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판례 / 납세의무자의 금융계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법은 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법에 해당함
판례 정보 전주지방법원 일반행정

납세의무자의 금융계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법은 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법에 해당함

전주지방법원은 치과를 운영한 원고가 2017년부터 2021년까지 종합소득세 신고를 하였으나 세무조사 결과 수입금액 누락 및 인건비 허위 계상이 확인되어 피고가 종합소득세와 가산세를 경정ㆍ고지한 사안에서, 원고의 취소청구를 기각하였다. 법원은 원고가 2017년 장부 보존의무를 제대로 이행하지 않아 피고가 원고 및 배우자 계좌 입금액 중 소명되지 않은 금액에서 현금영수증 발행금액 등을 공제하여 수입금액 누락액을 산정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법이라고 판단하였다. 또한 소송 중 무기장가산세의 법적 근거를 소득세법 제81조의5로 밝힌 것은 처분사유의 추가ㆍ변경이 아니라 구체적 적용 법령을 밝힌 것에 불과하고, 현금영수증 미발급가산세도 조세심판 재결과 경정 과정에서 필요한 구분이 반영되었다고 보았다.

전주지방법원-2023-구합-12122 2024.10.24 마지막 업데이트 2026.05.30

기본 정보

법원
전주지방법원
사건번호
전주지방법원-2023-구합-12122
사건구분
구합
선고일
2024.10.24
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 납세의무자 및 배우자 금융계좌 입금액을 기초로 수입금액 누락액을 산정한 방법이 적법한 실지조사 방법인지 여부
  • 2017년 장부가 보존되지 않은 상황에서 계좌 입금액 중 미소명금액을 기준으로 수입금액 누락액을 추정할 수 있는지 여부
  • 소송 과정에서 무기장가산세의 법적 근거를 소득세법 제81조의5로 밝히는 것이 처분사유의 추가ㆍ변경에 해당하는지 여부
  • 과소신고 사안에서 소득세법상 장부의 기록ㆍ보관 불성실 가산세 20%를 적용할 수 있는지 여부
  • 소득세법 제81조의5 시행 전 귀속분에 구 소득세법 제81조 제8항에 따른 같은 취지의 가산세 규정을 적용할 수 있는지 여부
  • 현금영수증 미발급가산세 부과 과정에서 발급의무 대상 및 산출근거가 충분히 특정되었는지 여부

판례 포인트

  • 실지조사는 실제 수입을 포착하는 방법으로 객관적이면 특별한 방법상 제한이 없고, 금융기관계좌 입금액 조사 방식도 적법한 실지조사 방법이 될 수 있다고 보았다.
  • 장부 및 증거서류 보존의무가 있음에도 장부가 보존되지 않은 경우, 과세관청은 다른 객관적 자료에 의해 신고 누락액을 산정할 수 있다.
  • 과세권자가 경험칙상 과세요건사실이 추정되는 간접사실을 증명하면, 납세자가 그 경험칙 적용을 배척할 사정을 증명하지 않는 한 처분을 위법하다고 단정할 수 없다고 보았다.
  • 무기장가산세 고지 후 소송에서 소득세법 제81조의5를 법적 근거로 밝힌 것은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내의 사유 교환ㆍ변경으로 보았다.
  • 소득세법상 장부의 기록ㆍ보관 불성실 가산세는 비치ㆍ기록한 장부상 소득금액이 기장하여야 할 금액에 미달하는 경우 적용될 수 있고, 근거자료 확인 불능의 경우로 한정되지 않는다고 판단하였다.
  • 현금영수증 미발급가산세와 관련하여 조세심판원 재결에서 10만 원 미만 건 제외가 반영되었고, 귀속연도별 미발급금액이 특정되어 불복에 지장이 없었다고 보았다.

자주 묻는 질문

Q 세무서가 치과 원장의 금융계좌 입금액을 조사해 종합소득세 누락액을 산정한 것은 적법한가요?

A 전주지방법원은 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액을 조사해 총수입액을 결정하는 방법은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 해당한다고 보았습니다. 이 사건에서는 원고가 2017년 장부 등을 보존하지 않아 원고와 배우자 계좌 입금액 중 소명되지 않은 금액에서 현금영수증 발행금액 등을 공제하는 방식으로 누락액을 산정한 점이 인정되었습니다.

Q 2017년 장부를 보존하지 않은 경우 세무서가 조사한 사실로 과세표준을 결정할 수 있나요?

