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판례 / 후발적 경정청구사유 해당 여부
판례 정보 대구지방법원 일반행정

후발적 경정청구사유 해당 여부

원고는 이 사건 매매목적물의 매매대금 88,500,000,000원을 과세표준으로 취득세 등을 신고·납부한 뒤, 기타 구분소유건물 취득비용 초과분 5,824,000,000원이 공제되어 실제 지급액이 82,676,000,000원이므로 초과 납부 세액을 환급해야 한다고 경정청구를 하였다. 피고는 이를 거부하였고, 조세심판원도 심판청구를 기각하였다. 법원은 이 사건 매매목적물 거래와 기타 구분소유건물 매수인지위 이전 거래가 구별되고, 계약 제2.5조의 정산금은 매매목적물 자체의 매매대금을 감액하는 규정이 아니라 거래 편의를 위한 상계로 보아야 한다고 판단하였다. 이에 따라 이 사건 매매목적물의 취득세 과세표준은 부동산매매변경계약상 확정된 88,500,000,000원이고, 원고의 경정청구 거부처분은 적법하다고 보아 원고의 청구와 항소 및 상고가 모두 기각되었다.

2023구합25437 2024.08.14 기각 마지막 업데이트 2026.05.30

기본 정보

법원
대구지방법원
사건번호
2023구합25437
사건구분
구합
선고일
2024.08.14
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 이 사건 매매목적물의 취득세 과세표준을 88,500,000,000원으로 볼 것인지, 실제 지급액 82,676,000,000원으로 볼 것인지
  • 부동산매매계약 제2.5조에 따른 기타 구분소유건물 취득비용 초과분 정산이 이 사건 매매목적물 매매대금의 감액에 해당하는지
  • 원고가 지급하지 않은 5,824,000,000원을 잔금채권과 상계한 것으로 볼 수 있는지
  • 법인장부에 기재된 지급액이 취득세 과세표준 산정에서 어떤 의미를 가지는지
  • 피고의 경정청구 거부처분이 적법한지

판례 포인트

  • 취득세 과세표준은 취득 대상 과세물건의 취득 당시 가액을 기준으로 판단한다.
  • 계약상 별개의 거래로 구성된 매매목적물 거래와 매수인지위 이전 거래는 과세표준 산정에서도 구별될 수 있다.
  • 계약 조항이 정산금 지급만을 규정하고 매매대금의 감액 또는 증액을 명시하지 않은 경우, 이를 곧바로 취득 대상 물건의 매매대금 조정으로 보기 어렵다.
  • 매수인이 실제 송금한 금액이 계약상 매매대금보다 적더라도, 그 차액이 별도 채권과의 상계로 처리된 것이라면 과세표준이 당연히 실제 송금액으로 줄어드는 것은 아니다.
  • 법인의 장부가액은 신빙성이 전제되지만, 법인장부 기재와 무관하게 사실상의 취득가격에 부합하는지 여부를 검토할 수 있다.
  • 대법원은 상고이유가 상고심절차에 관한 특례법상 심리 사유를 포함하지 않거나 판결에 영향을 미치지 않는다고 보아 상고를 기각하였다.

자주 묻는 질문

Q 부동산 취득세 과세표준은 실제 송금액이 아니라 계약상 매매대금으로 볼 수 있나요?

A 대구지방법원은 이 사건 매매목적물의 매매대금이 부동산매매변경계약에 따라 88,500,000,000원으로 확정되었다고 보았습니다. 원고가 실제로 82,676,000,000원만 지급한 것은 별도 거래에서 발생한 5,824,000,000원 채권을 잔금 채권과 상계한 결과로 보았고, 취득세 과세표준은 88,500,000,000원이라고 판단했습니다.

Q 기타 구분소유건물 취득비용 초과분을 공제하면 매매목적물의 취득세 과세표준도 감액되나요?

A 법원은 이 사건 부동산매매계약상 매매목적물 거래와 기타 구분소유건물의 매수인지위 이전 거래가 구별된다고 보았습니다. 제2.5조의 초과·미달 금액 정산은 기타 구분소유건물 관련 거래에 관한 것이어서, 이 사건 매매목적물의 매매대금 자체를 감액하는 조항으로 보기 어렵다고 판단했습니다.

Q 취득세 경정청구에서 후발적 감액을 이유로 환급을 받을 수 있나요?

