종합소득세부과처분취소

【전문】

【원 고】

원고 1 외 2인 (소송대리인 법무법인 두현 담당변호사 김수경)

【피 고】

제주세무서장

【변론종결】

2024. 6. 25.

【주 문】

1. 피고가 2022. 7. 16. 원고 1에게 한 2017년 귀속 종합소득세 423,150,110원 부과처분, 원고 2에게 한 2017년 귀속 종합소득세 3,063,410원 부과처분, 원고 3에게 한 2017년 귀속 종합소득세 3,063,410원 부과처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】

주문과 같다.

【이 유】

11. 처분의 경위
○ 주식회사 ○○○(이하 ‘소외 회사’라 한다)는 국내외 자회사 지배 등을 주요 사업으로 하는 법인으로, 2009. 3. 24. 본점 소재지를 ‘서울 강남구 (이하 생략)’에서 ‘제주시 (이하 생략)’으로 이전하였다. 소외 회사는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 법인세를 감면하는 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2 제1항에 따라 2009년부터 2013년까지 법인세 전액을, 2014년부터 2015년까지 법인세의 50%를 감면받았다.
○ 망 소외 2와 그 배우자 및 자녀들인 원고들(이하 ‘망 소외 2 등’이라 한다)은 소외 회사의 주주들로, 소외 회사는 2017. 3. 31. 주주총회에서 2016년도 이익잉여금 중 11,634,000,000원을, 2017. 8. 22. 주주총회에서 중간배당 기준일을 2017. 7. 1.로 하여 8,725,500,000원을 주주들에게 배당하기로 각 결의하였고, 망 소외 2 등은 아래 [표1] 기재와 같이 배당금을 지급받았다(이하 ‘이 사건 배당’이라 하고, 망 소외 2 등에게 지급된 배당금을 ‘이 사건 배당금’이라 한다).
[표1]????(주, %, 천원) 주주주식수지분율2016년도 정기배당금(2017.4.3.지급)2017년도 중간배당금(2017.8.22.지급)합계 망 소외 21,963,00067.497,852,0005,889,00013,741,000 원고1856,00029.433,424,0002,568,0005,992,000 원고219,7500.6879,00059,250138,250 원고319,7500.6879,00059,250138,250 소외 3 회사50,0001.72200,000150,000350,000 합계2,908,500100.0011,634,0008,725,50020,359,500
○ 망 소외 2 등은 2018. 5월경 피고에게 2017년도 귀속 종합소득세를 신고·납부하면서, 아래 [표2] 기재와 같이 계산한 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법 시행령’이라 한다) 제27조의3 제2항 제2호에 따른 배당세액공제 제외비율(이하 ‘제외비율’이라 한다) 28.09%를 적용하여, 아래 [표3] 기재와 같이 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제17조 제3항 단서의 규정에 의하여 총 배당금액에 가산하는 금액을 산출하고, 이를 바탕으로 소득세법 제56조 제1항에 따라 각 종합소득산출세액에서 위 금액을 공제하였다.
[표2]??(원) 구분2015 사업연도2016년 사업연도합계 소외 회사 감면대상 소득금액(A)240,041,027,3900240,041,027,390 법인세 감면비율(B)50%0%- 감면소득(C=A×B)120,020,513,6950120,020,513,695 소외 회사 총소득금액(D)240,041,027,390187,208,015,647427,249,043,037 제외비율(C÷D)??*28.0915% * 직전 2개 사업연도 감면대상 소득금액의 합(240,041,027,390) x 감면비율(50%) = 120,020,513,695=28.09% 직전 2개 사업연도의 총소득금액의 합계액(427,249,043,037)
[표3]???(원) 주주총 배당금액배당세액공제 제외 대상 배당금액배당세액공제 대상 배당금액배당가산액 망 소외 213,741,000,0003,860,048,1529,880,951,8481,086,904,703 원고15,992,000,0001,683,240,5604,308,759,440473,963,538 원고2138,250,00038,836,45099,413,55010,935,490 원고3138,250,00038,836,45099,413,55010,935,490
○ 망 소외 2는 2022. 2. 27. 사망하였다.
○ 국세청 감사담당관실은 2022. 2. 7.부터 2022. 2. 25.까지 배당세액공제 적정 여부에 대한 점검을 한 결과, 조세특례제한법에 따라 감면을 적용 받는 사업연도가 1개 사업연도인 경우에는 당해 사업연도 소득금액을 기준으로 제외비율을 계산하여야 한다고 판단하고는, 피고에게 2015년 소득금액을 기준으로 제외비율을 재계산하여 망 소외 2 등의 종합소득세를 경정하도록 시정지시를 하였다.
○ 피고는 2022. 7. 16. 아래 [표4] 기재와 같이 제외비율을 50%로 재계산하고, 원고 1에게 423,150,110원, 원고 2와 원고 3에게 각 3,063,410원의 2017년 귀속 종합소득세(각 가산세 포함)를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[표4]???(원) 주주총 배당금액배당세액공제 제외 대상 배당금액배당세액공제 대상 배당금액경정고지세액 망 소외 213,741,000,0006,870,500,0006,870,500,000294,658,991 원고15,992,000,0002,996,000,0002,996,000,000128,491,132 망 소외 2 사망에 따라 망 소외 2에 대한 고지분 합산423,150,123 원고2138,250,00069,125,00069,125,0003,063,421 원고3138,250,00069,125,00069,125,0003,063,421 * 제외비율 2015 사업연도 감면대상 소득금액의 합(240,041,027,390) x 감면비율(50%) = 120,020,513,695= 50% 2015 사업연도의 총소득금액(240,041,027,390)
○ 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2022. 10. 6. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 7. 3. 원고들의 심판청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 당사자들의 주장
⑴ 원고
배당세액공제 대상에서 제외되는 법인세의 감면을 받는 법인은 배당금 지급결의 대상 사업연도에 법인세의 감면을 받았을 것을 요건으로 한다. 소외 회사는 이 사건 배당금 지급결의 대상 사업연도인 2016년도와 2017년도에 법인세의 감면을 받지 않았으므로, 이 사건 배당금은 배당세액공제 대상에서 제외되는 배당소득이라고 볼 수 없다(주위적 주장). 설령 이 사건 배당금이 배당세액공제 대상에서 제외되는 배당소득이라 하더라도, 그 제외비율은 소득세법 시행령 제27조의3 제2항 제2호의 산식에 따라 직전 2개년(2015년 및 2016년)의 소득금액을 바탕으로 계산한 28.09%가 되어야 한다(예비적 주장).
⑵ 피고
소외 회사는 배당세액공제 대상에서 제외되는 법인세의 감면을 받는 법인에 해당하고, 소외 회사가 직전 2개년도 중 2015년에만 법인세의 감면을 받는 법인이었으므로, 소득세법 시행령 제27조의3 제2항 제2호 괄호안의 산식을 적용한 제외비율을 바탕으로 계산한 배당소득 금액을 배당세액공제 대상에서 제외하여야 한다.
나. 주요 관계 법령
▣ 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것)
제17조(배당소득)
③ 배당소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 배당소득 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 배당을 제외한 분과 제1항 제5호에 따른 배당소득 중 대통령령으로 정하는 배당소득에 대해서는 해당 과세기간의 총수입금액에 그 배당소득의 100분의 11(2009년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지의 배당소득분은 100분의 12)에 해당하는 금액을 더한 금액으로 한다.
 
