이 사건 선행소송 판결은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않음

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 2. 14. 원고에게 한 2017 사업연도 귀속 법인세 1,750,185,655원(환급가산금 포함)의 환급을 구하는 경정거부처분을 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위 등

1) 원고는 농산물의 유통, 가공, 판매업 등의 사업을 영위하는 것을 목적으로 하여2017. 4. 4. 설립된 농업회사로, PYD은 원고의 대표이사, 그의 배우자인 YES은 원고의 사내이사이다.

2) PYD, YES, PYD의 처제인 YGS, YMS, PYD의 동서인 PDS(이하‘이 사건 양도인들’이라 한다)는 2014. 11. 14. 정만중으로부터 광주 광산구 Y동 답 3,213㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1,280,000,000원에 매수하여 2014. 12. 15.각 공유지분별로 소유권이전등기를 마쳤다.

3) 원고는 2017. 3. 2. 이 사건 양도인들로부터 이 사건 토지를 합계 1,458,000,000원에 매수하고(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 2017. 4. 11. 소유권이전등기를 마쳤다.

4) 원고는 2017. 5. 22. Y지역주택조합(광주 광산구 Y동 58필지 일대 46,800㎡에 764세대 규모의 아파트 신축사업을 시행하기 위하여 설립된 지역주택조합, 이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)에 이 사건 토지를 6,804,000,000원에 매도하는 매매계약을 체결하였고(이하 ‘제2매매계약’이라 한다), 이 사건 조합은 2017. 12. 14. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다(다만 그 등기원인은 ‘2017. 11. 29.자 매매’로 기재되어 있다).

나. 원고의 법인세 신고․납부 및 선행 처분의 경위

1) 원고는 2018. 3. 27. 이 사건 토지의 양도차익에 관하여 아래 표와 같이 2017사업연도의 법인세 1,039,217,359원을 신고․납부하였다.

2) 피고는, ‘원고가 이 사건 토지의 소유권이전등기를 마친 2017. 4. 11. 당시의 이사건 토지의 시가는 제2매매계약 거래가액인 6,804,000,000원 상당이고, 이 사건 양도인들이 특수관계인인 원고에게 시가보다 낮은 가격으로 이 사건 토지를 양도한 경우에해당한다’고 보아 양도소득세 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 이 사건 토지에 관한 공유지분 중 YGS, YMS, PDS의 지분은 PYD이 이들에게 명의신탁한 것으로 보아 PYD의 지분에 포함하여, 2020. 1. 8. PYD, YES(이하 ‘PYD 등’이라 한다)에게 아래 표와 같이 양도소득세 합계 3,567,806,650원(가산세 포함)을 경정․고지 하였다(이하 ‘이 사건 양도소득세 처분’이라 한다).

3) PYD 등은 ‘제2매매계약의 거래가액인 6,804,000,000원을 이 사건 매매계약 당시 이 사건 토지의 시가라고 볼 수 없다’는 이유로, 이 사건 양도소득세 처분에 불복하여 2020. 3. 17. 광주지방법원에 이 사건 양도소득세 처분의 취소를 구하는 소(광주지방법원 2020구합15130)를 제기하였으나, 제1심 법원은 2021. 5. 13. PYD 등의 청구를 모두 기각하는 판결을 선고하였다. PYD 등은 위 제1심판결에 불복하여 각 항소하였고(광주고등법원 2021누11172), 항소심에 이르러 ‘설령 이 사건 매매계약 당시 이 사건 토지의 시가가 제2매매계약의 거래가액인 6,804,000,000원이라 하더라도, 원고는 실체가 없는 도관회사에 불과하므로 피고는 부당행위계산부인이 아닌 실질과세원칙에 따라 이 사건 매매계약 및 제2매매계약을 하나의 거래로 보아 PYD 등에게 추가 과세를 하되 이 사건 양도소득세 처분금액에서 원고가 납부한 법인세액을 공제하였어야 한다’는 예비적 주장을 추가하였다.

