사실관계
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판단 결과
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핵심 쟁점
- 양도계약에 관한 ‘해지합의서’가 소급효 있는 합의해제로 인정될 수 있는지
- 합의해제 또는 해지를 이유로 이미 신고·확정된 기타소득에 대한 경정청구가 가능한지
- 계약 해소가 소득세 과세대상 소득의 소급적 소멸을 가져오는지
- 양도계약 해소에 따른 원상회복이 실제로 이루어졌는지
- 비과세 또는 조세채무 소멸 사유에 관한 증명책임이 누구에게 있는지
판례 포인트
- 조세소송에서 비과세요건이나 조세채무 소멸사유에 대한 증명책임은 납세자에게 있다.
- 계약 해소 합의가 있더라도 그 내용이 장래효를 전제로 한 해지에 불과하면 기존 양도행위와 과세요건은 그대로 존속한다.
- 처분문서에 ‘해지’라는 문언이 사용되고 소급효나 원상회복에 관한 명시적 정함이 없으면 소급적 합의해제로 인정되기 어렵다.
- 소급적 해제를 주장하려면 특허권 반환, 주식 반환·소각, 금전 반환 등 원상회복이 실제로 이루어졌다는 사정이 중요하다.
- 계약 해소 합의 후에도 양도대가인 주식을 계속 보유하거나 그 주식에 관한 권리를 행사한 사정은 소급적 합의해제 주장을 배척하는 근거가 될 수 있다.
- 설령 소급적 해제합의가 있었다고 보더라도 양도대가가 원상회복되지 않고 경제적 이익이 원고에게 귀속된 경우 과세대상 소득이 인정될 수 있다.
자주 묻는 질문
특허권 양도계약을 나중에 해지했다는 이유로 종합소득세 경정청구를 할 수 있나요?
서울행정법원은 이 사건에서 원고가 특허권을 법인에 60억 원에 양도하고 그 대가를 받은 뒤 작성한 합의가 양도계약을 소급적으로 없앤 해제라고 보기 어렵다고 판단했습니다. 합의서에는 ‘해지’라는 표현이 사용되었고, 특허권 반환이나 주식·현금의 원상회복도 이루어졌다고 보기 어려웠습니다. 따라서 종합소득세 경정거부처분은 적법하다고 보았습니다.
계약서에 ‘해지’라고 적힌 합의가 세법상 소급적 합의해제로 인정될 수 있나요?
법원은 합의에 따라 계약을 해소하더라도 장래를 향해 효력을 잃게 하는 것에 불과하면 엄밀한 의미의 해제가 아니라 해지로 보아야 한다고 설명했습니다. 이 사건 합의서에는 계약을 ‘해지’한다고 적혀 있었고, 양도계약이 소급하여 효력을 잃는다는 표현이나 구체적인 원상회복 약정이 확인되지 않았습니다. 그래서 법원은 소급적 합의해제가 아니라 장래효를 갖는 새로운 계약으로 보았습니다.
특허권 양도대가로 받은 주식과 현금을 돌려주지 않으면 합의해제가 인정되기 어려운가요?
이 판결은 원상회복이 실제로 이루어졌는지를 중요한 사정으로 보았습니다. 원고는 특허권 양도대가로 주식과 현금을 받았지만, 특허권이 반환되지 않았고 원고가 받은 주식도 회생절차 무렵까지 보유한 것으로 판단되었습니다. 이러한 사정 때문에 법원은 양도계약이 소급적으로 소멸했다고 보기 어렵다고 보았습니다.
특허권 양도계약이 이미 이행된 뒤 작성된 합의서는 어떻게 판단되었나요?
원고와 법인 사이의 특허권 양도계약은 2018년에 체결되었고, 법인은 주식과 현금을 지급했으며 특허권 등록도 법인 명의로 이루어졌습니다. 법원은 이러한 사정상 양도계약이 유효하게 체결되어 이행이 완료되었다고 보았습니다. 이후 작성된 합의만으로 계약의 효력이 처음부터 소멸했다고 인정하기는 어렵다고 판단했습니다.
