사실관계
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판단 결과
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핵심 쟁점
- 산업단지계획 승인취소와 그 효력정지결정 이후 이 사건 토지의 주거지역 등 편입일을 언제로 볼 것인지
- 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 나목의 대규모개발사업 및 보상 지연 예외에 해당하는지
- 주거지역 등 편입 이후 상속으로 취득한 농지에 대해 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따른 감면대상 소득금액이 존재하는지
- 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항 산식상 편입일 기준시가가 취득일 기준시가보다 낮은 경우 감면할 양도소득세가 있는지
- 수용 또는 협의매수 대상 토지에 조세특례제한법 제69조 제1항 단서를 적용할 수 있는지
판례 포인트
- 산업단지계획 승인취소에 대해 법원의 효력정지결정이 있으면 승인취소의 효력이 발생하지 않아 용도지역 환원이 이루어진 것으로 볼 수 없다.
- 대규모개발사업에서 사업시행자의 예산부족 등으로 보상이 지연되어 편입일부터 3년이 지난 경우 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 나목에 해당할 수 있다.
- 자경농지 감면대상에 해당될 수 있더라도 주거지역 등에 편입된 농지는 편입일까지의 소득에 대한 세액만 감면된다.
- 농지를 주거지역 등 편입 이후 취득한 경우 취득 후 편입일까지의 양도소득이 존재하지 않아 감면대상 소득금액이 없을 수 있다.
- 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항 산식상 편입일 기준시가가 취득일 기준시가보다 낮으면 감면대상 소득액이 없어 감면할 세액도 없다는 판단이 가능하다.
- 조세감면요건은 조세법률주의와 조세공평 원칙상 엄격하게 해석되며, 시행령이 협의매수 또는 수용의 경우를 명시하고 있으면 수용방식 개발사업이라는 사정만으로 적용을 배제할 수 없다.
자주 묻는 질문
상속으로 취득한 농지가 이미 주거지역에 편입된 뒤 양도되면 자경농지 양도소득세 감면을 받을 수 있나요?
수원지방법원은 이 사건 토지가 주거지역 등으로 편입된 뒤 원고들이 상속으로 취득했으므로, 취득 후 편입일까지 발생한 양도소득이 없다고 보았습니다. 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항의 산식에 따르더라도 편입일 기준시가가 취득일 기준시가보다 낮아 감면대상 소득금액이 없다고 판단했습니다. 따라서 경정거부처분은 적법하다고 보아 원고들의 청구를 기각했습니다.
산업단지계획 승인취소에 효력정지결정이 있으면 토지의 주거지역 편입일은 언제로 보나요?
법원은 산업단지계획 승인취소 등에 대해 효력정지결정이 있었으므로 승인취소의 효력이 발생하지 않았다고 보았습니다. 그 결과 용도지역 환원도 이루어지지 않은 것으로 보아, 이 사건 토지의 주거지역 등 편입일은 최초 산업단지계획 승인·고시일인 2010년 3월 15일이라고 판단했습니다.
대규모개발사업의 보상 지연으로 주거지역 편입 후 3년이 지나 양도된 농지는 감면 대상이 될 수 있나요?
법원은 이 사건 산업단지계획이 사업면적 4,824,912㎡, 토지소유자 1,800여 명의 대규모개발사업에 해당하고, 사업시행자의 예산 부족 등으로 보상이 지연되었다고 인정했습니다. 이에 따라 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 나목에 해당하여 자경농지 양도소득세 감면대상에는 해당될 수 있다고 보았습니다. 다만 최종적으로는 감면대상 소득금액이 없어 감면할 세액이 없다고 판단했습니다.
공익사업으로 협의취득 또는 수용되는 농지에는 주거지역 편입 후 감면 제한 규정이 적용되지 않나요?
원고들은 수용방식 개발사업에서는 개발이익을 누릴 수 없으므로 조세특례제한법 제69조 제1항 단서를 적용해서는 안 된다고 주장했습니다. 그러나 법원은 조세감면요건은 법문대로 엄격하게 해석해야 하고, 시행령 제66조 제7항이 협의매수되거나 수용되는 경우를 명시하고 있다고 보았습니다. 따라서 수용 또는 협의취득이라는 사정만으로 감면 제한 규정의 적용을 제외할 수 없다고 판단했습니다.
