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판례 / 양도소득세 취득가액 결정의 적정 여부
판례 정보 서울행정법원 일반행정

양도소득세 취득가액 결정의 적정 여부

원고는 2002년 이 사건 상가를 취득한 뒤 2020년에 양도하고 취득가액을 신고하였으나, 피고는 양도소득세 조사 후 취득가액을 1억 원으로 보아 2020년 귀속 양도소득세를 부과하였다. 원고는 실제 취득가액이 더 높고, 그렇지 않더라도 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 또는 기준시가 등에 따른 추계결정이 필요하다고 주장하였다. 법원은 실지거래가액은 일반 시가가 아니라 실제 거래대금 또는 거래 당시 실지 약정금액을 의미한다고 보았다. 제출된 매매계약서, 계좌거래 내역, 뒤늦게 제출된 계약서와 확인서의 신빙성, 시가감정 결과의 한계 등을 종합하여 이 사건 상가의 취득 당시 실지거래가액을 1억 원으로 인정하고 원고의 청구를 기각하였다.

서울행정법원-2024-구단-59773 2025.04.09 마지막 업데이트 2026.05.28

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2024-구단-59773
사건구분
구단
선고일
2025.04.09
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목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 양도차익 계산에서 취득가액이 되는 실지거래가액의 의미
  • 이 사건 상가 취득 당시 실지거래가액을 1억 원으로 볼 수 있는지 여부
  • 원고가 주장한 더 높은 취득가액과 현금 지급 주장의 증명 여부
  • 뒤늦게 제출된 매매계약서와 거래사실확인서ㆍ사실확인서의 신빙성
  • 시가감정 결과만으로 실지거래가액을 인정할 수 있는지 여부
  • 취득가액을 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 또는 기준시가 등으로 추계결정해야 하는지 여부

판례 포인트

  • 실지거래가액은 객관적 시가가 아니라 실제 거래대금 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다.
  • 필요경비 공제와 관련된 사실관계가 납세의무자의 지배영역에 있고 과세관청의 입증이 곤란한 경우에는 납세의무자에게 증명의 필요가 돌아갈 수 있다.
  • 취득 당시 작성ㆍ제출된 매매계약서와 그 내용에 부합하는 계좌거래 내역은 실지거래가액 판단에서 중요한 자료가 된다.
  • 취득 후 장기간이 지난 뒤 작성된 거래사실확인서나 사실확인서는 객관적 뒷받침이 부족하면 그대로 믿기 어렵다.
  • 감정 결과상 시가가 더 높게 보이더라도 그것만으로 실제 약정된 거래대금이 그 금액이라고 인정되지는 않는다.
  • 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 납세자가 추계를 원한다는 사정만으로 추계조사의 요건이 충족되지 않는다.

자주 묻는 질문

Q 상가 양도소득세에서 취득가액은 시가가 아니라 실제 매매대금으로 판단하나요?

A 서울행정법원은 양도차익 계산의 기준이 되는 실지거래가액은 일반적인 시가가 아니라 실제 거래대금 또는 거래 당시 실제 약정된 금액이라고 보았습니다. 이 사건에서는 감정 결과 취득 당시 시가가 원고 주장 금액에 가까워 보이는 사정이 있었지만, 그것만으로 실제 취득가액을 원고 주장 금액으로 인정할 수 없다고 판단했습니다.

Q 매매계약서와 계좌이체 내역이 있으면 양도소득세 취득가액 판단에 중요하게 보나요?

A 법원은 양도인이 과거 양도소득세 신고 때 제출한 매매계약서와 그 계약서에 맞는 계좌이체 내역을 중요한 근거로 보았습니다. 매매계약서에는 매매대금과 지급일이 기재되어 있었고, 같은 날 원고 계좌에서 양도인 계좌로 해당 금액이 지급된 내역이 확인되었습니다. 반면 원고가 주장한 추가 대금 지급을 뒷받침하는 객관적 이체나 인출 내역은 확인되지 않았습니다.

Q 현금으로 추가 매매대금을 지급했다는 주장만으로 취득가액을 높게 인정받을 수 있나요?

A 이 사건에서 원고는 일부 대금은 계좌이체로, 나머지는 보관하던 현금으로 지급했다고 주장했습니다. 그러나 법원은 원고 계좌에서 추가 금원이 인출되거나 양도인에게 이체된 내역이 확인되지 않고, 현금 지급을 뒷받침할 객관적 증거도 부족하다고 보았습니다. 그래서 원고가 주장한 더 높은 취득가액은 인정하지 않았습니다.

Q 나중에 작성된 거래사실확인서나 사실확인서로 취득가액을 입증할 수 있나요?

