면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서를 과세사업자 등록번호로 수정하여 발급받은 경우 매입세액을 소급하여 공제할 수 없음

상세내용

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

피고가 20**. *. **. 원고 서AA에 대하여 한 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세 경정청구

거부처분을, 원고들에 대하여 한 2020년 제2기 내지 2021년 제2기까지의 각 부가가치세 경정청구

거부처분을 모두 취소한다.

가. 원고 서AA은 20**. *. *. 서울 동작구 상도로**길 ** 토지 및 다가구주택을 매수하였고, 20**. *. **. 주택임대업을 영위하는 것으로 면세사업자등록을 하였다. 이후 원고 서AA은 위 토지 지상에 4층 단독주택 및 근린생활시설(이하 ‘이 사건 제1사업장’이라 한다)을 신축한 후 20**. *. **. 사용승인을 받았다.

나. 원고들은 20**. *. **. 서울 동작구 상도로 **길 ** 토지 및 다가구주택을 매수하였고, 20**. *. **. 주택임대업을 영위하는 것으로 면세사업자등록을 하였다. 이후 원고들은 위 토지 지상에 단독주택 및 제2종 근린생활시설(이하 ‘이 사건 제2사업장’이라 하고, 이 사건 제1사업장과 통틀어 ‘이 사건 각 사업장’이라 한다)을 신축한 후 20**. *. **. 사용승인을 받았다.

다. 원고들은 20**. *. **. 이 사건 각 사업장에 관하여 단독주택건설업으로 과세사업자

등록을 신청하면서 개업일을 면세사업자 개업일로 각각 소급 신청하여 일반과세사업자로 사업자등록을 하였다.

라. 원고들은 과세사업자등록 후 시공사인 주식회사 OOO엔지(이하 ‘OOO엔지’라고 한다)

로부터 면세사업자번호로 발급 받은 세금계산서를 과세사업자번호로 소급하여 수정 교부받았다.

마. 원고들은 20**. *. **. 피고에게 이 사건 제1사업장에 관한 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세 매입세액 ***,***,***원과 이 사건 제2사업장에 관한 2020년 제2기부터 2021년 제2기까지의 부가가치세 매입세액 ***,***,***원의 경정청구를 하였다(이하 원고들이 매입세액 공제를 구하는 매입세액을 통틀어 ‘이 사건 매입세액’이라 한다).

바. 피고는 20**. *. **. 국세기본법상의 경정청구 요건에 해당하지 않는다는 이유로 원고들의 경정청구를 각하한다는 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 20**. *. **. 국세청에 심사청구를 제기하였으나, 국세청은 20**. *. **. 원고들의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

2. 피고의 본안전항변에 관한 판단

가. 피고의 본안전항변

원고들은 부가가치세법 제49조 제1항의 부가가치세 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 않았고 기한후과세표준신고서를 제출하지도 않았으므로, 원고들에게 경정청구권이 존재하지 않는다. 따라서 원고들의 경정청구를 거부하는 내용의 이 사건 처분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당하지 않는다.

나. 판단

1) 국세기본법 제45조의2는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에서 청구할 있다’고 규정하고 있다.

2) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고들이 2019년 제2기부터 2021년 제2기 부가가치세 과세기간의 법정신고기한까지 부가가치세 과세표준신고서를 제출하지 않았으나, 20**. *. **. 피고에게 경정청구와 함께 기한후과세표준신고서를 제출한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 원고들은 기한후과세표준신고서를 제출한 자에 해당한다고 봄이 타당하고, 피고의 주장과 같이 경정청구의 요건을 경정청구를 하기 전에 기한후과세표준

신고서를 제출한 자로 제한할 수는 없다.

3) 따라서 피고의 본안전항변은 이유 없다.

3. 처분의 위법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 부가가치세법 제39조 제1항 제8호에 따라 매출세액에서 공제되지 않는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 ‘매출세액이 발생할 것을 전제로 하여 납부한 매입세액’만을 뜻하고, 이 사건 매입세액과 같이 ‘사업자가 면세사업을 영위하는 것으로 알고 매출세액이 발생하지 않을 것을 예정하고 납부하였으나, 실제로는 매출세액이 발생하게 되는 경우의 매입세액’은 포함되지 않는다.

2) 이 사건 처분은 헌법상 재산권 보장의 원칙, 과잉금지의 원칙, 평등권을 침해한 위헌적인 조항에 근거하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리 및 규정

가) 구 부가가치세법(2022. 12. 31. 법률 제19194호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제39조 제1항 제8호는 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제8조 제1항 본문은 ‘사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다’고 규정하고 있다. 위 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제11조 제1항은 ‘구 부가가치세법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신청인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출해야 한다’고, 같은 조 제10항은 ‘소득세법 제168조 및 법인세법 제111조에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 제14조 제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 제1항 및 제2항에 따른 등록신청을 한 것으로 본다’고 각 규정하고 있다.

나) 위와 같은 부가가치세법령의 문언, 법률의 체계적 해석 등을 고려하면, 구 부가가치세법상 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호의 '제8조에 따른 사업자등록'이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 봄이 타당하다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5146 판결의 취지 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고들이 이 사건 각 사업장에 관하여 과세사업자로 등록하기 전 면세사업자로서 세금계산서를 수취한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 이 사건 매입세액은 구 부가가치세법 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제할 수 없다.

이후 원고들이 과세사업자로 변경하였다는 사정만으로 이 사건 매입세액을 소급하여 매출세액

에서 공제할 수도 없다.

나) 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호는 사업자등록제도가 정착되지 않으면 부가가치세제도의 근간이 흔들릴 수 있는 점을 고려한 제재적 성격의 규정으로서 그 입법 목적이 정당하고, 그 입법 목적의 달성을 위하여 사업자등록을 하지 아니한 사업자에 대해 매입세액 공제를 불허하는 수단을 선택한 것은 사업자등록의 이행을 담보하기 위한 효과적인 방법이 될 수 있으므로 수단의 적정성이 인정되는 점, 사업자등록이 이루어지지 않으면 법인세, 소득세, 지방세 등의 정확한 산정이 곤란할 뿐만 아니라 최종소비자에 대한 부가가치세의 전가가 적정하게 이루어지기 어려워 세제 전반의 부실한 운영을 초래할 수 있는 점, 부가가치세법령이 사업자등록 전의 매입세액 불공제로 인한 침해를 최소화하기 위한 장치를 두고 있는 점 등을 고려하면, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호가 과잉금지의 원칙에 위배되어 납세자의 재산권을 침해하는 규정이라 할 수 없고, 그에 따른 매입세액의 불공제가 형사상 처벌에 해당하지 않으므로 이중처벌금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없다(헌법재판소 2011. 3. 31. 선고 2009헌바319 결정 등 참조). 그리고 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호는 사업자등록을 하지 아니한 데 대한 제재로 매입세액 불공제의 불이익을 주는 것이지 성별·종교·사회적 신분 등을 이유

로 불합리한 차별을 하는 것이 아니므로 평등원칙에 반한다고 할 수도 없다(대법원 2011. 7. 14. 선고 2009두20847 판결의 취지 등 참조).

다) 따라서 원고들의 주장은 모두 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.