A 법원은 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 누락된 경우에는 그 부분에 대해 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 보았습니다. 이 사건에서 원고는 2017년 귀속 종합소득세 관련 장부 등을 2023년 5월 31일까지 보존해야 했지만, 세무조사 당시 2018년 이후 장부만 남아 있었습니다. 이에 따라 계좌 입금액을 기준으로 한 산정이 불가피한 조치로 평가되었습니다.

Q 치과 원장이 주장한 2017년 현금수취액 산정 방식은 왜 받아들여지지 않았나요?

A 원고는 미소명 계좌입금액에서 자신이 현금으로 수취할 수 있는 금액을 공제해야 한다고 주장했습니다. 그러나 법원은 그 계산이 급여분·비급여분 본인부담금 등이 모두 누락 없이 신고되었다는 전제에 의존한다고 보았습니다. 2018년부터 2021년까지 장부상 수입보다 상당한 비율의 신고누락이 확인된 점을 들어, 원고의 2017년 신고금액을 그대로 신뢰하기 어렵다고 판단했습니다.

Q 소송 중 무기장가산세의 근거 법령을 소득세법 제81조의5로 밝힌 것은 처분사유 변경인가요?

A 법원은 피고가 소송 과정에서 무기장가산세의 법적 근거를 소득세법 제81조의5로 밝힌 것은 구체적인 적용 법령을 밝힌 것에 불과하다고 보았습니다. ‘무기장’이라는 기재와 비교해 처분사유를 추가하거나 변경한 것으로 볼 수 없고, 처분의 동일성이 유지되는 범위의 사유 교환·변경이라고 판단했습니다.

Q 수입금액을 과소신고한 경우에도 20% 무기장가산세가 적용될 수 있나요?

A 법원은 국세기본법상 과소신고가산세가 원칙적으로 10%라고 하더라도, 소득세법 제81조의5가 함께 적용되는 경우에는 더 큰 가산세가 적용될 수 있다고 보았습니다. 이 사건에서 원고가 2017년부터 2021년까지 일부 수입금액을 누락해 과소신고한 사실이 인정되어, 20%의 장부 기록·보관 불성실 가산세 적용이 정당하다고 판단했습니다.

Q 소득세법 제81조의5는 2017년부터 2019년 귀속분에도 적용될 수 있나요?

A 원고는 소득세법 제81조의5가 2020년 1월 1일부터 시행되어 2017년부터 2019년 귀속분에는 적용될 수 없다고 주장했습니다. 그러나 법원은 해당 조항이 법령 체계 정비에 따라 형식상 신설된 것이고, 개정 전 구 소득세법 제81조 제8항에 같은 내용이 있었다고 보았습니다. 따라서 같은 취지의 무기장가산세 규정이 2017년부터 2019년 귀속분에도 적용될 수 있다고 판단했습니다.

Q 현금영수증 미발급가산세에서 10만 원 미만 거래는 어떻게 판단되었나요?

A 조세심판원은 소득세법 제162조의3 제4항에 따라 건당 거래금액 10만 원 이상인 경우에 현금영수증 발급의무가 있다는 취지로 일부 청구를 인용했습니다. 이에 따라 10만 원 미만 건은 현금영수증 미발급가산세 대상금액에서 제외되어 경정되었습니다. 법원은 이러한 구분 문제가 이미 경정처분에 반영된 것으로 보아 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

Q 현금영수증 미발급가산세 내역이 일부 부족해도 부과처분이 위법하지 않을 수 있나요?

A 법원은 납세고지서와 세무조사결과통지서에 각 귀속연도별 현금영수증 미발급 금액과 가산세 항목이 기재되어 있었다고 보았습니다. 가산세 내역에 다소 특정이 부족한 부분이 있더라도, 원고가 불복 여부를 결정하거나 불복신청을 하는 데 지장을 받았다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 따라서 이 사건 현금영수증 미발급가산세 주장은 배척되었습니다.

Q 전주지방법원 2023구합12122 사건에서 원고의 종합소득세 부과처분 취소 청구는 어떻게 결론났나요?

A 전주지방법원은 2024년 10월 24일 원고의 청구를 기각했습니다. 법원은 계좌 입금액 조사에 따른 수입금액 누락액 산정, 20% 무기장가산세 적용, 현금영수증 미발급가산세 부과가 모두 위법하다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 소송비용도 원고가 부담하도록 했습니다.

