토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액의 안분 계산에 관하여 매입가액의 비율로 안분한 당초처분은 적법함

주 문

청 구 취 지

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 서울 xx구 xx동 xx 대 xx㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하고 그 지상에 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 건축하여 해당 건물 중 일부는 사옥으로 사용하고 나머지는 오피스텔 등으로 분양·판매하는 내용의 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자이다.

 나. 원고는 2022. 1.경 주식회사 xxxx(이하 ‘와xxxx’라 한다)로부터 이 사건 토지 매수업무, 이 사건 건물의 건축 관련 금융 조달, 회계·세무상 쟁점, 이 사건 건의 신축 및 분양에 따른 재무 분석 등의 자문용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공받고 투자자문용역비로 이 사건 토지의 매매대금인 xx,xxx,xxx,xxx원의 1%(그 내역은 아래 표와 같다)인 xxx,xxx,xxx원(이하 ‘이 사건 용역비’라 한다)을 지급하기로 하는 내용의 부동산자문용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결하였다.

 다. 원고는 2022. xx. xx. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤으며, 같은 날 xxxx로부터 이 사건 용역의 공급가액을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 세금계산서를 - 토지매수자문 용역비 = 매매대금의 0.10%(부가세 별도) - 이 사건 건물 관련 금융조달 자문 용역비 = 매매대금의 0.30%(부가세 별도) - 이 사건 건물 관련 회계·세무 쟁점 자문 및 건축주 명의변경, 건축관계자 변경신고 관련 용역비 = 매매대금의 0.35%(부가세 별도) - 이 사건 건물 신축 및 분양에 따른 재무리스크 분석 = 매매대금의 0.25%(부가세 별도)발급받았고, 그에 따라 원고는 xxxx에게 위 xxx,xxx,xxx원을 지급하였다.

 라. 원고는 피고에게 2022년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 용역비 전액에 대한 부가가치세액을 매입세액으로 공제하였다.

 마. 피고는 원고의 2022년 제1기 부가가치세 예정신고에 대한 환급검토 시 이 사건 용역비 중 10%인 xx,xxx,xxx원에 관한 매입세액(즉, x,xxx,xxx원)을 토지 취득 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제하였으며, 나머지 용역비 xxx,xxx,xxx원에 관한 매입세액만 공제하여 그에 대한 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 원고에게 환급하였다.

 바. xx지방국세청 xx에서 피고에 대한 xx를 실시하면서 이 사건 용역비의 전체 매입세액 xx,xxx,xxx원 중 90%인 위 xx,xxx,xxx원은 과·면세 겸영사업자의 공통매입세액에 해당하므로 안분하여 부가가치세를 경정할 것을 통보하였고, 이에 따라 피고는 2023. 8. 16. 이 사건 사업에 관한 투자자문(매수) 용역보고서상 총비용 xx,xxx,xxx,xxx원 중 이 사건 토지 관련비용인 xx,xxx,xxx,xxx원인 71.1%를 토지관련 매입으로 보고 위 xx,xxx,xxx원 중 xx,427,200원(= xx,632,000원×71.1%)을 추가로 불공제하기로 하여 원고에 대하여 2022년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다).

 사. 원고는 이 사건 당초처분에 불복하여 2023. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 8. 22. ‘이 사건 당초처분인 2022년1) 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 부과처분은 이 사건 사업을 위하여 지급한 이 사건 용역비 xxx,xxx,xxx2)의 매입세액 xx,xxx,xxx원3)에 대하여 공제되지 아니하는 매입세액을 부가가치세법 시행령 제81조 제4항에 따라 안분 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.’는 결정(이하 ‘이 사건 재결’이라 한다)을 하였다.

 아. 피고는 2024. xx. xx. 원고에게 이 사건 당초처분이 이 사건 재결에 따라 산정한 정당세액 범위 내에 있어 이 사건 당초처분을 유지한다는 이유를 들며 2022년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

3. 당사자들의 주장 및 쟁점의 정리

 가. 원고의 주장

 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서는 이 사건 용역비와 같이 해당 과세기간에 과세사업 또는 면세사업 등의 공급가액이 없고, 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는, 공통매입세액을 총 예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)을 우선 적용하여 안분 계산하도록 규정하고 있으므로, 이에 따를 때 x,xxx,xxx원[= xx,xxx,xxx원{= xx,xxx,xxx원×1137.6㎡(이 사건 토지의 면적)/5879.33㎡(이 사건 토지 및 건물의 면적)} - x,xxx,xxx원(수정신고 매입세액 불공제액)]만을 매출세액에서 불공제하는 취지로 원고에 대한 2022년 1기 부가가치세 경정처분을 해야 한다. 였다.

 나. 피고의 주장

 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 해당하지 않으므로 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서 제3호를 적용할 수 없으며 제1호가 적용되어야 하고, 이 경우 불공제 매입세액의 액수가 이 사건 당초처분의 전제가 된 불공제 매입세액 보다 크므로, 이 사건 당초처분은 정당세액을 초과하지 않는다.