4) 위 사건의 항소심 법원은 2022. 5. 26. PYD 등의 항소를 기각하면서, 그 예비적 주장에 대해서는 ‘① 구 소득세법(2022. 12. 31. 법률 제19196호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항의 양도소득세 부당행위계산부인 규정은, 납세의무자가 특수관계인과의 거래로 인하여 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 그 계산을 부인하고 객관적으로 타당한 기준에 의하여 소득을 재계산하여 과세하게 하여 실질과세원칙을 구체화하여 공평과세를 실현하고자 하는 데에 그 입법 취지가 있고, ② 이 사건 매매계약은 제2매매계약과는 별도로 PYD 등이 특수관계인인 원고와의 거래로 인하여 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되어 소득세법 제101조 제1항의 부당행위계산부인에 해당하며, ③ PYD 등과 별도의 법인격인 원고가 납부한 법인세는 이 사건 양도소득세 처분과 무관하고, 법인세와 양도소득세는 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리할 뿐만 아니라 중복적용을 배제하는 특별한 규정도 없으므로 함께 부과되었다고 하여 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다’는 이유로, 원고를 도관회사로 보아 실질과세원칙을 적용하여야 한다는 PYD 등의 주장은 아무런 근거가 없고 이 사건 양도소득세 처분금액에서 원고가 납부한 법인세액을 공제하였어야 한다고 볼 수도 없다고 판단하였다.

5) PYD 등은 위 항소심 판결에 불복하여 대법원에 상고(2022두45555)하였으나, 대법원은 2022. 9. 29. 이들의 상고를 기각하였다(이하 위 제1심, 항소심, 상고심 판결을 통칭하여 ‘선행 소송’이라 한다).

다. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분

1) 원고는 2022. 12. 26. 피고에게 ‘PYD 등의 원고에 대한 이 사건 토지 양도가액을 6,804,000,000원으로 보아 양도소득세를 과세하는 것으로 선행 소송에서 확정됨에 따라, 원고의 이 사건 토지 취득가액 또한 1,458,000,000원에서 6,804,000,000원으로 증액되었으므로, 이 사건 토지 취득가액이 1,458,000,000원이라는 전제에서 원고가 신고, 납부한 2017 사업연도 법인세는 과다하므로 환급하여 달라’는 취지로, 2017 사업연도 법인세 중 1,750,185,655원(환급가산금 포함)의 환급을 구하는 경정 청구를 하였다.

2) 피고는 2023. 2. 14. ‘이 사건 양도인들이 부당행위계산 부인 규정에 의한 과세처분이 판결에 의하여 확정되었다 하여 이 사건 양도인들과 원고 간의 당초 거래내용, 법률적 효과 등의 변경이 없으므로 후발적 경정청구 대상으로 볼 수 없으며 또한, PYD 등의 소득금액 증가분을 거래상대방(원고)의 소득금액에서 차감 또는 경감하여 주는 관련 법 규정은 없다’는 이유로, 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

3) 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2023. 4. 30. 감사원에 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2023. 11. 28. 원고의 심사청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다.이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

선행 소송을 통해 이 사건 매매계약의 거래가액이 당초 1,458,000,000원에서 6,804,000,000원으로 변경되었고, 이를 기초로 PYD 등에 대한 양도소득세가 재계산되어야 하므로, 원고의 2017 사업연도 법인세 과세표준 또한 그에 맞추어 조정되어야 한다. 따라서 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구사유가 있고, PYD 등은 실체 없는 도관회사인 원고를 통해 이 사건 조합에 이 사건 토지를 매도하였을 뿐 그 거래의 실체는 PYD 등이 직접 이 사건 조합에 이 사건 토지를 매도한 것과 다름없으므로, 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 거부처분은 이중과세로서 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

구 국세기본법 제45조의2 제2항은 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 제2항 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고, 그 사유가 발생한 것을 안날부터 3월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 규정하고 있다. 그런데 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미한다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결 취지 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들에 비추어 보면, 원고의 주장과 같은 사유는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 거부처분은 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

1) 구 소득세법 제101조 제1항의 ‘부당행위계산부인’ 규정은, 거주자의 행위 또 는 계산이 객관적인 사실에 합치되고 또한 법률상 유효․적법한 것으로서 회계상으로 는 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이 특수관계자 사이의 거래이고 저가양도 등 객관적으로 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당되는 경우에는 세법상 이를 부인하여 정부가 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산하는 제도로서, 이는 실질과세원칙을 구체화하여 공평과세를 실현하고자 하는 데에 그 입법취지가 있다고 할 것이고, 부당행위계산의 부인은 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에 할 수 있는 것이다(대법원 2002. 1.11. 선고 2000두1799 판결 등 참조).

