철거예정건물의 공급가액을 “0”으로 신고한 것이 적정한지 여부

피고가 202X. X. X. 원고에 대하여 한 202X년 제1기 귀속 부가가치세000원 (가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 원고 소유의 서울 00구 00동 000 대 000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 및 그 지상 3층 건물 000㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에서 ‘AAA’이라는 상호로 전자부품 제조업을 영위하였다.

나. 원고는 2020. 2. 21. 주식회사 BBB(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)에 이사건 각 부동산을 매매대금 000원에 매도하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 202X. 5. 28. 이 사건 회사 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. 원고는 202X. 7. 21. 이 사건 각 부동산의 양도에 있어 이 사건 토지와 이 사건 건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 매매대금을 기준시가로 안분하여 이 사건 토지 및 건물의 각 양도가액을 산정하여 양도소득세를 신고하였다. 반면, 원고는 202X. 7. 27. 이 사건 건물의 가액을 ‘0원‘으로 산정하여 202X년 제1기 귀속 부가가치세를 신고‧납부하였다.

라. 피고는 00세무서장이 원고의 양도소득세 신고와 관련하여 파생한 과세자료를 검토하여 원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 건물의 가액 0원이 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 제2호의 ’사업자가 실지거래가액으로 구분한 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우‘에 해당한다고 보아 부가가치세법 제29조 제9항, 구 부가가치세법 시행령(202X. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개되기 전의 것, 이하 같다) 제64조에 따라 매매대금을 기준시가로 안분한 금액을 이 사건 토지 및 건물의 양도가액으로 하고, 이 사건 건물의 양도에 관한 세금계산서 미발급 가산세를 적용하여 202X. 11. 1. 원고에게 202X년 제1기 귀속 부가가치세 000원(가산세 포함)을 경정‧고지하였으나, 202X. 2. 15. 이 사건 건물의 기준시가 계산 착오를 이유로 당초 세액을 000원(가산세 포함)으로 감액 경정하였다(이하 감액되고 남은 처분을 ’이 사건 처분‘이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 202X. 1. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 202X. 12. 29. 원고의 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6, 10, 18호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 건물은 철거가 예정된 건물이었고, 원고와 이 사건 회사는 이 사건 매매계약을 체결하면서 이 사건 건물의 매매대금을 0원으로 하기로 특약하였는바, 원고가 이 사건 회사로부터 지급받은 매매대금에는 이 사건 건물과 실질적‧경제적 대가관계에 있는 금원이 포함되어 있지 아니하여 이 사건 건물의 공급가액 자체가 존재하지 않는다. 따라서 부가가치세법상 과세의 대상이 되는 이 사건 건물의 공급이 있다고 볼 수 없다.

2) 설령 이 사건 건물의 공급이 있었다고 하더라도, 납세자인 원고가 세금계산서를 교부하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 가산세를 면제하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호의 적용 여부에 관한 판단

1) 관계 규정의 내용

구 부가가치세법 제29조 제9항 본문은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서도, 그 단서 및 제2호에서 ‘다만, 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 있는 경우에는 위와 같이 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제 64조 제1호 본문은 위 공급가액을 ‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’이라고 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

가) 앞서 살펴본 바와 같이 원고가 이 사건 회사에 이 사건 각 부동산을 일괄하여 매도하였는데, 그 매매대금 000원을 기준시가로 안분계산할 경우 이 사건 건물의 가액은 000원이다. 따라서 원고가 부가가치세 신고한 이 사건 건물의 가액인 0원은 위와 같이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당한다. 결국 이 사건 건물의 공급가액은 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 위와 같이 안분계산한 000원이 된다.

