해당 투자금액은 생산성향상시설 투자세액 공제 대상에 해당하지 않음

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 0000. 0. 0. 전력산업구조개편촉진에관한법률에 따라 OOOOOO로부터 분할‧설립되어 0000. 0. 00. 상업운전을 시작한 AAA 0호기 등 총 00개의 원자력발전소와 BB 0호기 등 총 00기의 수력발전소를 운영하고 있는 법인이다.

나. 원고는 2019. 7. 12. 피고에게 CCC 0호기 및 0호기, DDD 0호기 및 0호기, AAA 0호기, BB수력발전소 0호기 발전설비 건설 등과 관련된 생산성향상시설 및 에너지절약시설 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 등에 따른 세액공제를 받지 못하였다는 등의 이유로, 2014 사업연도 법인세 18,129,078,615원 및 2015 사업연도 법인세 64,264,055,095원 합계 82,393,133,710원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 피고는 2019. 12. 27. 원고의 경정청구 중 ① 공제대상 자산에 해당하지 않는 격납용기, 공기조화설비, 기타 전기계통, 변수감시계통, 냉난방설비, 공조설비 등 안전 및 폐기물처리 시설 부분, ② AAA 0호기가 아닌 AAA 0호기의 취득원가에 해당하는 부분, ③ AAA 0호기의 건설자금이자, 시운전비, 건설소비 등 부분에 해당하는 금액(이하 ③항에 해당하는 비용을 ‘쟁점투자금액’이라 하고, 그에 따라 공제를 주장하는 세액을 ‘쟁점세액’이라 하며 그 구체적인 내역은 아래 표와 같다)의 세액공제를 부인하고 나머지 부분만 받아들여, 원고에게 2014 사업연도 법인세 17,567,432,715원 및 2015 사업연도 법인세 41,344,333,492원 합계 58,911,766,207원을 환급하고, 나머지 2014 사업연도 법인세 561,645,900원(세액공제 미해당시설 투자금액에 대한 세액) 및 2015 사업연도 법인세 22,919,721,603원(세액공제 미해당시설 투자금액에 대한 세액 10,504,540,302원 및 쟁점투자금액에 대한 세액 12,415,181,301원) 합계 23,481,367,503원의 환급을 거부하였다(이하 2015 사업연도 법인세 22,919,721,603원의 경정거부처분 중 쟁점투자금액에 대한 세액 부분 12,415,181,301원의 경정거부처분을 ‘이 사건 처분’ 이라 한다).

라. 원고는 2020. 3. 25. 감사원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 12. 23. 원고의 심사청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5호증, 을 제1호증의 1, 2, 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 조세특례제한법 제24조 제1항은 내국인이 생산성 향상을 위한 시설에 투자하는 경우 그 투자금액의 일부를 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하고 있다. 구 조세특례제한법은 위 투자금액의 범위를 따로 정의하고 있지는 아니하나, 투자의 문언적 의미 등을 고려할 때 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 ’투자금액‘은 법인세법의 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액이라고 보아야 한다. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항은 ’내국법인이 제작에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 제작원가에 부대비용을 더한 금액‘이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제24640호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제2항 제2호는 ’자기가 제조‧생산‧건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 원재료비‧노무비‧운임‧하역비‧보험료‧수수료‧ 공과금(취득세와 등록세를 포함한다)‧설치비 기타 부대비용의 합계액 등‘을 자산의 취득가액으로 규정하고 있는 바, 쟁점투자금액은 자산의 ’기타 부대비용‘에 해당하므로 구 조세특례제한법 제24조 제1항에 따라 세액공제 대상인 투자금액에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. 다. 판단

 1) 처분사유의 인정 여부

가) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 조세감면요건에 관한 입증책임은 납세의무자인 원고에게 있다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 갑 제4, 6, 8, 10 내지 12, 14, 16 내지 31호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 제출한 증거만으로는 쟁점투자금액이 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 투자세액 공제대상에 해당한다고 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

