매입처 대손세액공제로 인한 과세처분의 당부

상세내용

1. 처분의 경위

가. AAA산업 주식회사(2018. 10. 30. BBB 주식회사에 흡수합병되었다. 이하 ‘원고’라 한다)는 건설업 등을 영위할 목적으로 설립되었는데, 건설경기 침체 등으로 재정적 파탄상태에 이르게 되자 2015. 3. 31. 서울중앙지방법원 파산부에 회생절차개시 및 회사재산 보전처분⋅금지명령을 신청하였다.

나. 원고는 2016. 1. 20. 서울중앙지방법원 OO로 회생계획인가결정(이하‘원회생계획인가결정’이라 한다)을 받았고, 이후 변경회생계획안을 제출하여 2017. 12. 20. 변경회생계획인가결정을 받았는데, 원고의 각 회생계획인가결정의 내용은 아래 <표1> 같다. 원고는 원회생계획인가결정에 따라 출자전환된 주식을 전량 무상소각하였다.(원회생계획에 따라 출자전환된 주식은 6대1로 주식병합된 후, 변경회생계획에 따라 전량 무상소각되었다.)

다. 한편, 원고에게 재화 등을 공급하였으나 대가를 지급받지 못하고 있던 일반거래처 18개 업체 및 특관자거래처 2개 업체는 원고에 대한 매출채권에 대하여 2015년 제2기분은 ‘부도발생일로부터 6개월 이상 경과한 어음상의 채권’을 사유로, 2016년 제1기분은 채무자회생 및 파산에 관한 법률(이하 ‘채무자회생법’이라 한다)에 따른 회생계획인가 결정 등을 사유로 대손세액 합계 1,340,643,140원을 매출세액에서 공제해 달라는 경정청구를 제기하여 부가가치세를 환급받았고, 구체적인 대손세액 공제 내역은 아래 <표 2>와 같다(이하 거래처들이 환급받은 감액경정 처분을 ‘이 사건 선행처분’이라 한다).

라. 피고는 이 사건 선행처분에 따라 2019. 11. 8. 원고에게 2015년 제2기 부가가치세 XX원 및 2016년 제1기 부가가치세 XX원을 경정⋅고지하였는데, 위 처분의 구분은 아래 <표 3>과 같다. 원고는 위 처분에 불복하여 2020. 1. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 4. 22. 위 심판청구를 기각하였다.

마. 한편, 피고는 이 사건 소송계속 중 제1부과처분 가운데 CCC에 대한 대손세액 공제액 XX원, DDD에 대한 대손세액 공제액 XX원, EEE에 대한 대손세액 공제액 5,155,705원, FFF에 대한 대손세액 공제액 중 일부인 XX원 및 제2부과처분을 직권으로 취소하였다(이하 위 처분 중 직권 취소되

고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 3, 6, 10 내지 13호증(가지번

호를 포함하고 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 이 사건 선행처분에 근거한 처분인바, 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 과세관청인 피고에게 그 입증책임이 있으므로 이 사건 처분이 적법하려면 이 사건 선행처분이 적법하여야 한다. 그런데 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 선행처분의 적법성을 입증할 수 없으므로 이에 근거한 이 사건 처분은그 자체로 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 처분의 적법 여부

가. 관련 법령 및 법리

1) 부가가치세법에 의하면 사업자는 재화 또는 용역(이하 ‘재화 등’이라 한다)을 공급하는 때에 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하고(제31조) 거래징수한 부가가치세를 매출세액으로 납부하되, 그 거래징수한 세액(매출세액)에서 자신이 재화 등을 공급받을 때에 징수당한 부가가치세(매입세액)를 공제한 차액을 납부함으로써 거래 단계에서 창출한 부가가치에 해당하는 부분에 대해서만 부가가치세를 부담하게 된다(이른바 ‘전단계 세액공제방식’). 전단계 세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라의 부가가치세는 소득세･법인세와 달리 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 비용 공제의 개념이 없고, 사업자의 손익 여부와 무관하게 부과된다(헌법재판소 2011. 2. 24. 선고 2009헌바11 결정 참조).

