사업자등록 직권말소 처분의 적부 및 재결의 취소를 구하는 부분에 대한 판단

주 문

1. 이 사건 소를 모두 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

1. 피고가 2014. 9. 29. 원고에 대하여 한 2013. 10. 31. 자 사업자등록직권말소(폐업)처분을 취소한다.

2. 2022. 1. 26. 자 조세심판원 결정(조심2021부0000) 주문 제1항 중 ‘2020. 10. 12. 부과한 2013년까지의 부가가치세 180,896,160원의 처분의 각하’에 대한 취소를 청구한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 7. 7.부터 OO OOOO구 OO로 4 (OO동)에서 ‘C무역’이라는 상호로 도매·무역업을 하던 사업자이다.

나. 피고는, 원고가 2012. 1기부터 2013. 1기까지 매입 없이 세금계산서만 발행한 자료상이라는 혐의를 가지고, 2014. 3. 29.부터 2014. 4. 7.까지에 걸쳐 원고에 대하여 거래질서관련조사를 실시하였다.

다. 위 조사결과 피고는, 원고가 2012. 1기부터 2013. 1기까지의 과세기간 중 총 매출 세금계산서 발급금액(공급가액) 3,866,000,000원 중 3,362,000,000원은 실물거래 없이 세금계산서만 교부하였고, 총 매입세금계산서 수취금액(공급가액) 1,883,000,000원 중 1,200,000,000원은 세금계산서 수취 등 아무런 증빙 없이 매입처별 세금계산서 합계표에 금액만을 기재하여 신고하였다고 보아, 2014. 5. 1. 원고에게 2013. 1기 부가가치세 59,476,750원, 2012년 귀속 종합소득세 10,751,470원 등 합계 70,228,220원을 경정·고지하였다.

라. 한편 피고는 2014. 9. 29. 원고가 사업장을 무단전출하였다는 이유로 폐업일자를 2013. 10. 31.로 하여 원고의 사업자등록을 직권으로 말소(이하 ‘이 사건 사업자등록 직권말소 처분’이라 함)하였다.

마. 원고는 2014. 12. 26. 조세심판원에 위 과세 처분 및 이 사건 사업자등록 직권말소 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2017. 1. 20. 과세 처분 취소 청구에 대하여는 위 거짓(세금) 계산서 발급 및 수취 거래 전부를 실물거래 없는 가공거래로 단정하기 어렵다고 보아 재조사 결정을, 이 사건 사업자등록 직권말소 처분 취소 청구에 대하여는 기각 결정(이하 ‘이 사건 1차 재결’이라 함)을 하였다.

바. 피고는 이 사건 1차 재결에 따라 2017. 2. 3.부터 2020. 9. 6.까지 재조사를 진행하였고, 재조사 결과 2020. 9. 20. 아래와 같이 가공거래로 판단하였던 금액(공급가액) 중 일부를 정상거래로 인정하였고, 인정금액만큼 부가가치세 과세표준에 더하여 2012.1기 귀속 부가가치세 53,441,440원, 2012. 2기 귀속 부가가치세 73,190,480원, 2013.1기 귀속 부가가치세 54,264,240원 합계 180,896,160원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과 처분’이라 함)하였다.

사. 피고는 위 재조사 결과에 따른 처리결과 통지서를 원고에게 발송하였으나 통지서는 폐문부재로 반송되었고, 통지서는 2020. 11. 6. 원고에게 송달되었다.

아. 피고는 2021. 2. 17. 원고에게 2013년 귀속 종합소득세 294,674,880원을 경정·고지한다는 내용의 과세예고를 하였다.

자. 원고는 2021. 2. 23. 조세심판원에 이 사건 사업자등록 직권말소 처분, 부가가치세과세 처분 및 원고의 2013년 귀속 종합소득세 과세예고의 취소를 구하는 심판을 청구하였고, 피고는 2021. 4. 23. 원고에게 위 과세 예고대로 2013년 귀속 종합소득세 294,675,880원을 경정·고지하였다.

차. 조세심판원은 2022. 1. 26. 이 사건 사업자등록 직권말소 처분, 부가가치세 과세처분의 취소를 구하는 청구는 각하하고, 2013년 귀속 종합소득세 과세 처분을 취소하는 결정(이하 ‘이 사건 2차 재결’이라 함)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제6호증, 갑제10호증 내지 갑제12호증, 갑제15호증, 갑제23호증, 갑제24호증, 을제1호증 내지 을제3호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 대한 판단(직권)

가. 이 사건 사업자등록 직권말소 처분의 취소를 구하는 부분

(1) 행정소송법 제20조 제1항에 의하면 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기하여야 하고, 행정심판 청구를 한 경우에는 행정심판 재결서 정본을 송달받은 날로부터 90일 이내에 소를 제기하여야 한다. 청구취지가 추가·변경되는 경우, 청구취지가 추가·변경된 때에 새로운 소를 제기한 것으로 보므로, 추가·변경된 청구취지에 대한 제소기간 준수 등은 원칙적으로 청구취지의 추가·변경 신청이 있는 때를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2016두48737 판결 등 참조).

(2) 기록상 원고가 이 사건 1차 재결서 정본을 송달받은 날짜를 확인할 자료는 보이지 않으나, 갑제5호증의 기재에 의하면 원고는 최소한 2020. 10. 6. 이전에 이를 송달받은 것으로 봄이 상당하고, 원고가 이 사건 소 제기 후 이 사건 사업자등록 직권말소 처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경한 것은 2024. 3. 19.인바, 원고가 이 사건 1차 재결서 정본을 송달받은 날로부터 90일이 경과한 이후에 이 사건 사업자등록 직권말소 처분의 취소를 구하는 소가 제기된 것으로 보아야 하므로, 이 사건 소 중 이 사건 사업자등록 직권말소 처분의 취소를 구하는 부분은 제소기간을 준수하지 못하여 부적법하다.

나. 이 사건 부가가치세 과세 처분에 대한 이 사건 2차 재결의 취소를 구하는 부분

(1) 조세심판원의 재결에 대한 취소는 그 재결을 한 행정청인 조세심판원을 피고로하여 제기하여야 하는데, 원고는 피고를 상대로 그 취소를 구하고 있으므로 이 부분 소는 부적법하다.

(2) 한편, 재결에 대한 취소소송은 재결 자체에 고유한 위법이 있음을 이유로 하는경우에만 제기할 수 있는데(행정소송법 제19조), 여기에서 말하는 '재결 자체에 고유한 위법'이란 그 재결자체에 주체, 절차, 형식 또는 내용상의 위법이 있는 경우를 의미한 다(대법원 2001. 7. 27. 선고 99두2970 판결 등). 이 사건 소에서 원고는 피고가 이 사건 부가가치세 부과 처분을 하기 전 원고에 대하여 한 조사절차의 위법성, 실질적인재조사를 하지 않은 점의 위법성 등을 주장할 뿐, 이 사건 2차 재결 자체의 고유한 위법사유에 대한 주장을 하고 있는 것으로 보기 어려운바. 이러한 이유에서도 이 부분 소는 부적법하다.

3. 결론

따라서 이 사건 소는 부적법하므로 모두 각하하여, 주문과 같이 판결한다.