 ⑴ 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제1호는 ‘내국인이 생산성 향상을 위하여 공정 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설에 투자하는 경우에 그 투자금액의 일부에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것) 제21조 제2항은 ‘대통령령으로 정하는 시설이란 공정을 개선하거나 시설의 자동화 및 정보화를 위하여 투자하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다‘고 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항, [별표 2] 제1호는 ‘대통령령으로 정하는 설비’를‘제조설비를 자동으로 제어하기 위한 공정제어기기 또는 공정제어시스템 및 동 장치의 부분품(나목)’, ‘주공정 또는 기능의 제어가 마이크로프로세서 또는 수치제어장치에 의하여 자동으로 조절되는 기계장치 또는 설비(다목)’, ‘분산제어장치‧종합정보표시판‧무정전원공급장치‧제어밸브‧신호전송기 및 부속기기(바목)’이라고 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 제24조 제1항 소정의 투자세액 공제제도의 취지는 첨단기술 사업자의 설비투자 확대를 장려하여 우리나라 경제의 성장잠재력을 확충하고 기업의 생산성 혁신을 지원하기 위한 것인바, 이는 공정 개선 내지 자동화 시설 등과 같이 거액의 설비투자가 필요하나 그에 대한 투자금 회수 여부가 불확실하거나 간접적인 방법으로 회수될 것으로 예상되어 기업의 설비투자 유인이 줄어들 경우에 대비하여 국가 차원에서 기업의 설비투자를 촉진, 지원하기 위한 특혜규정에 해당한다. 그러므로 투자세액 공제는 위와 같은 목적에 부합하는 범위 내에서만 제한적으로 적용되어야 하고 그 목적에 부합하지 않는 범위까지 확장하여 적용되어서는 아니 된다.

 ⑵ 법인세법은 법인이 경제활동을 통하여 얻은 소득, 즉 수익에 법인이 지출한 비용을 합리적으로 대응시켜 법인에 대한 과세 요건 및 절차를 정한 법률이고, 조세특례제한법은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 국가정책목적을 달성하려는데 목적이 있다. 따라서 명시적으로 어느 한 법률의 특정 용어가 다른 법률의 유사 개념과 같은 의미라고 규정하지 않은 이상, 서로 다른 기준과 목적에 따른 법률의 유사 개념을 동일하게 해석하여야 할 필연성이 있는 것은 아니다. 국세청 또한 위와 같은 전제에서 조세특례제한법상 투자세액공제를 적용함에 있어 투자금액의 범위에 대한 질의에 대하여, ‘해당 자산 매입가액 외에 동 자산 취득을 위해 “직접” 지출된 기타 부대비용 중 구 법인세법 시행령 제72조 제2항의 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함한다‘는 내용으로 일관되게 회신하고 있다(원고는 같은 문구를 근거로 구 조세특례제한법의 투자금액과 구 법인세법의 취득가액의 범위가 같다는 취지로 주장하나, 이는 위 문구의 ‘부대비용’ 부분에만 초점을 맞춘 것으로, 위 문구는 우선 ‘직접’ 지출된 것으로 범위를 제한하고 그중 법인세법상 취득가액으로 계상되는 금액을 가리키는 것으로 해석하는 것이 타당하다).

 ⑶ 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 법문에 의하더라도 내국인이 생산성 향상을 위하여 세액공제 대상시설에 투자하는 경우 그 투자금액의 일정비율에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있으므로, 세액공제 대상시설 취득에 직접적으로 대응하는 비용이 아닌 그 취득 과정에 수반하여 지출된 비용 내지 취득에 간접적으로만 기여하는 비용의 경우에는 이를 세액공제 대상시설 그 자체에 투자한 금액이라고 보기 어렵다.

