법인세부과처분취소

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

   피고가 2021. 4. 9. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

  가. 당사자의 지위 등

   원고는 창고보관업, 창고임대업 등을 영위하는 회사이다. 원고는 2015. 10. 8. 김포시 소재 창고용지 9,106.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하고, 그 지상에 지하 1층, 지상 4층, 연면적 합계 29,999.16㎡ 규모의 물류창고(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 건축하였다(이하 이 사건 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다). 그리고 원고는 이 사건 부동산을 ccc부동산신탁 주식회사(이하 ‘수탁자’라 한다)에 신탁하였다.

  나. 매매계약 및 책임임대차계약의 체결

   1) 원고는 위탁자로서 2016. 11. 11. 주식회사 ddd 기업구조조정부동산투자회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)에 이 사건 부동산을 대금 합계 560억 원(계약금 50억 원 포함)에 매도하는 계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 수탁자는 2016. 11. 29. 소외 회사에 이 사건 부동산에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다. 그리고 원고는 2016. 11. 말경까지 소외 회사로부터 매매대금 560억 원에서 아래의 책임임대차계약에 따른 임대차보증금 33억 8,100만 원을 공제한 나머지 돈을 모두 지급받았다.

   2) 그런데 이 사건 매매계약의 부속합의에 따르면, 위 당사자들은 원고가 거래종결일(이 사건 건물에 대한 소유권보존등기가 마쳐지고 매매대금 조정기간의 종료일로부터 6영업일이 되는 날까지의 기간 중 매수인이 특정하는 날로서, 아래의 책임임대차보증금 등의 금원을 정산하고 남은 매매잔금의 지급일이 됨)부터 2년간 이 사건 건물 중 신규 임대차계약이 체결되지 아니한 부분을 제외한 나머지 부분(이하 ‘책임임대차부분’이라 한다)을 평당 42만 원으로 정한 임대차보증금, 평당 4만 2,000원으로 정한 월 임대료 등을 지급하고 임차하되, 다만 원고가 책임임대차 부분에 관하여 대체임차인으로서 제3자를 유치하는 경우에는 해당 부분에 관한 임대차계약은 해지된 것으로 간주하기로 약정하였고, 이와 별도로 같은 내용의 임대차계약을 체결하였다(이하 이 부분 계약을 ‘책임임대차계약’이라 하고, 이 사건 매매계약과 함께 ‘이 사건 각 계약’이라 한다).

   3) 책임임대차계약에 따르면, 원고는 물류창고 용도로 이 사건 건물을 사용할 수 있고, 이를 위하여 이 사건 건물을 개량할 수 있으며, 만일 임대인이 이 사건 건물의 유지ㆍ관리의무를 소홀히 하는 경우 등에는 위 계약을 해지할 수 있다. 그리고 위 계약에 따라 원고가 소외 회사에 지급할 임대차보증금은 33억 8,100만 원(= 8,050평 × 42만 원)이고, 위 임대차보증금은 소외 회사로부터 지급받을 매매대금에서 공제하는 방식으로 지급하며, 원고는 임대차보증금으로 자기가 부담하는 월 임대료, 월 관리비 등 모든 금전채무의 지급을 대체할 수 있다.

  다. 법인세 부과처분

   1) 원고는 당초 20,485,218,380원을 이 사건 부동산 매도시점인 2016 사업연도의 유형자산처분이익으로 회계처리하였다. 그런데 외부감사를 거치면서 책임임대차계약에 따른 임대료 및 관리비 상당액인 7,822,724,320원(22개월간의 임대료 7,436,344,960원 및 24개월간의 관리비 386,379,360원, 이하 ‘이 사건 임대료’라 한다)에 관한 수익 인식을 이연할 필요가 있다는 의견이 제시되자, 위 20,485,218,380원의 유형자산처분이익에서 이 사건 임대료를 차감하는 내용으로 결산조정을 하고, 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

   2) 이에 대하여 부산지방국세청장은 유형자산처분이익 중 이 사건 임대료에 관한 부분을 2016 사업연도의 수익으로 인식하지 않는 것은 법인세법상 권리의무확정주의 에 반한다고 판단하고, 피고에게 이 사건 임대료 7,822,724,320원을 2016 사업연도에 익금산입하고, 약 2개월간의 임대료 349,370,000원을 2016 사업연도에 손금산입하여 2016 사업연도 법인세를 과세하도록 지시하였다.

   3) 이에 피고는 2021. 4. 9. 원고에게 2016 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

  라. 전심절차

   원고는 2021. 6. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2022. 2. 23. 그 청구가기각되었고, 위 결정은 같은 달 28. 원고에게 송달되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 8, 10호증, 을 제1, 4, 5호증(가지번호포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

  이 사건 매매계약은 원고가 이 사건 건물에 관한 책임임대차계약을 체결하는 조건으로 체결되었다. 이 사건 매매계약의 부속합의나 책임임대차계약의 내용에 따르더라도, 원고는 소외 회사로부터 지급받을 매매대금에서 원고가 소외 회사에 지급하여야할 책임임대차보증금 등을 공제한 나머지만을 지급받게 된다. 그런데 원고는 물류창고를 운영할 수 있는 인적, 물적 조직을 갖추지 아니한 개발사업자이므로, 이 사건 매매계약은 사실상 신규 임차인이 정해지지 않을 경우 소외 회사에 최대 2년간의 임대료 상당액만큼의 매매대금을 차감하여 주기로 한 조건부 계약에 해당한다. 따라서 이 사건 부동산에 관한 유형자산처분이익 중 이 사건 임대료 부분은 이 사건 부동산의 매도 시점에는 확정되지 않았다고 보아야 하고, 이와 같이 불확정한 수익을 장래에 이연하기 위한 취지로 원고가 한 회계처리는 법인세법 제43조에서 정한 기업회계기준이나 관행에도 부합한다. 그럼에도 피고는 이 사건 임대료 부분을 포함한 매매대금 전체가 2016 사업연도에 귀속되었다고 잘못 판단하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

 나. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

다. 판단

    앞서 본 사실관계와 각 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 부동산의 양도로 인한 익금, 즉 20,485,218,380원은 2016 사업연도에 확정되어 귀속되었다고 보아야 한다. 따라서 피고가 20,485,218,380원 중 누락된 이 사건 임대료 7,822,724,320원을 익금산입하고, 그와 별도로 2016 사업연도에 실제 발생한 임대료 부분만을 손금산입한 이 사건 처분은 적법하다.

