이 사건 매입세액은 이 사건 분양사업에 공급된 것으로서 해당 사업자 납세의무자인 수탁자만이 받을 수 있다고 봄이 타당하고, 같은 전제에서 납세의무가 부인된 신탁자에 대하여 이 사건 매입세액을 불공제한 처분은 적법함

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2022. 5. 16. 원고에 대하여 한 2016년 제2기분 부가가치세 *,***,***,***원의 경정청구 거부처분에 대하여 *,***,***,***원을 초과한 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

   가. 원고는 건설업, 부동산매매 및 임대업 등을 영위할 목적으로 1981. 1. 10. 설립된 법인으로, 2014. 3.경부터 2016. 6.경까지 주식회사 AAA신탁, BBB신탁 주식회사, CCC신탁 주식회사, DDD신탁 주식회사, EEE신탁 주식회사(이하 ‘이 사건 신탁회사들’이라 한다)와 사이에 수탁자인 이 사건 신탁회사들이 신탁자인 원고로부터 사업부지의 소유권과 인허가명의, 공사도급 계약자 지위 등을 이전받아 그 지상에 오피스텔이나 아파트 등 건물을 신축하는 사업(이하 ‘이 사건 분양사업’이라 한다)의 시행자가 되어 건물을 신축한 후 이를 분양하되 사업비 조달은 원고가 하기로 하는 내용의 관리형 토지신탁계약 (이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다)을 체결하였다.

   나. 이 사건 신탁회사들은 이 사건 신탁계약에 따라 건물신축사업을 진행하여 2016년 제2기에 신탁재산인 오피스텔, 아파트를 분양하였고, 원고는 이에 따른 부가가치세 납세의무자가 신탁자인 원고임을 전제로 위 분양 관련 매출세금계산서를 발급하여 이를 매출세액의 과세표준으로 하는 한편, 관련 매입세액을 공제하여 20##년 제2기 부가가치세 *,***,***,***원을 신고·납부하였다.

   다. 그런데 이후 대법원이 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결을 통하여 신탁재산의 처분 시 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자라고 판시하자 원고는 20##.##.##. 20##년 제2기 납세의무자는 원고가 아니라 이 사건 신탁회사들이라는 이유로 2016년 제2기 부가가치세와 관련하여 *,***,***,***원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 20##.##.##. 원고의 위 경정청구를 거부하였다.

   라. 원고는 이에 불복하여 20##.##.##. 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 20##.##.##. ‘신탁재산 처분 시 거래 징수한 매출세액을 감액하는 한편 신탁재산 처분과 관련한 매입세액은 불공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.’고 결정하였다. 이에 따라 피고는 원고가 신고·납부한 20##년 제2기 부가가치세와 관련한 매출세액을 감액하고, 관련 매입세액을 불공제(이하 ‘이 사건 매입세액 불공제’라 한다)하여 20##.##.##. 환급금 *,***,***,***원 및 환급가산금 ***,***,***원, 합계 *,***,***,***원을 원고에게 환급하였다(이하 피고가 원고에게 환급한 금원을 초과한 부분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

   1) 원고는 20##.##.##. 매출에 대한 부가가치세 취소·환급을 구하는 조세심판만을 청구하였고, 이 사건 매입세액 공제에 관하여는 피고에게 경정을 청구하지도 않았고 조세심판청구도 하지도 않았는바, 조세심판원이 이 사건 매입세액을 불공제하도록 경정결정을 한 것은 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조에 위배되는 심판 범위를 벗어난 처분 내지 불리한 결정이고, 따라서 위와 같은 조세심판원의 경정결정에 관하여 구 국세기본법 제26조의2에 따른 특례부과제척기간이 적용될 수도 없다. 결국 이 사건 매입세액 불공제는 20##년 제2기 부가가치세에 대한 부과제척기간인 5년(원고는 20##년 제2기 부가가치세의 신고서 제출기한 다음날인 20##.##.##.부터 5년이 경과한 20##.##.##. 부과제척기간이 경과하였다고 주장한다)이 경과한 후에 이루어진 것으로 위법하다(이하 ‘제①주장’이라 한다).

   2) 이 사건 매입세액은 원고가 사업과 관련하여 정당하게 수취한 매입세금계산서에 기한 것이고, 부가가치세법상 원고가 이를 공제받지 못할 아무런 법적 근거가 존재하지 않는다. 따라서 이 사건 거부처분은 처분사유도 부존재하여 위법하다(이하 ‘제②주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 제①주장에 관한 판단

    가) 과세처분 취소 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부로서, 과세처분 취소 소송의 소송물은 쟁점주의가 아닌 총액주의이다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결, 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참조). 또한 부가가치세법상 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로[구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제2항], 매출세액과 매입세액은 부가가치세액의 계산을 위한 요소에 불과하고, 별개의 과세단위나 소송물을 이룬다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건에서 조세심판원은 원고의 2016년 제2기 부가가치세의 정당세액 범위 내에서는 원고의 주장이 있었는지 여부와 관계없이 이 사건 매입세액을 불공제한다는 취지의 경정결정을 할 수 있다고 보이므로 이를 구 국세기본법 제79조에서 금지하는 새로운 처분으로 볼 수 없고, 매출세액의 감액으로 원고에게 당초 부과된 부가가치세보다 적은 부가가치세가 부과된 결과 원고가 환급금 *,***,***,***원 및 환급가산금 ***,***,***원을 지급받은 이상 조세심판원의 위 경정결정이 원고에게 불리한 결정이라고 볼 수도 없다.

