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판례 / 민간임대주택법에 따른 임대주택의 등록이 말소되어 임대사업자의 지위를 유지하지 못하였음
판례 정보 서울행정법원 일반행정

민간임대주택법에 따른 임대주택의 등록이 말소되어 임대사업자의 지위를 유지하지 못하였음

서울행정법원은 원고가 2021년 및 2022년 종합부동산세 과세기준일 현재 소유한 주택 중 이 사건 제1, 2주택이 합산배제 임대주택에 해당하는지가 문제 된 사건에서 원고의 청구를 기각하였다. 원고는 해당 주택들이 계속 임대주택으로 사용되고 있었고 임대사업자 등록 말소 사실을 알지 못했다고 주장하였으나, 법원은 이 사건 제1, 2주택의 임대의무기간이 2020. 8. 18. 개정 민간임대주택법 시행 전에 이미 경과하여 같은 법 부칙 제7조에 따라 그 시행일에 등록이 말소된 것으로 간주된다고 보았다. 따라서 과세기준일 현재 민간임대주택법상 임대사업자 지위를 유효하게 유지하지 못한 이상 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 않고, 피고의 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 등 경정·고지는 적법하다고 판단하였다.

서울행정법원-2024-구합-3067 2025.08.21 마지막 업데이트 2026.05.27

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2024-구합-3067
사건구분
구합
선고일
2025.08.21
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 임대사업자 등록이 말소된 주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당할 수 있는지
  • 민간임대주택법 부칙 제7조에 따라 임대의무기간이 이미 경과한 단기민간임대주택의 등록이 2020. 8. 18. 말소된 것으로 간주되는지
  • 등록 말소 사실을 알지 못했다는 사정이 민간임대주택법상 임대사업자 지위 유지 판단에 영향을 미치는지
  • 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 엄격하게 해석해야 하는지

판례 포인트

  • 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하려면 과세기준일 현재 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록상 지위를 유효하게 유지해야 한다.
  • 합산배제 임대주택 규정은 종합부동산세 특례에 관한 특혜규정으로서 엄격하게 해석된다.
  • 구 임대주택법상 매입임대주택이 민간임대주택법상 단기임대주택으로 보이고, 2020. 8. 18. 전에 임대의무기간이 경과한 경우 개정 민간임대주택법 부칙에 따라 등록 말소가 간주될 수 있다.
  • 주택이 실제로 계속 임대에 사용되었다는 사정만으로 등록 말소 후 합산배제 임대주택 요건이 충족되는 것은 아니다.
  • 등록 말소 사실을 알지 못했다는 주장은 법령의 부지 또는 착오에 불과하여 임대사업자 지위 유지의 근거가 되기 어렵다.
  • 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다.

자주 묻는 질문

Q 임대사업자 등록이 말소된 단기임대주택도 종합부동산세 합산배제를 받을 수 있나요?

A 서울행정법원은 합산배제 임대주택에 해당하려면 과세기준일 현재 민간임대주택법에 따른 임대사업자 지위를 유효하게 유지해야 한다고 보았습니다. 이 사건 제1, 2주택은 2020년 8월 18일 법 시행 전에 임대의무기간이 지나 등록이 말소된 것으로 간주되어, 2021년과 2022년 과세기준일에는 합산배제 임대주택으로 볼 수 없다고 판단했습니다.

Q 임대의무기간이 지난 매입임대주택은 언제 등록이 말소된 것으로 보나요?

A 이 판결은 2020년 8월 18일 시행된 민간임대주택법 부칙 제7조를 근거로 판단했습니다. 법 시행일 전에 단기민간임대주택의 임대의무기간이 이미 지난 경우에는 2020년 8월 18일에 임대주택 등록이 말소된 것으로 본다고 보았습니다.

Q 임대주택으로 계속 사용했다면 등록 말소 후에도 종부세 합산배제가 인정되나요?

A 원고는 이 사건 주택들이 과세기준일 무렵 계속 임대주택으로 사용되고 있었다고 주장했습니다. 그러나 법원은 종합부동산세 합산배제 요건상 민간임대주택법에 따른 임대사업자 지위를 유효하게 유지해야 하므로, 실제 임대 사용만으로는 합산배제 임대주택이라고 보기 어렵다고 판단했습니다.