   1) 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다(법인세법 제40조 제1항). 그리고 법인세법 제40조 제2항의 위임에 따른 같은 법 시행령 제68조는 ‘부동산과 같이, 상품 등 외의 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다’고 규정하고 있다. 그런데, 원고는 2016. 11.경까지 매매대금 560억 원을 전부 청산받고, 그 무렵 소외 회사에 소유권이전등기까지 마쳐주었으므로, 이 사건 부동산의 양도로 인한 익금의 귀속사업연도는 위 청산일 또는 소유권이전등기일이 속하는 2016 사업연도가 된다.

   2) 법인세법 제40조 제1항이 채택한 권리의무확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기 사이에 시간적 간격이 있는 경우, 과세상 소득이 실현되기 전이라도 권리가 확정적으로 발생하였다면 그때를 기준으로 하여 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식이다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 등 참조).그런데 원고는 2016 사업연도에 소외 회사로부터 매매대금 560억 원을 모두 지급받았다. 비록 위 매매대금에서 임대차보증금 33억 8,100만 원이 공제되기는 하였지만, 위 공제분은 매매대금을 반환한 것이 아니라 원고가 소외 회사에 지급할 임대차보증금을 갈음한 것에 불과하다고 보아야 한다. 따라서 권리의무확정주의의 일반적인 원칙을 따르더라도, 이 사건 부동산의 양도로 인한 과세상 소득은 2016 사업연도에 확정 단계를 넘어 이미 실현된 경우에 해당한다고 볼 수 있다.

   3) 원고는 이 사건 매매계약이 책임임대차계약의 체결 및 이 사건 임대료 상당액을 지급하는 것을 조건으로 체결된 조건부 계약에 해당한다고 주장한다. 살피건대, 이 사건 매매계약의 부속합의 제6조 제2항 제10호, 제5조 제2항 제1호 등은 ‘책임임대차계약이 유효ㆍ적법하게 체결되어 존속하고 있을 것을 조건으로, 소외 회사는 이 사건 매매계약으로 인한 거래를 종결하고 그에 따른 매매잔금 지급의무 등을 부담한다’고 정하고 있으므로, 원고 주장과 같이 이 사건 매매계약이 조건부 계약에 해당한다고 볼 여지는 있다. 그러나 책임임대차계약에 따라 원고가 소외 회사에 지급할 임대료 등은 법인세법 제19조 제4항, 같은 법 시행령 제19조 제6호에서 정한 자산의 임차료로서 손비에 해당할 뿐이므로, 자산의 양도로 인한 수익이 확정 내지 실현되었는지의 문제와는 무관하다. 특히, 원고가 책임임대차계약의 체결에 따라 임차인으로서 이 사건 건물을 사용ㆍ수익할 수 있는 권한을 가지고 있었다는 점을 고려하면, 이 사건 임대료가 단순히 이 사건 부동산의 공정가치를 반영한 처분대가의 성질을 가졌다거나 매매대금을 일부 반환할 명목으로 지급되었다고 평가할 수만은 없다. 그리고 이는 원고가 현실적으로 이 사건 부동산을 사용ㆍ수익하지 않았고, 책임임대차계약이 사실상으로는 소외 회사가 이 사건 부동산을 제때 임대하지 못하여 입을 수도 있는 손실을 보전해 주기 위한 목적에서 체결되었다고 하더라도 마찬가지이다(같은 취지에서, 이 사건 임대료를 원고가 소외 회사에 아무런 대가관계 없이 증여한 돈이라고 볼 수도 없다). 따라서 이 사건 매매계약을 조건부 계약으로 본다고 하더라도, 위 부동산의 양도로 인한 익금이 2016 사업연도에 확정되지 않거나 실현되지 않았다고 볼 것은 아니다.

   4) 법인세법 제43조는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다’고 규정하고 있다. 그런데 법인세법 및 그 시행령이 부동산 양도로 인한 익금의 귀속시기를 명확히 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건에는 기업회계기준이나 관행이 적용될 수 없다. 나아가, 이 사건 각 계약의 내용에서, 책임임대차계약의 이행과 관련된 문제로 이 사건 부동산의 소유권이 다시 원고에게 환원되거나 원고가 매매대금을 반환할 가능성이 있다고 볼 만한 약정사항은 확인되지 않는다. 그러므로 원고가 수익인식을 연기하여 회계처리할 수 있는 경우로 든 사례, 즉 부동산 소유에 따른 효익과 위험이 매도인에게서 매수인에게 이전되지 않은 거래로서, 풋ㆍ콜옵션을 포함한 매매계약, 재매매계약 또는 매도인이 일정수준의 임대율을 보장한 매매계약 등에 관한 회계처리기준은 그 유형이나 구체적인 계약내용을 달리하는 이 사건 각 계약에 그대로 적용된다고 볼 수도 없다.

3. 결론

  원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.