판결 내용

  • 종소
납세의무자의 금융계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법은 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법에 해당함 국승
  • 전주지방법원-2023-구합-12122
  • 귀속년도 : 2017
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2025.09.23.
  • 생산일자 : 2024.10.24.
  • 진행상태 : 진행중
관련 법령
소득세법 제81조의5 소득세법 제81조의9 소득세법 제160조 소득세법 제162조의3 소득세법 시행령 제208조 국세기본법 제16조 국세기본법 제85조의3
요지 판결내용 상세내용

요지

피고는 원고의 수입금액 누락액과 관련하여 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실을 증명하였고, 피고의 수입금액 누락액 산정 방식은 원고 등의 계좌에 입금된 금액 중에서 입금내역이 소명되지 않은 금액, 현금영수증발행금액 등을 공제한 것이므로 충분히 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법으로 볼 수 있음

판결내용

[1] 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없으므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 충분히 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 해당한다.
[2] 이 사건 소송 과정에서 무기장가산세의 법적근거를 소득세법 제81조의5로 밝히는 것은 구체적인 적용 법령을 밝힌 것일 뿐, ‘무기장’이라는 기재와 비교하여 그 처분사유를 추가 내지 변경하였다고 볼 수 없고, 그 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 그 사유의 교환․변경 정도에 불과할 뿐이어서 달리 볼 것도 아니다.
[3] 피고가 이 사건 처분에서 각 귀속연도별로 현금영수증미발급 부분 금액을 특정한 이상, 이는 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 인정할 수 있는 간접사실을 충분히 증명한 것으로 보이며, 원고로서는 이 사건 처분에 대한 불복여부의 결정이나 불복신청에 지장을 받지 않았을 것으로 보인다.

상세내용

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사 건

2023구합12122 종합소득세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○○세무서장

변론종결

2024. 8. 13.

판결선고

2024. 10. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2023. 3. 9. 원고에 대하여 한 종합소득세(가산세 포함) 부과처분 중 2017년 귀속 59,485,389원, 2018년 귀속 11,225,878원, 2019년 귀속 117,514,897원, 2020년 귀속 159,132,532원, 2021년 귀속 110,581,699원 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

   가. 원고는 1989. 5.경부터 ○○ ○○군 소재 치과(상호: □치과)를 운영하면서 2017년 내지 2021년 종합소득세 신고를 하였다.

   나. ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2022. 12. 1.부터 2023. 1. 13.까지 원고에 대한 개인통합조사[조사대상기간(귀속연도) : 2017년 ~ 2021년]를 실시한 후(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다), 피고에게 ‘원고가 2017년~ 2021년 종합소득세의 신고 과정에서 ① 수입금액 중 2,497,569,614원을 누락하였고, ② 인건비 144,865,480원을 실지 용역 제공 없이 계상하였다’는 등의 세무조사 결과를 통보하였다.

   다. 이에 피고는 이 사건 세무조사 결과를 반영하여 2023. 3. 9. 원고에게 아래 표 기재와 같이 2017년 ~ 2021년 각 종합소득세(무기장․현금영수증 미발급 등 가산세 포함) 합계 1,906,462,260원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 원처분’이라 한다).

[표 생략]

   라. 원고는 2023. 4. 21. 조세심판원에 이 사건 원처분에 대한 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2023. 9. 5. 아래와 같이 2018년 ~ 2021년 각 수입금액 누락액 중 일부[사업소득의 수입시기(귀속시기) 등 반영]를 감액하고 현금영수증 미발급가산세 중 일부(수납금액 10만 원 이하 부분 등)를 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하였다(이하 ‘이 사건 재결’이라 한다).

[표 생략]

   마. 이 사건 원처분에 따른 경정․고지세액은 이 사건 재결의 취지에 따라 2023. 9. 26. 아래와 같이 감액되었다(이 사건 원처분 중 감액․경정된 부분을 제외하고 잔존하는 나머지 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[표 생략]

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2홍의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

   이 사건 처분 중 원고가 감액되어야 한다고 ‘다투는 항목 및 세액’은 아래 표와 같고, 각 항목별 구체적인 원고의 주장 요지는 이하 가.항 내지 다.항 기재와 같다.

[표 생략]

가. 2017년 소득금액 중 현금수취액 산정 관련(이하 ‘❶주장’이라 한다)

      원고의 2017년도 소득금액에 따른 세액 중 52,383,241원 부분과 관련하여, 원고의 2017년도 소득금액 중 현금수취액에 관한 피고의 산정방식이 아래와 같은 이유로 타당하지 않으므로 취소되어야 한다.