Q 임대사업자 등록 말소 사실을 몰랐다는 사정이 종부세 부과처분 취소 사유가 되나요?

A 원고는 등록 말소 사실을 알지 못해 재등록 신청을 할 수 없었다고 주장했습니다. 법원은 이를 법령의 부지 또는 착오에 불과하다고 보았고, 그 사정만으로 민간임대주택법상 임대사업자 지위를 유지했다고 인정하기 부족하다고 판단했습니다.

Q 서울행정법원 2024구합3067 사건에서 종합부동산세 부과처분은 취소되었나요?

A 서울행정법원은 2025년 8월 21일 원고의 청구를 기각했습니다. 법원은 이 사건 제1, 2주택이 과세기준일인 2021년 6월 1일과 2022년 6월 1일 기준 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 보아, 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분이 위법하지 않다고 판단했습니다.

Q 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건은 어떻게 해석하나요?

A 법원은 종합부동산세 합산배제 규정을 특혜규정으로 보아 엄격하게 해석해야 한다고 설명했습니다. 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 보았습니다.

판결 내용

  • 종부
민간임대주택법에 따른 임대주택의 등록이 말소되어 임대사업자의 지위를 유지하지 못하였음 국승
  • 서울행정법원-2024-구합-3067
  • 귀속년도 : 2021
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2025.12.05.
  • 생산일자 : 2025.08.21.
  • 진행상태 : 완료
관련 법령
종합부동산세법 시행령 제3조 제1항
요지 판결내용 상세내용

요지

이 사건 주택은 민간임대주택법 시행일인 2020. 8. 18. 이전에 임대의무기간이 경과되었고, 같은 법 부칙 제7조에 따라 같은 날짜에 임대주택의 등록이 말소된 것으로 간주되므로, 서울특별시 ○○구청장이 이 사건 주택에 관한 임대사업자 등록을 말소한 데에 위법이 있다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2024구합3067 종합부동산세과세처분취소

원 고

서ㅇㅇ

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2025. 7. 10.

판 결 선 고

2025. 8. 21.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

   피고가 2023. 7. 12., 2023. 7. 13. 원고에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 13,457,316원 및 농어촌특별세 2,691,463원, 2022년 귀속 종합부동산세 8,857,082원 및 농어촌특별세 1,771,416원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 및 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2022. 6. 1. 기준으로 아래와 같이 주택 4호를 소유하였다(이하 아래 순번에 따라 ‘이 사건 제○주택’이라 한다).

< 표 생략 >

나. 원고는 구 임대주택법(2015. 8. 18. 법률 제13499호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항에 따라, 2012. 12. 7. 이 사건 제1주택에 관하여, 2013. 5. 13. 이 사건 제2주택에 관하여 각 매입임대주택으로 임대사업자 등록을 마쳤다.

  다. 피고는 이 사건 제3, 4주택에 관하여 원고에게, 2021. 11. 19. 2021년 귀속 종합부동산세 1,132,387원 및 농어촌특별세 226,477원을, 2022. 11. 20. 2022년 귀속 종합부동산세 937,441원 및 농어촌특별세 187,488원을 각 부과하였다.

  라. 한편, 서울특별시 ○○구청장은 2020. 9. 22. 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항에 따라 원고의 이 사건 제1, 2주택에 관한 임대사업자 등록을 말소하였다.

  마. 피고는, 이 사건 제1, 2주택이 임대사업자 등록 말소로 인하여 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항의 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 제1, 2주택을 종합부동산세 과세대상에 포함하여, 2023. 7. 7. 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 13,457,316원 및 농어촌특별세 2,691,463원, 2022년 귀속 종합부동산세 8,857,082원 및 농어촌특별세 1,771,416원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 판단

  가. 원고의 주장

    서울특별시 ○○구청에서 이 사건 제1, 2주택에 관한 임대사업자 등록을 임의로 말소하였고, 원고는 등록 말소 사실을 알지 못하였기 때문에 재등록 신청을 할 수도 없었다. 이 사건 제1, 2주택은 이 사건 처분의 과세기준일 무렵 계속 임대주택으로 사용되고 있었다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 규정 및 법리

