3주택 이상 보유자의 주택 보유기간 기산일은 당해 주택의 취득일이 아닌 종전 주택 양도일

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 202x. x. x. 원고에 대하여 한 202x년 확정 신고기간에 대한 양도소득세 xxx,xxx,xxx원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 201x. x. x. xx시 xx구 xx동 xx외 1필지 소재 xx플레이스 x동 x호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)의 분양권을 매수하였고, 201x. x. x. 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 202x. x. x. 이 사건 주택을 양도하였는데, 원고가 이 사건 주택의 취득일부터 양도일까지 보유하고 있던 주택현황은 아래와 같다.

다. 원고는 202x. x. x. 이 사건 주택의 양도에 대하여 소득세법 제89조 제1항 제3호 소정의 1세대 1주택 양도에 대한 특례가 적용되지 아니하는 전제로 양도소득세 예정신고를 하고 202x. x. x. xxx,xxx,xxx원을 납부하였다.

라. 원고는 202x. x. x. 양도소득세 확정신고를 하고, 기납부세액과 종전 주택과 이 사건 주택의 양도소득금액을 합산하여 산출한 세액의 차액인 x,xxx,xxx원을 추가로 납부하여 총 xxx,xxx,xxx원을 납부하였다.

마. 원고는 202x. x. x. 피고에게 이 사건 주택의 양도에 대하여 비과세규정에 따른 1세대 1주택 양도에 대한 특례가 적용되므로 위 202x년 확정신고에 대한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고는 202x. x. x. 당초 신고내용이 적정하다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 행정심판을 제기하였는데, 조세심판원은 202x. x. x. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

  1) 처분 사유 부존재

     원고는 취득일 당시 비조정대상 지역에 소재한 이 사건 주택을 취득하고 1년이 경과한 이후 신규주택을 취득하였고, 신규주택 취득 이후 3년 이내에 이 사건 주택을 양도하였는바, 일시적 2주택 요건을 충족하였고, 이 사건 주택을 취득한 후 약 2년 5개월간 보유하였는바 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한다. 그럼에도 피고는 법령에 반하는 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2. 이하 ‘이 사건 예규’라한다)에 기하여 이 사건 주택의 취득일을 기존 법령에 따른 취득일인 201x. x. x.이 아닌 종전 주택의 양도일인 2021. 4. 12.로 보아 보유기간 미충족을 이유로 일시적 1세대 2주택에 해당하지 않는다고 판단한 이 사건 처분은 위법하다.

  2) 신뢰보호원칙 위반

     3주택 이상 보유자의 최초 과세양도 후 남은 2주택간의 일시적 2주택 여부 및 종전 주택의 보유기간 기산점과 관련한 유권해석례는 그 보유기간을 쟁점 주택 취득일부터 기산한다는 것이었고 이는 2001년 이래 줄곧 유지되어 왔으며 거의 모든 관련 실무자들과 불특정 다수의 납세자들에게 공통된 인식이 있었던 대표적인 비과세 관행 사안이었다. 그럼에도 피고는 원고의 이러한 신뢰에 반하여 위와 같은 경우 기산일을 종전 주택 양도일로 보는 새로운 유권해석에 따라 이 사건 처분을 하였는바, 이는 공적인 견해표명에 해당하는 종전 유권해석에 대한 원고의 신뢰를 침해한 것으로 위법하다.

나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

다. 판단

  1) 처분 사유 부존재 여부 판단

     가) 관련 법리

         조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

     나) 구체적 판단

        (1) 앞서 본 법리 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 주택의 양도는 ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항이 적용될 수 있는 경우에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

           ① 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(소득세법 제4조 제1항 제3호) 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(소득세법 제89조), ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 그 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.

           ② 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호에 따르면, 국내에 1주택(기존 주택)을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 일정한 요건, 즉 기존 주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고, 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 기존 주택을 양도하는 경우에는, 1세대 2주택임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항의 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 과세하지 않는다. 이와 같은 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호의 문언과 그 내용에 의하면, ‘일시적 2주택 비과세 특례’는 1주택을 보유한 1세대가 신규로 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음이 분명하다.

           ③ 한편 소득세법 시행령 제154조 제5항에서는, 이른바 ‘1세대 1주택 비과세 특례’에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ‘소득법세 제95조 제4항에 따라 해당 자산의 취득일로부터 양도일까지로 하되, 다만 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다’고 정하고 있다. 이처럼 위 ‘1세대 1주택 비과세 특례’ 적용 요건으로서 보유 기간 계산에 관한 규정 또한 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우나 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우 (1주택+1주택=2주택)만을 상정하고 있을 뿐, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그 중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우(3주택–1주택=2주택)를 적용대상으로 상정하고 있지는 않다.