 ⑷ AAA 0호기는 자동화설비 및 마이크로프로세서 기반의 제어설비를 통하여 원자력 발전을 하도록 설계되어 있으므로, AAA 0호기의 발전시설 부분은 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제2호의 생산성향상시설에 해당한다. 피고는 원고의 2019. 7. 12.자 경정청구에 대하여 AAA 0호기 중 발전시설인 원자로설비, 터빈발전기 등의 기계장치(이하 ‘이 사건 자동화 시설’이라 한다)에 해당하는 투자금액 부분은 투자세액공제 대상으로 판단하여 경정청구를 받아들였다.

 ⑸ 원고가 주장하는 쟁점투자금액의 구체적 내용은 아래 표 기재와 같으므로, 쟁점투자금액의 각 항목을 나누어 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 투자세액공제 대상에 해당하는지 여부를 살펴본다.

  ㈎ 건설자금이자

국세청 예규인 구 조세특례제한법 기본통칙 5-0…1은 구 조세특례제한법

제24조의 투자금액에는 당해 투자에 따른 건설자금이자를 포함한다고 규정하고 있어

투자금액 중 이 사건 자동화 시설 투자에 따른 건설자금이자가 특정된다면 이는 투자

세액 공제대상이 된다.

원고는 쟁점투자금액 중 건설자금이자 부분 산정과 관련하여, ‘원자력발전소 등의 대규모 전력생산시설을 건설함에 있어 천문학적인 규모의 비용이 장기간에 걸

쳐 투입되고, 여러 시설의 공사를 동시에 진행하는 경우가 많으며, 예상할 수 없는 천재지변에 따른 변수가 존재하므로 해당 시설에 투입될 공사비용을 정확하게 예상하는 것이 현실적으로 불가능하므로, 시설투자에 투입할 자금을 일반차입금으로 조달할 뿐 특정차입금의 방식을 사용하지 않는다. 또한 AAA 0, 0호기는 AAA 발전소 내에서 함께 착공이 되어 공사가 동시에 진행됨에 따라 AAA 0호기 또는 0호기에 사용된 비용이라는 별도의 구분 없이 공통으로 투입된 비용으로 통합하여 집행하였다. 따라서 원고 전체에 발생한 일반차입금 이자는 분기별로 배분되어 AAA 발전소에 해당하는 부분에 할당되었고, 선행호기인 AAA 0호기 준공시점에 AAA 0, 0호기 각각에 대하여 건설 중인 자산의 직접비 실적 기준으로 AAA 0, 0호기에 배분될 건설자금이자 누적금액을 AAA 0호기에 먼저 배분하고, 이후 AAA 0호기 준공 시에 잔액 건설이자를 AAA 0호기에 배분하는바, AAA 0, 0호기의 건설이자 대상금액 482,817,462,368원 중에서 AAA 0호기 준공 후 정산 시 AAA 1호기에 배분된 건설자금이자는 169,452,358,010원이고, 나머지 잔액 313,365,108,358원이 AAA 0호기에 배부되었다. 한편 AAA 0호기는 건물, 구축물 및 기계장치로 구성되어 있는바, 신월성 0호기의 기계장치에 배부되는 투자금액을 산출하기 위해서는 AAA 2호기에 배부된 건설자금이자 313,365,108,358원의 총액에서 실적기준으로 기계장치에 배분할 비율

(0.805)을 계산하여 이를 곱하면, AAA 0호기 건설자금이자 중 기계장치 배부액252,258,908,203원이 산출된다. 위와 같이 산출된 AAA 0호기 건설자금이자 기계장치 배부액에서 세액공제의 대상인 이 사건 자동화 시설과 관련이 없는 CCTV 및 안전설비와 관련된 비용을 공제하면, 이 사건 자동화 시설 건설자금이자는 194,121,405,317원으로 산출된다.’고 밝히면서, 그 근거자료로 원고가 사용하는 전사적 자원관리시스템(EPR)인 내부 회계장부 프로그램인 SAP의 관련 내역을 제출하고 있다(갑 제17 내지 19호증 및 2023. 8. 21.자 준비서면 참고자료 1 참조).