A 법원은 이 사건에서 거래사실확인서와 사실확인서가 취득 후 약 15년 또는 22년이 지난 뒤 작성되었다는 점을 지적했습니다. 또 그 내용을 뒷받침할 객관적 증거가 부족하다고 보아 그대로 믿기 어렵다고 판단했습니다. 확인서가 있더라도 작성 시기와 객관적 자료의 뒷받침 여부가 함께 문제될 수 있습니다.

Q 취득가액을 실제 거래가액으로 확인할 수 있으면 환산취득가액이나 매매사례가액으로 추계할 수 없나요?

A 법원은 소득세 과세표준과 세액은 원칙적으로 실지조사로 밝혀진 실액에 따라 결정한다고 설명했습니다. 추계조사는 장부나 증빙이 없거나 중요 부분이 미비·허위이고 달리 실액을 밝힐 방법이 없는 경우에 예외적으로 허용된다고 보았습니다. 이 사건에서는 취득 당시 실지거래가액을 인정할 수 있다고 보아 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가로 추계할 필요가 없다고 판단했습니다.

Q 서울행정법원 2024구단59773 사건에서 양도소득세 부과처분 취소 청구는 어떻게 결론났나요?

A 서울행정법원은 2025년 4월 9일 원고의 청구를 기각했습니다. 피고 세무서장이 이 사건 상가의 취득가액을 원고 신고액보다 낮은 금액으로 보아 2020년 귀속 양도소득세 139,323,260원 가산세 포함 부과처분을 한 것이 위법하다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 소송비용도 원고가 부담하도록 했습니다.

판결 내용

  • 양도
양도소득세 취득가액 결정의 적정 여부 국승
  • 서울행정법원-2024-구단-59773
  • 귀속년도 : 2020
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2025.08.25.
  • 생산일자 : 2025.04.09.
  • 진행상태 : 진행중
관련 법령
소득세법 제97조
요지 판결내용 상세내용

요지

양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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[세 목]

[판결유형]

국승

[사건번호]

서울행정법원-2024-구단-59773(2025.04.09)

[직전소송사건번호]

[제 목]

양도소득세 취득가액 결정의 적정 여부

[요 지]

양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는

일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지

약정된 금액을 의미함

[판결내용]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[관련법령]

소득세법 제94조【양도소득의 범위】

소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

국세법령정보시스템

사 건

2024구단59773 양도소득세부과처분취소

원 고

장ㅇㅇ

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2025. 02. 12.

판 결 선 고

2025. 04. 09.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

피고가 2023. 7. 1. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 139,323,260원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

   가. 원고는 2002. 11. 18. 서울 **구 ***동 3**-1 제2동 내 제1층 제101호(이하 ‘이 사건 상가’라 한다)에 관하여 2002. 10. 15. 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 원고 앞으로 마쳤다.

나. 원고는 2020. 4. 17. 이 사건 상가를 매매대금 **억 원에 양도(이하 ‘이 사건양도’라 한다)하고, 2020. 5. 15. 취득가액을 4**,***,000원, 양도가액을 18억 원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 3**,***,***원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 2023. 4. 10.부터 2023. 5. 13.까지 양도소득세 조사를 실시한 후, 이 사건 상가의 취득가액을 1억 원으로 보아 2023. 7. 1. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 139,323,260원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4 내지 7, 10호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

  별지 기재와 같다

3. 이 사건 처분의 위법 여부

 가. 원고 주장의 요지

원고는 김**로부터 이 사건 상가를 매매대금 *억 *,000만 원에 취득하면서, 그 매매대금 중 일부는 계좌 이체로 지급하고 나머지는 보관하고 있던 현금으로 지급하였고, 이는 당시 이 사건 상가의 시세 등에 비추어 보더라도 명백하다. 설령 원고가 주장하는*억 *,000만 원을 이 사건 상가의 취득가액으로 인정할 수 없다고 하더라도, 피고로서는이 사건 상가의 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정하였어야 했다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

   1) 관련 법리

    양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 참조).

    한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 참조). 필요경비의 구체적인 항목에 대한 증명에 관하여 그 증명의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 증명의 필요를 돌리는 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우 등을 가리키는 것이다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결, 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

    앞서 든 증거들과 갑 제3, 8, 9, 12호증, 을 제3, 4, 5호증의 각 기재 및 이 법원의 주식회사 ****평가법인에 대한 시가감정촉탁 결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고의 이 사건 상가 취득 당시 실지거래가액은 *억 원이라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분에 원고가 주장하는 위법이 있다고 할 수 없다.

