르겠습니다. 자금의 흐름은 xxx의 판단으로 인한 것입니다. 4천만 원이 bbb에 입금된

것은 hhh에 소프트웨어 개발을 해준 대가입니다.

문) 청구법인에 2016. 10. 20. 1억 6천만 원이 입금된 후 2016. 10. 20. 2회에 걸쳐 케이

아이디엔의 국민은행 계좌(860601-**-***259)로 입금되었고, 2016. 10. 27. 매출처인

ccc의 농협은행 계좌(35500*****843)로 147,900,000원이 이체된 후 2016. 10. 31. ccc

으로부터 133,110,000원이 bbb에 입금되었으며, xxx과 xxx에게 각각 5천만 원을 이체하였고

동 자금이 직원들의 계좌를 통해 돌고 돌아 2016. 12. 9. 국민은행 xx지점에 ggg이 내방하여

1억 원을 현금으로 출금하는 등 법인자금을 추적이 불가능한 현금으로 출금한 이유는

무엇인가요.

답) 147백만 원은 대여금이었고 대부분 돌려받은 것으로 알고 있습니다. 제가 1억 원을 현

금으로 찾도록 지시하였습니다. 사용처에 대해서는 6월의 1억 원 출금은 잘 모르겠고 12월

의 1억 원 출금 역시 사용처를 잘 모르겠습니다.

라. 판단

1) 관련 법리

가) 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같

다) 제39조 제1항 제2호는, ‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우

또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지

의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가

적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지

아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 기재사항은

‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호), 공급받는 자의 등록번호(다만,

공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로

정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호, 제2호), 공급가액과

부가가치세액(제3호),작성 연월일(제4호)’이다.

그리고 여기서 ‘사실과 다르다’의 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·

행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상

귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조

제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에

관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화

또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지

아니하는 경우를 가리킨다고 할 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등

참조).

나) 한편 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다

는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원 2009. 6. 23. 선고

2008두13446 판결 등 참조), 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이

과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납

세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명

된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를

제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고

2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 갑 제5, 8, 10 내지 13, 15 내지 18호증, 을

제6, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정

을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 세금계산서는 용역의

공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이다. 그렇다

면 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 점에 관하여는 원고가 이를 증명할 필요가 있

는데, 원고가 제출한 증거들만으로 이러한 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정

할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

가) 이 사건 제1세금계산서의 경우

1) 원고가 bbb에 입금한 1억 원은 이 사건 계약서의 기재(계약금액

5,000만 원)와 일치하지 않는다. 또한 원고가 bbb에 입금한 1억 6,000만 원과

관련하여 원고는 S/W 공급계약서를 제시하였으나 해당 계약서는 당사자의 서명·날인

이 존재하지 않는 서류이다(을 제6호증).

2) bbb은 홈페이지 구축비용으로 기본형 80만 원, 웹메일을 포함한 고

급형은 150만 원으로 하여 용역을 제공한 바도 있었던 것으로 보인다(을 제4호증, 17,

18면). 홈페이지 및 보안 웹메일 구축 용역과 관련하여 이 사건 제1세금계산서에 기재

된 공급대가인 xxx,xxx,xxx만 원은 위 금액과 비교하여 현저히 큰 금액이어서 위

공급대가가 사실에 부합하는 대가로 기재된 것인지 의문이다.

3) 이 사건 제1세금계산서와 관련한 용역의 내용, 용역대가, 거래 경위 등에 대

한 원고의 대표자, 거래상대방(bbb 대표자 ddd)의 진술이 서로 다른데, 이

는 이 사건 제1세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 볼 만한 또 다른 근거가

된다.

4) 그리고 공급대가 xxx,xxx,xxx원과 관련하여 아래와 같이 원고와 bbb을 비롯한

관련자들에 의해 실제 거래가 있었던 것처럼 보이기 위한 금융거래가 수

시로 이루어졌고, 이는 일반적인 상거래에 해당하는 금융거래내역으로 보이지 않아 해

당 금액이 실제 사실에 부합하는 공급대가인지 의심스럽다.

우선, xxx,xxx,xxx원 중 1억 원의 경우 원고로부터 bbb 계좌로 xxx,xxx원이 입금된

뒤(2016. 6. 27. xxx,xxx 원, 2016. 6. 28. xxx,xxx원), bbb계좌에서 bbb 직원 등

관련인 계좌로 수차례에 걸쳐 현금 출금 내지 이체 등이 반복적으로 이루어지다가

최종적으로 전액 현금으로 출금하여 그 사용처에 대한 추적을 피하였다(을 제4호증

25, 26면 참조).