   나) 피고는 조세심판원의 20##.##.##.자 경정결정의 취지에 따라 신탁재산 처분 시 거래징수한 매출세액을 감액함과 동시에 이 사건 매입세액 불공제를 한 후 심판 결정일로부터 13일 후인 20##.##.##. 원고에게 *,***,***,***원을 환급하였는바, 이는 구 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례 부과제척기간인 1년 내에 이루어진 것으로 보일 따름이다. 따라서 이는 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 부과제척 기간과 무관하므로, 이와 다른 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

   2) 제②주장에 관한 판단

앞서 본 인정사실에 관련 법령들, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 매입세액은 이 사건 분양사업에 공급된 것으로서 해당 사업자이자 납세의무자인 수탁자만이 받을 수 있다고 봄이 타당하고, 같은 전제에서 납세의무가 부인된 신탁자에 대하여 이 사건 매입세액을 불공제하여 한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 이와 다른 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

   가) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 그 공급을 받는 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부하여야 하고(구 부가가치세법 제31조), 이 경우 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 기존에 지급한 매입세액을 공제한 금액이다(구 부가가치세법 제37조 제2항). 이와 같이 부가가치세법은 이른바 전단계 세액공제제도를 채택하고 있으므로, 부가가치세 납세의무자는 원칙적으로 자신의 거래상대방에게 매입세액을 지급하였거나 지급할 의무가 있어야 그 매입세액을 자신이 납부할 매출세액에서 공제받을 수 있다. 즉 전단계 세액공제 방식은 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제·환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 하는 것이므로(대법원 1999. 11. 12. 선고 99다33984 판결, 대법원 2011. 7. 14. 선고 2010두8201 판결 등 참조), 이와 같은 전단계 세액공제방식에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 되고, 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다.

   그런데 하나의 사업에서 부가가치세 납세의무자(수탁자)와 매입세액을 공제 받을 수 있는 주체(신탁자)가 분리된다고 볼 경우, 부가가치세 납세의무가 이행되지 않거나 그 이행이 지체될 경우에도 매입세액만을 공제받거나 기납부 세액의 환급이 이루어지게 되어 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제·환급받을 수 있는 사업자(신탁자)가 발생하게 되고, 이에 따라 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 환급 등을 실시할 수밖에 없는바, 이와 같은 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것으로서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가되는 등 전반적인 조세체계에 심각한 폐해를 미칠 위험이 있다.

   나) 구 부가가치세법 제3조 제1호는 ‘영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 부가가치세 납세의무자로 정하고있고, 구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에서는 ’사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액‘을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 규정하여 사업관련성을 매입세액 공제의 요건으로 정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 ’제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.‘고 하여 사업관련성이 있는 매입세액과 대응하는 매출세액에서 위 매입세액을 공제하는 것으로 정하고 있다. 그런데 신탁재산의 관리·처분에 관하여 재화를 공급하는 사업자 및 납세의무자는 수탁자이므로(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 참조), 사업관련성 역시 수탁자를 기준으로 인정하여야 할 것인바, 신탁자가 사업과 관련하여 지출한 비용이 있다 하더라도 위 비용에 관하여 매입세액 공제의 요건을 갖추었다고 보기 어렵다.

   다) 현행 부가가치세법 시행령 제75조에서는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서에 따라 예외적으로 세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에도 매입세액을 공제받을 수 있는 경우를 정하고 있는바, 제11호에서 ‘법 제3조 제 2항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조·제49조 또는 제 66조·제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우’를 규정하고 있다. 즉 현행 부가가치세법의 관련 규정 역시 매입세액을 공제받을 수 있는 주체가 원칙적으로 납세의무자인 수탁자임을 전제로 하고 있다.

   라) 원고는, 구 부가가치세법 제39조에서는 ‘공제하지 아니하는 매입세액’을 구체적으로 열거하고 있는데 이 사건 매입세액은 위 규정에 해당하지 않는다고도 주장한다. 그러나 위 규정은 세금계산서를 발급받지 않았거나 세금계산서의 필요적 기재사항이 기재되지 않았거나, 사실과 다르게 기재된 경우, 사업과 직접 관련이 없는 지출, 접대비 등 조세정책상 매입세액 공제를 허용하고 있지 않은 경우를 정하고 있을 뿐이어서 납세의무자와 매입세액을 공제받는 자의 분리가 문제되는 이 사건과는 관련성을 찾기 어렵다.

   마) 원고는, 구 부가가치세법 제10조 제7항, 제12조, 제50조 내지 제53조 등의 규정을 들어 부가가치세법상 납세의무자가 반드시 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 아니라고 주장하나, 원고가 들고 있는 규정들은 조세행정 및 납세자의 편의를 위해 예외적으로 부가가치세의 납부나 징수의 특례를 정한 것으로 보일 뿐이고, 납세의무자와 매입세액을 공제받을 수 있는 자가 분리될 수 있음을 전제하고 있는 규정으로 보이지 않는다.

   바) 신탁사업에 따른 부가가치세의 실질적인 부담주체는 신탁자와 수탁자 사이의 자유로운 계약에 따라 정해지는 것이고, 만일 신탁자가 매입세액을 공제받지 못한다고 하더라도 수탁자가 매입세액 공제를 받은 후 당사자 사이에서 최종적인 정산이 예정되는 점을 고려해 보면, 앞서 본 바와 같이 납세의무자인 수탁자만이 매입세액의 공제를 받을 수 있다고 해석하는 것이 납세자의 권리를 침해하는 부당한 결과를 초래한다고 보기도 어렵다(이 사건에서는 부과제척기간의 도과로 인하여 수탁자에 대한 부가가치세 과세도 불가능하다).

3. 결 론

그렇다면 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로하여 주문과 같이 판결한다.