4.  조세특례제한법 제132조에 따른 최저한세액(최저한세액)이 적용되지 아니하는 법인세의 비과세·면제·감면 또는 소득공제(조세특례제한법 외의 법률에 따른 비과세·면제·감면 또는 소득공제를 포함한다)를 받은 법인 중 대통령령으로 정하는 법인 으로부터 받은 배당소득이 있는 경우에는 그 배당소득의 금액에 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 산출한 금액
⑥ 제1항 각 호에 따른 배당소득 및 제3항에 따른 배당소득금액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제56조(배당세액공제)
① 거주자의 종합소득금액에 제17조 제3항 각 호 외의 부분 단서가 적용되는 배당소득금액이 합산되어 있는 경우에는 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 과세기간의 총수입금액에 더한 금액에 해당하는 금액을 종합소득 산출세액에서 공제한다.
② 제1항에 따른 공제를 "배당세액공제"라 한다.
▣ 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것)
제27조의3(법인세의 면제 등을 받는 법인 등)
① 법 제17조 제3항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
 
1.  법인세법 제51조의2 또는 조세특례제한법 제100조의16을 적용받는 법인
 
2.  조세특례제한법 제63조의2·제121조의2·제121조의4·제121조의8 또는 제121조의9의 규정을 적용 받는 법인
② 법 제17조제3항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.
 
