사실관계
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판단 결과
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핵심 쟁점
- 개정 지방세법 부칙 제15조의 ‘종전의 규정’에 구 조세특례제한법상 외국인투자 법인세 감면규정이 포함되는지 여부
- 2014년 지방세법 개정 전 지출된 외국인투자 증자금액에 대하여 2014·2015사업연도 법인지방소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부
- 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 및 제121조의2가 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 규정인지 여부
- 구 지방세법 제89조 제1항 및 제94조 제1항이 지방소득세 법인세분 감면을 명시한 규정인지 여부
- 납세의무자의 신뢰보호 또는 기득권을 이유로 개정 전 과세체계를 적용할 수 있는지 여부
- 법인지방소득세 경정청구 거부처분의 위법 여부
판례 포인트
- 대법원은 개정 세법 부칙상 경과규정의 ‘종전의 규정’을 해당 개정의 대상이 된 법률 본칙으로 한정하여 해석하였다.
- 구 조세특례제한법상 외국인투자 증자분 조세감면은 법인세 감면규정일 뿐, 지방소득세 법인세분 감면을 직접 정한 규정으로 보지 않았다.
- 구 지방세법상 법인세분 산출방법 규정은 지방소득세 법인세분의 감면을 명시한 규정이 아니므로, 장래의 한정된 기간 동안 조세감면을 명시한 종전 규정으로 볼 수 없다고 판단하였다.
- 제1심과 항소심은 신뢰보호를 근거로 원고 승소 판단을 하였으나, 대법원은 경과규정 해석에 관한 법리오해를 이유로 이를 배척하였다.
- 납세의무 성립 전 원인행위 당시의 규정에 장래 과세요건 충족 시 비과세·면제·과세유예가 명시되어 있지 않으면 종전 규정에 대한 신뢰는 단순한 기대에 그칠 수 있다는 법리가 적용되었다.
- 대법원은 기록상 피고 평택시장에 대한 소는 피고 평택시안중출장소장에 대한 잘못으로 보이며 행정소송법 제14조 제1항의 피고경정신청 대상이 됨을 지적하였다.
자주 묻는 질문
2014년 지방세법 개정 전에 지출한 외국인투자 증자금에도 2014·2015년 법인지방소득세 감면을 적용할 수 있나요?
대구지방법원은 원고가 2009년부터 2013년까지 외국인투자 증자금을 지출했고, 당시에는 법인세 감면이 지방소득세 법인세분에도 영향을 미치는 구조였다고 보았습니다. 그래서 2014·2015사업연도 법인지방소득세에도 종전 규정에 따른 세액감면이 적용되어야 한다고 판단했습니다. 다만 이 판단은 이후 대법원에서 파기환송되었습니다.
외국인투자기업이 받은 조세감면결정은 법인지방소득세에도 영향을 미치나요?
1심은 개정 전 지방세법상 지방소득세 법인세분이 법인세액을 과세표준으로 삼았기 때문에, 법인세 감면 규정이 지방소득세 산정에도 결합되어 작용한다고 보았습니다. 원고가 기획재정부장관의 조세감면결정을 받고 증자금을 모두 지출한 점도 신뢰보호의 근거로 보았습니다. 그러나 대법원은 구 조세특례제한법 규정은 법인세 감면규정일 뿐 지방소득세 감면규정은 아니라고 판단했습니다.
대구지방법원은 법인지방소득세 경정거부처분을 왜 취소했나요?
대구지방법원은 원고가 지방세법 개정 전에 조세감면결정을 받고 승인된 외국인투자금액을 7차례 유상증자로 지출한 점을 중시했습니다. 원고가 종전 법령에 따라 법인지방소득세 감면도 받을 수 있다고 신뢰한 것은 보호할 만하다고 보았습니다. 이에 따라 2014년과 2015년 법인지방소득세 경정거부처분을 위법하다고 판단했습니다.
2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세 과세방식은 어떻게 바뀌었나요?
