법인세 경정거부처분 취소

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

피고가 2020. 3. 27. 원고에게 한 별지1 ‘이 사건 거부처분’란 기재 각 법인세 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 2. 10. 설립되어 소프트웨어 개발 및 판매업 등을 영위하는 벤처기

업이고, 2007. 8. 29.부터 2013. 10. 24.까지 11차례, 2017. 11. 8.까지 15차에 걸쳐 임직원에게 ‘차액보상형’ 자기주식교부방식의 주식매수선택권을 부여하였다.

나. 아래와 같이, 원고의 임직원들은 2014년 내지 2018년 사업연도에 주식매수선택

권을 행사하였고, 피고는 행사차액(시가 – 행사가액)을 자기주식으로 보상하였다(이하

‘이 사건 자기주식’이라 한다).(표 생략)

다. 원고는 이 사건 자기주식에 관하여 아래와 같이 세무조정(소득처분 기타)을 하여, 2014년 내지 2018년 사업연도 법인세를 각 신고·납부하였다.

라. 원고는 2019. 12. 6. ‘2014년 내지 2017년 사업연도 법인세에 대하여는 주식매수

선택권 행사차액의 손금산입’, ‘2018년 사업연도 법인세에 대하여는 주식매수선택권 행사차익 및 자기주식처분손실의 손금산입’을 주장하며, 별지1 ‘당초 경정청구’란 기재와 같이 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2020. 3. 27. ① 2018년 사업연도 법인세 신고시 세무조정에 반영되지 않

은 자기주식 처분손익 50,993,300원을 익금산입하고 행사차액 343,536,000원을 손금산입하여 2018년 사업연도 법인세를 경정한 후 41,810,460원을 환급하고(별지1 ‘피고의 일부인용’란 기재), ② 그 외 나머지 사업연도 부분은 행사차액이 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 세무조정에 반영되어 있다는 이유로 경정을 거부하였다(이하 피고의 감액경정 후 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 6. 23. 심판청구를 제기하였으나, 2021.

6. 30. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

주식매수선택권 행사에 따라 임직원에게 교부된 이 사건 자기주식에 대해 원고는 아

무런 대가를 받지 않았다. 자기주식은 임직원에게 ‘무상’으로 양도되어, ‘익금’에 산입할 자기주식은 0원이다. 결국 임직원에게 교부된 이 사건 자기주식의 장부가액은 전액 ‘손금’에 산입되어야 한다.

3. 판단

가. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

나. 판단

1) 이 사건 자기주식의 교부가 무상거래인지

가) 상법상 주식매수선택권이란 ‘회사의 설립·경영 및 기술혁신 등에 기여하거나

기여할 수 있는 회사의 이사·집행임원, 감사 또는 피용자에게 부여된 미리 정한 가액으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리’를 말한다(제340조의2 제1항). 회사가 주식매수선택권을 부여하기 위해서는, 정관에 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 규정을 두어야 하고, 개별 임직원들에 구체적으로 부여할 때마다 주주총회 특별결의를 통해야 하며(상법 제340조의2 제1항), 행사주식 수, 행사가액, 행사기간 등을 정하여 개별 임직원들과 ‘부여계약서’를 작성하여야 한다(상법 제340조의3 제2항). 주식매수선택권 제도는 회사의 설립·경영과 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 임직원에게 장차 주식매수로 인한 이득을 유인동기로 삼아 직무에 충실하도록 유도하기 위한 일종의 성과보상제도이다(대법원 2018. 7. 26. 선고 2016다237714 판결).

이 사건 자기주식 교부의 법률상 원인은 원고가 임직원들과 체결한 ‘주식매수선택권

부여계약’이다. 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 2016. 11. 9.

직원인 이OO와 사이에, 이OO가 주식매수선택권 행사시 자기주식교부 등을 정하여

주식매수선택권 부여계약을 체결한 사실이 인정되고, 부여계약에 따라 임직원이 주식

매수선택권을 행사하기 위한 조건은 아래와 같다(제출된 계약서 외에 이 사건 자기주

식과 관련하여 원고가 체결한 다른 계약 내용도 유사한 것으로 보인다).

임직원은 주식매수선택권을 부여받기 위해, 주식매수선택권 부여계약에서 정한 바에

따라 ‘특정기간 동안 계속 근무’ 등 계약상 의무를 이행하여야 한다. 원고는 주식매수

선택권 부여계약에서 정한 임직원들의 의무 이행에 대한 대가로 주식매수선택권을 부

여하고, 임직원들의 주식매수선택권 행사에 따라 이 사건 주식을 교부한 것이다. 주식

매수선택권 부여계약은 대가 없이 당사자 일방이 무상으로 재산을 상대방에게 수여하

는 증여계약이 아니다(부여계약에서 정한 의무의 이행 없이 임직원들이 주식매수선택

권을 행사할 수 없다).