2) 부가가치세 납세의무자는 재화 등을 공급받는 자가 아니라 공급하는 자이고(부가가치세법 제2조 제3호, 제3조 제1호), 재화 등의 공급자는 실제 대가를 지급받는 시점이 아닌 재화 등의 공급시기가 속한 과세기간에 대한 신고･납부기한 내에 부가가치세를 신고･납부하여야 하므로, 사업자가 재화 등을 외상으로 공급한 후 거래상대방의 부도 또는 파산 등의 사유로 대가를 지급받지 못한 경우 사업자는 재화 등의 공급가액뿐만 아니라 국가에 납부한 부가가치세액까지 경제적 손실을 입게 된다. 부가가치세법 제45조에서는 이러한 경우 사업자의 자금부담을 완화하려는 목적에서, 사업자가 상대방으로부터 지급받지 못한 부가가치세 상당액, 즉 대손세액을 추후 납부해야 할 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액 공제 제도를 규정하고 있는바(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13855 판결 참조), 이는 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 과세한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택을 인정한 것으로

볼 수 있다(헌법재판소 2011. 12. 29. 선고 2011헌바33 결정 참조). 이러한 대손세액 공제 제도의 입법 취지는 그 연혁에서도 알 수 있는바, 1976. 12. 22. 법률 제2934호로 제정된 부가가치세법은 대손세액 공제 규정을 두고 있지 않다가 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정된 부가가치세법에서 제17조의2로 대손세액 공제규정이 신설되면서 1994. 1. 1. 이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 대손세액 공

제를 적용받을 수 있게 되었다. 신설된 대손세액 공제 제도와 관련하여 1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2는 파산, 강제집행, 사망･실종선고, 회사정리계획인가의 결정을 대손세액 공제 사유로 규정하고 있다가 1996. 7. 1. 대통령령 제15103호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2는 상법상의 소멸시효가 완성된 경우와 수표 또는 어음의 부도발생일로부터 6월이 경과한 경우를 대손세액 공제 사유로 추가하였다. 이후 부가가치세법령은 상당 기간 대손세액 공제 사유를 법인세법 등의 대손금 인정 사유와는 별도로 규정하고 있다가, 2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항에서 “법 제17조의2 제1항에서 ‘파산･강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유’라 함은 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제62조 제1항의 규정에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다.”라고 규정하여 법인세법 등의 대손금 인정 사유와 일치시킨 현행 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 이르기까지 같은 방식으로 대손세액 공제 범위를 규정하고 있다. 위 대통령령 제19330호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항의 개정 이유는 재화 또는 용역을 공급받은 자의 파산 등으로 인하여 그 외상매출금 등을 회수하지 못하는 경우에 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액 공제의 범위를 확대하여 법인세법 및 소득세법상 대손금의 인정범위와 일치시킴으로써 영세한 자영사업자의 자금부담을 완화할 수 있도록 하여 영세자영업자의 경영여건 개선을 지원하기 위한 것이다.

3) 부가가치세법 시행령 제87조 제1항은 ‘법 제45조 제1항 본문에서 파산․강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유’ 중 하나로 ‘법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 사유’를 들고 있고, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호는 ‘채무자회생법에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라회수불능으로 확정된 채권’을 대손금으로 규정하고 있다.

한편 회생계획인가의 결정이 있는 때에는 회생채권자․회생담보권자․주주․지분권자의 권리는 회생계획에 따라 변경되며(채무자회생법 제252조 제1항), 법원은 신주의 발행으로 감소하게 되는 부채액 등의 사항을 회생계획에 정하여 주식회사인 채무자가 회생채권자․회생담보권자 또는 주주에 대하여 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하지 아니하고 신주를 발행하게 할 수 있다(채무자회생법 제206조 제1항). 법원은 감소할 자본의 액과 자본감소의 방법을 회생계획에 정한 때에는 회생계획에 의하여 주식회사인 채무자의 자본을 감소할 수 있고, 이 경우 상법 제343조(주식의 소각) 제2항, 제439조(자본감소의 방법, 절차) 제2항․제3항, 제440조(주식병합의 절차), 제441조(주식병합의 절차), 제445조(감자무효의 소) 및 제446조(준용규정)의 규정은 적용되지 아니한다(채무자회생법 제205조 제1항, 제264조 제1항 및 제2항).