2.  제1항 제2호에 해당하는 법인의 경우에는 다음의 산식에 의한 비율(제1항 제2호의 규정을 적용 받는 사업연도가 1개 사업연도인 경우에는 당해 사업연도의 소득금액을 기준으로 계산하며, 당해 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)

다. 판단
① 개인이 배당금을 받은 경우, 그 배당금은 법인의 손금에 해당하지 아니하므로 해당 법인에 법인세가 부과되는데, 이를 지급받는 개인에게도 그에 해당하는 소득세를 별도로 부과한다면 결국 단일한 담세력의 원천(배당금)에 중복하여 조세를 부과함으로써 조세법률주의상 실질과세의 원칙에 위반될 수 있는 이중과세의 문제가 발생한다.
이에 소득세법은 주주가 수령하는 배당소득이 법인세가 이미 납부된 법인의 소득을 재원으로 한다는 점을 고려하여, 배당세액공제 제도, 즉 이미 납부된 법인세를 소득에 환원시켜 이를 포함한 배당소득금액을 기초로 소득세를 산출한 후 소득 환원을 위해 가산한 금액을 종합소득산출세액에서 공제하는 제도를 도입하여 이중과세 문제를 해결하였다. 구체적으로, 소득세법 제17조는 배당소득을 해당 과세기간에 발생한 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 등으로 정하면서(제1항), 그 배당소득금액은 원칙적으로 해당 과세기간의 총수입금으로 하면서도 특정한 유형의 배당소득에 대해서는 해당 과세기간의 총수입금액에 그 배당소득의 100분의 11에 해당하는 금액을 더하여(이른바 Gross-up) 배당소득금액을 산정하고(제3항), 배당가산액에 상당하는 금액을 종합소득산출세액에서 공제함으로써(제56조 제1항, 제2항) 이중과세를 조정한다.
그런데 법인세를 납부하지 않은 법인에 대하여는 이중과세의 문제가 발생하지 않으므로 배당세액공제 제도를 적용할 필요가 없다. 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)은 제145조에서 조세감면을 받은 경우에 감면세액 상당액을 일정기간 내에 차입금상환 또는 사업용자산투자에 사용하거나 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여 결손보전이나 자본전입에만 사용하도록 하는 제도를 둠으로써 조세특례로 인한 이익은 배당을 하지 못하도록 하였으나, 구 조세특례제한법 제145조는 2002. 12. 11. 법률 개정으로 폐지되었고, 소득세법이 1999. 12. 28. 법률 제6061호로 개정되어 제17조 제3항 제4호(이 사건 배제조항)가 신설됨으로써 법인세의 감면을 받는 법인이 지급한 배당금에 대하여 배당세액공제의 적용을 배제하는 근거가 마련되었다. 이에 소득세법은 법인세의 감면을 받는 법인으로부터 받은 배당소득에 대하여 그 배당소득 금액에 소득세법 시행령 제27조의3 제2항에 따른 비율을 곱하여 산출한 금액을 배당가산액 산정을 위한 배당소득에서 제외함으로써 법인세의 감면을 받는 법인으로부터 받은 배당소득에 대하여 배당세액공제의 적용을 배제한다.
② 이 사건 배제조항은 "법인세의 감면을 받은 법인 중 대통령령으로 정하는 법인으로부터 받은 배당소득"을 기준으로 산출한 금액을 배당가산액 산정에서 제외하도록 정하고 있으므로, 법인세의 감면을 받는 법인인 경우 그 제외비율 부분은 이 사건 배제조항에 따라 배당세액공제 대상에서 제외되어 소득세가 산정되고, 법인세의 감면을 받지 않는 법인의 경우는 배당세액공제 규정에 따라 소득세가 산정된다.