판례에 따르면 2014년 개정 전에는 법인세액을 과세표준으로 하고 10% 세율을 적용하는 부가세 방식이었습니다. 개정 후에는 법인세의 과세표준을 기준으로 별도의 세율을 적용하는 독립세 방식으로 바뀌었습니다. 이 변화 때문에 구 조세특례제한법상 법인세 감면이 법인지방소득세에 그대로 반영되는지 문제가 되었습니다.
대법원은 이 사건에서 지방세법 부칙의 ‘종전의 규정’을 어떻게 해석했나요?
대법원은 2014년 지방세법 개정에 따른 경과규정에서 말하는 ‘종전의 규정’은 개정 대상이 된 구 지방세법 본칙을 가리킨다고 보았습니다. 구 조세특례제한법 제121조의4 등은 구 지방세법 본칙에 있지 않고 개정 대상도 아니었으므로 여기에 포함되지 않는다고 판단했습니다. 이 이유로 원심 판단을 파기하고 사건을 환송했습니다.
이 사건에서 납세자의 신뢰보호가 쟁점이 된 이유는 무엇인가요?
원고는 지방세법 개정 전에 조세감면결정을 받고 외국인투자 증자금을 지출했으므로, 종전 법령에 따른 감면을 신뢰했다고 주장했습니다. 1심과 2심은 그 신뢰를 보호할 정도에 이르렀다고 보았습니다. 반면 대법원은 지방소득세 법인세분에 관해 장래의 한정된 기간 동안 조세감면을 명시한 종전 규정이 없다고 보아 원심을 받아들이지 않았습니다.
이 사건에서 원고가 환급을 구한 법인지방소득세 금액은 얼마였나요?
원고는 2020년 4월 23일 2014사업연도 법인지방소득세 2,357,451,320원과 2015사업연도 법인지방소득세 2,075,192,050원의 환급을 구하는 감액경정청구를 했습니다. 피고들은 이를 거부하거나 2개월 안에 통지하지 않았고, 이 처분들이 소송의 대상이 되었습니다. 대구지방법원은 해당 경정거부처분을 모두 취소했습니다.
대법원 파기환송은 대구지방법원 1심 판단과 어떤 점에서 달랐나요?
1심은 구 지방세법, 구 법인세법, 구 조세특례제한법 규정이 일체로 작용해 지방소득세 법인세분 감면에도 영향을 준다고 보았습니다. 대법원은 지방세법 경과규정의 ‘종전의 규정’을 구 지방세법 본칙으로 한정했고, 구 조세특례제한법은 지방소득세 감면규정이 아니라고 판단했습니다. 따라서 2014·2015사업연도 법인지방소득세에 구 지방세법의 과세표준과 세율을 적용할 수 없다고 보았습니다.
판결 내용
개정법 시행전 지출된 외국인투자금액 법인지방소득세 적용 여부
[대구고등법원 2023. 7. 21. 2023누10533 처분청 패소]
[대구지방법원 2023. 2. 9. 2020구합26897 처분청 패소]
■ 3심 2023두50738 (선고일자-20231214) 지방소득세
【판결요지】
1) 이 사건 경과규정은 2014년 개정에 따른 신·구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, 여기서 말하는 ‘종전의 규정’은 2014년 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다. 따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고 2014년 개정 대상이 되지도 않았던 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 등은 위 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다.
2) 또한 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 등은 법인세에 대한 감면규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.
3) 구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나, 지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.
4) 결국 이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2015 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다.
다. 그런데도 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 적용하여야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분이 위법하다고 본 원심의 판단에는 이 사건 경과규정의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
【전문】
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 대구고등법원에 환송한다.
【이유】
▣이 유
상고이유를 판단한다.
1. 사안의 개요
원심판결 이유와 기록에 따르면 다음 사실을 알 수 있다.
가. 원고는 네덜란드 법인이 지분100%를 투자하여 설립한 외국인투자기업으로서, 2008. 12. 8.과2011. 8. 22.기획재정부장관으로부터 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제121조의4제1항,제121조의2에 따라 외국인투자(증자)에 관한 각 조세감면결정을 받았고,그 결정에서 승인된 합계192,275,860,000원(이하‘이 사건 증자분’이라 한다)에 관하여2009. 1. 23.부터2013. 4. 30.까지7차례에 걸쳐 유상증자를 하였다.