결국 회생계획에서 별도의 납입 등을 요구하지 아니하고 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 회생채권 등의 변제에 갈음하기로 하면서도 그 출자전환에 의하여 발행된 주식은 무상으로 소각하기로 정하였다면 그 인가된 회생계획의 효력에 따라 새로 발행된 주식은 그에 대한 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고 다른 대가 없이 그대로 소각될 것이 확실하게 된다. 그렇다면 위와 같은 출자전환의 전제가 된 회생채권 등은회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정되었다고 봄이 상당하다(대법원 2018. 6. 28. 선고 2017두68295 판결, 대법원 2018. 7. 11. 선고 2016두65565 판결 등 참조).

나. 이 사건 처분 중 제1부과처분의 적법 여부 판단

1) 인정사실

앞서 든 증거에 을 제2, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이 사건 처분 중 다툼의 대상이 되는 제1부과처분과 관련된 대손 채권자들의 원고에 대한 채권을 정리하면 아래 <표 4>와 같다.

2) 살피건대, 위 관련 법령 및 법리에 비추어 위 인정사실에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같이 각 채권에 대한 피고의 대손세액 공제가 적법함을 인정할 수 있으므로 이 사건 처분 중 제1부과처분은 적법하고, 이와 다른 전제에선 원고의 주장은 이유 없다. 이하에서 구체적으로 살핀다.

3) ●●● 채권

원고가 ●●●에게 발행한 어음(24,842,880원)의 부도발생일인 2015. 3. 31.로부터 6개월이 경과한 2015. 10. 1. 대손이 확정되었고, 신고된 대손금액 24,842,880원(위 어음금액과 같다)의 110분의 10에 해당하는 금액인 2,258,443원에 대하여 대손세액 공제가 신고⋅결정되었는바, 특별한 사정이 없는 한 위 채권에 대한 대손세액 공제는 적법하다고 봄이 타당하다.

원고는 공급대가(24,970,000원)와 어음금액 및 대손금액(24,842,880원)이 불일치하여 부도어음과 대손세액 공제 대상 채권이 동일한 채권임을 인정하기 어렵다는 취지로 주장한다. 그러나 대손금은 채권의 회수불능으로 인한 손실이므로 일부 변제 혹은 다른 사유로 공급대가와 일치하지 않을 수도 있고, 위 어음금액과 동일한 금액으로 대손금액이 신고되었으며 그 금액이 공급대가에 포함된 금액인 이상 위 어음금액에 대하여는 대손세액 공제 대상으로 인정함이 타당하고, 단지 공급대가와 일치하지 않는다는 이유만으로 동일성을 부정하기는 어려우므로 원고의 주장은 이유 없다.

4) △△△의 채권

원고가 △△△에게 발행한 부도어음의 내역은 아래와 같고, 신고된 각 대손금액(위 어음금액과 같다)의 110분의 10에 해당하는 금액의 합계 33,627,926원(=4,775,563원 + 9,090,909원 + 9,090,909원 + 10,670,545원)이 대손세액으로 신고⋅결정되었으므로 특별한 사정이 없는 한 위 각 채권에 대한 대손세액 공제는 적법하다고 봄이 타당하다.

원고는 ① 공급대가(603,790,000원)와 대손금액(369,907,200원), 부가가치세액 합계(54,890,000원)와 대손세액(33,627,926원)이 각 불일치하므로 대손사유가 발생한 채권과 세금계산서상 채권이 동일한 채권임을 인정할 수 없어 위 각 채권에 대한 대손세액공제가 위법하다고 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 △△△의 채권 중 상당 부분은 소멸시효 완성 등의 사유로 애당초 대손금액에 포함되지 않은 것으로 보이고, 인정된 대손금액은 위 각 부도어음의 합계액이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

5) ▲▲▲의 채권

원고가 ▲▲▲에게 발행한 어음(227,011,392원)의 부도발생일인 2015. 4. 30.로부터 6개월이 경과한 2015. 11. 1. 대손이 확정되었고, 신고된 대손금액 227,011,392원(위 어음금액과 같다)의 110분의 10에 해당하는 금액인 20,637,399원이 대손세액으로 신고⋅결정된 사실이 인정되므로, 특별한 사정이 없는 한 위 채권에 대한 대손세액공제는 적법하다고 봄이 타당하다.