A 이 사건에서 원고는 5,824,000,000원이 공제되었으므로 취득세 등 267,904,000원을 환급해야 한다고 주장했습니다. 그러나 법원은 취득세 과세표준이 취득 당시 확정된 매매대금 88,500,000,000원이라고 보아, 원고의 경정청구 거부처분이 위법하지 않다고 판단했습니다.

Q 계약서에 별도 거래로 표시된 매수인지위 이전 거래가 취득세 과세표준에 영향을 주나요?

A 법원은 계약서 전문에서 이 사건 매매목적물의 매매와 기타 구분소유건물의 매수인지위 이전을 별개의 거래로 정한 점을 중시했습니다. 원고가 신고·경정청구한 과세물건은 기타 구분소유건물이 아니라 이 사건 매매목적물이므로, 그 과세표준은 매매목적물 자체의 계약상 매매대금인 88,500,000,000원이라고 보았습니다.

Q 법인장부에 실제 지급액이 적혀 있으면 그 금액이 취득세 과세표준이 되나요?

A 법원은 법인장부가 원칙적으로 신빙성 있는 자료가 될 수 있지만, 장부가액을 무조건 취득세 과세표준으로 삼아야 하는 것은 아니라고 보았습니다. 이 사건에서는 장부 등에 82,676,000,000원 지급으로 기재되어 있더라도, 계약과 거래 구조상 매매대금은 88,500,000,000원이라고 판단했습니다.

Q 이 사건에서 원고의 취득세 환급 청구는 왜 기각되었나요?

A 원고는 실제 지급액이 82,676,000,000원이므로 267,904,000원을 환급해야 한다고 주장했습니다. 그러나 대구지방법원은 매매목적물의 매매대금이 88,500,000,000원으로 확정되었고, 5,824,000,000원 공제는 별도 거래상 채권을 상계한 것이라고 보아 원고의 청구를 기각했습니다.

판결 내용

후발적 경정청구사유 해당 여부

[대법원 2025. 6. 26. 2025두33327 기각]
[대구고등법원 2025. 2. 21. 2024누11977 기각]
[대구지방법원 2024. 8. 14. 2023구합25437 기각]

■ 3심 2025두33327 (선고일자-20250626) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

취득세 과세표준은 취득 당시 계약 가액이 기준이므로, 후발적 감액은 경정 사유에 해당하지 않음


【전문】


【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】


「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고,상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 이를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.
「상고심절차에 관한 특례법」제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

■ 2심 2024누11977 (선고일자-20250221) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】


 
1. 제1심판결의 인용

원고의 주된 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고,제1심에 제출된 증거들에다가 이 법원에 추가로 제출된 증거들을 보태어 보더라도, ‘이 사건 매매목적물의 매매대금은88,500,000,000원으로 확정되었고,원고가 납부하여야 할 취득세 등에 대한 과세표준 역시 위 매매대금이 되어야 하므로,원고가 신고·납부한 취득세 등이 과다 납부되었다고 보기 어렵다.’는 취지의 제1심 사실인정과 판단은 정당하다.
이에 이 법원의 판결이유는 아래와 같이 고치는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
○제1심판결 제6쪽 제8행부터 제15행까지를 아래와 같이 고친다.
「2)원고는2022. 12. 5.피고에게 이 사건 매매목적물의 매매대금88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 공제된5,824,000,000원과 기타 공제액324,602,520원 합계6,148,602,520원을 제외한82,351,397,480원을 과세표준으로 하여 취득세 등이 산정되어야 하므로 취득세245,944,101원,지방교육세24,594,410원,농어촌특별세12,297,205원 합계282,835,716원이 환급되어야 한다는 내용의 경정청구를 하였으나,피고는2023. 1. 26.원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
3)원고는 위 처분에 불복하여2023. 3. 20.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2023. 8. 29.원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다(원고는 이 사건 소송에서‘이 사건 매매목적물의 매매대금88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 공제된5,824,000,000원을 제외한82,676,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등이 산정되어야 하므로 취득세232,960,000원,지방교육세23,296,000원,농어촌특별세11,648,000원 합계267,904,000원이 환급되어야 한다.’고 주장하면서 위 처분 중267,904,000원 부분에 대하여만 다투는바,아래에서는 위와 같이 원고가 다투는 부분을‘이 사건 처분’이라 한다).
○제1심판결 제8쪽 제17행의‘구별된다’를 아래와 같이 고친다.
「구별된다(이 사건 부동산매매계약은 그 계약서 전문에서‘이 사건 매매목적물의 매매와 별개로○○○○○○은 본 계약의 조건에 따라 기타 구분소유건물의 매수인 지위를 원고에게 이전하고자 하고 원고는 본 계약에 따라 이를○○○○○○으로부터 이전받고자 한다.’라고 규정하여 본건 매매 거래와 본건 매수인지위 이전 거래를‘별개의 거래’로 정하고 있다)」

