조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있어 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당함

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2022. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(각 가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 전기자재 판매업 등을 영위하는 회사이다.

나. cc지방국세청장은 2017. 1. 18.부터 같은 해 2. 21.까지 원고에 대하여 2013 내지 2015 각 사업연도 법인세에 대한 통합세무조사를 실시하다가, 2017. 2. 16. 조세범처벌법 제10조 제3항 위반혐의가 있다는 이유로 2016년 제1기, 제2기 부가가치세로 조사범위를 확대하였다(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다). 그리고 위 조사결과에 따라, 피고는 원고에게 관련 법인세, 부가가치세 등을 부과하였다.

다. 피고는 2022. 1. 20.부터 같은 해 5. 4.까지 원고에게 국세기본법 제81조의6 제3항 제2호의 규정에 따라 무자료 거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있다는 이유로, 2016년 제1기, 제2기 부가가치세 중 ‘ddd(대표자 DDD)’과의 거래분에 관한 부가가치세 세목별조사를 실시하였다(이하 ‘제2차 세무조사’라 한다).

라. 피고는 2022. 3. 23. 원고에게 실제 거래없이 가공세금계산서를 수취하여 조세범처벌법 제10조 제3항을 위반한 혐의가 있다는 이유로 조세범 처벌절차법 제7조에 따라 조세범칙조사를 개시한다고 통지하였다.

마. 피고는 제2차 세무조사를 실시한 결과, 원고가 ddd으로부터 2016년 제1기분 xx,xxx,xxx원(공급가액) 및 제2기분 xxx,xxx,xxx원(공급가액)의 세금계산서를 실물거래 없이 발급받았다고 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 후, 2022. 7. 1. 원고에게 2016년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함) 및 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 2022. 9. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2023. 3. 27. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

제2차 세무조사는 제1차 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 관한 것이어서 위법한 중복세무조사에 해당하므로, 그에 기초한 이 사건 처분도 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에 의하면, 세무공무원은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없으나, 다만 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 심사청구 등 처분결정에 따른 재조사를 하는 경우 등 법령에서 정한 예외적인 경우에 한해서는 재조사가 허용된다. 그리고 여기에서 말하는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 등 참조).

앞서 든 증거와 갑 제6, 8호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, ee세무서장은 2020. 5.경 원고의 거래처인 ddd에 대한 부가가치세 세무조사를 실시하였는데, 그 결과 원고가 2016. 4. 1.부터 같은 해 10. 11.까지 6회에 걸쳐 ddd의 대표자인 DDD에게 매출대금을 입금하면, 그중 부가가치세 상당을 제외한 돈이 곧바로 원고의 실제 운영자인 AAA에게 다시 송금되는 내용의 계좌내역을 확인한 사실, 이에 ee세무서장은 피고에게 ddd이 원고에게 실물거래 없이 거짓세금계산서를 발급하였다는 내용의 과세자료를 통지하였고, 이에 따라 피고는 원고에 대하여 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있다는 이유로 제2차 세무조사를 실시하기로 결정한 사실을 각 인정할 수 있다.

이에 비추어 보면, 원고의 조세 탈루사실에 대한 개연성은 위와 같이 객관적이고 합리적인 계좌내역 등이 포함된 과세자료에 따라 상당한 정도로 인정되었다고 보아야 하고, 갑 제5, 6호증 등 제출된 증거들만으로는 위와 같은 자료가 제1차 세무조사에서 이미 조사된 자료에 포함된다고 보기 어려우므로, 제2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있어 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 제2차 세무조사 및 이를 기초로 이루어진 이 사건 처분은 모두 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.