나) 원고는 이 사건 건물이 철거가 예정된 건물이었고, 원고와 이 사건 회사가 이 사건 건물의 매매대금을 0원으로 하기로 특약하였는바, 매매대금에는 이 사건 건물과 실질적‧경제적 대가관계에 있는 금원이 포함되어 있지 아니하여 이 사건 건물의 공급가액 자체가 존재하지 않으므로 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호의 적용이 배제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 매매계약에 이 사건 건물의 가액을 ‘0원’으로 기재하고 있다고 하더라도 이는 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액으로 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 건물의 경제적 가치가 0원 이라고 보기는 어렵고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 원고는 이 사건 건물에서 ‘AAA’이라는 상호로 전자부품 제조업을 영위하고 있었다. 또한 이 사건 건물에는 채권최고액000원의 근저당권설정등기가 마쳐져 있었고, 위 근저당권설정등기는 이 사건 회사 앞으로 이 사건 건물의 소유권이전등기가 마쳐지기 전에 말소되었다. 그런데 이 사건 매매계약에 따르면 원고는 이 사건 건물에 설정된 제한 물권을 말소하여야 하므로, 당시 이 사건 건물의 경제적 가치가 0원이었다고 볼 수는 없고, 오히려 매매대금에는 원고가 이 사건 건물의 완전한 소유권 이전을 위하여 이행하여야 할 위와 같은 의무에 대한 대가가 포함되어 있다고 보아야 한다.

② 원고는 이 사건 각 부동산의 양도에 있어 이 사건 토지와 이 사건 건물의 실지거 래가액이 불분명한 것으로 보아 매매대금을 기준시가로 안분하여 이 사건 토지 및 건물의 각 양도가액(피고가 산정한 금액과 동일함)을 산정하여 양도소득세를 신고하였는 바, 원고도 이 사건 건물의 가치를 0원으로 판단하지 않았던 것으로 보인다.

가치가 없지만 이 사건 토지 위에 건물을 신축하기 위해서는 우선 이 사건 건물의 처 분권을 취득하여야만 한다. 이러한 이유로, 이 사건 매매계약에서도 이 사건 건물이 목적물로 명시되었고, 이 사건 회사는 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 자기의 책임으로 이 사건 건물을 철거하였다. 따라서 이 사건 회사 역시 대가를 지불하고 이 사건 건물의 소유권을 유상으로 취득할 의사가 있었다.

④ 위 ① 내지 ③ 사정에 의하면, 이 사건 각 부동산의 매매대금에는 이 사건 건물의 대가가 포함되어 있었다고 봄이 타당하므로, 원고는 재화인 이 사건 건물을 이 사건 토지와 함께 매수인인 이 사건 회사에 유상으로 공급하였다고 할 것이다.

⑤ 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 매도하는 경우, 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것인바, 만일 매수인이 장차 지상 건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매 당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액(예컨대, 0원)으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 등으로 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 된다.

⑥ 이 사건 처분 이후인 202X. 12. 8. 법률 제18577호로 부가가치세법 제29조 제9항제2호 단서가 신설되어, ‘다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다’고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에

서 제64조 제2항이 신설되어, ‘법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서 각 호에서 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우’(제1호), ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’(제2호)를 규정하였다. 다만, 부가가치세법 부칙(법률 제18577호, 2021. 12. 8.) 제1조, 제7조에 따르면 위와 같이 신설된 규정은 202X. 1. 1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되고, 이러한 부칙의 내용 및 취지에 비추어 위와 같이 신설된 각 규정이 단순한 확인적 규정에 해당한다고 볼 수도 없으므로, 그 이전에 이루어진 이 사건 건물의 공급에 위와 같이 신설된 규정은 적용되지 않는다.

라. 가산세를 면제할 정당한 사유의 존부에 관한 판단

1) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의⋅과실은 고려되지 아니하며(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 등 참조), 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없는 것이지만, 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의

의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결, 대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

원고는 이 사건 건물이 철거가 예정된 건물이었고, 원고와 이 사건 회사가 특약에 따라 이 사건 건물의 매매대금을 0원으로 한 점, 관련 법령의 개정 경과 등에 비추어 보면, 정당한 사유가 인정된다는 취지로 주장하나, 이는 납세의무자인 원고가 자기나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것으로서 단순한 법률의 부지나 오해에 해당한다고 봄이 타당하다. 더욱이 원고가 이 사건 각 부동산의 양도에 있어서는 매매대금을 기준시가로 안분하여 이 사건 토지 및 건물의 각 양도가액을 산정하여 양도소득세를 신고한 점을 고려하면, 이 사건 건물 공급에 관한 부가가치세 징수를 회피할 목적에서 형식적으로만 매매계약서에 이 사건 건물의 가액을 0원 으로 기재하였을 가능성도 상당히 높아 보인다.

따라서 원고에게 부가가치세를 적법하게 신고‧납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.