○제1심판결 제10쪽 제4행의‘‘○○○○○○에게’를‘○○○○○○에게’로 고친다.
○제1심판결 제10쪽 제6행의‘보아야 한다’를 아래와 같이 고친다.
「보아야 한다(원고는,원고가 이 사건 매매목적물을 매수하기 위하여 실제 지급한 금액이82,676,000,000원임에도 이 사건 매매목적물의 취득세 등에 대한 과세표준을88,500,000,000원으로 보아야 한다면 그 차액 상당의 취득가액이 부당하게 부풀려지는 결과가 발생하므로 이중과세금지의 원칙이나 실질과세의 원칙에 반한다고 주장하나,원고와○○○○○○사이의 위와 같은 거래 편의를 위한 상계처리의 결과로 원고가 실제 지급한 금액이 정당한 매매대금의 액수에 미치지 않는다고 하여 위 매매대금을 기준으로 한 취득세 등의 부과가 이중과세금지의 원칙이나 실질과세의 원칙에 반한다고 볼 수는 없다)」

 
2. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로,원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

■ 1심 2023구합25437 (선고일자-20240814) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】


 
1. 처분의 경위 등

 
가. 원고는2013. 6. 26.부동산투자 및 컨설팅사업,주택건설 및 분양업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
 
나. 원고와○○○○○○주식회사 사이의 매매계약 체결 경위

1)원고는2020. 6. 29.○○○○○○주식회사(이하‘○○○○○○’이라 한다)와 사이에,원고가○○○○○○이 소유한 대구○구○○동○○-○외2필지 지상에 위치한 집합건물인○○○○○(이하‘○○○○○’라 한다)내11개 구분소유건물(제비01호,제101호,제201호,제301호,제401호,제434호,제541호,제601호,제701호,제801호,제901호,이하‘이 사건 매매목적물’이라 한다)을 매수하고,○○○○○의 구분소유건물 중 이 사건 매매목적물 이외의 나머지 부분(이하‘기타 구분소유건물’이라 한다)도○○○○○○이 기타 구분소유건물 소유자들로부터 매수한 뒤 그 매수인의 지위를 승계받을 목적으로 아래와 같은 내용의 양해각서를 체결하였다.

제1조(거래의 요지)

○○○○○○은 이 사건 매매목적물을 소유하고 있다. 또한 ○○○○○○은 기타 구분소유건물 소유자가 소유한 기타 구분소유건물에 관하여 부동산매매계약을 체결할 예정이다. ○○○○○○은 (ⅰ) 본건 부동산 내 ○○○○○○이 소유하고 있는 이 사건 매매목적물 및 (ⅱ) ○○○○○○이 기타 구분소유건물 소유자와 매매계약에 따라 가지게 될 매수인의 지위를 원고 및 원고가 지정한 자에게 매도하고자 한다.


제4조(본 계약의 체결 및 주요 조건)

(2) ○○○○○○과 원고는 이 사건 매매목적물에 관한 매매대금 및 기타 구분소유건물에 관한 매매대금 합계 잠정 매매대금을 금 일천오십억(105,000,000,000)원으로 합의한다.

(3) 제2항의 매매대금의 금액은 어떠한 경우에도 조정될 수 없다. 다만, 잔금의 지급시기 및 방법은 본건 거래의 종결에 관하여 제한 사항 등이 있는 경우 당사자들의 협의에 의하여 조정될 수 있다. ○○○○○○은 원고가 본 계약에 따른 매매대금을 조달하는 데에 있어 필요한 경우 최대한 협조하기로 한다.

(4) 본 계약상 매매대금 지급시기와 방법은 본 계약 체결일에 계약금 금 오십억(5,000,000,000)원을, 본 계약에서 정하는 거래종결일에 잔금 금 일천억(100,000,000,000)원을 지급하는 것으로 한다. 계약금은 원고가 본 계약상의 의무를 위반하는 경우 ○○○○○○에 의하여 몰취될 수 있는 위약금으로 하기로 한다.



