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판례 / 인건비 적정여부
판례 정보 창원지방법원 일반행정

인건비 적정여부

창원지방법원은 골프장 사업을 영위하는 원고가 대표이사 Y에게 지급한 급여 및 4대 보험료를 손금으로 인정할 수 있는지 등이 문제 된 사건에서 원고의 청구를 모두 기각하였다. DD지방국세청장은 원고에 대한 통합조사 후 Y이 실제 업무 수행 없이 급여를 지급받았고, TT로부터 실질거래 없이 세금계산서를 수취하였다는 과세자료를 통보하였으며, 피고는 이에 따라 법인세 및 부가가치세 부과처분을 하였다. 법원은 이 사건 인건비가 근로의 대가로 지급된 것이 아니라는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 증명되었고, 원고 제출 증거만으로는 Y의 실제 근무를 인정하기 부족하다고 보았다. 이 사건 공사비 관련 주장은 원고가 변론기일에서 모두 철회하여 법원이 별도로 판단하지 않았다.

창원지방법원-2024-구합-10636 2025.07.17 마지막 업데이트 2026.05.27

기본 정보

법원
창원지방법원
사건번호
창원지방법원-2024-구합-10636
사건구분
구합
선고일
2025.07.17
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 대표이사 Y에게 지급된 급여 및 4대 보험료가 실제 근로의 대가로 지급된 인건비인지 여부
  • 이 사건 인건비를 법인세 손금불산입 대상으로 본 처분의 적법 여부
  • 필요경비 또는 손금 산입과 관련한 입증책임 및 입증 필요의 전환 여부
  • 원고가 주장한 Y의 대표이사 업무 수행 사실을 인정할 수 있는 객관적 자료가 있는지 여부
  • 이 사건 공사비를 손금불산입 및 매입세액 불공제 대상으로 한 부분에 관하여 원고가 주장을 철회한 경우 판단 필요성

판례 포인트

  • 법인은 임원에게 지급한 보수가 손금으로 인정되려면 실제 업무 수행 및 사업 관련성이 객관적 자료로 뒷받침되어야 한다.
  • 대표이사 등기, 보수규정, 이사회 결의만으로 실제 근무 또는 근로 대가성을 곧바로 인정하기는 어렵다.
  • 출퇴근 기록, 업무공간, 결재 및 의사결정 관여 자료, 구체적 업무 수행 내역 등이 임원 인건비 손금 인정에서 중요하게 고려될 수 있다.
  • 필요경비의 기초 사실이 납세의무자의 지배영역에 있는 경우에는 형평상 납세의무자에게 입증 필요가 돌아갈 수 있다.
  • 관계회사 다수의 대표로 등재되어 급여를 지급받은 사정, 실질 운영자의 존재, 외부기관 수사결과 등은 실제 업무 수행 여부 판단에 고려될 수 있다.
  • 소송 중 원고가 특정 과세항목에 관한 주장을 철회하면 법원은 그 부분에 관하여 별도로 판단하지 않을 수 있다.

자주 묻는 질문

Q 대표이사가 실제 근무하지 않은 것으로 보이면 지급한 급여를 법인세 손금으로 인정받을 수 있나요?

A 창원지방법원은 이 사건에서 대표이사 Y에게 지급된 급여와 4대 보험료가 근로의 대가로 지급된 것이 아니라는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었다고 보았습니다. 원고가 제출한 자료만으로는 Y이 실제로 대표이사 업무를 수행했다고 인정하기 부족하다고 판단하여, 해당 인건비를 손금불산입한 처분을 적법하다고 보았습니다.

Q 대표이사의 실제 근무 여부는 어떤 사정으로 판단되었나요?

A 법원은 Y이 상주할 사무실이나 별도 근무공간이 없고, 전산시스템에 의한 출퇴근 기록 등 객관적 자료도 없다는 점을 보았습니다. 또한 실무 직원들이 대표이사 결재도장까지 날인한 것으로 보이는 사정, Y이 구체적으로 어떤 업무를 했는지 알 수 있는 자료가 부족한 점도 고려했습니다.

Q 최대주주가 실질적으로 회사를 운영한 사정이 대표이사 급여 손금 판단에 영향을 주었나요?

A 이 사건에서 법원은 원고 회사가 실질적으로 최대주주 S에 의해 운영되고, S가 최종 의사결정에 영향을 미친다고 보았습니다. Y은 S의 결정으로 대표이사에 취임한 것으로 보이고, 원고 업무와 관련된 근로이력이나 사업이력이 없었던 점도 실제 업무수행을 인정하기 어렵게 본 사정 중 하나였습니다.