다음으로, 나머지 xxx,xxx,xxx원 부분과 관련하여 보건대, bbb 명의의 계좌에서 해당

금액과 상응하는 정도의 금액 즉, 2016. 12. 9. 1억 원, 2016. 12.28. xxx,xxx,xxx원이

각 현금으로 출금되었고, 원고의 대표자 eee 명의의 개인계좌로

2016. 12. 9.부터 2017. 1. 4.까지 현금 xxx,xxx,xxx원(2016. 12. 9.부터 2016. 12.

20.까지 16회에 걸쳐 xxx원이 입금되었으며, 2016. 12. 29.부터 2017. 1. 4.까지

14회에 걸쳐 xxx원이 입금되었다)이 입금된 것으로 보아, bbb 명의의 계좌에서

출금된 현금xxx,xxx 원이 다시 원고 대표자 eee 명의의 개인계좌로 흘러 들어

간 것으로 의심된다(을 제4호증 23, 24면).

마지막으로, bbb 직원 명의의 계좌에서 원고 대표자 eee 명의의

계좌로 송금된 금액도 xxx,xxx원이나 되고, 이에 대하여 eee는 과다지출된 금액을

되돌려 받은 것이라고 세무조사 당시 진술하였는데, 위 거래내역이 bbb의 원고에 대한

공급대가에서 공제되었다는 자료는 찾아볼 수 없다.

5) 한편 원고는 eee 명의의 개인계좌로 입금된 xxx,xxx원은 bbb과 무관한 자금이고

원고의 지인들로부터 차용한 것이라거나 변제받은 대여금이라고주장하고 이를

뒷받침하는 증거로 갑 제15호증의 1 내지 5, 갑 제16호증을 제출하였

다. 그러나 원고의 주장은 위 금액에 관한 거래가 모두 현금으로 이루어진 것을 전제

로 하고 있는데 해당 금액의 규모(각 확인서상 기재 금액은 모두 xxx,xxx,xxx원

이상이다)로 보아 이를 신뢰하기는 어려운 점, 위 현금거래 사실을 증명할 만한

객관적인 증거도 제출하지 않았고, 이 사건 소송에서 제출한 갑 제15호증의 1 내지

5(확인서)는 원고의 앞서 본 주장을 되풀이하는 정도에 그치는 주변인들의 진술이

기재된 서류에 지나지 않아 객관적인 증거자료로 보기 어려운 점(갑 제16호증은 원고

주변인들 중 xxx,xxx,xxx 명의의 각 계좌 거래내역이기는 하나, 그것만으로 해당

계좌에서 인출된 금액이 eee 명의의 개인계좌로 귀속되었다고 볼 수 없을뿐더러,

xxx,xxx 명의의 각 계좌 거래내역서 상의 현금 인출금액은 위 갑 제15호증의 1, 2,

3의각 확인서상에 기재된 금액에 크게 미치지 못하고, 그 시기도 부합하지 않는다)

등을 앞에서 본 사정에 더하여 고려할 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

나) 이 사건 제2세금계산서의 경우

1) 원고의 대표자 eee 자신도 이 사건 제2세금계산서와 관련하여 ccc의 대표자인

xxx과 연락한 적이 없고, 이에 관하여 별도의 계약서는 없다고 진술하고 있

다(갑 제14호증 20, 21, 22면).

2) ccc의 대표 xxx은 2021. 2. 26. 이 사건 제2세금계산서는 실제 거래 세금

계산서가 아니고 이를 전제로 부가가치세 수정신고서를 제출한다는 취지의

확인서를작성하였고(을 제7호증), 실제로 이러한 취지대로 2016년 제2기 부가가치세

수정신고서를 제출하였다(을 제8호증).

3) 원고는 ccc으로부터 이 사건 제2세금계산서를 수취하였으나 실제 용역은

bbb으로부터 제공받았으므로 해당 용역과 관련한 거래는 ‘가공거래’가 아닌 ‘위

장거래’3)라 주장한다. 원고는 당초 세무조사 당시 ‘웹메일 솔루션에 대하여 별도의 금

액을 지급한 적이 없고 보안컨설팅 서비스 일환으로 활용하였기에 웹메일 관련 매출은

없다’는 취지로 진술했었는데, 이후 조세심판 및 이 사건 소송에서 웹메일 보안시스템

구축 및 개발 관련 용역의 대가로서 이 사건 제2세금계산서상의 공급가액을 지급하였

다고 주장하는 것은 설득력이 떨어지는 점, 달리 해당 용역과 관련된 거래가 ‘위장거

래’라고 볼 만한 객관적인 증거가 제출되지 않은 점 등을 앞에서 본 사정에 더하여 고

려할 때, 원고가 제출한 자료만으로는 위 용역과 관련된 거래가 ‘위장거래’에 해당된다

고 보기도 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

부가가치세법 제32조 국세기본법 제14조 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 구 부가가치세법 제32조 제1항 제1호 구 부가가치세법 제32조 제1항 제2호 구 부가가치세법 제32조 제1항 제3호 구 부가가치세법 제32조 제1항 제4호 대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결

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