2)원고는2020. 10. 12.○○○○○○과○○○○○의 이 사건 매매목적물과 기타 구분소유건물에 관하여 아래와 같은 내용의 부동산매매계약(이하‘이 사건 부동산 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.


○○○○○○은 본 계약의 조건에 따라 이 사건 매매목적물을 원고에게 매도하고자 하며 원고는 본 계약의 조건에 따라 이를 ○○○○○○으로부터 매수하고자 한다(이하 ‘본건 매매 거래’라 한다). 또한 이 사건 매매목적물의 매매와 별개로 ○○○○○○은 본 계약의 조건에 따라 기타 구분소유건물의 매수인 지위를 원고에게 이전하고자 하고 원고는 본 계약에 따라 이를 ○○○○○○으로부터 이전받고자 한다(이하 ‘본건 매수인지위 이전 거래’라하고, 본건 매매 거래와 본건 매수인지위 이전 거래를 통칭하여 ‘본건 거래’라 한다)


제1조 본건 매매 거래


1.1 매매: 본 계약의 조건에 따라 그리고 본 계약 조건의 적용을 조건으로 하여, ○○○○○○은 이 사건 매매목적물을 허용된 부담을 제외한 일체의 부담이 없는 상태로 원고에게 매도하며, 원고는 이 사건 매매목적물을 같은 조건으로 ○○○○○○으로부터 매수한다.


1.2 매매대금: 이 사건 매매목적물의 매매대금은 부가가치세를 제외하고[금 칠백팔십억(78,000,000,000)원]으로 한다.


1.3 매수인은 매도인에게 매매대금을 다음의 일정에 따라 지급한다.(후략)

구분

금액(원)

지급기일

계약금

[3,000,000,000]

[2020년 11월 6일]

잔금

[75,000,000,000]

[2021년 6월 30일]

1.5 (전략)...○○○○○○과 원고는 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률에 따라 설립된 관리단 채무의 청산 및 ○○○○○의 명도와 관련하여 관리단에게 금 이십삼억((원)2,300,000,000)원의 한도 안에서 ○○○○○○과 원고가 함께 관리단에게 합의금을 지급하기로 하는 합의서를 체결하기로 하고, 원고가 관리단 합의금을 지급하는 경우에는 원고가 지급한 금액과 동액을 매매대금에서 감액하기로 한다. 또한 ○○○○○○은...(중략)...거래종결일을 기준으로 원고가 제4.2조에 따라 ○○○에 대하여 채무를 부담하게 되는 경우 그 채무액과 동액의 금액을 원고에게 지급하기로 하며 이와 같은 ○○○○○○의 원고에 대한 금전 지급 채무는 원고의 ○○○○○○에 대한 잔금 지급 채무와 상계될 수 있다.


제2조 본건 매수인지위 이전 거래


2.2 (전략)...기타 구분소유건물 부분 중 본건 부동산 제414호, 제415호, 제416호, 제522호, 제523호, 제524호, 제402호, 제520호(이하 ‘원고 책임 취득 부분’이라 한다)는 ○○○○○○이 기타 구분소유건물 소유자 매매계약을 체결하여 원고가 그 계약상 지위를 이전 받는 방법을 통해서가 아니라, 원고가 직접 경매 등의 절차를 통하여 그 소유권을 취득한다.


2.5 기타 구분소유건물 소유자 매매계약의 매매대금 총액 및 원고 책임 취득 부분의 경락대금(원고가 경매의 방법인 아닌 방법으로 취득하는 경우에는 그 취득을 위한 대금)의 합계액(이하 ‘기타 구분소유건물 매매대금 등’이라 한다)이 금[이백칠십억((원)270,000,000,000)]원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 ○○○○○○이 원고에게 거래종결일에 지급하기로 하고, 그 미만인 경우 그 차액을 원고가 ○○○○○○에게 거래종결일에 지급하기로 한다.




3)그 후 원고는2021. 6. 2.1)○○○○○○과 이 사건 부동산매매계약의 내용을 아래와 같은 내용으로 변경하는 계약(이하‘이 사건 부동산매매변경계약’이라 한다)을 체결하였다.


제1조 목적


본 변경계약은 이 사건 부동산매매계약의 일부 조건을 변경하고, 새로운 사항을 정하는 것을 그 목적으로 한다.


제3조 매매대금 및 지급일정의 변경

변경 전

매매대금: 이 사건 매매목적물의 매매대금은 부가가치세를 제외하고 금 칠백팔십억((원)78,000,000,000)원으로 한다.