      ○ 2017.경 원고 및 배우자 BBB의 각 계좌에 입금된 합계액은 659,596,970원이고, 그중 구체적인 입금내역이 소명된 88,796,330원을 제외한 나머지 입금액은 570,800,640원(= 659,596,970원 –88,796,330원, 이하 ‘이 사건 미소명금액’이라 한다)이다.

      ○ 피고는 이 사건 미소명금액인 위 계좌입금액 570,800,640원에서 현금영수증 발행금액인 395,024,800원을 제외한 나머지 175,775,840원(= 570,800,640원 – 395,024,800원) 전부가 원고의 신고시 누락된 현금수취액으로 산정하였다(이하 ‘피고 산정액’이라 한다).

      ○ 그러나 2017.경 전체 진료매출액 중 원고가 현금으로 수취할 수 있는 금액은 건강보험이 적용된 364,078,150원(이하 ‘급여분 본인부담금’이라 한다)과 건강보험이 적용되지 않는 490,914,004원(이하 ‘비급여분 본인부담금’이라 한다)이고, 이를 합산하면 854,992,154원(= 364,078,150원 + 490,914,004원)이다. 이러한 현금수취 가능금액에서 실제로 신용카드로 결제된 금액인 381,551,500원을 공제한 나머지 금액인 473,440,654원(= 854,992,154원 –381,551,500원)만이 사실상 원고가 현금으로 수취할 수 있는 최대 금액이 된다.

         즉, 위와 같이 원고가 2017.경 현금으로 수취가 가능한 최대 금액은 위 473,440,654원이고, 원고는 이 금액을 현금으로 수취하였다고 신고하였으므로, 앞서 본 이 사건 미소명금액 570,800,640원에서 위 현금수취 신고액 473,440,654원을 공제한 나머지 금액인 97,359,986원만 신고가 누락된 현금수취액이라고 보아야 한다(이하 ‘원고 산정액’이라 한다).

      ○ 따라서 피고가 계산한 원고의 신고 누락 현금수취액(피고 산정액) 175,775,840원은 타당하지 않으므로, 위 금액과 원고 산정액과의 차액인 78,415,854원[= 175,775,840원 –97,359,986원]은 과세표준에서 제외되어야 하고, 이러한 감액분을 반영하면 원고에 대한 2017년도 세액 중에서 52,383,241원 부분은 부당하여 감소(취소)되어야 한다.

나. 2017년 ~ 2021년 무기장가산세 관련(이하 ‘❷주장’이라 한다)

      피고가 원고에게 무기장을 이유로 20% 비율의 가산세를 적용한 부분은 위와 같이 수입금액 누락액 산정에 있어 문제가 존재할 뿐만 아니라 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

      ○ 피고는 이 부분과 관련하여 이 사건 처분 과정에서 무기장가산세라는 취지로만 기재하여 원고에게 고지하였을 뿐, 이에 대한 구체적 근거 법령 등을 기재하지 않았다.

      ○ 피고가 위 20% 비율의 가산세에 관한 법적 근거로 주장하고 있는 소득세법 제81조의5(장부의 기록ㆍ보관 불성실 가산세)는 기존에는 언급되지 않다가 소송 중 비로소 주장된 것으로 그 처분의 근거가 변경되어 부당하다(게다가 피고가 주장하는 소득세법 제81조의5는 2020. 1. 1.경에 비로소 시행된 것이므로 이 사건에서 문제된 원고의 2017년 ~ 2019년도 종합소득세에 적용될 수 없다). 설령 피고 주장과 같이 소득세법 제81조의5를 위 20% 가산세의 부과 근거가 될 수 있더라도, 위 가산세 규정은 납세의무자가 과소신고를 하였을 뿐만 아니라 그 근거자료조차 제대로 확인할 수 없는 경우에 한하여 적용될 수 있을 뿐이므로, 실제 장부를 작성한 원고에게 적용될 수도 없다.

      ○ 이와 같이 납세의무자가 기장을 하지 않으면 국세기본법 제47조의2에 따라 무기장가산세가 20% 부과되나, 원고와 같이 기장을 하였어도 소득금액을 과소신고한 경우에는 국세기본법 제47조의3에 따라 10%의 과소신고 가산세가 부과될 뿐이다.

      ○ 결국 이 사건 처분 중 무기장가산세가 과다하게 부과된 2017년 7,102,148원, 2018년 11,225,878원, 2019년 12,941,602원, 2020년 22,010,250원, 2021년 14,118,409원 부분은 모두 위법하므로 취소되어야 한다.

