이 사건 특허권의 감가상각비를 손금 부인한 것이 적법한 것인지 여부

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2021. 12. 7. 원고에게 한 2018년 귀속 법인세 0원(가산세 포함), 2019년 귀속 법인세 0원(가산세 포함), 2020년 귀속 법인세 0원(가산세포함) 부과처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위 및 내용

가. 원고는 합성수지 제조업 등을 목적으로 하는 회사로 2011. 3. 31.경부터 현재까지 CCC가 대표이사로 재직하고 있다.

나. CCC는 2017. 10. 24. 자신을 특허권자이자 발명자로 하여 발명의 명칭을 ‘비철선별장치’(이하 ‘이 사건 장치’라고 한다)로 하는 특허를 출원하였고, 2018. 3. 30. 그 등록을 받았다(이하 ‘이 사건 특허권‘이라 한다).

다. 원고는 2018. 6. 18. 개최된 임시주주총회에서 CCC로부터 이 사건 특허권을 양수하고 그 양수금액은 공인 감정평가법인의 감정평가금액을 기준으로 상호 협의하여 결정하기로 의결하였다. 주식회사 감정평가법인 DDD(이하 ’감정평가법인 DDD‘이라한다)은 원고의 의뢰에 따라 2018. 7. 23. 이 사건 특허권의 시장가치를 ,000,000원(기준시점 2018. 7. 1.)으로 평가하였다.

라. 원고는 2018. 8. 13. CCC로부터 이 사건 특허권을 ,000,000원에 양수하였고, 그 양수대금은 CCC에 대한 가지급금 ,000,000원 및 그 이자 상당액과 상계하기로 하였으며, 대표이사의 기타소득에 대한 소득세 ,000,000원을 원천징수하여 신고하였고, 아래 표 기재와 같이 2018년부터 2020년까지 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하여 감가상각비 합계 ,216,000원을 손금산입한 과세표준으로 법인세를 신고하였다.

마. 피고는 원고가 이 사건 특허권을 대표이사 명의로 등록한 뒤 이를 대표이사로부터 다시 취득하는 방법으로 법인자금을 부당하게 유출하였다고 보아 이 사건 특허권의 감가상각비 000원을 손금불산입하여 2021. 12. 7. 원고에게 2018년 귀속 법인세 0원(가산세 포함), 2019년 귀속 법인세 0원(가산세 포함), 2020년 귀속 법인세 0원(가산세 포함)을 각 경정, 고지(이하 통틀어 ’이 사건 처분‘이라 한다)하였고, 이 사건 특허권의 양수대금 0,000,000원을 CCC에 대한 상여로 하는 소득금액변동통지를 하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 6. 2. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2022. 8. 17. 그 청구가 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 대표이사인 CCC는 원고 공장의 장비가 비철로 인하여 자주 막히는 문제를 해결하고자 이 사건 장치에 관한 아이디어를 고안하였고, 이후 친구인 EEE과 본격적인 연구, 개발 용역계약을 체결한 다음 EEE에게 개선의견을 전달하고 함께 연구노트를 작성하는 등으로 이 사건 장치의 개발에 참여하였으며, 그 과정에서 필요한 시제품의 제작비 등 필요경비를 모두 부담하였다. 따라서 이 사건 장치는 개인발명으로서 그 특허권은 CCC에게 귀속된다. 또한, 원고는 감정평가법인 DDD이 기술기여도법과 로열티 공제법으로 산출한 시가를 양수가액으로 하여 이 사건 특허권을 양수하였는바, 그 양수대금도 적정하다. 나아가 원고는 이 사건 장치를 실제 제조 과정에 적용하여 상용화하고자 하였으나, 2019년 이후 FFF전자 휴대폰 제조 공정이 베트남 및 인도 공장으로 급속히 이동하면서 그 하청업체들로부터 반입할 수 있는 폐자원의 반입량이 현저히 감소하고 코로나까지 발생한 상황에서 부득이 상용화가 지연되었던 것이고, 원고는 곧 이 사건 장치를 제작하여 상용화할 계획이며 관련 업종에서도 그 수요가 상당할 것으로 예상되므로, 이 사건 장치는 무수익자산이 아니다.

위와 같은 점들을 종합하면, 원고가 CCC로부터 이 사건 특허권을 양수한 것은 법인자금을 부당하게 유출함으로써 법인소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 행위에 해당하지 않는바, 이와 다른 전제에 서 있는 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

법인세법 제52조 제1항은 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’라고 규정하면서 같은 조 제4항의 위임을 받은 법인세법 시행령 제88조 제1항 제2호에서 ‘무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우’를 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 규정하고 있다. 그리고 ‘무수익자산’이라 함은 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다(대법원 2000. 11. 10. 선고 98두12055 판결 참조). 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2023. 5. 18. 선고2018두33005 판결 등 참조).