나. 지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 개정 전의 지방세법을‘구 지방세법’이라 한다),내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래‘법인세액’을 과세표준으로 하고‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고‘법인세율의10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었다. 2014년 개정된 지방세법 부칙 제1조 본문은”이 법은2014. 1. 1.부터 시행한다.“라고 규정하고,부칙 제2조 단서는”법인지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.“라고 규정하는 한편,부칙 제15조는”이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.“라고 규정하였다(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다).
다. 원고는 이 사건 증자분과 관련하여,구 조세특례제한법 제121조의4제1항 등에 따른 감면을 적용하여2014, 2015사업연도의 법인세를 신고·납부하였으나,같은 기간의 법인지방소득세를 신고·납부할 때에는 독립세 방식으로 변경된 과세체계로 인하여 구 조세특례제한법 제121조의4제1항 등에 따른 감면을 적용하지 않았다.
라. 그 후 원고는 이 사건 경과규정을 근거로 이 사건 증자분과 관련한2014, 2015사업연도 법인세 감면의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다고 주장하면서, 2020. 4. 23.당초 신고·납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나 피고들은 위 경정청구를 거부 또는 경정청구일로부터2개월 이내에 아무런 통지를 하지 않았다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다).
2. 관련 법리
개정법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 세금에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정한 개정 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도,납세의무가 성립하기 전 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한,설령 납세의무자가 종전 규정에 따른 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2013. 9. 12.선고2012두12662판결 등 참조).
3. 상고이유에 관한 판단
가. 원심은,지방소득세 법인세분의 산출방법에 관한 구 지방세법 제85조,제89조 외에도 법인세액을 산출하는 법인세법 규정과 구 조세특례제한법 제121조의4제1항 등과 같은 법인세 감면규정이 일체로서 이 사건 경과규정의‘종전의 규정’에 해당하고,구 조세특례제한법 제121조의4제1항 등이 법인세뿐만 아니라 지방소득세 법인세분에 대하여도7년이라는 장래의 한정된 기간 동안 조세감면을 명시한 규정에 해당한다는 이유로,위 구 지방세법 및 구 조세특례제한법 규정들에 대한 원고의 기득권 또는 신뢰 보호를 위해2014, 2015사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용하여야 한다고 판단하였다.
나. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.
1)이 사건 경과규정은2014년 개정에 따른 신·구 법령의 적용관계를 정한 것이므로,여기서 말하는‘종전의 규정’은2014년 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다.따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고2014년 개정 대상이 되지도 않았던 구 조세특례제한법 제121조의4제1항 등은 위‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다.
2)또한 구 조세특례제한법 제121조의4제1항 등은 법인세에 대한 감면규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.
3)구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항,제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나,지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.
4)결국 이 사건에는‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2015사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다.
다. 그런데도 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 적용하여야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분이 위법하다고 본 원심의 판단에는 이 사건 경과규정의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.한편,기록에 따르면 이 사건 피고 평택시장에 대한 소는 피고 평택시안중출장소장에 대한 잘못으로 보이고,이는 행정소송법 제14조 제1항의 피고경정신청 대상이 됨을 지적하여 둔다.
4. 결론
원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
■ 2심 2023누10533 (선고일자-20230721) 지방소득세
【판결요지】
① 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경되었다고 하더라도, 신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한 ‘종전의 규정’에는, 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의4, 제121조의2 제1항 제1호 나목, 제2항 등의 세액감면에 관한 규정도 포함되고, ② 개정 전 법령에 따른 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 대한 원고의 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하므로, 2014년도 및 2015년도 귀속 법인지방세에 대하여 세액감면을 적용한 원고의 각 법인지방소득세 환급 경정청구를 거부한 피고들의 이 사건 각 거부처분은 위법하다.”라는 취지의 제1심 사실인정과 판단은 정당하다.
따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
【전문】
【주문】
1. 피고들의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 피고들이 부담한다.