다. 2019년 ~ 2021년 현금영수증 미발급가산세 관련(이하 ‘❸주장’이라 한다)

      이 사건 처분 중 현금영수증 미발급 가산세 부분도 위와 같이 수입금액 누락액 산정에 있어 문제가 있을 뿐만 아니라 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

      ○ 피고는 원고에게 이 사건 처분 과정에서 현금영수증 미발급과 관련된 상세내역을 전혀 통지하지 않는 등 구체적인 내역을 특정하지 않았다. 이러한 가산세는 본세와 관련이 없는 새로운 부과처분인데도 피고는 아무런 근거나 구체적인 사유 등을 기재하지 않고 가산세를 부과한 것이다.

      ○ 또 피고는 10만 원을 기준으로 현금영수증 발행을 해야 하는 경우와 발행하지 않아도 되는 경우를 제대로 구분하지 않는 등 그 산정 방식에 오류가 있다.

      ○ 따라서 이 사건 처분 중 현금영수증 미발급 가산세 관련 2019년 104,573,295원, 2020년 137,122,282원, 2021년 96,463,290원도 모두 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령 등

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

      일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등 참조).

나. ❶주장에 관한 판단 : 배척

1) 장부의 기록․보관 및 실지조사방법

         가) 국세기본법은 제16조 제1항에서 “납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다”고 근거과세의 원칙을 정하고 있으면서도, 같은 조 제2항에서 “제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다”고 규정하여 장부의 기록이 누락된 경우 등에는 조사한 사실에 따라 결정할 수 있도록 근거과세 원칙의 예외를 정하고 있다.

             또 국세기본법 제85조의3 제2항 본문은 “장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다”고 정하고 있고, 소득세법 제70조 제1항은 “해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다”고 정하고 있다.

             이러한 관계 법령을 종합하면, 종합소득금액이 있는 거주자의 경우 해당 과세기간의 장부 및 증거서류(이하 ‘장부 등’이라 한다)를 다음 연도 6월 1일부터 5년간 보존하여야 할 의무가 있고, 위와 같이 장부 등을 보존하여야 할 의무가 있는 이상 그 이전에 장부 등을 폐기한 경우도 위 국세기본법 제16조 제2항의 ‘장부의 기록 누락’에 해당한다.

         나) 소득세법의 규정에 의한 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있다. 이러한 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다. 따라서 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 해당한다(대법원 1998. 3. 24. 선고 97누9895 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

         앞서 본 바와 같이 피고는, 이 사건 미소명금액 570,800,640원에서 현금영수증 발행금액 395,024,800원을 뺀 175,775,840원(= 570,800,640원 –395,024,800원)이 원고의 2017년도 수입금액 신고 누락액으로 산정하였다.

         앞서 본 사실관계에다가 앞서 든 증거들, 을 제1 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음 사실 내지 사정을 위 법리에 비추어 볼 때, 피고는 ‘2017년 수입금액 누락액’과 관련하여 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실을 증명하였고, 피고의 위와 같은 수입금액 누락액 산정 방식은 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법에 해당한다고 볼 수 있다. 따라서 원고가 위 부분에 대하여 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 등의 다른 사정을 증명하지 못한 이상 달리 보기 어렵다(따라서 원고가 수입금액 산정에 문제가 있음을 전제로 이하 각 가산세도 취소되어야 한다는 취지의 관련 주장도 받아들이지 않는다).

         ○ 본래 원고는 □치과를 운영하면서 2017년 귀속 종합소득세의 법정신고기한인 2018. 5. 31. 다음날인 2018. 6. 1.부터 5년인 2023. 5. 31.까지 장부 등을 보존하여야 할 의무를 부담한다. 그런데 원고는 위 장부 등의 보존의무를 제대로 이행하지 않아 이 사건 세무조사 당시에는 2018년도 이후의 장부만이 남아 있었다. 이러한 이유로 피고로서는 부득이하게 2017년도 수입금액과 관련하여 원고 및 배우자 명의의 각 계좌에 입금된 금액을 기준으로 수입금액을 산정하게 되었다. 이는 원고가 장부 등의 보존의무를 불성실하게 수행한 것에 따른 불가피한 조치이고, 피고의 위와 같은 2017년 수입금액 누락액 산정 방식은 원고 등의 계좌에 입금된 금액 중에서 입금내역이 소명되지 않은 금액, 현금영수증발행금액 등을 공제한 것이므로 충분히 객관성 있는 적법한 실지조사 방법으로 볼 수 있다.