아무런 대가를 받지 않고 이 사건 자기주식을 양도하였다는 원고의 주장은, 주식매

수선택권 부여계약이 증여와 같은 무상계약이라는 것과 같은 취지이다. 원고 주장은

주식매수선택권 부여계약의 법적 성질에 전혀 맞지 않는다.

나) ‘차액보상형’ 주식매수선택권은 행사가액과 시가의 차액을 회사가 현금으로

지급하거나 또는 그 현금지급에 갈음하여 그에 상응하는 자기주식을 교부한다.

2014년 사업연도에 행사된 주식매수선택권과 관련하여 원고가 자기주식 처분손익을

산정한 내역은 별지3과 같다(갑제9호증). 예컨대 첫 번째 행사된 주식매수선택권의 경

우, 행사차액 148,548,960원[ {행사시 시가(E 34,200원) - 행사가격(A 4,726원) } × 행사수량(B 5,040주)]을 자기주식 4,343주(C)과 단주지급(F)으로 보상하였다. 자기주식 수량(C)은 행사차액을 자기주식의 행사시 시가(E)로 나누어 정하였다(148,548,960원÷34,200원≒4,343.536).

임직원이 차액보상형 주식매수선택권을 행사하면 회사는 부여계약에 따라 임직원에

게 ‘행사차액(위 예에서 148,548,960원)’ 상당의 자기주식을 부여하여야 할 의무가 발생한다. 원고가 임직원들에게 교부한 자기주식(위 예에서 자기주식 4,343주)은, 주식매수선택권 부여계약에서 정한 행사차액(위 예에서 148,548,960원) 상당의 가치가 있고, 원고는 임직원들에게 자기주식을 교부함으로써 부여계약에서 정한 채무를 이행하였다.

결국 임직원의 권리(행사차액)에 대한 대가로 이 사건 자기주식을 교부하여, 이 사건

자기주식의 양도가액은 행사차액과 같다. 이 사건 자기주식의 양도가액을 0원이라고

할 수 없다.

다) 법인세법은 주식매수선택권을 행사할 경우 ‘행사차액(약정된 주식매수시기에

약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액)’을 손금으로 규정하고 있다[법인세법 시행령

제19조 19조의2호 가목 1)]. 법인세법에 따라 주식매수선택권 행사에 따른 이 사건 자

기주식의 교부에 따른 손금 인정 범위도 행사차액이다.

2) 자기주식 처분 손익

가) 주식매수선택권과 관련하여, 기업회계는 가득기간(주식기준보상약정에서 정

하는 가득조건이 충족되어야 하는 기간)에 걸쳐 주식보상비용의 계정과목으로 당기비

용으로 처리하고, 주식결제형[기업이 재화나 용역을 제공받는 대가로 기업의 지분상품

(주식 또는 주식선택권 등)을 부여하는 거래]의 경우 자본조정으로 계상한다. 이에 비

해 법인세법은 주식매수선택권을 행사할 때 비로소 손금으로 처리한다. 기업회계와 법

인세법상 ‘인식시기’의 차이로 인해 세무조정이 필요하지만, 자본계정의 차이일 뿐 법

인세법상 인식되는 손금액(행사차액)이 다르지 않다.

나) 자기주식은, 회사가 자기의 계산으로 취득한 자기회사의 주식이다(상법 제

341조). 기업회계기준은 자기주식 처분손익을 감자 및 증자의 한 형태로 이해하여 자

본거래로 취급한다.6) 그러나 법인세법은 자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 자본거래로 보아 익금 또는 손금에 산입하지 않으나, 자기주식의 매각손익은 손익거래로 보아 익금 또는 손금에 산입한다(법인세법 시행령 제11조 2의2). 기업회계상 자산‧부채와 법인세법상 자산‧부채에 차이가 없고 세무조정금액이 사외로 유출되지 않기 때문에 세무조정명세서의 소득처분이 ‘기타’이다.

다) 원고도 이러한 세무조정에 따라 실제 주식매수선택권 행사시 해당 금액을

손금으로 산입하고, 세무조정을 하면서 ‘기타’로 소득처분을 하여 법인세를 신고하였다

(2014년 내지 2017년 사업연도 법인세, 2018년 사업연도 법인세 부분만 세무조정에서

누락하여 피고가 이를 반영하여 경정함).

3) 소결론

임직원의 주식매수선택권 행사에 따라 원고가 교부한 이 사건 자기주식은, 주식매수

선택권 부여계약에 따라 교부하였다. 부여계약상 주식매수선택권 부여조건(일정기간 근로제공 등)에 대한 대가로 이 사건 자기주식을 교부한 것이어서, 법인세법에 따른 손금인정금액(행사차익)이 이 사건 자기주식의 양도금액이다. 원고는 2014년 내지 2017년 법인세와 관련하여 이 사건 자기주식의 처분손익을 법인세 신고시 세무조정을 통해 반영하여 신고하였고, 2018년 법인세에 대하여는 경정을 통해 반영하였다.

이 사건 자기주식의 양도금액이 0원(무상)임을 전제로 한 원고의 경정청구는 받아들

일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.