【이유】
▣청구취지 및 항소취지
1. 청구취지
피고들이2020년5 ~ 6월경 원고에 대하여 한,①별지1 ‘2014사업연도 귀속 부과처분 내역’중‘경정거부처분세액’란 기재 각 법인지방소득세 경정거부처분(합계2,357,451,320원)및②별지2 ‘2015사업연도 귀속 부과처분 내역’중‘경정거부처분세액’란 기재 각 법인지방소득세 경정거부처분(합계2,075,192,050원)(이하 위 각 경정거부처분을‘이 사건 각 거부처분’이라 한다)을 모두 취소한다.
2. 항소취지
제1심판결을 취소한다.원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
▣이 유
1. 제1심판결의 인용
피고들의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고,제1심에서 제출된 증거들에다가 당심에서 제출된 증거들(을나 제8내지15호증,을라 제1내지3호증,을바 제1, 2호증의 각 기재)을 보태어 다시 살펴보더라도, “①지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경되었다고 하더라도,신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한‘종전의 규정’에는,외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항 등의 세액감면에 관한 규정도 포함되고,②개정 전 법령에 따른 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 대한 원고의 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하므로, 2014년도 및2015년도 귀속 법인지방세에 대하여 세액감면을 적용한 원고의 각 법인지방소득세 환급 경정청구를 거부한 피고들의 이 사건 각 거부처분은 위법하다.”라는 취지의 제1심 사실인정과 판단은 정당하다.
따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 결론
그렇다면 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로,피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
■ 1심 2020구합26897 (선고일자-20230209) 지방소득세
【판결요지】
개정 전 법령에 따른 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로, 개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한 2014 및 2015 각 사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제121조의4, 제121조의2 제1항 제1호 나목, 제2항에 따라 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면이 적용되어야 하는바, 이에 반하는 이 사건 각 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
【전문】
【주문】
1. 피고들이 원고에 대하여 한 [별지 1] 2014 사업연도 귀속 부과처분 내역 기재 합계 2,357,451,320원의 법인지방소득세 경정거부처분 및 [별지 2] 2015 사업연도 귀속 부과처분 내역 기재 합계 2,075,192,050원의 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고들이 부담한다.
【이유】
▣청 구 취 지
주문과 같다.
▣이 유
1. 처분의 경위 및 내용 등
가. 원고는 네덜란드 국적 회사인IMC International Metalworking Companies B.V.가 지분의100%를 투자하여 고성능 금속절삭공구(텅스텐 카바이드 공구)의 제조 및 판매 등을 영위하는 외국인투자 촉진법상의 외국인투자기업으로서,구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제121조의4,제121조의2제6항에 따라2008. 11. 24.및2011. 8. 5.기획재정부에 외국인투자(증자)에 관한 세액감면을 신청하여2008. 12. 8.및2011. 8. 22.각 조세감면결정(이하‘이 사건 각 조세감면결정’이라 한다)을 받았다.
나. 원고는 이 사건 각 조세감면결정에 따라 승인된 합계192,275,860,000원의 외국인투자금액(이하‘이 사건 외국인투자금액’이라고 한다)에 관해 예정대로2009. 1. 23.부터2013. 4. 30.까지7차례에 걸쳐 유상증자를 하였다.
다. 한편,지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을‘개정 전 지방세법’,개정된 후 지방세법을‘개정 지방세법’이라 한다) ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’을 과세표준으로 하는 부가세(10%)방식이던 지방소득세 법인세분은‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’(법인세의 과세표준)을 과세표준으로 하여 독자적인 누진세율을 적용한 돈을 법인지방소득세로 하는 독립세 방식으로 개정되었다.
라. 원고는 피고들에게 개정 지방세법이 정하는 방식에 따라[별지1]기재와 같이2014사업연도 법인세 과세표준을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세 합계4,606,898,940원 및[별지2]기재와 같이2015사업연도 법인세 과세표준을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세 합계4,615,303,620원을 각 신고·납부하면서,이 사건 각 조세감면결정에 따라 법인세액 감면이 예정되어 있던 부분에 관해 개정 전 지방세법에 따른 세액감면을 적용하지 않았다.