    1) 원고가 이 사건 제1, 2주택에 관하여 임대사업자 등록을 마칠 당시 시행되던 구 임대주택법은 ‘매입임대주택’의 임대의무기간을 당해 임대주택의 임대 개시일부터 5년으로 규정하고 있었다[구 임대주택법 제16조 제1항 제4호, 구 임대주택법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제2호]. 구 임대주택법은 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)으로 전부 개정되었다. 전부 개정된 민간임대주택법은 ‘민간매입임대주택’을 ‘임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택’이라고 정의하면서(제2조 제3호), 민간임대주택을 기업형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 ‘기업형임대주택’, 일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 ‘준공공임대주택’, 일반형임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 ‘단기임대주택’으로 구분하여 규율하고(제2조 제4, 5, 6호),

    ‘종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다’고 규정하였으며[부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제2항], 2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정된 민간임대주택법은 기존의 ‘단기임대주택’의 명칭을 ‘단기민간임대주택’으로 변경하여 규정하였다(제2조 제6호). 한편, 민간임대주택법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제2항은 2020. 6. 9. 삭제되었다.

    이후 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되어 같은 날 시행된 민간임대주택법은 정의 규정(제2조 제6호) 및 임대사업자 등록 구분 규정(제5조 제2항)에서 단기민간임대주택’을 삭제하고, ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다’고 규정하였으며(제6조 제5항), 종전의 임대주택법 제16조 제1항 제4호에 따른 ‘매입임대주택’은 제2조 제6호에 따른 ‘단기임대주택’으로 본다는 규정을 신설하고[부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제3항], ‘제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다’고 규정하였다[부칙(2020. 8. 18.) 제7조].

    2) 구 종합부동산세법(2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준을 ‘납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액’을 기준으로 정하도록 규정하고, 같은 조 제2항 제1호는 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 주택으로 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택‘(이하 ’합산배제 임대주택‘이라 한다)을 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항은 합산배제 임대주택에 관하여 ’민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각 호의 주택을 말한다‘고 규정하면서 제2호에서 ’민간임대주택법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택‘으로서 일정 요건을 충족한 주택을 들고 있다.

    3) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

  다. 구체적 판단

    앞서 본 바와 같이 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항은 합산배제 임대주택의 요건으로 ‘민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자일 것’을 정하고 있고, 이는 종합부동산세 합산배제 특례를 규정한 특혜규정으로서 엄격하게 해석하여야 하는바, 위 규정에 의하면 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 마친 임대사업자의 지위를 유효하게 유지하여야 한다.

    그런데 앞서 본 관련 규정에 의하면, 이 사건 제1, 2주택은 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 시행일인 2020. 8. 18. 이전에 임대의무기간이 경과되었고, 같은 법 부칙 제7조에 따라 같은 날짜에 임대주택의 등록이 말소된 것으로 간주되므로, 서울특별시 광진구청장이 2020. 9. 22. 원고의 이 사건 제1, 2주택에 관한 임대사업자 등록을 말소한 데에 위법이 있다고 볼 수 없다.

    따라서 이 사건 제1, 2주택은 이 사건 처분의 과세기준일인 2021. 6. 1. 및 2022. 6. 1. 기준 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없고, 원고가 위와 같은 등록 말소사실을 알지 못하였다는 것은 법령의 부지 또는 착오에 불과하여 그러한 사정만으로 원고가 민간임대주택법에 따른 임대사업자의 지위를 유지하였다고 인정하기 부족하다.

    결국 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항 구 임대주택법 제6조 제1항 구 임대주택법 제16조 제1항 제4호 구 임대주택법 시행령 제13조 제1항 제2호 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 제2항 민간임대주택에 관한 특별법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제2항 민간임대주택에 관한 특별법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제3항 민간임대주택에 관한 특별법 부칙(2020. 8. 18.) 제7조 구 종합부동산세법 제8조 제1항 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 소득세법 제168조 법인세법 제111조 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결

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