위 규정의 취지는 특수관계인과의 거래로 인하여 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 그 계산을 부인하고 객관적으로 타당한 기준에 의하여 소득을 재계산하여 ‘과세’하게 하는 것일 뿐 납세자와 특수관계인 사이에 적법․유효하게 성립한 법률행위나 계산 그 자체의 사법상 효력까지 부인하는 것은 아니다. 즉, 이 사건 매매계약과 같은 저가양도의 경우 이 사건 양도소득세 처분을 통해 이 사건 매매계약의 매매대금 등 거래내용 자체를 변경하는 것이 아니고, 이 사건 매매계약 자체의 사법상효력까지 부인되는 것도 아니며, PYD 등의 원고에 대한 실제 양도가액을 세법상으로만 부인하고 ‘시가’를 양도가액으로 하여 양도차익을 다시 계산하여 정당한 조세부담을 지우는 것에 불과하다.

2) 원고는 선행 소송을 통해 이 사건 매매계약의 거래가액이 6,804,000,000원으로 변경되었다고 주장하나, 선행 소송은 PYD 등이 이 사건 양도소득세 처분을 다툼에 따라 이 사건 양도소득세 처분에 구 소득세법 제101조 제1항의 양도소득세 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지에 관한 소송이고, PYD 등과 원고 사이에 이 사건 매매계약의 거래가액에 관한 분쟁이 생겨 그에 관하여 판단한 것도 아니므로, 이를 두고 이 사건 매매계약 거래가액이 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’에 해당한다고 볼 수도 없다.

3) 원고는 스스로 PYD 등이 이 사건 토지를 이 사건 조합에 매도하면서 양도소득세 납세 의무를 회피하기 위해 설립된 실체 없는 도관회사이므로, 실질과세 원칙에 따라 이 사건 매매계약과 제2매매계약을 하나의 거래로 보아야 한다고도 주장한다.

그러나 앞서 든 증거 및 을 제7 내지 10호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고는 PYD 등과는 별개의 법인격인 주식회사로서 2017. 4. 4. 설립되어 현재까지 존속하고 있으며, ② 2017년부터 2021년까지 법인등기부등본상 목적사업인 식량작물재배업에 관한 수입금액을 신고하고 있고, ③ 이 사건 매매계약상의 매매대금을 원고의 부채(미지급금)로 계상하여 이 사건 양도인들에게 지급한 후, 제2매매계약을 통해 이 사건 조합으로부터 지급받은 이 사건 토지 매매대금으로는 다수의 토지를 매입하여 보유하고 있는 점 등에 비추어 보면, 설령 원고가 이 사건 토지 매매에 따른 양도소득세 회피를 위해 PYD 등에 의하여 설립된 회사라 하더라도 그러한 사정만으로 원고가 실체 없는 도관회사라거나, 법인격 자체가 부인된다고 볼 수는 없다.

4) 원고는 이 사건 매매계약과 제2매매계약에 대해 각각의 세금을 부과하는 것은 이중과세라고도 주장한다. 그러나 PYD 등과 원고가 별개의 법인격인 이상 PYD 등이 원고와 특수관계인의 지위에 있다는 사정만으로 이 사건 매매계약과 제2매매 계약이 하나의 계약이라고 볼 수는 없음은 앞서 3)에서 본 바와 같고, 양도소득세와 법인세가 각각 부과된 것은 PYD 등이 선택한 거래방식에 따른 것이어서 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 양도소득세, 법인세 과세체계에 있어 당연한 귀결일 뿐 과세관청이 그 사정을 고려하여 법인세를 감면할 수 있는 근거 규정이 마련되어 있는 것도 아니므로, 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다.

5) 따라서 이 사건 양도소득세 처분에 대한 선행 소송 결과에 따라 원고의 2017사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 이 사건 매매계약의 거래가액이 원고 주장과 같이 1,458,000,000원에서 6,804,000,000원으로 달리 확정되었다고 볼 수 없고, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제72조 제2 항 제1호에 따라 이 사건 토지의 취득가액을 계산한 것으로 보이는 원고의 2017 사업연도 법인세 신고․납부 내역에 다른 후발적 경정사유가 있다고 볼 수도 없으므로, 이사건 거부처분은 적법하다.

5. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.