가) 김**는 2002. 11. 18. 원고에게 이 사건 상가를 양도하고, 그 무렵 양도가액을 양도 당시 기준시가로 하여 양도소득세를 신고하면서, 그 첨부서류로 원고와 사이에 2002. 10. 18. 체결된 매매계약서(이하 ‘이 사건 매매계약서’라 한다)를 제출하였는데,이 사건 매매계약서 제1조(매매대금 및 지급 시기) 제1항에는 매매대금이 ‘*억 원’, 지급 시기가 ‘2002. 10. 18.’이라고 기재되어 있고, 이 사건 매매계약서에는 원고와 김**의 인장이 날인되어 있으며, 원고나 김**가 이 사건 매매계약서상 매매대금 액수를 실제 매매대금 액수보다 적게 기재할 특별한 이유나 동기를 찾기 어렵다.

    나) 이 사건 매매계약서에 매매대금 *억 원의 지급기일로 기재된 2002. 10. 18. 원고의 **은행 계좌(계좌번호: 10********555)에 합계 *억 *,000만 원이 입금된 후 같은 날 *억 원이 김**의 계좌로 대체지급된 거래내역이 확인되고, 이는 이 사건 매매계약서가 원고와 김** 사이에서 진정하게 작성되었음을 뒷받침한다. 반면에 원고의 이 사건 상가 취득 무렵 원고의 계좌에서 김**의 계좌로 다른 금원이 이체된 내역1)이나 원고의 계좌에서 원고가 주장하는 *억 *,000만 원 상당의 금원이 인출된 내역이 발견되지 않는다(원고는 보관하고 있던 현금으로 *억 *,000만 원 상당의 나머지 매매대금을 지급하였다고 주장하고 있다).

다) 원고는 2023. 9. 27. 조세심판원에 심판청구를 하면서 매매대금이 ‘*억*,000만 원’이라고 기재된 ‘매매계약서’를 제출하였으나, 앞서 본 사정들에다가, ① 원고는 이 사건양도에 대한 양도소득세를 신고ㆍ납부하면서 위 ‘매매계약서’를 제출하지 아니하고 원고와 김**가 함께 작성한 ‘거래사실확인서’(갑 제3호증)를 제출하였고 피고의 양도소득세 조사 과정에서도 위 ‘매매계약서’를 제출하지 아니하다가, 위 심판청구 시 양도인으로부터 위 ‘매매계약서’를 뒤늦게 입수하고 이를 제출한다는 취지로 주장하며 위 ‘매매계약서’를 제출한 점, ② 원고는 이 사건 소송에서 이 사건 상가의 취득 당시 실지거래가액이 *억 *,000만 원이라고 주장하면서, 그 증명자료로 위 ‘거래사실확인서’ 등을 제출하였을 뿐, 위 ‘매매계약서’를 제출하지 아니하였고, 원고의 이 사건 상가 취득 무렵 위 ‘매매계약서’가 진정하게 작성되었다는 취지로 주장하고 있지도 아니한 점 등을 더하여 보면, 위 ‘매매계약서’가 원고의 이 사건 상가 취득 무렵 진정하게 작성된 것이라고 보기 어렵다.

    라) 이 사건 상가의 실지거래가액이 *억 *,000만 원이라는 점에 부합하는 듯한 갑 제3호증(거래사실확인서), 갑 제12호증(사실확인서)은 원고의 이 사건 상가 취득 후 약 15년 또는 22년이 지난 후에 작성된 것일 뿐만 아니라 이를 뒷받침할 만한 객관적 증거가 부족하므로 이를 그대로 믿기 어렵다. 마) 이 법원의 시가감정촉탁 결과에 의하면원고의 이 사건 상가 취득 당시(2002. 11. 18.) 이 사건 상가의 시가가 *억 *,000만 원 정도였던 것으로 보이기는 하나, 양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하므로, 위와 같은 사정만으로 원고의 이 사건 상가 취득 당시 실지거래가격이 *억 *,000만 원이라고 인정할 수 없다

    바) 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조). 따라서 원고의 이 사건 상가 취득 당시 실지거래가액이 *억 원이라고 인정하는 이상, 이 사건 상가의 취득가액을 매매사례가액 등에 따라 추계조사하여 결정하여야 한다고 볼 수 없다.

4. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

국세법령정보시스템

1) 2002. 11. 29. 원고의 계좌에서 *,000만 원이 김**의 계좌로 이체된 거래내역이 확인되나, 그 시기에

   비추어 이 사건 상가의 매매대금 명목으로 지급되었다고 단정하기 어렵다.


관련 법령

소득세법 제94조 소득세법 제97조 대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결

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