             앞서 본 바와 같이 장부 등의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서는 조사청의 적법한 실지조사에 따른 사실에 따라 결정할 수 있다. 이처럼 원고가 보관하던 장부의 존부 및 이 사건 세무조사 과정 등에 비추어 볼 때, 피고는 경험칙에 비추어 2017년 수입금액 누락액 산정방식을 통한 과세요건 사실이 추정되는 사실을 충분히 증명한 것으로 평가할 수 있다.

         ○ 반면, 원고는 이 사건 미소명금액 570,800,640원에서 원고가 수취할 수 있는 현금수취액을 공제한 97,359,986원(= 570,800,640원 –473,440,654원)만이 2017년 수입금액 누락액이 될 수 있다고 주장하고 있다.

             그러나 원고의 이러한 산정 방식은 결국 그 계산을 위한 개별적 요소가 전부 신뢰할 수 있다는 것을 전제로 한다. 즉, 원고는 현금수취 가능금액의 계산시 급여분 본인부담금, 비급여분 본인부담금 등이 모두 누락 없이 신고된 금액임을 전제로 하고 있는데, 장부가 존재하지 않는 2017년도를 제외하고 2018년도 이후 장부를 통해 확인된 2018년부터 2021년도까지 실제 원고가 장부상 수입금보다 적게는 37%, 많게는 49%(= 2018년 37%, 2019년 39%, 2020년 49%, 2021년 40%) 신고를 누락하였음이 확인되었다. 이러한 원고의 2017년도 이후 4년간 지속된 신고누락 사실에 비추어 보면, 원고가 2017년에도 사실대로 급여분 본인부담금, 비급여분 본인부담금 등을 신고하였을 가능성은 상당히 낮아 보인다. 이와 같이 원고가 앤드컴(진료전산프로그램)에 기재한 내역에 따른 신고금액 등을 신뢰할 수 없다고 보이는 이상, 이를 전제로 한 원고의 산정액은 받아들이기 어렵다고 봄이 타당하다.

         ○ 또 원고는, 2017년 ~ 2021년 귀속 종합소득세와 관련한 이 사건 재결 과정에서 2018년도 이후 각 종합소득세에 관하여는 원고의 산정방식에 따른 주장이 인용되었음에도 2017년도 종합소득세 부분만 재결 판단시 누락된 것처럼 주장하나, 앞서 본 바와 같이 2017년도의 경우 2018년도 이후와 달리 원고가 작성․보관하는 장부가 없어 원고 등의 계좌에 입금된 현금 중 미소명금액을 특정하여 산정하게 된 것으로 실질적인 차이가 존재하여 배척된 것으로, 이를 두고 판단누락 등의 문제라고 볼 수 없다. 뿐만 아니라 이 사건 재결에서 2018년도 이후 수입금액이 감액된 부분도 원고가 주장하는 위 산정방식이 그대로 받아들여진 것이라기 보다는 환자들에 대한 용역제공에 따른 귀속시기 등에 관한 판단상 차이가 있기 때문인 것으로 보여, 원고의 위와 같은 주장도 그대로 수긍하기 어렵다.

다. ❷주장에 관한 판단 : 배척

1) 소득세법이 정한 무기장가산세가 적용되는지 여부

         가) 앞서 든 증거들에 의하면 피고가 이 사건 원처분, 이 사건 재결 및 이 사건 처분에 이르는 과정에서 소득세법 제81조의5(장부의 기록ㆍ보관 불성실 가산세) 등을 구체적으로 기재하지 않고 단지 ‘무기장’ 내지 ’무기장가산세‘라는 취지로만 기재하여 20%의 가산세를 부과한 사실은 인정된다.

         나) 그러나 피고가 이 사건 소송 과정에서 위 무기장가산세의 법적근거를 소득세법 제81조의5로 밝히는 것은 구체적인 적용 법령을 밝힌 것일 뿐, 위 ‘무기장’이라는 기재와 비교하여 그 처분사유를 추가 내지 변경하였다고 볼 수는 없다.

             뿐만 아니라 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환․변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결, 대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결 등 참조). 즉, 피고가 이 사건 소송 과정에서 무기장가산세의 법적근거를 소득세법 제81조의5(장부의 기록ㆍ보관 불성실 가산세)로 밝히는 것은 그 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 그 사유의 교환․변경 정도에 불과할 뿐이어서 달리 볼 것도 아니다.

         다) 한편 원고의 이 부분 주장은 피고가 처분사유를 구체적으로 제시하지 않았다는 취지로 선해하여 볼 수도 있으나, 행정절차법 제23조 제1항에서 정한 처분의 이유 제시 규정을 위반하였다고 보기도 어렵다.