Q 여러 관계사의 대표로 등재되어 급여를 받은 사실도 실제 근무 판단에 고려되나요?

A 법원은 Y이 원고 외에도 10개 관계사 사업장의 대표로 등재되어 급여 등을 지급받고 있었던 사실을 확인했습니다. Y의 경력, 거주지 등 생활환경에 비추어 원고를 포함한 다수 사업장을 대표이사로서 실제 운영했다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

Q 이 사건에서 공사비 관련 법인세와 부가가치세 쟁점은 법원이 판단했나요?

A 원고는 제5회 변론기일에서 이 사건 공사비에 관한 주장을 모두 철회했습니다. 따라서 법원은 공사비를 법인세 손금불산입 및 부가가치세 매입세액 불공제 대상으로 한 부분에 대해서는 별도로 판단하지 않았습니다.

판결 내용

  • 법인
인건비 적정여부 국승
  • 창원지방법원-2024-구합-10636
  • 귀속년도 : 2021
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2025.11.05.
  • 생산일자 : 2025.07.17.
  • 진행상태 : 완료
관련 법령
법인세법 제19조
요지 판결내용 상세내용

요지

이 사건 인건비는 근로의 대가로서 지급한 것이 아니라는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고가 제출한 증거만으로는 S가 실제 근무를 하였다고 인정하기에 부족하며,달리 이를 인정할 증거가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2024구합10636 법인세 및 부가가치세 부과처분취소

원 고

J 주식회사

피 고

L 세무서장

제1심판결

변 론 종 결

2025. 5. 15.

판 결 선 고

2025. 7. 17.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 원고에게 (1) 2022. 11. 16.1) 한 2018년 사업연도 귀속 법인세 32,343,520원, 2019년도 사업연도 귀속 법인세 46,885,190원, 2020년 사업연도 귀속 법인세 45,880,650원, 2021년 사업연도 귀속 법인세 71,232,770원 합계 196,342,130원 및 (2) 2022. 11. 11. 한 2020년 제1기 부가가치세 2,022,660원, 2020년 제2기 부가가치세 9,822,120원, 2021년 제1기 부가가치세 9,217,910원, 2021년 제2기 부가가치세 13,794,280원 합계 34,856,970원의 각 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 골프장 사업 등을 영위하는 회사로, OO시 OO면 소재 ‘K클럽’(이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다)을 운영하고 있다. 원고의 최대주주인 S은 2008. 5. 30. 원고의 사내이사로 취임하였고, 캐나다국인 Y은 2018. 2. 23. 원고의 대표이사로 취임하였다. S(父)과 Y(女)은 부녀관계이다.

나. DD지방국세청장은 2022. 7. 20.부터 2022. 9. 23.까지 원고에 대하여 2017년 내지 2021년 사업연도 법인세 등에 관한 통합조사(이하 ‘이 사건 통합조사’라 한다)를 실시하였고, 피고에게 ‘① 대표이사 Y이 실제 원고의 업무를 수행한 사실 없이 급여를 지급받았으므로 Y에 대한 급여 및 4대 보험료 합계 291,875,584원(이하 ‘이 사건 인건비’라 한다)은 손금불산입 대상(아래 [표1] 기재 참조), ② 원고가 주식회사 TT(이하 ‘TT’라 한다)로부터 실질거래 없이 세금계산서 합계 118,650,000원(이하 ’이 사건 공사비‘라 한다)을 수취하였으므로 이 사건 공사비는 손금불산입 및 매입세액 불공제 대상(아래 [표2] 기재 참조)’이라는 내용의 과세자료를 통보하였다.

[표2]는 생략합니다.

다. 피고는 위와 같이 통보된 과세자료에 따라 2022. 11. 11. 원고에게 아래 [표3] 기재와 같이 2018사업연도부터 2021사업연도까지 법인세 합계 196,342,130원, 2020년 제1기, 2021년 제1기 및 2021년 제2기 부가가치세 합계 25,034,850원을 각 부과처분하였다(이하 포괄하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[표3]는 생략합니다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 2. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 27. 원고의 심판청구를 기각하였다2).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제5, 6, 15, 16, 24, 27, 31호증, 을 제1, 2, 16, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 이 사건 인건비를 법인세의 손금불산입 대상으로 한 부분

1) 원고 주장의 요지

Y은 원고의 대표이사로서 원고의 사업장에서 실제 근무하였고, 원고는 임원 보수규정 한도 내에서 매년 이사회에서 정한 금액을 Y에게 지급하였다. 따라서 Y이 원고의 대표이사로서의 업무를 수행하지 않았다고 보고 이 사건 인건비의 손금불산입을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 관련 규정 및 관련 법리

가) 법인세법은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다’고 규정하고 있고(법인세법 제19조 제1항),‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다(법인세법 제19조 제2항). 또한 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고(법인세법 제26조 제1호), 법인세법 시행령은 ‘법인이 그 임원 등에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’라고 규정하고 있다(법인세법 시행령 제43조 제1항).

나) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두647 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 갑 제7 내지 14, 33 내지 36, 을 제3 내지 7, 18 내지 58호증의 각 기재를 더하여 인정되는 다음 사정들을 종합해보면, 이 사건 인건비는 근로의 대가로서 지급한 것이 아니라는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고가 제출한 증거만으로는 Y이 실제 근무를 하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고의 최대주주 현황, 원고의 관계사의 최대주주 현황 등에 의하면, 원고는 실질적으로 최대주주인 S에 의하여 운영되고 있고, S이 원고의 최종 의사결정에 영향을 미치고 있다. 원고는 S이 건강상 문제로 이 사건 골프장에 대한 경영이 어려워지자 Y에게 원고의 경영 등을 맡긴 것이라고 주장하는데, Y은 캐나다에서 장기거주하면서 캐나다국적을 취득한 자로 원고의 업무와 관련된 근로이력이나 사업이력이 전무하였음에도, 원고의 실운영자인 S의 결정에 의해 원고의 대표이사로 취임한 것으로 보인다.

② 원고는 Y이 대면 또는 SNS를 통해 업무보고를 받고, 대표이사의 권한으로 원고의 서류를 직접 결재하였다고 주장하나, 원고 부사장의 진술서, 업무인수인계 메모 등에 의하면, 원고 소속 실무담당 직원들이 기안문 등의 서류를 작성할 때 자신의 도장뿐만 아니라 Y의 결재도장까지 직접 날인한 것으로 보이고, 일일자금현황에 의하면 대표이사 란에 도장 인영이 다른 것도 존재한다. 원고의 사업장에는 Y이 상주할 수 있는 사무실이나 별도의 근무공간이 존재하지 않고, Y의 상근 사실을 인정할 수 있는 전산시스템에 의한 출퇴근 기록 등 객관적인 자료도 없다.

③ 원고의 코스 관리 등 가장 중요하고 이례적인 사항은 실경영자인 S 또는 부사장인 원호룡 등이 직접 점검하고 처리하였던 것으로 보이고, Y이 대표이사로서 구체적으로 어떠한 업무를 수행하였는지 알 수 있는 자료는 없다. Y이 은행에 방문하여 관계사인 주식회사 CH 등의 고액 지출 청구서를 작성하였다거나 잔디관리 노하우 등의 자질을 갖추기 위해 골프장 CEO 과정을 한 학기 이수하였다는 등의 사정들만으로는 Y이 원고의 조직구성, 의사결정에 있어 주요한 역할을 하였다고 인정하기 어렵다.

④ Y에 대한 노동조합 및 노동관계조정법위반 혐의 사실에 관하여 수사한 BB지방고용노동청 JJ지청의 수사결과 보고에는‘Y은 원고의 대표이사이기는 하나, 원고 사업장의 모든 업무는 부회장인 KKK에 의하여 행해지고, Y은 부회장과 총무이사에게 교섭위임을 하였으므로, 사업장의 교섭에 대한 실질적인 권한이 없는 것으로 판단되어 불기소(혐의없음) 의견’이라는 내용이 기재되어 있다. ⑤ 이 사건 통합조사 당시 Y은 OO시에 거주하면서 원고 외의 10개 관계사 사업장의 대표로 등재되어 급여 등을 지급받고 있었던 사실이 확인되었다. Y의 경력, 거주지 등 생활환경에 비추어 볼 때, Y이 원고를 포함한 위 다수의 사업장을 대표이사로서 실제로 운영하였다고 보기 어렵다.

나. 이 사건 공사비를 법인세의 손금불산입 및 부가가치세의 매입세액 불공제 대상으로 한 부분 원고는 제5회 변론기일에서 이 사건 공사비에 관한 주장은 모두 철회하였다. 따라서 이에 관하여는 판단하지 않는다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

국세법령정보시스템

관련 법령

법인세법 제19조 제1항 법인세법 제19조 제2항 법인세법 제26조 제1호 법인세법 시행령 제43조 제1항 대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두647 판결 노동조합 및 노동관계조정법

관련 판례

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