취득일 기준시가가 주거지역 편입일 기준시가보다 높으면 양도소득세 감면세액은 어떻게 되나요?
이 판결은 이 사건 토지의 2010년 3월 15일 편입일 기준시가가 2011년 9월 12일 상속 취득일 기준시가보다 낮다고 보았습니다. 시행령 제66조 제7항의 산정방식에 따르면 감면대상 소득액이 없어 감면할 세액도 없다는 결론이 나왔습니다. 그래서 원고들의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분이 유지되었습니다.
판결 내용
- 양도
- 수원지방법원-2022-구단-6868
- 귀속년도 : 2018
- 심급 : 1심
- 등록일자 : 2025.08.10.
- 생산일자 : 2023.03.08.
- 진행상태 : 완료
요지
쟁점토지 취득시 기준시가가 주거지역 등 편입일자(2010.3.15.)의 기준시가보다 높아 조특법 제66조 제7항에 따른 감면대상금액계산시 0보다 적은 금액이 도출되어 감면할 양도세가 존재하지 않는다
판결내용
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
상세내용
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주 문
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
청 구 취 지
1. 피고 ○○세무서장이 2021. 2. 4.,
가. 원고 김AA에 대하여 한 2018년1) 귀속 양도소득세 26,494,562원의 경정거부처분,
나. 원고 원BB에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 17,514,102원의 경정거부처분을 각 취소하고,
2. 피고 ●●세무서장이 2021. 1. 7. 원고 원CC에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세17,483,016원의 경정거부처분을 취소하고,
3. 피고 ◎◎◎세무서장이,
가. 2021. 2. 8. 원고 원DD에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 17,483,016원의
경정거부처분,
나. 2021. 2. 23. 원고 원EE에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 17,483,016원의 경정거부처분을 각 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고들과 원FF는 망 원GG의 배우자 및 자녀들로서, 2016. 2. 3. 망 원GG소유이던 ○○시 ○○동 824 답 4,093㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 상속재산분할 협의를 통해 각 1/6 지분씩 취득한 후, 2018. 10. 11.경 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 ○○○시티프로젝트금융투자 주식회사에 양도하였다.
나. 경기도지사는 2010. 3. 15. 이 사건 토지를 제2종 일반주거지역으로 변경하는 내용이 포함된 ○○ ○○○시티 일반산업단지계획(이하 ‘이 사건 산업단지계획’이라 한다)을 승인·고시하였으나, 2014. 4. 11. 위 승인 및 사업시행자 지정 등을 취소하였다.
이에 사업시행자가 위 승인취소 등의 취소를 구하는 소를 제기하였고(수원지방법원 2014구합4000), 위 법원은 2014. 6. 3.경 위 승인취소 등의 효력정지결정을 하였으며, 그 후 2016. 5. 18.경 법원의 조정권고에 따라 경기도지사가 2016. 6. 27. 위 승인취소를 철회하였다.
다. 원고들은 이 사건 토지를 양도한 후 구 조세특례제한법 제69조에 따른 자경농지 감면을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였고, 그 후 2020. 12.경 양도소득세를 아래 표 수정액과 같이 산정하여 최초신고액과의 차액의 반환을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고들은 이 사건 토지가 주거지역등에 편입된 이후 상속으로 취득한 것이어서 조세특례제한법 제69조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제66조 제7항에 따른 감면대상 소득금액이 없다는 이유로 아래 각 처분일에 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
- 표 생략 -
마. 원고는 2021. 5. 3. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 12. 27. 이를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론
전체의 취지.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고 주장의 요지
1) 2010. 3. 15. 이 사건 산업단지계획 승인으로 이 사건 토지가 주거지역으로 편입되었으나, 그 후 산업단지계획 승인 및 지정 등이 취소됨으로써 이 사건 토지는 기존 용도지역으로 환원되었다. 그 후 2016. 6. 27. 이 사건 산업단지계획 승인취소가 철회되기는 하였으나, 행정처분의 철회에는 소급효가 없고 장래효만 있으므로, 이 사건 토지의 주거지역 편입일은 피고들이 주장하는 2010. 3. 15.이 아니라 위 2016. 6. 27.로 보아야 한다. 원고들은 위 편입일 이전에 이 사건 토지를 상속받았으므로 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 따라 양도소득세는 전액 감면되어야 한다.