원고는 공급대가(228,173,000원)와 대손금액(227,011,392원)이 불일치하여 부도어음과 대손세액 공제 대상 채권이 동일한 채권임을 인정하기 어렵다는 취지로 주장한다. 그러나 대손금은 채권의 회수불능으로 인한 손실이므로 일부 변제 혹은 다른 사유로 공급대가와 일치하지 않을 수도 있는 점, 위 어음금액과 동일한 금액으로 대손금액이 신고된 점, 단지 대손금액이 공급대가와 일치하지 않는다는 이유만으로 동일성을부정하기는 어려운 점, 원고와 ▲▲▲ 사이에 2014년 2기 거래 이후 다른 거래는 존재하지 않는 것으로 보이는 점 등을 종합해 보면 원고의 주장은 이유 없다.

6) □□□의 채권

가) 2015년 2기 부과처분 관련

원고가 □□□에게 발행한 부도어음의 내역은 아래와 같고, 신고된 각 대손금액(위 어음금액과 같다)의 110분의 10에 해당하는 금액의 합계 41,796,130원(=16,018,036원 + 15,679,767원 +10,098,327원)이 대손세액으로 신고⋅결정되었으므로 특별한 사정이 없는 한 위 각 채권에 대한 대손세액 공제는 적법하다고 봄이 타당하다.

원고는 공급대가(462,110,000원)와 대손금액(459,757,440원)이 불일치하므로 부도어음과 대손세액 공제 대상 채권이 동일한 채권임을 인정하기 어렵다는 취지로 주장한다. 그러나 대손금은 채권의 회수불능으로 인한 손실이므로 일부 변제 혹은 다른 사유로 공급대가와 일치하지 않을 수도 있는 점, 위 어음금액 합계와 동일한 금액으로 대손금액이 신고된 점, 단지 대손금액이 공급대가와 일치하지 않는다는 이유만으로 동일성을 부정하기는 어려운 점 등을 종합해 보면 원고의 주장은 이유 없다.

나) 2016년 1기 부과처분 관련

원고가 □□□에게 발행한 어음(78,577,920원)의 부도발생일인 2015. 6. 30.로부터 6개월이 경과한 2016. 1. 1. 대손이 확정되었고, 신고된 대손금액 78,577,920원(위 부도어음의 금액과 같다)의 110분의 10에 해당하는 금액인 7,143,447원이 대손세액으로 신고⋅결정되었으므로 특별한 사정이 없는 한 위 채권에 대한 대손세액 공제 또한 적법하다고 봄이 타당하다.

이에 대하여 원고는 ① 대손세액 공제 자료 통보서의 대손확정일(2016. 1. 1.)이 대손세액 공제신고서상 대손확정일(2016. 6. 30.)과 일치하지 않고, ② 대손세액과 부가가치세액이 일치하지 않아 부도어음과 대손세액 공제 대상 채권이 동일한 채권임을 인정하기 어렵다고 주장한다.

살피건대, 대손세액 공제의 요건인 ‘부도발생일로부터 6개월 이상 지난’이라는 기간은 민법에 따라 계산하여야 하는바4), 대손확정일은 부도어음의 부도발생일인 2015. 6. 30.로부터 6개월이 경과한 2016. 1. 1.로 봄이 타당하고, 대손세액 공제신고서는 □□□에서 작성, 제출한 것으로 그 기재에 오류가 있을 수 있으며, 설령 대손확정일을 2016. 6. 30.로 보더라도 대손세액 공제 귀속시기가 2016년 제1기로 같아 결과

에 있어 차이가 없다. 또한 대손금은 채권의 회수불능으로 인한 손실이므로 일부 변제 혹은 다른 사유로 공급대가와 일치하지 않을 수도 있는 점, 위 어음금액과 동일한 금액으로 대손금액이 신고된 점, 단지 대손금액이 공급대가와 일치하지 않는다는 이유만으로 동일성을 부정하기는 어려운 점 등을 종합해 보면 원고의 주장은 모두 이유 없다.