조세소송에서 계약이 소급적으로 해제되었다는 점은 누가 증명해야 하나요?
법원은 조세소송에서 비과세요건이나 조세채무 소멸사유에 대한 증명책임은 납세자에게 있다고 보았습니다. 이 사건에서 원고는 양도계약이 소급적으로 소멸했다고 주장했지만, 제출된 자료만으로는 이를 인정하기 어렵다고 판단되었습니다. 따라서 경정청구 사유가 인정되지 않았습니다.
특허권 양도계약 해지 후에도 주주로서 권리를 행사한 사정이 세금 판단에 영향을 주었나요?
법원은 원고가 합의 이후에도 이 사건 주식을 포함한 법인 주식을 보유한 것을 전제로 출자계약이나 양도계약을 체결한 사정을 언급했습니다. 이는 원고가 여전히 주식 소유자임을 전제로 권리를 행사한 것으로 보인다고 판단되었습니다. 이러한 사정은 양도계약이 소급적으로 소멸했다는 주장과 맞지 않는 근거로 고려되었습니다.
서울행정법원 2024구합90795 사건의 결론은 무엇인가요?
서울행정법원은 2025년 9월 24일 원고의 청구를 기각했습니다. 원고가 주장한 양도계약의 소급적 합의해제와 그에 따른 종합소득세 경정청구 사유가 인정되지 않는다고 보았습니다. 따라서 세무서장의 2018년 귀속 종합소득세 경정거부처분은 적법하다고 판단했습니다.
판결 내용
- 종소
- 서울행정법원-2024-구합-90795
- 귀속년도 : 2018
- 심급 : 1심
- 등록일자 : 2026.01.15.
- 생산일자 : 2025.09.24.
- 진행상태 : 진행중
요지
이 사건 합의는 이 사건 양도계약의 효력을 장래를 향하여 상실시켜 그 구속력에서 벗어나고자 하는 내용의 새로운 계약을 한 것이라고 봄이 타당하다.
판결내용
판결 내용은 붙임과 같습니다.
상세내용
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사 건 |
2024구합90795 종합소득세경정거부처분취소 |
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원 고 |
박AA |
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피 고 |
○○세무서장 |
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변 론 종 결 |
2025. 8. 13. |
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판 결 선 고 |
2025. 9. 24. |
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2023. 12. 6. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 종합소득세 395,274,636원에 대한 정거부처분을 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 에OOOOOO 주식회사(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 토목건축공사업 및 주 택건설사업 등을 목적으로 설립되었다. 원고는 2017. 7. 4.부터 2020. 3. 9.까지 이 사 건 법인의 대표이사로 재직하였다.
나. 원고는 2018. 11. 20. 및 2018. 12. 7. 아래 표 기재와 같은 플랜트용 발판장치에 관한 발명을 특허로 출원하였다(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다).
다. 원고는 2018. 12. 17. 이 사건 법인과 사이에, 원고가 이 사건 법인에 이 사건 특허권을 60억 원에 양도하기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 양도계약’이라 한다) 을 체결하였다.
라. 이 사건 법인은 이 사건 양도계약에 대한 대가로서 원고에게, 이 사건 양도계약 체결 이후 유상증자를 실시하며 발생한 신주 중 51억 원 상당의 보통주식 318,750주(1 주당 발행가액 16,000원) 및 3억 원 상당의 상환우선주식 18,750주(1주당 발행가액 16,000원, 이하 위 각 주식을 통틀어 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 지급하고, 이와 별도 로 현금 2억 400만 원을 지급하였다(나머지 대금 약 3억 9,600만 원은 이 사건 법인이 원고의 소득세 등으로 원천징수하였다).
마. 원고는 2019. 5. 30. 2018년 귀속 종합소득세 신고 시 이 사건 양도계약에 따른 총수입금액이 60억 원, 이에 사용된 필요경비가 42억 원임을 기초로, 그 차액인 18억원(= 60억 원 - 42억 원)을 기타소득으로 신고하였다.
