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판례 / 양도소득세 계산시 자본적지출액에 대한 입증책임
판례 정보 서울행정법원 일반행정

양도소득세 계산시 자본적지출액에 대한 입증책임

원고는 이 사건 부동산을 양도하고 기본세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 피고는 일부 층의 주택 사용 등을 이유로 다주택자 중과세율을 적용하고 신고한 필요경비 중 일부를 부인하여 양도소득세를 경정·고지하였다. 원고는 추가 공사비 등이 자본적 지출로 필요경비에 포함되어야 하고, 이 사건 부동산 일부 층을 하나의 주택으로 보아야 한다고 주장하였다. 법원은 자본적 지출액은 객관적 증명서류나 금융거래 증명서류로 실제 지출사실이 확인되어야 하며, 원고 제출 증거만으로는 이 사건 금액을 자본적 지출로 인정하기 부족하다고 판단하였다. 또한 사실혼 관계의 상대방은 소득세법상 배우자에 해당하지 않고 각 층의 거주공간도 구분되어 있다는 이유로 원고의 주장을 배척하여 원고의 청구를 모두 기각하였다.

서울행정법원-2024-구합-57521 2025.11.14 마지막 업데이트 2026.05.25

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2024-구합-57521
사건구분
구합
선고일
2025.11.14
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 양도소득세 계산에서 자본적 지출액에 관한 입증책임을 누구에게 부담시킬 수 있는지
  • 간이영수증, 거래명세표, 확인서 등만으로 부동산에 대한 자본적 지출을 인정할 수 있는지
  • 소득세법 제160조의2 제2항의 증명서류 또는 금융거래 증명서류가 없는 지출을 필요경비로 인정할 수 있는지
  • 사실혼 관계에 있는 사람을 소득세법 제88조 제6호의 배우자로 볼 수 있는지
  • 구분된 거주공간을 사용하는 부동산의 여러 층을 하나의 주택으로 볼 수 있는지

판례 포인트

  • 양도차익 계산상 필요경비는 원칙적으로 과세관청이 증명책임을 부담하지만, 납세자에게 유리하고 납세자의 지배영역에 있는 사항은 납세자에게 증명의 필요가 돌아갈 수 있다.
  • 자본적 지출액은 실제 지출사실과 해당 부동산의 용도변경·개량·이용편의 관련성이 객관적 자료로 확인되어야 한다.
  • 간이영수증이나 거래명세표만으로는 재화·용역이 해당 부동산 공사에 사용되었는지 확인되지 않으면 자본적 지출로 인정되기 어렵다.
  • 계약서, 세금계산서, 금융거래내역 등 객관적 증빙이 없는 경우 추가 필요경비 인정에 한계가 있다.
  • 소득세법 제88조 제6호의 배우자는 법률상 배우자를 의미한다고 판단하였다.
  • 사실혼 관계 및 그 자녀의 거주 사실만으로 구분된 층별 거주공간을 하나의 주택으로 볼 수 없다고 판단하였다.

자주 묻는 질문

Q 양도소득세 계산에서 자본적지출액은 누가 입증해야 하나요?

A 서울행정법원은 양도소득세 계산에서 필요경비 중 자본적지출액에 관한 사항은 원고가 증명해야 한다고 보았습니다. 필요경비는 납세자에게 유리하고 그 기초 사실도 납세자의 지배영역 안에 있는 경우가 많아, 증명의 필요를 납세자에게 돌릴 수 있다고 판단했습니다.

Q 간이영수증이나 거래명세표만으로 부동산 자본적지출을 인정받을 수 있나요?

A 이 판결에서는 원고가 제출한 간이영수증, 거래명세표 등만으로는 해당 재화나 용역이 이 사건 부동산의 용도변경 등을 위해 제공되었는지 알기 어렵다고 보았습니다. 계약서, 세금계산서, 금융거래내역 등 객관적인 자료도 대부분 확인되지 않아 자본적지출로 인정하기 부족하다고 판단했습니다.

Q 양도소득세 필요경비로 자본적지출액을 인정받으려면 어떤 자료가 필요한가요?

