이 사건 토지들이 공업지역으로 편입된 날은 이 사건 산업단지계획이 승인?고시된 날로 보아야함

주 문

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고들과 목BB 등 3남매는 2011. 9. 12. 평택시 가재동 94 답 4,279㎡ 및 같은 동 98 답 3,390㎡(이하 ‘이 사건 토지들’이라고 한다)를 망부 목CC로부터 상속받아 1/3씩 취득하였고, 2018. 6. 4. 공공용지의 협의취득을 원인으로 평택도시공사에 양도 하였다.

 나. 경기도지사는 2010. 3. 15. 이 사건 토지들의 용도지역을 공업지역 등으로 변경하는 내용이 포함된 평택 ㅁㅁㅁ시티 일반산업단지계획(이하 ‘이 사건 산업단지계획’이라 한다)을 승인·고시하였다가, 2014. 4. 11. 위 승인 및 사업시행자 지정 등을 취소하였다. 이에 사업시행자가 위 승인취소 등의 취소를 구하는 소를 제기하였고(수원지방법원 2014구합4000), 위 법원은 2014. 6. 3.경 위 승인취소 등의 효력정지결정을 하였으며, 그 후 2016. 5. 18.경 법원의 조정권고에 따라 경기도지사가 2016. 6. 27. 위 승인취소를 철회하였다.

 다. 원고들은 2018. 8. 24. 구 조세특례제한법 제69조에 따른 자경농지 감면을 적용하여 양도소득세를 0원으로 예정신고를 하였고, 그 후 2018. 11. 27. 위 감면적용을 배제하여 원고 목AA은 2018년 귀속 양도소득세를 94,879,279원, 목DD는 2018년 귀속 양도소득세를 90,677,000원으로 수정신고하고 이를 납부하였다.

 라. 원고들은 2020. 12. 7. 자경농지 감면을 적용하여, 원고 목AA은 67,730,071원,원고 목DD는 64,733,194원의 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 2. 4. 이 사건 토지들이 주거지역 등에 편입된 이후 상속으로 취득한 것이어서 조세특례제한법 제69조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제66조 제7항에 따른 감면대상 소득금액이 없다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 마. 원고는 2021. 5. 3. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은2021. 12. 27. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의

각 기재 및 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

  1) 2010. 3. 15. 이 사건 산업단지계획 승인으로 이 사건 토지들이 공업지역(주거지역 등)으로 편입되었으나, 그 후 산업단지계획 승인 및 지정 등이 취소됨으로써 이 사건 토지들은 기존 용도지역으로 환원되었다. 그 후 2016. 6. 27. 이 사건 산업단지계획 승인취소가 철회되기는 하였으나, 행정처분의 철회에는 소급효가 없고 장래효만 있으므로, 이 사건 토지들의 공업지역 편입일은 피고가 주장하는 2010. 3. 15.이 아니라 위 2016. 6. 27.로 보아야 한다. 원고들은 위 편입일 이전에 이 사건 토지들을 상속받았으므로 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 따라 양도소득세는 전액 감면되어야 한다.

  2) 설령 이 사건 토지들의 공업지역 편입일을 2010. 3. 15.로 본다 하더라도, 편입일로부터 양도일까지 3년을 도과하게 된 것은 사업시행자의 단계적 사업시행 및 보상지연으로 인한 것이므로, 이는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목내지 나목에 해당하여 결국 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 감면대상이 된다.

  3) 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 환지방식의 개발사업이나 단순한 용도지역변경에는 적용될 수 있으나, 이 사건과 같이 수용방식의 개발사업에는 적용될 수 없다고 보아야 한다. 이 사건 토지들과 같은 수용대상 토지의 경우 공업지역 등에 편입된다고 하더라도 보상금 산정 시 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’에서 개발이익을 배제하고 종전의 용도지역으로 평가하도록 정하고 있어 농지로 평가 할 수 밖에 없고, 심지어 개발행위허가 제한지역으로 결정됨에 따라 재산권행사에 큰 제약이 생길 뿐 개발이익을 누릴 방법이 없으며, 원고들도 농지 이외의 용도로 사용할 수가 없어 농지로만 이용하였으므로, 이 사건 토지들은 실질적으로 경제적 가치 면에서 농지라고 보아야 한다. 그럼에도 농지 외의 토지로 보아 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 양도소득세 감면을 배제하는 것은 조세법률주의 평등권, 조세공평주의 및 실질과세의 원칙을 위반하는 것이다.

 나. 관계 법령

 별지와 같다(이하 구법의 연혁은 이와 같다).

 다. 판단

  1) 공업지역(주거지역 등) 편입일

   앞서 본 바와 같이 이 사건 산업단지계획이 승인된 후 취소되기는 하였으나, 그 승인취소 등에 대하여 법원의 효력정지결정이 있었으므로, 승인취소 등의 효력은 발생하지 않게 된다. 따라서 승인취소의 효과로서 용도지역 환원 역시 아직 이루어지지 않은 것이므로, 이 사건 토지들이 공업지역으로 편입된 날은 이 사건 산업단지계획이 승인·고시된 2010. 3. 15.로 보아야 한다. 이와 다른 전제에서 한 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

  2) 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목, 나목 해당 여부

   갑 제4호증, 을 제4호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 산업단지계획의 사업면적은4,824,912㎡, 토지소유자는 1,800여명으로 ‘대규모개발사업’에 해당하고, 사업시행자의예산부족 등으로 보상이 지연되어 ‘공업지역으로 편입된 날로부터 3년’이 지나게 되었음이 인정된다. 이는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 나목, 같은 법 시행규칙 제27조 제3항, 제5항에 해당하므로, 결국 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면대상에 해당될 수 있다.

  3) 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 적용

   그러나 해당 농지가 양도소득세 감면 대상(구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문)이라고 하더라도, 주거지역 등에 편입된 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 정한 대로 ‘주거지역 등에 편입된 날까지의 소득에 대한 세액만 감면’한다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지들이 이미 공업지역(주거지역 등)으로 편입된 이후에 원고들이 이를 취득하였으므로 ‘취득 후 주거지역에 편입될 때까지 농지의 양도로 발생한 소득’이 있을 수 없다. 또한 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 위임에 따른 같은 법 시행령 66조 제7항에서 정한 산정방식에 의하더라도, 이 사건 토지들의 편입일(2010. 3. 15.)의 기준시가는 취득일(상속일인 2011. 9. 12.)의 기준시가보다 낮으므로(을 제6호증의 1, 2), 결국 감면 대상이 되는 소득액이 없어 감면할 세액도 없는 셈이 된다.

   이에 대하여 원고들은 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 수용의 경우에는 적용해서는 안된다고 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 앞서 본 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에서는 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’ 및 그 밖의 법률에 따라 ‘협의매수되거나 수용되는 경우’를 명시하여 규정하고 있으므로, 원고가 주장하는 사정만으로 이를 제외시킬 수는 없다. 따라서 이 부분 원고들의 주장도 이유 없다.

3. 결론

  원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각한다.