바. 원고와 이 사건 법인 사이에 2019. 10. 11.자로 이 사건 양도계약에 대한 해지합 의서가 작성되었다(이하 ‘이 사건 합의’라 한다).
사. PP지방법원은 이 사건 법인에 대하여 2021. 1. 5. 회생절차개시결정을, 2022. 1. 7. 회생계획인가결정을 하였고(20xx회합1xxxx호), 위 회생계획인가결정에 따라 이 사건 주식을 포함한 이 사건 법인의 주식 1,625,300주는 무상감자 절차를 통하여 소각 되었다.
아. 원고는 2023. 10. 4. 피고에 대하여 이 사건 양도계약이 합의해제되었다고 주장 하며 당초 신고한 소득금액 18억 원을 종합소득에서 차감하여 2018년 귀속 종합소득 세 중 755,274,636원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2023. 12. 6. 위 경정청구를 거부하였다(이하 피고의 경정거부처분 중 원고가 이 사건에서 다투는 395,274,636원에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
이 사건 법인의 2018년 귀속 재무제표에 대한 외부감사 중, 회계감사기관으로부터 이 사건 특허권의 가치, 이 사건 양도계약에 따른 유상증자를 인정할 수 없으므로 이 사건 특허권 양도를 무효화 하든지 감사의견거절을 받아야 한다는 의견을 받았다. 이 에 이 사건 양도계약에서 정한 약정 해제조건이 성취되어 이 사건 법인과 원고는 이 사건 양도계약을 해제하기로 하는 이 사건 합의를 하였다.이에 따라 이 사건 양도계약은 적법하게 해제되어 그 효력이 소급하여 상실하였으 므로 이 사건 양도계약의 유효를 전제로 한 기타소득은 발생할 수 없다.
그리고 원고가 지급받은 이 사건 주식에 대하여는 이 사건 합의 즉시 재무제표에 반영(감액)되었고, 이 사건 법인은 2020. 5. 25. 이사회를 소집하여 이 사건 양도계약을 해제하고 이 사건 주식을 이 사건 법인에 귀속하여 소각하기로 결의하였다. 또한 원고 에게 현금으로 입금된 2억 400만 원은 이 사건 법인을 위한 영업비로 사용되었다. 따 라서 이 사건 양도계약 해제에 따른 원상회복도 모두 이루어졌다.
나. 관계법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
1) 관련 법리
가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하 고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운 데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙 에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).
또한 조세소송에서 비과세요건에 대한 증명책임은 납세자에게 있고, 세금의 납부, 강제징수에 의한 충당, 제척기간의 만료 또는 소멸시효의 완성 등 조세채무의 소 멸사유에 대해서도 증명책임은 납세자에게 있다.
나) 양도의 원인인 매매계약이 체결되었더라도 사후에 그 매매계약이 어느 일방 의 해제권 행사로 해제되면 그 계약의 효력이 소급하여 소멸되므로 계약의 이행이 어느 정도 있었는지를 불문하고 민법 제548조에 의하여 각 당사자는 상대방에 대해 그 이행의 결과물을 돌려주어야 하는 원상회복의무를 지게 되고, 따라서 양도소득의 과세 요건인 양도행위도 처음부터 없었던 것이 되어, 양도소득세가 과세될 수 없다(대법원 1984. 12. 26. 선고 84누412 판결, 대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5972 판결 등 참 조). 그리고 이러한 법리는 해제권의 일방 행사가 아닌 합의해제가 이루어진 경우에도 마찬가지로 적용된다(대법원 1990. 7. 13. 선고 90누1991 판결, 대법원 1993. 5. 11. 선 고 92누17884 판결 등 참조).
그러나 합의에 따라 계약을 해소시킨다고 하여도, 소급효를 인정하는 바탕에 서 그러한 것이 아니라 단지 장래를 향해서만 그 효력을 상실시키는 것에 불과하다면, 명칭에 상관없이 엄밀한 의미에서 ‘해제’가 아니라 민법 제550조의 ‘해지’에 불과하다고 보아야 한다. 따라서 기존에 체결된 계약의 효력이 소급적으로 소멸하지 아니하고 양 도소득의 과세요건인 양도행위 역시 해지에도 불구하고 그대로 존속한다고 봄이 타당 하다.