한편, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거, 을 제2 내지 6, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 CCC로부터 이 사건 특허권을 양수한 것은 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 행위라고 봄이 상당하고, 갑 제8 내지 13, 16 내지 19호증의 각 기재 또는 영상만으로 위 인정을 뒤집기에 부족하므로, 결국 이 사건 특허권의 감가상각비를 손금에 산입하지 않고 원고에게 법인세를 경정, 고지한 이 사건 처분은 적법하다.

➀ 이 사건 특허권은 자성체로 분리되지 않는 플라스틱 등의 비철을 원심력과 비중 및 와전류에 의한 자기장의 반발력으로 낙하시켜 선별하는 이 사건 장치에 관한 것이다. 이 사건 장치는 선별대상물을 투입하는 투입부, 선별대상물을 얇게 펴서 낙하시키는 배출부, 선별대상물을 다시 한 번 얇고 넓게 펼친 채 낙하시키는 인계부, 선별대상물을 이송시키는 이송부, 입자가 큰 철을 분리시키는 철분리부와 철분리받이부, 위 이송부를 구동시키는 구동부, 이송부와 구동부 내부에 구동부와 별개로 회전하면서 선별대상물을 선별하는 선별부, 철, 비철비금속, 비철금속을 각각 받을 수 있는 선별받이 부로 구성되는바, 그 연구, 개발을 위해서는 다양한 실험이 필요하고 시제품 제작 등에적지 않은 비용이 소요될 것으로 보인다. 그런데 CCC가 이 사건 장치의 연구, 개발과정에 구체적으로 어떻게 참여하였는지 알기 어렵고, 이 사건 특허권을 원고에게 양도하기까지 EEE이 작성한 시제품 견적서, 비용내역서, 영수증 외에 실제로 그 연구, 개발비용을 지출하였음을 알 수 있는 객관적인 자료는 제출되지 않았다.

➁ CCC는 2008. 12. 5. 원고를 설립하였고, 2011. 3. 31.경부터 원고의 대표이사로 재직하고 있으며, 형제인 GGG, HHH과 함께 원고의 주식 100%를 보유하고 있는바, 원고가 이 사건 특허권을 취득하고 그 취득가액을 결정하는 데에도 상당한 영향력을 끼칠 수 있었던 것으로 보인다.

➂ 원고의 매출액은 2016년 약 46억 원, 2017년 약 45억 원, 2018년 약 43억 원을 기록하였으나, 이 사건 특허권을 양수한 직후인 2019년에는 약 35억 원, 2020년에는 약 28억 원을 기록하여 큰 폭으로 감소하였다.

➃ 원고는 이 사건 특허권을 양수한 이후에도 이 사건 장치를 제조 과정에 적용하지 않았고, 이 사건 특허권과 관련하여 어떠한 수익을 얻은 바도 없다. 또한, 이 사건 장치를 작업 현장에 적용할 경우 실제로 작업 정확성과 생산속도가 제고되어 매출액과 영업이익이 향상되는 효과가 발생한다고 볼 만한 자료도 부족하다.

➄ 원고로부터 이 사건 특허권에 대한 감정평가를 의뢰받은 감정평가법인 III은 2018. 7. 1. 기준 이 사건 특허권의 가치를 기술기여도법에 따른 0,000,000원과 로열티 공제법에 따른 0,000,000원으로 산정한 다음 각 평가액의 유사성을 고려하여 최종적으로 0,000,000원으로 평가하였고, 원고는 위 금액을 그대로 이 사건 특허권의 양수대금으로 결정하였다. 그런데 다음과 같은 사정들을 고려하면, 위 양수대금이 적정한 것이라고 단정하기 어렵다.

(i) 위 감정평가는 이 사건 특허권의 시장가치를 기준으로 감정한 것이고, 그 평가방법으로는 수익접근법인 기술기여도법과 로열티 공제법을 사용하였다. 먼저 기술기여도법은 대상기술의 미래 경제적 이익을 현재 가치로 환산하는 것으로, 특허권의 경제적 수명 기간(예상 수익기간), 사업가치(시장규모, 매출액, 원가, 자본적 지출 등), 적정할인율, 기술기여도 등을 추정하여 그 시장가치를 결정한다. 또한, 로열티 공제법은 기업이 특허권을 보유하지 못하고 제3자로부터 라이선스하는 경우를 가정하여 평가대상 특허권의 경제적 수명기간에 라이선스 비용으로 지급해야 하는 로열티를 현재 가치로 환산하는 것으로, 특허권의 경제적 수명 기간(예상 현금흐름 기간), 적정 로열티(시장규모, 매출액, 영업이익, 적정 로열티율 등), 사업위험 분석에 따른 할인율 등을 추정하여 그 시장가치를 결정한다. 위와 같은 감정평가 방식은 모두 이 사건 특허권의 미래 경제적 수명 기간, 그로 인한 매출액과 영업이익, 적정 할인율 등의 추정을 전제로 하고 있는데, 유사 특허권의 거래사례가 있는지 여부를 알 수 없어 이와 같은 가치산정방식이 객관적으로 받아들여질 수 있는지 의문이고, 위 감정평가 자체에서도 ‘동 사업에 대한 향후 추정손익 등의 예측에 대한 합리성의 검토는 불확실한 미래에 대한 추정을 전제로 하는 것으로서 이에 대한 검토결과가 장래예측의 정확성을 보장하는 것은 아니며, 본 평가의 추정 결과와 향후의 실제 발생손익과는 차이가 발생할 수도 있다’는 점을 밝히고 있다.