변경 후

매매대금: 이 사건 매매목적물의 매매대금은 부가가치세를 제외하고 금 팔백팔십오억((원)88,500,000,000)원으로 한다.


1.1 이 사건 부동산매매계약 제1.2조는 다음과 같이 변경한다.

변경 전

구분

금액(원)

지급기일

계약금

3,000,000,000

2020년 11월 6일

잔금

75,000,000,000

2021년 6월 30일

변경 후

구분

금액(원)

지급기일

계약금

3,000,000,000

2020년 11월 6일

잔금

85,500,000,000

2021년 6월 30일


1.2 본건 부동산매매계약 제1.3조의 지급 일정은 다음과 같이 변경한다.



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1) 갑 제6호증의2기재에 의하면 이 사건 부동산매매변경계약 체결일이‘2020. 6. 2.’로 되어 있으나,이는‘2021. 6. 2.’의 오기로 보인다.
-------------------------------------------------------------------------------------------------

 
다. 원고의○○○○○○에 대한 이 사건 매매목적물의 매매대금 지급

원고는2021. 6. 30.까지 원고 책임 취득 부분을 포함한 기타 구분소유건물 취득을 위하여 합계32,824,000,000원을 지출하였고,같은 날○○○○○○에게 이 사건 매매목적물의 매매대금인88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 원고가 기타 구분소유건물 취득을 위하여 지출한32,824,000,000원 중27,000,000,000원을 초과하는 나머지 부분인5,824,000,000원(= 32,824,000,000원-27,000,000,000원)을 공제한82,676,000,000원(= 88,500,000,000원-5,824,000,000원)을 지급하였다.
 
라. 원고의 이 사건 매매목적물에 대한 취득세 신고 및 경정청구 등

1)원고는2021. 6. 30.피고에게 이 사건 매매목적물의 취득과 관련하여 이 사건 매매목적물의 매매대금88,500,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세3,540,000,000원,지방교육세354,000,000원,농어촌특별세177,000,000원 합계4,071,000,000원(이하 이 사건 매매목적물에 대한 취득세,지방교육세,농어촌특별세를‘취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.
2)원고는2022. 12. 5.피고에게 이 사건 매매목적물의 매매대금88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 공제된5,824,000,000원을 제외한82,676,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등이 산정되어야 하므로 취득세232,960,000원,지방교육세23,296,000원,농어촌특별세11,648,000원 합계267,904,000원이 환급되어야 한다는 내용의 경정청구를 하였으나,피고는2023. 1. 26.원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
3)원고는 이 사건 처분에 불복하여2023. 3. 20.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2023. 8. 29.원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지3, 5내지46호증(각 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 이 사건 처분의 적법 여부

 
가. 원고의 주장

원고는○○○○○를 매수한 뒤에 철거 후 그 토지에 주상복합건물 신축사업을 할 목적이었으므로 이 사건 매매목적물뿐만 아니라 기타 구분소유건물까지 모두 매수하여야 했다.이에 원고는 이 사건 부동산매매계약 및 이 사건 부동산매매변경계약을 통하여○○○○○○과 사이에○○○○○의 총 매매대금을 이 사건 매매목적물의 매매대금으로88,500,000,000원,기타 구분소유건물의 매매대금 등으로27,000,000,000원 합계1,155,000,000,000원으로 정하되,이 사건 부동산매매계약 제2.5조에서 원고가 지급한 기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하는 경우 초과 부분을 이 사건 매매목적물의 매매대금에서 감액하고,기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원에 이르지 못하는 경우 미달하는 부분을 이 사건 매매목적물의 매매대금에 더하여 지급하기로 합의하였다.즉,이 사건 매매목적물의 매매대금은88,500,000,000원으로 확정된 것이 아니라 잠정적인 매매가격에 불과하고,기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하는지 아닌지에 따라 이 사건 매매목적물의 매매대금이 확정되는데,기타 구분소유건물의 매매대금이32,824,000,000원으로 이 사건 부동산매매계약 제2.5조의27,000,000,000원에서5,824,000,000원이 초과되었으므로,이 사건 매매목적물의 매매대금은 위와 같이 초과된 금액을 공제한 나머지82,676,000,000원(= 88,500,000,000원-5,824,000,000원)으로 확정되었다.
원고는 당초 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 감액되는 부분을 고려하지 않고 이 사건 매매목적물의 매매대금을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하였으나,앞서 본 바와 같이 이 사건 매매목적물의 취득세 등에 대한 과세표준은82,676,000,000원이므로,원고가 취득세 등으로 초과납부 한267,904,000원은 환급되어야 한다.그럼에도 불구하고 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
 
나. 관계 법령

별지‘관계 법령’기재와 같다.
 