마. 그 후 원고는2020. 4. 23.피고들에게 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목 및 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라2014및2015각 사업연도 법인지방소득세에 세액감면을 적용하여2014사업연도의 경우 합계2,357,451,320원, 2015사업연도의 경우 합계2,075,192,050원이 각 환급되어야 한다는 감액경정청구를 하였다.그러나 피고들은 원고에 대하여 위 경정청구를 거부하는 처분을 하거나2개월 이내에 위 경청청구에 관한 심사결과 통지를 하지 않았다(이하 위 경정청구 거부처분 및 심사결과 불통지를 통틀어‘이 사건 각 처분’이라 한다).
바. 원고는2020. 8. 4.조세심판원에 이 사건 각 처분에 대한 심판청구를 제기하였으나,그로부터90일 내에 그에 대한 결정의 통지를 받지 못하자 이 사건 소를 제기하였다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다),을마 제1호증,을아 제1내지3호증,을차 제1, 2호증의 각 기재,변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고는 지방세법 개정 전에 이 사건 외국인투자금액을 지출함으로써 그 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였는바,기득권 내지 신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다)에 따라 그 원인행위 시점에 시행 중이던 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항의 세액감면에 관한 규정이 적용되어야 하므로,이에 반하는 이 사건 각 처분은 위법하다.
나. 관련 법령
[별지3]관련 법령 기재와 같다.
다. 판단
1)조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로,여기서‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나,비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원1994. 5. 24.선고93누5666전원합의체 판결,대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2015. 10. 15.선고2015두36652판결 등 참조).
2)개정 전 지방세법 제85조 제1호는‘소득분’이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것이라고 규정하고 있고,같은 조 제2호는‘법인세분’이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세라고 규정하고 있으며,같은 법 제89조 제1항은 법인세분의 표준세율은 법인세액의100분의10으로 한다고 규정하고 있고,구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제55조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 소득의 범위에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다.한편,구 조세특례제한법 제121조의2제1항 제1호 나목은 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 고도의 기술을 수반하는 사업을 하기 위한 외국인투자에 대해서는 같은 법 제121조의2제2항에 따라 법인세를 감면한다고 규정하고 있고,같은 법 제121조의2제2항은 외국인투자기업에 대한 법인세는 같은 조 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되,그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 상당금액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의100분의50에 상당하는 세액을 각 감면한다고 규정하고 있으며,같은 법 제121조의4제1항은 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 같은 법 제121조의2를 준용한다고 규정하고 있다.
그런데 개정 지방세법 제85조 제2호는‘법인지방소득’이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득이라고 규정하고 있고,같은 법 제103조의19는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액이라고 규정하고 있으며,같은 법 제103조의21제1항은 법인지방소득세는 위 과세표준에 제103조의20에 따른 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하‘법인지방소득세 산출세액’이라 한다)을 그 세액으로 한다고 규정하고 있고,같은 법 제103조의22제1항은 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하되 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.한편,개정 지방세법 부칙 제2조 본문에서는“이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 규정하면서도,이 사건 경과규정에서는“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있다.
이에 의하면,개정 전 지방세법에 의하여 지방소득세 법인세분을 산정할 때에는 법인세 과세표준에 소정의 세율을 적용한 산출세액에 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등을 한 금액을 그 과세표준으로 하게 되므로 결과적으로 위와 같은 세액감면,세액공제 등이 지방소득세 법인세분 산정에도 적용될 수 있었으나,개정 지방세법은 법인지방소득세 과세표준을‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’으로 규정하여 구 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등은 법인지방소득세 산정에 더 이상 영향을 미치지 못하게 되었으며,세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하면서 법인지방소득세에 대한 세액 공제·감면 규정을 지방세특례제한법에 따로 두지 않았다.
