이 사건 특허권의 실질적 권리자가 대표자인지

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 11. 23. 원고에 대하여 한 2017사업연도 법인세 927,310원(가산세 포함), 2018사업연도 법인세 15,824,430원(가산세 포함), 2019사업연도 법인세 15,665,190원(가산세 포함)의 각 부과처분 및 2020. 11. 19. 소득자를 aaa으로 한 2017년 귀속 소득금액 417,000,000원, 2018년 귀속 소득금액 261,000,000원의 각 소득금액변동통지를 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 동물용 사료 및 조제식품 제조업 등을 목적사업으로 하여 2002. 2. 27. 설립된 법인이고, aaa은 원고의 대표이사로 원고의 주주(보유주식비율 50%)이다.

나. aaa은 아래 표와 같이 동물용 사료 등 제조기술과 관련된 발명(이하 ‘이 사건 발명’이라 한다)에 대하여 아래 [표1]과 같이 특허를 출원, 등록하였다(이하 통칭하여‘이 사건 각 특허권’이라 한다).

 - 표1 생략 -

다. 원고는 특허법인 gg에 이 사건 각 특허권에 대한 가치평가를 의뢰를 하였는데, 특허법인 gg은 이 사건 각 특허권에 대한 가치를 아래 [표2] ‘평가금액’란 기재와 같이 평가하였으며, 원고는 2017. 12. 23., 2017. 12. 26. 및 2018. 3. 30. aaa으로부터 이 사건 각 특허권을 아래 [표2] ‘계약금액’란 기재와 같이 합계 678,000,000원에 양수(이하 ‘이 사건 양수대금’이라 한다)하였다.

 - 표2 생략-

라. 원고는 2017 및 2018 사업연도에 매입한 이 사건 특허권을 무형자산(취득가액678,000,000원)으로 계상하고, 이 사건 특허권 감가상각비로 2017사업연도 3,425,000원, 2018사업연도 63,450,000원, 2019사업연도 67,800,000원을 손금 처리하여 법인세를 신고하였고, 한석원에게 이 사건 특허권에 대한 양수대금 678,000,000원에 대한 소득세 30,000,000원을 원천징수하여 납부하였다.

마. 이에 피고는 ‘이 사건 특허권은 원고가 주식회사 bbb엔지니어링(이하 ’bbb‘라 한다) 등과 공동으로 개발한 것으로 aaa이 이 사건 특허권의 권리자가 아님에도, 형식적으로 aaa 명의로 이 사건 특허권을 출원·등록한 후 원고가 다시 권리를 취득하는 거래 형식을 통하여 원고의 자금을 대표이사에게 부당 유출한 것’으로 보고, 2017사업연도 3,425,000원, 2018사업연도 63,450,000원, 2019사업연도 67,800,000원을 손금불산입하여, 2020. 11. 16. 법인세 2017사업연도 927,310원, 2018사업연도 15,824,430원, 2019사업연도 15,665,190원을 경정 고지하는 한편, 2020. 11.9. 유출된 678,000,000원을 대표이사 상여로 처분하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였으나 조세심판원은 2021. 7. 15. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7, 9호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 요지

이 사건 특허권의 실질적인 권리자는 aaa이고, 이 사건 양수대금은 원고가 이 사건 특허권을 양수한 대가로 aaa에게 지급한 적정한 대가에 해당한다. 따라서 이를 부당행위계산부인 규정 적용 대상으로 볼 수 없음에도 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다.

이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 참조).

2) 살피건대, 앞서 든 증거 및 갑 제10 내지 13, 16내지 22호증, 을 제1 내지 13호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, aaa이 이 사건 각 특허권의 실질적인 권리자라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 모두 이유 없다.

가) 원고는 2015. 7. 30. 기업부설연구소를 설립·운용하면서 연구전담요원을 배치하였고, 한국산업기술진흥협회에 보고한 연구개발 활동조사표에 의하면 아래 [표3]과 같이 연구과제를 수행하면서 상당한 연구개발비를 지출한 것으로 확인된다.