             즉, 행정청은 처분을 하는 때에는 원칙적으로 당사자에게 근거와 이유를 제시하여야 하나(행정절차법 제23조 제1항), 당사자가 신청하는 허가 등을 거부하는 처분을 하면서 당사자가 그 근거를 알 수 있을 정도로 이유를 제시한 경우에는 처분의 근거와 이유를 구체적으로 명시하지 않았더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법하다고 볼 수는 없다. 이때 ‘이유를 제시한 경우’는 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 당해 처분에 이르기까지의 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여, 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데 별다른 지장이 없었다고 인정되는 경우를 뜻한다(대법원 2002. 5. 17. 선고 2000두8912 판결, 대법원 2009. 12. 10. 선고 2007두20362 판결, 대법원 2017. 8. 29. 선고 2016두44186 판결 등 참조). 이러한 법리에 비추어 볼 때, 이 사건도 원고가 이 사건 세무조사를 비롯하여 이 사건 원처분, 이 사건 재결, 이 사건 처분에 이르는 과정에서 ‘무기장 ’이라고 별도로 기재된 20%의 가산세와 관련하여 원고가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있었던 것으로 보여, 이에 불복하여 행정구제철차로 나아가는 데 별다른 지장이 없었다고 보인다.

         라) 따라서 이 사건 처분 중 무기장 가산세 부분과 관련하여 소득세법이 정한 무기장가산세 규정이 이 부분 처분의 근거로 볼 수 있고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

2) 소득세법상 20%의 가산세 부과가 가능한지 여부

         가) 국세기본법 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) 제1항에서는 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우 등에는 원칙적으로 10%의 가산세를 정하고 있다. 한편 동조 제6항에서는 “이 조에 따른 가산세의 부과에 대해서는 제47조의2 제5항 및 제6항을 준용한다”고 정하고 있고, 국세기본법 제47조의2(무신고가산세) 제6항은 “제1항 또는 제2항을 적용할 때 소득세법 제81조의5, 제115조 또는 법인세법 제75조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 가산세액이 큰 가산세만 적용하고, 가산세액이 같은 경우에는 제1항 또는 제2항의 가산세만 적용한다”고 정하고 있다.

             이와 같은 관계 법령의 취지 및 체계 등을 종합하면, 원고 주장과 같이 국세기본법에 따를 경우 무신고가산세(원칙적으로 20%의 가산세가 적용된다)와 과소신고가산세를 구별하여 신고를 하였으나 과소하게 신고한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 10%의 과소신고가산세가 적용된다고 할 것이나, 이 사건과 같이 국세기본법 제47조의3 제6항이 준용하는 국세기본법 제47조의2 제6항에 따라 소득세법이 적용되는 경우라면 과소신고의 유형이라도 가산세액이 더 큰 소득세법 제81조의5 등에 따른 20%의 가산세가 적용될 수 있다.

         나) 앞서 본 사실관계에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면 원고가 2017년부터 2021년까지 일부 수입금액을 누락하여 과소신고한 사실이 인정되므로, 이는 원고가 소득세법에 따라 비치ㆍ기록한 장부에 따른 소득금액이 기장하여야 할 금액에 미달한 경우에 해당한다. 따라서 피고가 원고에게 소득세법 제81조의5에 따라 기록ㆍ보관 불성실 가산세 20%를 적용한 것은 정당하다.

         다) 이에 대하여 원고는, 본인은 무기장을 하지 않았을 뿐만 아니라, 소득세법 제81조의5는 과소신고를 하고 나아가 그 근거자료조차 제대로 확인할 수 없는 경우에 비로소 적용되는 것이므로, 원고에게 소득세법 제81조의5에서 정한 무기장가산세가 적용될 수 없고, 소득세법 제81조의5(장부의 기록ㆍ보관 불성실 가산세)는 2019. 12. 31. 신설되어 그 시행 이전인 2017년 ~ 2019년 귀속분에는 적용될 여지가 없다는 취지로 다툰다.