A 판결은 소득세법 시행령상 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류로 확인되는 경우를 전제로 설명했습니다. 이 사건에서는 추가로 주장된 금액에 대해 실제 지출금액과 공사 내용, 대상, 시기 등을 확인할 객관적 자료가 부족하다고 보아 필요경비로 인정하지 않았습니다.

Q 기존에 신고한 공사비 내역과 소송 중 주장한 자본적지출 내역이 다르면 불리하게 판단될 수 있나요?

A 이 사건에서 법원은 원고가 조세심판 단계와 소송 단계에서 주장한 자본적지출 금액 및 세부 내역이 상당 부분 맞지 않는 점을 고려했습니다. 지출 시기, 상대방, 용도 등이 기존 자료와 부합하지 않아 제출 증거만으로는 추가 자본적지출을 인정하기 어렵다고 보았습니다.

Q 공사 관련 확인서만으로 양도소득세 필요경비를 입증할 수 있나요?

A 법원은 원고가 제출한 확인서만으로는 작성자들이 수행했다는 공사의 내용, 대상, 시기 등을 알 수 없다고 보았습니다. 사실조회 결과로도 용역의 구체적 내용을 확인하기 어려워, 확인서만으로 자본적지출액을 인정하기에는 부족하다고 판단했습니다.

Q 사실혼 배우자의 자녀가 같은 건물 다른 층에 살면 하나의 주택으로 볼 수 있나요?

A 이 판결에서 법원은 소득세법 제88조 제6호의 ‘배우자’는 법률상 배우자를 의미한다고 보았습니다. 원고와 DDD는 법률상 배우자 관계가 아니었고, 이 사건 부동산의 각 층 거주공간도 서로 구분되어 있어 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

Q 서울행정법원 2024구합57521 사건에서 양도소득세 부과처분 취소 청구는 어떻게 되었나요?

A 서울행정법원은 2025년 11월 14일 원고의 청구를 모두 기각했습니다. 원고가 추가로 주장한 자본적지출액을 인정할 객관적 자료가 부족하고, 부동산 일부 층을 하나의 주택으로 보아야 한다는 주장도 받아들이기 어렵다고 판단했습니다.

판결 내용

  • 양도
양도소득세 계산시 자본적지출액에 대한 입증책임 국승
  • 서울행정법원-2024-구합-57521
  • 귀속년도 : 2021
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2026.01.08.
  • 생산일자 : 2025.11.14.
  • 진행상태 : 진행중
관련 주제어
양도소득의 필요경비 계산
관련 법령
소득세법 제97조
요지 판결내용 상세내용

요지

양도소득세 계산시 필요경비내역 중 자본적지출액에 대한 입증책임은 원고에게 있고 실제 지출한 금액 등 객관적인 자료에 의한 것이어야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2024구합57521 양도소득세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 26.

판 결 선 고

2025. 11. 14.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. x. xx. 원고에 대하여 한 양도소득세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 20xx. x. xx. 취득한 서울 OO구 xx번지 소재 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 20xx. x. xx. xx억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고, 20xx. x. xx. 기본세율을 적용하여 이에 관한 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 신고·납부하였다.

 나. 피고는 20xx. x. xx. x층 건물인 이 사건 부동산 중 x층을 제외한 모든 층이 주택으로 사용되고 있다는 이유로 다주택자 중과세율을 적용하고, 원고가 신고한 필요경비 중 약 x,xxx,xxx,xxx원을 부인하며, 일부 공사비 약 xx,xxx,xxx원을 추인하는 등으로 하여 원고에게 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정·고지하였다. 이후 이의신청 절차를 통해 일부 금액이 추가로 필요경비 등에 포함되어 위 양도소득세 중 xxx,xxx,xxx원이 감액경정되었다. 이에 따라 이 사건 부동산의 양도에 관하여 남아 있는 양도소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)은 x,xxx,xxx,xxx원(= x,xxx,xxx,xxx원 – xxx,xxx,xxx원, 원 미만 버림)이다.

2. 이 사건 처분의 위법 여부

 가. 자본적 지출액 관련 주장에 관한 판단

 1) 관련 규정 및 법리

 가) 소득세법 제97조 제1항 제2호에 의하면, 거주자의 양도차익을 계산할 때 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 양도가액에서 공제된다. 소득세법 시행령 제163조 제3항은 ‘"자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 소득세법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다’고 규정하고, 제1호는 같은 시행령 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액, 즉 ‘사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비’를, 제3호는 ‘양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)’을 규정하고 있다.