 다. 이 사건의 쟁점

 원, 피고의 위 주장에 의하면, 이 사건 쟁점은 이 사건 사업을 위하여 지급한 이 사건 용역비 xxx,xxx,xxx원의 매입세액 xx,xxx,xxx원 중 이 사건 토지 취득에 관한 매입세액을 산정함에 있어서 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서 제3호를 적용할 수 있는지 여부라 할 것이다.

4. 판단

 가. 관계 규정 내지 관련 법리

 1) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제80조는 ‘법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.’고 규정하면서, ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액’(제2호), ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 각각 들고 있다.

 이러한 규정에 따르면, 사업자가 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호의 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’이므로 이를 매출세액에서 공제하여서는 안 된다.

 2) 부가가치세법 제40조는 ‘사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ’공통매입세액‘이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 ’공통매입세액 안분기준‘이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.’고 정하고 있으며, 위 법률의 위임에 따른 같은 법 시행령 제81조 제1항 본문은 ‘과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다.’고 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제81조 제4항은 ‘제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.’고 규정하면서, ‘총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율’(제1호), ‘총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율’(제2호), ‘총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율’(제3호)을 각각 들고 있다. 부가가치세법 제40조의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 시행령 제81조 제1항, 제4항은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 시행령 제81조 제1항, 제4항의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 각 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 안분 계산하여야 한다(대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 등 참조).

 나. 구체적 판단

 1) 앞서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 토지를 매수한 것은 그 지상에 이 사건 건물을 건축하여 해당 건물 중 일부는 사옥으로 사용하거고 나머지는 오피스텔 등으로 분양·판매하는 이 사건 사업을 위한 것으로, 이 사건 토지를 취득하면서 지출한 매매대금이나 그 취득부대비용은 토지관련 매입세액에 해당한다고 할 수는 있어도, 이를 면세사업에 관련된 매입세액에 해당한다고 보기는 어렵다. 다만, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 및 제4항의 내용 및 취지와 함께 토지관련 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점, 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 위 각 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업을 하면서 토지관련 매입을 하였을 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결, 대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 등 참조). 2) 이 사건 용역비에 관한 매입세액이 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액 모두와 관련된 것으로 실질귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다. 3) 2022년 제1기 부가가치세가 성립한 시점인 2022. 7. 1.경 아직 이 사건 건물은 건축 중이어서 과세사업 내지 이 사건 토지와 관련한 공급가액은 존재하지 않으므로, 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 안분 계산함에 있어서는 부가가치세법 시행령 제81조 제4항이 적용되어야 할 것이다.

 이와 관련해서 원고는 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 안분함에 있어 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서의 ‘건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.’는 규정을 적용해야 한다고 주장한다. 그러나 위 규정은 건물 또는 구축물의 신축 내지 취득과 관련된 매입세액을 안분하는 경우 건물 등의 신축 내지 취득과 관련하여 발생하는 비용은 그 사용면적을 안분하는 것이 가장 합리적이므로 예정사용면적을 우선 적용하도록 하기 위해 도입된 것으로 보이는 점, 토지관련 매입세액이 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점에서 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 및 제4항을 유추적용할 수 있더라도, 그 토지면적이 면세사업등에 제공할 예정면적에 해당한다고 해석하는 것은 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서의 문언 내용이나 취지에서 벗어나는 것으로 허용되기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액으로 안분함에 있어서 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서가 적용된다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 않는다. 4) 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서가 적용되지 않는다면 그 본문에 따라 각 호의 순서에 따라 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액으로 안분 계산해야 하는데, 제1호에서는 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율로 안분 한다고 규정하고 있는바, 이에 따를 때 이 사건 용역비에 관한 매입세액은 이 사건 사업의 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 이 사건 토지 취득과 관련된 매입가액의 비율로 안분된다고 할 것이다. 을 제3호증(가지번호를 포함한다)의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 2022년 제1기(2022. 1. 1.부터 2022. 6. 30.까지) 이 사건 사업의 총매입가액은 xx,xxx,xxx,xxx원이고 그중 이 사건 토지 취득 관련 매입가액은 xx,xxx,xxx,xxx원이므로, 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 위 제1호의 규정에 따라 안분하면 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액으로서 불공제 되는 매입세액은 xx,xxx,xxx원[=xx,xxx,xxx,xxx원/(x,xxx,xxx,xxx원＋xx,xxx,xxx,xxx원)×xx,xxx,xxx원]으로 이 사건 당초처분의 전제가 된 불공제 매입세액 43,275,200원(=x,xxx,xxx원＋xx,xxx,xxx원)을 상회하므로, 이 사건 당초처분은 정당세액의 범위를 넘지 않는바, 이 사건 당초처분과 동일한 내용으로 내려진 이 사건 처분에 정당세액을 초과한 위법이 있다고 할 수 없다. 나아가, 피고가 이 사건 재결의 주문의 내용과 같이 부가가치세법 시행령 제81조 제4항에 따라 이 사건 용역비의 매입세액을 안분 계산하여 이 사건 처분을 한 이상 이 사건 처분의 내용이 이 사건 당초처분의 내용과 동일하더라도 이 사건 재결의 기속력에 반한다고 보기는 어렵다.

5. 결론

 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.