2) 구체적 판단
앞서 채택한 각 증거, 갑 제3, 4호증, 을 제8 내지 16호증의 각 기재에 변론 전 체의 취지를 종합하면, 이 사건 합의로 이 사건 양도계약이 해제되어 그 효력이 소급 적으로 소멸하였다고 보기 어렵고, 이 사건 합의는 이 사건 양도계약의 효력을 장래를 향하여 상실시켜 그 구속력에서 벗어나고자 하는 내용의 새로운 계약을 한 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 주장하는 바와 같은 경정사유가 인정된다고 보기 어렵 다.
가) 이 사건 양도계약서 제6조는 ‘본 계약은 갑(원고)과 을(이 사건 법인)이 본계약서에 날인한 때로부터 효력을 발생한다’고 규정하고 있고, 위 계약에 따라 이 사건 법인이 2018. 12. 31. 내지 2019. 5. 24. 사이에 원고에게 이 사건 양도대가인 이 사건 주식 및 현금을 지급하였으며, 2019. 4. 22.에는 이 사건 특허권에 대하여 이 사건 법 인을 특허권자로 한 특허등록도 이루어졌다. 즉, 원고와 이 사건 법인 사이에 이 사건 양도계약이 유효하게 체결되어 그 이행이 모두 완료되었다. 나아가 원고는 2019. 5. 1. 이 사건 양도에 따른 소득금액을 포함하여 2018년 종합소득을 신고함으로써, 원고의 소득세 납세의무도 확정되었다.
나) 처분문서는 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 법원은 그 기재 내용을 부인 할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 그 처분문서에 기재되어 있는 문 언대로의 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하고, 당사자 사이에 계약의 해석을 둘러싸고 이견이 있어 처분문서에 나타난 당사자의 의사해석이 문제되는 경우에는 문 언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2002. 6. 11. 선고 2002다6753 판결 참조).
이 사건 합의서의 이름은 ‘해지’ 합의서이며, 위 합의서 제1조 제2호에는 ‘상호 합의하여 산업재산권 양도계약서를 해지키로 한다’고 기재되어 있다. 이처럼 이 사건 합의서에서는 계약의 효력을 장래를 향하여 소멸시키는 것을 의미하는 ‘해지’라는 표현을 사용하고 있으며, 위 합의 내용상 이 사건 양도계약이 소급하여 효력을 상실한 다고 볼 만한 표현은 보이지 않는다. 이 사건 합의를 함에 있어서 원고가 지급받은 주식 및 금원에 대하여 받은 날로부터 이자를 가산하여 이를 반환하기로 하였다는 등 원 상회복에 관한 사항을 구체적으로 정하였다는 사정도 확인되지 않는다.
다) 이 사건 합의 이후의 사정을 보더라도, 위 합의 당시 이 사건 양도계약의 효력을 소급하여 무효화하려는 의도였다고 보기 어렵다.
(1) 원고와 이 사건 법인 사이에 이 사건 양도계약이 소급적으로 무효화되었 음을 전제로 한 원상회복이 전혀 이루어진 바 없다.
이 사건 법인이 원고에게 이 사건 특허권을 반환한 바 없고, 특허권의 등 록원부상 특허권자는 여전히 이 사건 법인으로 남아있던 것으로 보인다. 원고 또한 이 사건 법인에 대한 회생계획인가결정이 될 무렵까지 이 사건 주식을 계속 보유하고 있 었고, 이후 개시된 회생절차에서도 원고가 이 사건 주식의 주주임을 전제로 하여 관련 절차가 진행되었다.
이에 관하여 원고는 ‘이 사건 법인은 이 사건 합의 이후 2020. 5. 25. 이사회를 소집하여 이 사건 양도계약을 해제하고 이 사건 주식을 이 사건 법인에 귀속하여 소각처리하기로 결의하였으므로, 이 사건 주식의 원상회복이 이루어졌다’는 취지로 주 장한다.