다. 이 사건 처분 중 제3부과처분의 적법 여부 판단

4) 국세기본법 제4조에서 “이 법 또는 세법에서 규정하는 기간의 계산은 이 법 또는 그 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 따른다”고 규정하고 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 기간 계산에 대하여는 민법 규정이 적용된다고 할 것이다.

1) 인정사실

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 제3부과처분과 관련된 대손 채권자들의 원고에 대한 채권을 정리하면 아래 <표 5>와 같다.

2) 위 관련 법령 및 법리와 앞서 든 증거 및 인정사실을 종합하면 원회생계획인가결정에 따라 특수관계자의 원고에 대한 회생채권 중 현금 변제 부분을 제외한 나머지 금액이 출자전환되었다가 이로 인해 특수관계자가 취득한 주식이 전량 무상소각된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위 각 채권은 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것) 제19조의2 제1항 제5호에서 규정하고 있는 ‘회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 위 각 채권에 대한 피고의 대손세액 공제는 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다. 이하에서 구체적으로 본다.

3) ■■■의 채권

① 원회생계획인가결정에 따라 ■■■의 시인된 총 채권 2,895,224,435원 중 98%에 해당하는 2,837,319,946원이 출자전환된 후 전량 무상소각된 사실, ② 대아레저산업은 이를 대손금액으로, 그 중 110분의 10에 해당하는 금액인 257,938,176원을 대손세액으로 신고한 사실, ③ 과세관청에서 위 대손세액이 그대로 받아들여진 사실이 인정되므로 위 채권에 대한 대손세액 공제는 특별한 사정이 없는 한 적법하다고 봄이 타당하다.

이에 대하여 원고는 대손세액을 확인할 수 있는 부가가치세액이 기재된 세금계산서가 제출되지 않았다고 다투나, 을 제10호증의 1, 2(회생계획안 등)의 각 기재만으로 대손세액을 충분히 확인할 수 있으므로 원고의 주장은 이유 없다.

4) ◇◇◇의 채권

① 원회생계획인가결정에 따라 ◇◇◇의 시인된 총 채권 9,118,935,952원 중 98%에 해당하는 8,936,560,173원이 출자전환된 후 전량 무상소각된 사실, ② ◇◇◇은 대손금액을 9,118,935,952원, 대손세액을 721,646,676원으로 하는 대손세액 공제신고서를 제출한 사실, ③ 그런데 위 대손세액의 전제가 되는 대손세액 공제 대상 채권 중 일부가 5년의 국세 부과제척기간이 지나 이를 제외하고 계산한 나머지 703,931,642원이 대손세액으로 결정된 사실이 인정되므로, 이러한 대손세액 공제는 특별한 사정이 없는 한 적법하다고 봄이 타당하다. 이에 대하여 원고는 ① ◇◇◇의 무상소각 금액(8,936,560,173원)과 대손금액(7,743,248,062원)이 일치하지 않고, ② 대손세액을 확인할 수 있는 부가가치세액이 기재된 세금계산서가 제출되지 않았다고 다툰다. 먼저 ◇◇◇의 대손세액 공제 대상 채권 중 일부가 5년의 국세부과제척기간이 지나 부가가치세 경정 대상이 될 수 없어 이러한 사항을 반영하여 대손세액이 축소 인정된 사실은 위에서 본 바와 같고, 이렇게 ◇◇◇의 대손세액이 축소 인정된 것은 결과적으로 원고에게 유리하며, 을 제10호증 의 1, 3(회생계획안 등)의 각 기재만으로도 대손세액을 충분히 확인할 수 있으므로 원고의 주장은 모두 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.