따라서 납세의무자는 개정 전 지방세법 시행 당시 구 조세특례제한법에 따른 조세감면결정을 받고 이에 따라 개정 지방세법 시행 전 외국인투자금액을 모두 지출하였음에도 개정 지방세법 시행 후에는 외국인투자금액에 대한 법인지방소득세에 관해 더 이상 세액감면을 받지 못하게 되었고,이러한 경우 법령이 지방세의 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우라 할 수 있는데,앞서 본 대로 개정 전 지방세법은 지방소득세 법인세분에 관하여 그 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하여 법인세의 부가세 방식을 취하고 있었고,법인세법의 과세표준,구 조세특례제한법상의 세액감면이나 세액공제 규정 등을 유기적으로 결합하여 적용하여야 지방소득세 법인세분의 최종적인 세액을 확정할 수 있었는바,지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 산정에 관한 구 법인세법 제13조,제55조뿐만 아니라 산출세액의 공제에 관한 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항 등도 개정 전 지방세법 관련 조항들과 일체로서 지방소득세 법인세분의 부과 또는 감면에 관한 규정에 해당한다고 할 것이므로,위 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항 등은 이 사건 경과규정의‘종전 규정’에 해당한다고 봄이 상당하다.
3)나아가 살피건대,앞에서 인정한 사실에 비추어 인정되는 다음의 사정,즉 원고는 지방세법이 개정되기 이전인2009년부터2013년까지 이 사건 외국인투자금액을 지출하였는데 당시 시행 중이던 개정 전 지방세법에 의하면 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하고 있었던 점,납세의무자인 원고로서는 개정 전 지방세법 하에서 위와 같이 이 사건 외국인투자금액을 지출하면서 향후 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항에 따라 세액감면을 받을 수 있다고 믿고 이를 지출하였을 것으로 보이는 점,납세의무자가 가지고 있는 세액감면에 관한 신뢰는 법인세에 대한 것인지 지방소득세에 대한 것인지에 따라 본질적으로 다르다고 보이지 않는 점,개정 전 지방세법 시행 중에 이미 법인세액에서 공제할 대상인 이 사건 외국인투자금액의 지출이라는 원인행위가 있었고 향후의 세액감면에 관한 기준이 확정되어 있었다는 점 등을 종합하면,종전 지방소득세 법인세분에 적용되었던 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면에 대한 원고의 신뢰는 보호할 만한 가치가 있는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하고,이를 단순한 기대 또는 반사이익에 불과하다고 할 수 없다.
따라서 개정 전 법령에 따른 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로,개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한2014및2015각 사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법 제13조,제55조,구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항에 따라 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면이 적용되어야 하는바,이에 반하는 이 사건 각 처분은 위법하고,이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
3. 결론
원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
[별지3]
관련 법령
▣구 지방세법(2020. 12. 29.법률 제17769호로 개정되기 전의 것)
제85조(정의)
①지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "법인지방소득"이란「법인세법」제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.
제94조(세액공제 및 세액감면)
종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.다만,종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
제103조의19(과세표준)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
제103조의21(세액계산)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액,「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하“법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,「조세특례제한법」제100조의32제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
부칙(제12153호, 2014. 1. 1.)
제1조(시행일)
이 법은2014년1월1일부터 시행한다.다만,제92조제2항,제103조의3제4항 및 제103조의20제2항의 개정규정은2017년1월1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)
이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.다만,제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제15조(일반적 경과조치)
이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
▣구 지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 전부 개정되기 전의 것)
제85조(정의)지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
3. "소득세분"이란「소득세법」에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
4. "법인세분"이란「법인세법」에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제89조(세율)
①소득분의 표준세율은 다음과 같다.
제94조(소득분의 계산방법)
①소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다.다만,제87조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.
▣구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)
제13조(과세표준)
내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액.이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나,「국세기본법」제45조에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액
제55조(세율)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하"산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.
▣구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)
제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)
①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다.이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세,소득세,취득세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서「외국인투자 촉진법」제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
나. 고도의 기술을 수반하는 사업:국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업
② 「외국인투자촉진법」제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서“외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되,그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다.이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항,제12항제1호ㆍ제2호 및 제121조의4제4항에서“감면대상세액”이라 한다)의 전액을,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의100분의50에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 이하 모두 생략)
⑥외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. (단서 생략)
⑧기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. (단서 생략)
제121조의4(증자의 조세감면)
①외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2및 제121조의3을 준용한다. (단서 생략)
▣지방세특례제한법
제153조(외국인투자에 대한 개인지방소득세 등의 감면)
① 「조세특례제한법」제121조의2제1항각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다.이하 이 조에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 개인지방소득세를 각각 감면한다.
끝.