2) 설령 이 사건 토지의 주거지역 편입일을 2010. 3. 15.로 본다 하더라도, 편입일로부터 양도일까지 3년을 도과하게 된 것은 사업시행자의 단계적 사업시행 및 보상지연으로 인한 것이므로, 이는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목 내지 나목에 해당하여 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 감면대상이 된다.
3) 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 환지방식의 개발사업이나 단순한 용도지역변경에는 적용될 수 있으나, 이 사건과 같이 수용방식의 개발사업에는 적용될 수 없다고 보아야 한다. 이 사건 토지와 같은 수용대상 토지의 경우 주거지역 등에 편입된다고 하더라도 보상금 산정 시 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’에서 개발이익을 배제하고 종전의 용도지역으로 평가하도록 정하고 있어 농지로 평가할 수 밖에 없고, 심지어 개발행위허가 제한지역으로 결정됨에 따라 재산권행사에 큰 제약이 생길 뿐 개발이익을 누릴 방법이 없으며, 원고들도 농지 이외의 용도로 사용할 수가 없어 농지로만 이용하였으므로, 이 사건 토지는 실질적으로 경제적 가치 면에서 농지라고 보아야 한다. 그럼에도 농지 외의 토지로 보아 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 양도소득세 감면을 배제하는 것은 조세법률주의 평등권, 조세공평주의 및실질과세의 원칙을 위반하는 것이다.
나. 관계 법령
별지와 같다(이하 구법의 연혁은 이와 같다).
다. 판단
1) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 산업단지계획이 승인된 후 취소되기는 하였으나, 그 승인취소 등에 대하여 법원의 효력정지결정이 있었으므로, 승인취소 등의 효력은 발생하지 않게 된다. 따라서 승인취소의 효과로서 용도지역 환원 역시 아직 이루어지지 않은 것이므로, 이 사건 토지가 공업지역으로 편입된 날은 이 사건 산업단지 계획이 승인·고시된 2010. 3. 15.로 보아야 한다. 이와 다른 전제에서 한 원고들의 이부분 주장은 이유 없다.
2) 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목, 나목 해당 여부
갑 제4호증, 을 제2호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 산업단지계획의 사업면적은4,824,912㎡, 토지소유자는 1,800여명으로 ‘대규모개발사업’에 해당하고, 사업시행자의 예산부족 등으로 보상이 지연되어 ‘공업지역으로 편입된 날로부터 3년’이 지나게 되었음이 인정된다. 이는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 나목, 같은 법 시행규칙 제27조 제3항, 제5항에 해당하므로, 결국 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면대상에 해당될 수 있다.
3) 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 적용
그러나 해당 농지가 양도소득세 감면 대상(구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문)이라고 하더라도, 주거지역 등에 편입된 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 정한 대로 ‘주거지역 등에 편입된 날까지의 소득에 대한 세액만 감면’한다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지가 이미 주거지역 등으로 편입된 이후에 원고들이 이를 취득하였으므로 ‘취득 후 주거지역에 편입될 때까지 농지의 양도로 발생한 소득’이 있을 수 없다. 또한 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 위임에 따른 같은 법 시행령 66조 제7항에서 정한 산정방식에 의하더라도, 이 사건 토지들의 편입일(2010. 3. 15.)의 기준시가는 취득일(상속일인 2011. 9. 12.)의 기준시가보다 낮으므로(을 제6호증의 1, 2), 결국 감면 대상이 되는 소득액이 없어 감면할 세액도 없는 셈이된다.
이에 대하여 원고들은 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 수용의 경우에는 적용해서는 안된다고 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 앞서 본 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에서는 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’ 및 그 밖의 법률에 따라 ‘협의매수되거나 수용되는 경우’를 명시하여 규정하고 있으므로, 원고들이 주장하는 사정만으로 이를 제외시킬 수는 없다. 따라서 이 부분 원고들의 주장도 이유 없다.
3. 결론
원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각한다.