           ④ 위와 같이 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 제154조 제11항, 소득세법 시행령 제155조 제1항에서 1세대 2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 경우에 ‘일시적 1세대 2주택’으로 보아 1세대 1주택과 동일하게 양도소득 비과세 특례가 적용될 수 있도록 한 것은, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것이다. 위와 같은 해당 법 규정의 입법 목적이나 제도의 취지에 비추어 보면, 원고와 같이 3주택을 보유하다가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우는 소득세법 제89조 제3호 나목, 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 즉, 3주택 중 1주택이 처분된 시점을 기준으로 하여 그때부터 새롭게 비과세 대상인 1세대 2주택으로 취급하는 것은 종전에 과세의 대상이 되었던 다주택 소유관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 되어 위와 같은 입법 목적이나 제도의 취지와도 부합하지 않는 것이다.

           ⑤ 나아가 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 먼저 처분하여 2주택이 된 상태에서 추가로 1주택을 처분한 경우는, 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에서 정한 ‘2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 양도하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우’와 다름이 분명하나, 설령 이와 유사한 경우라고 보아 위 규정을 이 사건에 유추적용할 수 있다고 가정하더라도, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 양도한 경우 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 정한 위 규정의 취지에 비추어, 2년 이상 보유기간의 기산일은 ‘3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 먼저 처분하여 2주택자가 된 시점’으로 봄이 체계적 해석에 부합한다.

         (2) 따라서 이 사건 주택의 양도는 ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항이 적용되지 않는다고 할 것이므로, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 정당하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

  2) 신뢰보호원칙 위배 여부 판단

     가) 관련 법리

         일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 참조).

         조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 이를 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조).

     나) 구체적 판단

       (1) 살피건대, 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 “다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게된 날부터 보유기간을 기산한다.”는 내용의 제154조 제5항 단서 규정(이하 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다)을 신설하였고, 위 개정규정은 2021. 1. 1. 시행되었다.

       (2) 기획재정부는 2020. 2. 18. ’3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이전인 2020. 12.경 1주택을 양도한 후 2021년 이후에 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 이를 ‘해당 주택 취득일’로 봄이 타당하다는 취지로 답변하였다(기획재정부 재산세제과-194, 이하 ‘종전 기획재정부 예규’라 한다).

          국세청은 2021. 3. 24., 2021. 4. 12., 2021. 6. 30. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이후에 1주택을 양도하고 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 종전 기획재정부 예규를 참고하라는 취지로 답변하였다(이하 통틀어 ‘종전 국세청 예규’라 한다).

          기획재정부는 2021. 11. 2. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이전에 1주택을 양도하고 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’에 관하여는 이를 해당 주택 취득일로 봄이 타당하다는 취지로, ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이후 1주택을 양도하고 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’에 관하여는 이를 직전 주택 양도일로 봄이 타당하다는 취지로 유권해석을 하였다(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2.).

          그런데, ① 종전 기획재정부 예규는 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이전’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이어서, 이 사건 단서 규정 시행 이후에 이 사건 주택을 양도한 원고와는 사안을 달리하는 점, ② 종전 국세청 예규는 원고의 경우와 같이 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이후’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이기는 하나, 원고의 경우와는 사안을 달리하는 종전 기획재정부 예규를 단순히 인용한 데 불과하고, 이는 ‘이 사건 단서 규정의 시행’이라는 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것으로 볼 여지가 있는 점, ③ 여기에다가 ㉮ 앞서 본 바와 같이 관련 법령의 문언상 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우는 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’의 양도소득 비과세 특례 적용대상이 아님이 분명한 점, ㉯ 원고가 이 사건 주택을 양도할 무렵 소득세법 시행령은 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정되어 오고 있었고, 특히 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 개정이유에서 이 사건 단서 규정의 신설 취지에 관하여 “주택임대사업자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함”이라고 명시한 점, ㉰ 이 사건 단서 규정을 원고 주장과 같이 풀이할 경우 2주택 보유자가 양도소득세 부담을 줄이기 위하여 저가의 주택을 취득하는 방식으로 ‘1세대 일시적 2주택’ 비과세 특례를 악용하는 것이 가능해지고, 이는 비교적 쉽게 예상할 수 있는 점 등을 보태어 보면, 종전 국세청 예규에 의하여 원고에게 비과세 혜택을 받으리라는 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여되었다고 보기 어렵거나, 원고가 종전 국세청 예규가 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수 없는 점, ④ 그 밖에 합법성의 원칙을 희생하여서라도 원고의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정도 보이지 아니하는 점등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 주택의 보유기간 기산일을 이 사건 종전 주택의 양도일로 보고 이 사건 처분을 한 것이 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결

한다.