  그러나 당해 투자에 따른 건설자금이자는 이 사건 자동화 시설 건설에 직접적으로 소요된 비용에 따른 이자를 말한다고 할 것이므로, 위 건설에 사용할 목적으로 차입한 특정차입금이 아닌 원고 운영 전반을 위한 차입금 중 일부가 당해 투자에 따른 건설자금이자로 판단되기 위하여는, 해당 사업연도에 원고 운영을 위해 지출한비용 중 달리 충당한 재원이 있는지 및 그 출처, 해당 사업연도에 원고가 지출한 비용 중 일반차입금 총액이 차지하는 비율 및 원고가 해당 사업연도에 지출한 비용 전체에서 이 사건 자동화 시설 비용이 차지하는 비중이 실질 자료에 의하여 증명되어야 하며, 당해 건설자금이자가 회계상 자본화되었다거나 원고의 선택에 따라 세무상으로 손금에 산입되지 아니하였다는 점만으로 이를 투자세액공제 대상이라고 볼 수는 없다. 원고 제출의 증거들은 위와 같이 원고가 해당 사업연도의 일반차입금을 회계상 이 사건 자동화 시설에 배부하게 된 경위와 그에 따른 회계처리 자료이므로, 이것만으로는 원고 주장의 건설자금이자가 이 사건 자동화 시설 건설에 직접적으로 소요된 비용에 따른 이자라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

  ㈏ 시운전비

이 사건 자동화 시설의 작동을 위한 시운전에 소요된 비용이라면 이는 이 사건 자동화 시설의 취득에 직접 소요된 비용으로 볼 수 있다.

원고는 시운전비에 대한 증명을 위하여 AAA 0, 0호기에 투입된 비용에

대한 전산시스템상 WBS 코드 관리 목록 중 ‘시운전비’ 항목에 대한 목록 일부(갑 제16호증)와 총액에 대한 화면(갑 제21, 22호증) 및 실제 지출증빙자료(갑 제20호증의 1 내지 172)를 제출하고 있다. 그러나 원고가 회계상 시운전비 항목으로 계상하였다고 하여 그 사실만으로 이를 이 사건 자동화 시설의 작동을 위한 시운전에 소요된 비용이라고 인정할 수는 없고, 실제 지출증빙자료의 내용은 유류비, 교통비, 식대, 비품구입비, 일부 근로자들의 임금 지출에 대한 것으로 이것만으로는 이 사건 자동화 시설의 시운전 여부 및 그에 소요되는 비용인지 여부가 증명되었다고 할 수 없다.

  ㈐ 그 밖의 쟁점투자금액

원고가 AAA 발전소 건설 과정에서 전반적으로 지출한 비용을 이 사건

자동화 시설 그 자체에 투자한 금액이라고 볼 수 없다.

원고가 작성한 AAA 1, 2호기 준공정산공사비 보고(갑 제11호증)에 따르

면, 원고는 이 사건 자동화 시설 부분을 EE중공업, FF 등에 의뢰하여 건설한 것으로 보인다. 위 보고에 의하면 그 밖의 쟁점투자금액 중 건설소비, 본부비, 해외사무소비, 비품비는 이 사건 자동화 시설(기자재)과 별개의 항목인 ‘사업주비-일반관리비’로 파악되고 있어 원고의 일반적인 운영비라 할 수 있을 뿐, 이 사건 자동화 시설의 취득에 직접적으로 소요된 비용이라 할 수 없다. 그리고 쟁점투자금액 중 일반기기 설치공사비 또한 원고 주장 자체에 의하더라도 AAA 발전소 관련 일반기지 설치와 관련된 비용이므로, 이 사건 자동화 시설의 취득에 직접적으로 소요된 비용으로 볼 수 없다.

그 외 원고가 제출한 회계자료나 지출증빙자료에 의하더라도 그 밖의 쟁점투자금액이 이 사건 자동화 시설의 취득에 직접 사용되었다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.