나) 원고는 bbb에 2014.경부터 2016.경까지 ‘연구개발서비스’, ‘오징어연구개발’, ‘액상사료가용화실험’ 등 용역에 대한 대가로 5회에 걸쳐 합계 37,500,000원을 지급하였고, 2016. 4.경 ccc산업협회 부산지부에 ‘울릉도 오징어 정제유 A 외 9건 검사’ 용역에 대한 대가로 918,000원을 지급하였으며, 2016. 5.경 주식회사 ddd연구원에 ‘오징어 정제유 시료 a~f(6개)에 대한 Absorbance, Ansidine value, Stearin 항목 시험’ 용역에 대한 대가로 792,000원을 지급하였는데, 지급 시기와 용역의 내용 등으로 보아 이 사건 각 특허권과 관련된 연구를 위한 비용으로 보이는 점, 원고가 중소기업청에서 시행하는 기술개발사업 과제로 bbb와 함께 수행한 연구인 ‘건강기능식품용 울릉도 오징어 정제유 개발’과 이 사건 각 특허권 중 ‘오징어 간유로부터 정제어유 수득방법([표1] 기재 순번 6번)’ 그 명칭과 연구 시기 및 내용 등에 비추어 서로 관련이 있을 것으로 판단되는 점, 이 사건 각 특허권의 발명자 중 eee, fff은 실험 등을 의뢰받아 진행하였던 bbb의 대표자 및 직원으로 공동 연구개발자들인 점, 위 eee, fff은 이 사건 특허권을 출원하기 전인 2015. 9. 4. 원고 및 bbb를 공동출원인으로 하여 유기물 가수분해방법에 관한 특허권을 등록할 당시의 발명자로서 bbb는 원고의 업무와 관련된 연구개발을 하여온 점 등을 종합하면, 이 사건 특허권은 원고가 그간 내부적으로 축적된 기술을 이용하여 기업부설연구소의 연구 및 외부 전문업체를 통한 분석ㆍ측정ㆍ실험, 발명효과 테스트 등의 과정을 거쳐 발명된 것으로 봄이 타당하다.

다) 이 사건 각 특허권의 청구항의 내용(별지2 참조)을 살펴보더라도, 이 사건 각 특허권은 원료 준비 단계, 가수분해 단계, 중금속 제거 단계 등 여러 복잡한 단계를 거쳐 동물용 사료 등을 제조하는 것으로서 단순한 구상만으로는 발명이 어렵고, 제작가능성, 효율성, 안전성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 전문 장비 및 비용이 소용될 것으로 보이는바, 개인이 이를 모두 고안하고 현실화시키는 것은 어려운 것으로 판단된다.

라) 나아가, 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시․부가․보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언․지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 하는바{대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320(병합) 판결 등 참조}, aaa이 이 사건 발명에 있어 어떠한 분야에 어떠한 방법으로 기여하였는지 전혀 확인되지 않는다[원고는 aaa이 이 사건 각 특허기술을 고안·완성하였음을 입증할 증거로 aaa이 작성한 연구노트 등 연구자료(갑 제16 내지 22호증)를 제출하였으나, 위 연구자료의 제출시기 및 내용 등에 비추어 그대로 믿기 어렵다].

마) 원고는 aaa이 이 사건 각 특허등록 관련 업무 비용 63,431,600원도 개인적으로 부담하였다고 주장하나, 원고가 직접 특허법인 gg에게 위 비용을 이체하고, 단지 대표자 aaa에게 위 비용 63,431,600원을 빌려주는 것(가지급금)으로만 전표처리를 해두었을 뿐인 점, 특허법인 gg은 원고 명의로 세금계산서를 발행하였고, 원고는 위 비용과 관련하여 부가가치세 세액공제를 받은 점, 이후 원고가 2017. 12. 26. 이 사건 특허권 대가 명목으로 417,000,000원(세금포함)을 aaa에게 지급하고, aaa이 위 돈으로 2017. 12. 27 위 가지급금을 반제한 점 등에 비추어 보면, aaa이 위 비용을 개인적으로 부담하였다고 보기도 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.