그러나 위 이사회 결의는 이 사건 합의일로부터 약 7개월이 지나 이루어진 것인 점, 이후 실제로 그 결의 내용에 따른 이 사건 주식의 소유권 이전 및 소각처리가 이루어지지도 않은 점, 이 사건 합의 무렵 원고는 이 사건 법인의 대표이사이자 발 행주식의 65% 이상을 보유한 최대주주였는바, 원고가 이 사건 법인을 대표하여 양도계 약 해제에 따른 원상회복 절차를 충분히 진행할 수 있는 상황이었다고 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 드는 사정만으로 이 사건 주식의 원상회복이 이루어졌다고 할 수 없다.
(2) 2020. 3. 9. 원고가 이 사건 법인의 대표이사직에서 사임한 이후, 이 사건 법인은 2020. 6. 12. 원고를 상대로 손해배상을 구하는 소를 제기하였는데(PP지방법원 20xx가합5xxxxx), 위 사건에서 이 사건 법인은 ‘원고는 이 사건 법인의 전 대표이 사로서 자기거래로 재산적 가치가 없는 이 사건 특허권을 이 사건 법인에 양도하고, 그 대가로 현금 9억 원 및 51억 원 상당의 318,750주(1주당 발행가액 16,000원)를 취득하였다. 결국 원고는 아무런 가치가 없는 이 사건 특허권을 양도하고 이 사건 법인에 합계 60억 상당의 손해를 가하였으므로, 손해배상으로 60억 원 및 이에 대한 지연 손해금을 지급할 의무가 있다’고 주장하였다. 그리고 이에 대하여 PP지방법원은 2025. 1. 15. ‘이 사건 특허권 양도대금 60억 원이 그 무렵 위 특허권의 경제적 가치를 고려할 때 부당히 과다하게 책정되었다고 볼 수 없다’고 하여 이 사건 법인의 주장을 배척하였다.
이 사건 법인은 이 사건 합의가 이루어진 이후에 위 소를 제기하였으며, 그 소송과정에서 이 사건 법인과 원고 중 누구도 이 사건 합의가 해제되어 효력이 소 급적으로 소멸하였다는 취지의 주장을 하지 않았던 것으로 보인다.
(3) 원고는 이 사건 합의 이후 2020. 5. 11.경 원고가 이 사건 주식을 포함하 여 이 사건 법인의 주식 918,750주를 보유하고 있음을 전제로 이에 대한 지분을 출자 하기로 하는 계약을 체결하거나, 2020. 9. 22.경 위 주식에 대한 양도계약을 체결하는 등, 그 무렵까지 원고가 이 사건 주식의 소유자임을 전제로 그 권리를 행사하였던 것으로 보인다.
라) 원고의 주장처럼 이 사건 양도계약이 소급적으로 소멸하였다고 보는 경우 원고는 이에 관한 소득세의 부담을 면하게 되므로 이에 대한 증명책임은 원고에게 있다고 봄이 타당하다. 그러나 제출된 자료만으로는 이 사건 양도계약의 효력이 소급적 으로 소멸된 사실을 인정하기 어렵다.
마) 설령 이 사건 합의가 이 사건 양도계약의 효력을 소급적으로 소멸시키기로 하는 해제합의에 해당한다고 하더라도, 원고와 이 사건 법인이 이 사건 양도계약에 따른 대가를 원상회복하지 않고 그대로 보유한 이 사건에서, 이 사건 양도계약에 따른 경제적 이익이 종국적으로 원고에게 귀속되었다고 할 것인바, 이 사건 합의가 체결되 었다는 사정만으로 원고가 이 사건 특허권 양도로 인하여 얻은 소득에 대하여 소득세 를 과세할 수 없다고 보는 것은 원고로 하여금 과세 없는 소득을 향유하게 하는 결과 가 되어 조세정의와 형평에 심히 어긋난다. 따라서 이 경우 원고에게 소득이 있다고 보아 소득세 과세대상이 된다고 봄이 타당하다(대법원 2011. 7. 21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결 취지 참조).
라. 소결론
따라서 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.