③ 주식회사 이사는 매 결산기에 대차대조표, 이익배당을 포함한 이익잉여금처분계산서 등을 작성하여 이사회 및 정기주주총회의 승인을 얻은 다음(상법 제447조, 제449조 제1항) 배당금을 지급한다. 배당세액공제 제도를 마련한 취지가 단일한 담세력의 원천에 대하여 법인세와 소득세의 이중과세의 문제를 조정하는데 있으므로, 담세력의 원천인 배당금은 그 배당금의 재원이 되는 사업연도의 이익잉여금 등을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 배당과 같은 이익배당 및 중간배당의 경우, 이 사건 배제조항에 따른 배당세액공제 대상에서 제외되는 배당소득은 "그 배당금 지급결의 대상 사업연도"에 법인세의 감면을 받는 법인으로부터 받은 배당소득을 의미한다.
④ 소외 회사는 2009년부터 2015년까지 법인세의 감면을 받는 법인에 해당하였으나 2016년부터는 해당하지 않게 되었고, 이 사건 배당은 2017년 실시되었으며, 이 사건 배당은 2016년 사업연도에 대한 이익배당과 2017년도에 대한 중간배당으로 이루어졌음은 앞에서 인정하였다. 따라서 소외 회사는 그 배당금 지급결의 대상 사업년도인 2016년과 2017년에는 법인세의 감면을 받는 법인에 해당하지 않으므로, 소외 회사의 위 기간에 대한 배당에 따른 배당소득에 대해서는 배당세액공제 규정에 따라 소득세가 산정되고, 이 사건 배제조항이 적용되지 않는다.
⑤ 피고는 소외 회사가 직전 2개년도 중 2015년에 법인세 감면 법인이었으므로 소득세법 시행령 제27조의3 제2항 제2호 괄호안의 산식이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 시행령 제27조의3 제2항 제2호는 법인이 법인세의 감면을 받는 법인에 해당하여 이 사건 배제조항이 적용됨을 전제로 제외비율을 산출하는 식을 정한 것에 불과하므로, 법인세의 감면을 받는 법인에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 괄호안의 산식을 먼저 적용할 수 없다.
⑥ 피고는 이 사건 배당의 재원이 된 2016년도의 이익잉여금은 소외 회사의 여러 사업연도에 걸쳐 누적된 이익잉여금이므로, 만약 해당 사업연도의 법인세 감면과 배당소득만을 기준으로 배당세액공제를 한다면, 법인들이 법인세를 감면받은 후 배당을 실시하는 방법으로 배당세액공제 제도를 형해화시킬 우려가 있다고 주장한다. 그러나 법인세 감면의 혜택을 받은 여러 사업연도에 걸쳐 누적된 이익잉여금을 재원으로 배당을 실시한다고 하더라도, 법인이 배당금 지급결의 대상 사업연도에 법인세를 부담한 이상 그 사업연도에 대한 배당금을 받은 주주에게 배당세액공제를 적용한다고 하여, 배당세액공제 제도를 반드시 형해화시키는 결과를 초래한다거나 이중과세를 조정하기 위한 배당세액공제 제도의 취지에 반한다고 보기 어렵다.
⑦ 배당금 지급결의 대상 사업연도에 법인세의 감면을 받는 법인으로부터 받은 배당소득에 대해 이 사건 배제조항을 적용하면, 결국 주주에게 배당세액공제를 적용한 소득세보다 많은 과세가 이루어진다. 피고의 주장과 같이 법인세 감면이 종료된 사업연도로부터 2개의 사업연도가 지난 후에도 이 사건 배제조항이 적용된다고 해석한다면, 주주는 법인세 감면을 받은 최종 사업연도에 대한 배당 부분을 넘어 법인세 감면의 혜택을 받지 않은 그 다음 사업연도에 대한 배당에 대하여도 배당세액공제를 적용한 이중과세 조정을 받지 못하게 되고, 결과적으로 법인세 감면의 혜택을 받은 부분보다 배당세액공제에서 제외되는 부분이 크게 되는 결과가 되어 형평에 어긋난다.
⑧ 결국 이 사건 배당금의 지급결의 대상 사업연도에 법인세의 감면을 받지 않은 소외 회사는 법인세의 감면을 받는 법인에 해당하지 않으므로, 이 사건 배제조항이 적용되지 않는다. 따라서 이 사건 배제조항이 적용됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 원고들의 주위적 주장을 받아들이므로, 예비적 주장은 나아가 판단하지 않는다.
3. 결론
원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.
[별지 관계법령 생략]