 나) 과세요건의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하므로 양도차익을 계산하기 위한 취득가액 등 필요경비에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

 2) 구체적인 판단

 원고는 갑 제xx 내지 xx호증의 기재 각 금액의 합계액 xxx,xxx,xxx원(이하 ‘이 사건 금액’이라 한다)은 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출로 추가로 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들과 을 제x, x호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건에서 주장하는 필요경비에 관한 사항을 증명하여야 한다고 보는 것이 타당한데, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 금액을 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출로 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

 가) 원고는 이 사건 소를 제기하기 전 조세심판원에 이 사건 처분에 관한 심판청구를 하면서 원고가 정리한 것으로 보이는 금융거래내역 등을 제출하며 xxx,xxx,xxx원이 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출로 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하였다. 원고는 이 사건에서도 갑 제xx호증(자본적지출 필요경비를 불공제한 공사비 내역)을 증거로 제출하며 20xx. x. xx.자 준비서면을 통해 위 xxx,xxx,xxx원이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하였다. 그런데 원고는 20xx. x. xx.자 준비서면을 통해 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출액이 이 사건 금액인 xxx,xxx,xxx원이라며 그 주장을 변경하였는데, 이 사건 금액에 관한 세부 내역의 상당 부분(지출 시기, 상대방, 용도 등)은 갑 제xx호증의 기재 내용에 부합하지 않는다.

 나) 원고가 이 사건 금액이 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출이라고 주장하며 제출한 주된 증거는 간이영수증, 거래명세표 등이다[갑 제xx 내지 xx호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 이하 ‘간이영수증 등’이라 한다]. 그런데 위 증거들을 포함하여 원고가 제출한 증거들만으로는 해당 간이영수증 등에 기재된 재화나 용역이 원고가 주장하는 이 사건 부동산에 대한 용도변경 등을 위해 제공된 것인지를 알 수 없고, 간이영수증 등의 기재 내용에 부합하는 계약서, 세금계산서, 금융거래내역 등도 대부분 찾아볼 수 없다. 또한 원고는 이 사건 부동산의 용도변경 등을 위해 공사를 하였다고 주장하는 사람들의 확인서(갑 제xx호증)를 제출하였으나, 그 확인서의 기재 내용만으로는 위 확인서 작성자들이 수행하였다는 공사의 내용, 대상, 시기 등을 알 수 없다. 나아가 이 법원의 BBB, CCC에 대한 사실조회결과에 의하더라도, BBB, CCC이 이 사건 부동산에 관하여 수행하였다는 용역의 구체적인 내용을 알 수 없다.

 다) 피고는 이 사건 처분 과정에서 원고가 소득세법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인된 이 사건 부동산에 관한 공사비 등은 필요경비로 인정한 것으로 보이는데(을 제x, x호증) 위와 같이 인정된 필요경비에 추가하여 이 사건 부동산에 관한 자본적 지출로 인정되어야 할 금액이 존재한다고 볼 만한 객관적인 자료가 없다.

나. 이 사건 부동산 x, x층을 하나의 주택으로 보아야 한다는 주장 등에 관한 판단

 1) 원고는 원고와 사실혼 관계에 있는 DDD와 이 사건 부동산 x층에 거주하였고, DDD의 자녀인 EEE가 이 사건 부동산의 x층에 거주하였으므로, 소득세법 제88조 제6호 본문에 따라 이 사건 부동산 x층과 x층은 하나의 주택으로 보아야 한다는 등으로 주장한다.

 2) 그러나 소득세법 제88조 제6호 본문은 ‘"1세대"란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다’고 규정하고 있다. 위 규정의 ‘배우자’란 ‘법률상의 배우자’를 의미한다고 보는 것이 타당한데, 원고는 DDD와 법률상 배우자의 관계에 있지 않을 뿐만 아니라, 이 사건 부동산 x층과 x층의 거주공간은 서로 구분되어 있으므로 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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관련 법령

소득세법 제97조 제1항 제2호 소득세법 시행령 제163조 제3항 소득세법 제160조의2 제2항 소득세법 시행령 제67조 제2항 소득세법 제88조 제6호 대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결

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