             그러나 국세기본법과 달리 소득세법에서 정한 무기장가산세 관련 규정은 ‘비치ㆍ기록한 장부에 따른 소득금액이 기장하여야 할 금액에 미달’할 경우로만 정하고 있는 이상, 원고 주장과 같이 과소신고 외에 그 근거자료조차 제대로 확인할 수 없을 때에 한정하여 적용될 수 있다고 해석하기 어렵고, 달리 그 근거자료가 확인되지 않는 과소신고의 경우로만 축소해석해야 할 만한 합리적인 근거를 찾을 수 없다. 또 피고가 처분사유로 언급한 소득세법 제81조의5는 2019. 12. 31. 신설되어 2020. 1. 1.부터 시행되었으나, 이는 관계 법령의 체계를 정비하는 개정에 따라 형식상 신설된 것에 불과하다. 즉, 그 개정 전 법률인 ‘구 소득세법 제81조 제8항’에서 동일한 내용을 규정하고 있었으므로 같은 취지의 무기장가산세 규정이 원고에 대한 2017년 ~ 2019년 귀속분에도 적용될 수 있음이 명백하여 달리 볼 수 없다.

라. ❸주장에 관한 판단 : 배척

1) 관련 법리

         하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하여야 한다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 참조). 납세고지서에는 원칙적으로 납세의무자가 부과처분의 내용을 상세하게 알 수 있도록 과세대상 재산을 특정하고 그에 대한 과세표준액, 적용할 세율 등 세액의 산출근거를 구체적으로 기재하여야 하고, 위 규정은 강행규정으로서 위 규정에서 요구하는 사항 중 일부를 누락시킨 하자가 있는 경우 그 과세처분은 위법하나, 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 제대로 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면, 이로써 납세고지서의 하자가 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2010. 11. 11. 선고 2008두5773 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

         앞서 본 사실관계에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하면, 이 사건 처분이 현금영수증 발행이 필요한 경우와 아닌 경우를 구분하지 않았다고도 보이지 않고, 현금영수증 미발급가산세 부분에 다소 특정이 부족한 부분 등이 있었더라도 원고의 불복 여부의 결정 내지 그 불복신청에 있어 문제가 있었다고 보이지 않으므로, 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

         ○ 이 사건 재결 과정을 살펴보면, 조세심판원은 ‘소득세법 제162조의3 제4항에 따라 현금영수증 발급은 건당 거래금액 10만 원 이상인 경우에 한하여 그 발급의무를 부여하고 있으므로 10만 원 미만 건을 현금영수증발급가산세 대상금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다’는 취지로 원고의 청구를 일부 인용하였고, 그에 따라 피고가 해당 부분을 경정하는 등 원고가 현금영수증 발행이 필요한 경우와 아닌 경우의 구분 문제는 이미 경정처분시 반영된 것으로 보인다.

         ○ 또 납부고지서(갑 제1-1호증), 세무조사결과통지서(갑 제1-2호증)의 기재에 의하면, 피고는 각 귀속연도별로 현금영수증미발급(미발급금액)으로 가산세 항목을 명시하여 통보하여 그 구체적인 사유 및 사실을 적시하였다. 위와 같이 이 부분 가산세 내역이 어느 정도 특정된 이상, 원고로서는 이 사건 처분에 대한 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 받지는 않을 것으로 보인다.

         ○ 이와 같이 이 사건 세무조사 과정을 거쳐 원고가 작성한 장부, 원고와 배우자의 각 계좌에 입금된 현금수취액 등의 규모가 구체적으로 확인되었고, 그에 따라 피고가 이 사건 처분에서 각 귀속연도별로 현금영수증미발급 부분 금액을 특정한 이상, 이는 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실을 충분히 증명한 것으로 보인다. 따라서 이를 다투는 상대방인 원고로서는 이와 반대되는 사실을 증명함이 마땅하고(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두 6383 판결 등 참조), 자신의 장부나 수취계좌 내역 등을 통한 현금영수증 발행 여부 내지 10만 원 미만 부분을 특정할 수 있음에도 이에 관하여 별다른 주장 등을 하고 있지도 않다.

5. 결론

   그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

소득세법 제70조 제1항 소득세법 제81조의5 구 소득세법 제81조 제8항 소득세법 제81조의9 소득세법 제160조 소득세법 제162조의3 제4항 소득세법 시행령 제208조 국세기본법 제16조 국세기본법 제47조의2 국세기본법 제47조의3 국세기본법 제85조의3 행정절차법 제23조 제1항 법인세법 제75조의3 대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 대법원 1998. 3. 24. 선고 97누9895 판결 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결 대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결 대법원 2002. 5. 17. 선고 2000두8912 판결 대법원 2009. 12. 10. 선고 2007두20362 판결 대법원 2017. 8. 29. 선고 2016두44186 판결 대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 대법원 2010. 11. 11. 선고 2008두5773 판결 대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결

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