(ii) 위 감정평가는 이 사건 특허권의 경제적 수명 기간을 산정하는 과정에서 관련 기술이 사용되는 환경적 영향요인으로서 기술요인(대체기술 출현가능성, 기술적 우월성, 유사, 경쟁기술의 존재, 모방난이도 등), 시장요인(시장집중도, 시장경쟁의 변화, 시장경쟁강도, 예상 시장점유율 등)의 각 항목별 점수(최저 –2점부터 최고 2점까지)를 부여(모두 0점)하면서도 그 점수를 부여한 구체적인 이유는 밝히고 있지 않다.

또한, 위 감정평가는 이 사건 특허권의 사업가치 또는 적정 로열티를 산정하기 위한 추정 매출액을 원고가 제시한 사업계획상의 매출액 증가율(매년 4~5% 증가)의 80%를적용(매년 3~4% 증가)하여 추정하였는데, 실제 원고의 매출액은 2016년에 전년 대비약 29% 감소하였고, 2017년에도 전년 대비 약 1.7% 감소한 상황이었으며, 이 사건 특허권을 양수한 이후에도 큰 폭으로 감소하였다.

(iii) 나아가 위 감정평가는 적정할인율을 산정하는 요소 중 하나인 자기자본비용을 결정하기 위하여 이 사건 특허권의 기술위험(기술우수성, 기술경쟁성, 기술모방용이성, 기술사업화환경, 권리 안정성), 시장 및 사업위험(시장의 성장성, 경쟁성, 진입가능성, 생산 용이성, 수익성 및 안정성)의 각 항목별 점수(최저 1점부터 최고 5점까지)를 부여(권리 안정성 3점 외에 모두 4점)하면서도 그 점수를 부여한 구체적인 이유는 밝히고 있지 않고, 이 사건 특허권의 기술기여도를 산정하는 과정에서도 기술성(혁신성, 파급성, 활용성, 전망성, 차별성 등), 사업성(수요성, 시장진입성, 시장점유율 영향, 파생적 매출, 상용화 요구시간 등)의 각 항목별 점수(최저 1점부터 최고 5점까지)를 부여하면서 그 점수를 부여한 구체적인 이유는 밝히고 있지 않다.

(iv) 한편, 로열티 공제법은 이 사건 특허권의 적정 로열티율을 추정하는 것이 중요한데, 위 감정평가는 단순히 이 사건 특허권의 권리성 분석결과, 권리의 안정성확보, 기술성 및 시장성 분석결과에 따른 증감률, 이 사건 특허권이 속하는 업종의 평균 로열티율, 이 사건 특허의 제품이용률 등을 종합적으로 고려하여 로열티율을 2.56%[= 2.78%(기준율) × 0.92(조정률)]로 결정하였다고만 밝히고 있을 뿐, 그 구체적인 이유는 밝히고 있지 않고, 특히 조정률의 구체적인 산정방식이나 근거는 제시하지 않았다.

➅ 법인이 대표 등의 임원으로부터 특허권을 양수하면서 그 대금을 대표 등 임원의 업무무관 가지급금과 상계할 경우, 법인으로서는 특허권을 장부에 자산으로 계상하여 감가상각비를 손금으로 인정받아 법인세를 절감할 수 있고, 대표 등에 대한 업무무관 가지급금의 인정이자 수익도 더 이상 발생하지 않는다. 또한, 대표 등의 임원이 상여 등을 통해 법인의 이익잉여금을 배당받을 경우 소득세법 제55조에 따른 세율이 적용되는 반면, 이를 특허권의 양도대금으로 지급받을 경우에는 소득세법 제21조 제1항 제7호, 같은 법 시행령 제87조 제1호에 따라 기타소득으로 분류되어 상당한 비율을 필요경비로 인정받음으로써 보다 적은 세율이 적용된다. 피고의 조사 과정에서 CCC가 제출한 의견서에는 ‘컨설팅업체의 권유로 개인특허를 법인에 매각하여 가지급금을 합법적으로 정리할 수 있다고 하여 정리를 하였다’라는 취지로 기재되어 있고, CCC는 실제로 이 사건 특허권의 양도대금 700,000,000원을 자신에 대한 가지급금과 상계하였다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.