원고가 제조?판매한 영양물질이 영세율이 적용되는 어업용 기자재 열거항목에 해당되지 아니한 경우에는 영세율이 적용되지 아니함.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 0. 0. 원고에 대하여 한 2018년 제2기 부가가치세 및 가산세 0원 부과처분, 2019년 제2기 부가가치세 및 가산세 0원 부과처분, 2020년 제1기 부가가치세 및 가산세 0원 부과처분, 2020년 제2기 부가가치세 및 가산세 0원 부과처분을 각 취소한다.

1. 기초사실

가. 원고는 2000. 0. 00. 화공약품 제조 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 김을 양식하는 어민들에게 김 양식용 활성처리제인 유기산과 영양물질 등을 제조하여 판매하고 있다.

나. 원고는 2018년경부터 2020년경까지 사이에 판매한 유기산과 영양물질에 관하여 영세율을 적용한 세금계산서를 교부하고 다음과 같이 부가가치세 신고를 하였다(이하 ‘이 사건 신고’라 한다).

다. 피고는 김 양식용 활성처리제 중 영양물질은 영세율이 적용되는 어업용 기자재가 아니라는 이유로 2000. 00. 0. 원고에 대하여 다음과 같이 부가가치세를 경정·고지하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고가 이 사건 처분에 불복하여 한 심사청구는 2022. 0. 0. 기각되었다.

2. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 확립된 ‘영양물질에 대하여 영세율을 적용하는

비과세 관행’에도 불구하고 소급과세를 한 것으로 신의성실 원칙에 반하여 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 화학적으로 산처리제 성분에는 유기산 외에 영양물질이 포함되는 것이어서, 법상·실무상으로도 산처리제와 활성처리제가 구분되어 취급되지 아니하였다.

나. 김 양식어장 활성처리 사용기준상 산처리제가 활성처리제로 변경되었음에도 이 사건 특례규정이 개정되기 전까지 법령에 이러한 내용이 반영되지 아니하였다.

다. 피고 역시 이 사건 특례규정의 개정 전까지 영양물질에 대하여 과세를 한 사실이 없다.

라. 피고는 구 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(2021. 2. 17. 대통령령 제31459호로 개정되어 같은 날 시행된 것, 이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다) 제3조 제7항 [별표 4] ‘영세율이 적용되는 어업용 기자재의 범위’의 ‘30. 김 양식용 유기산’이 ‘30. 김 양식어장 활성처리제’로 개정되었음을 근거로 이 사건 처분을 하였으나, 위 개정은 영양물질이 비과세 대상임을 명확하게 한 것이다.

3. 관련 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

2) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제15조, 제18조 제3항의 규정이 정하는 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면, 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석되며, 같은 법 제18조 제3항 규정에서의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결, 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조). 그리고 비과세 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결 등 참조).

3) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다(대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

이러한 법리에 비추어 앞서 본 증거들과 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, ‘영양물질’은 이 사건 특례규정의 시행 이전까지 영세율 적용대상이 아니었음이 관련법령상 명백하고, 이에 관한 비과세관행이 성립되었음을 인정할 증거가 없으며, 피고가 원고에 대하여 ‘영양물질’ 관련 부가가치세를 부과하지 않겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 인정할 수도 없다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

1) 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제105조 제1항 제6호, 이 사건 특례규정 제3조 제7항 [별표 4]는 일부 어업용 기자재에 영세율을 적용할 수 있도록 함으로써 어민의 비용부담을 완화하기 위한 것이므로 조세공평의 원칙상 엄격하게 해석되어야 하는데, 이 사건 특례규정이 시행된 2021. 2. 17. 이전에는 ‘30. 김 양식용 유기산’만을 그 적용대상으로 규정하고 있었고, 이 사건 특례규정의 시행으로 인하여 비로소 ‘30. 김 양식어장 활성처리제’로 그 범위가 확대되었다.

2) 원고는 이 사건 특례규정의 개정으로 ‘영양물질’이 이전부터 영세율 적용대상임이 명확해진 것이지 새롭게 영세율 적용대상이 된 것이 아니라고 주장하나, 이 사건 특례규정의 개정이유 ‘마. 부가가치세 영세율 적용 대상 어업용 기자재의 범위 확대(별표 4 제30호)’항에는 ‘어민의 영어비용 절감을 위하여 부가가치세 영세율 적용 대상을 원재료인 김양식용 유기산에서 어민이 직접 공급받아 사용하는 완제품인 김 양식어장 활성처리제로 변경함.’이라고 기재되어 있다.

3) 2008년경 ‘산처리제’의 명칭을 ‘활성처리제’로 변경한 전라남도 김 양식어장산처리제 사용에 관한 세부지침(갑 제3호증 참조)만으로는, 당시 ‘유기산’과 ‘영양물질’을 구분하지 않는 관행이 있었고, 어민들 및 관련 업체들도 ‘활성처리제’ 전체가 영세율 적용대상으로 알고 있었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4) 오히려, 이 사건 신고 당시 시행 중이던 구 김 양식어장 활성처리제 사용기준(2017. 9. 22. 해양수산부고시 제2017-131호로 개정되어 같은 날 시행된 것)은 다음과 같이 ‘유기산’, ‘활성처리제’, ‘영양물질’을 구별하고 있었다.

① ‘활성처리제’를 김 양식어장에서 잡조제거, 병해방제, 성장촉진용으로 사용되는 유기산, 산성전해수, 영양물질 또는 고염수 중 어느 하나를 주성분으로 하는 물질이라고 정의하였다(제2조 제1호).

② ‘영양물질’을 김의 성장을 촉진하기 위하여 김 양식어장에서 사용하는 물질이라고 정의하였다(제2조 제3호)

③ 활성처리제의 성분 허용함유량과 관련하여 ‘유기산을 주성분으로 하는 활성처리제’와 ‘영양물질을 포함한 활성처리제’로 구분하였다(제4조 제1, 3호).

④ 산처리제 성분 검사표(갑 제2호증)의 시험항목에 ‘유기산’과 ‘영양물질’이 함께 포함되어 있는 것은 ‘유기산’과 ‘영양물질’을 구별하지 않았기 때문이 아니라, 제4조 제2항 및 제4조 제1항 제1, 5호에서 그와 같이 규정하고 있기 때문이다.

5) 부가가치세와 같이 납세자인 사업자가 신고·납부하여야 하는 신고납부방식 조세의 경우 과세관청이 납세의무자의 신고에 따라 세액을 수령하는 것은 단지 사실행위에 불과한 것이어서 이를 과세관청이 과세하지 않는다는 의사를 표시한 것이라고 할 수 없고, 설령 이를 과세관청의 견해표명이라고 보더라도 그것이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 보기 어렵다.

6) 피고가 원고에게 이 사건 처분 전까지 약 3년 정도 과세하지 아니하였다는 것만으로 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재한다고 보기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.