다. 판단

앞서 든 증거,갑 제47, 48호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면,이 사건 매매목적물의 매매대금은 기타 구분소유건물의 매매대금 등에 따라 증감되는 것이 아니라 이 사건 부동산매매변경계약에 따른88,500,000,000원으로 확정되었다고 보는 것이 타당하므로 원고가 처음 신고·납부한 취득세 등이 과다 납부되었다고 보기 어렵다.따라서 이와 다른 전제의 원고의 주장은 이유 없다.
1)원고가 피고에게 신고·납부하거나 경정청구를 한 취득세 등에 대한 과세물건은 기타 구분소유물건에 관한 것이 아니라 이 사건 매매목적물이다.이 사건 부동산매매계약 및 이 사건 부동산매매변경계약에 의하면,이 사건 매매목적물의 매매대금은88,500,000,000원이므로,원고가 납부해야 할 취득세 등에 대한 과세표준 역시 위 매매대금88,500,000,000원이 되어야 한다.
2)원고가○○○○○○과 체결한 이 사건 부동산매매계약은 크게① ○○○○○○이 신탁계약을 통해 소유하고 있는 이 사건 매매목적물에 관한‘본건 매매 거래’에 관한 것과,② ○○○○○○이 이 사건 매매목적물을 제외한 기타 구분소유건물의 소유자들로부터 받은 매수인의 지위를 원고에게 이전하는 것을 목적으로 하는‘본건 매수인지위 이전 거래’에 관한 것으로 구별된다.그리고 기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하거나 미달하는지 여부에 따라 초과액은○○○○○○이,미달액은 원고가 각 부담하기로 한 이 사건 부동산매매계약 제2.5조는‘본건 매수인지위 이전 거래’에 관한 것을 규정하고 있는 제2조 이하에서 규정되어 있으므로,이는 이 사건 매매목적물의 매매대금 그 자체에는 영향을 미친다고 보기 어렵다.
3)이 사건 부동산매매계약 제2.5조에서는 기타 구분소유물건 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하는 경우 그 초과 부분을○○○○○○이 원고에게,미달하는 경우 그 미달부분은 원고가○○○○○○에게 각 지급한다고 규정하고 있을 뿐이고,이러한 초과 또는 미달금액만큼 이 사건 매매목적물의 매매대금에서 감액하거나 증액한다고는 규정하고 있지 않다.
4)이 사건 부동산매매계약은 제1조에서‘본건 매매 거래’에 관해 정하고 있는데,제1.2조에서 이 사건 매매목적물의 매매대금을 정하고,제1.5조에서 원고가○○○○○관리단에게 합의금을 지급하는 경우에는 원고가 지급한 합의금을 이 사건 매매목적물의 매매대금에서 감액할 수 있다고 정하고 있다.즉,이 사건 매매목적물의 매매대금은 원고가○○○○○관리단에게 합의금을 지급한 경우 그 합의금의 범위 내에서만 감액될 수 있는 경우를 예정하고 있을 뿐이고,다른 감액 예정 사유를 정하고 있지 않다.
5)이 사건 매매목적물 거래 종결 시 원고의 준비물에 관해 정하고 있는 이 사건 부동산매매계약 제7.3조는 원고가○○○○○○에게 제1조에 따른 이 사건 매매목적물 매매대금의 잔금과 부가가치세의 합계액에서 이 사건 매매목적물의 임대차계약의 임대보증금(○○○의 임대보증금8,000,000,000원)을 공제한 금액에 대해 제6조의 비례배분일까지 발생한 세금,관리비,임대료 등을 최종 정산한 금액을 지급한다고 규정하고 있을 뿐이고,제2.5조에 따른 금액이 원고가○○○○○○에 지급해야 할 이 사건 매매목적물 매매대금에서 증액 또는 감액된다거나,이 사건 매매목적물의 잔금 지급 시에 위 금액을 공제하거나 증액하여 지급한다고 정하고 있지도 않다.
6)위와 같은 이 사건 부동산매매계약의 내용 등을 종합적으로 고려하여 보면,원고가○○○○○○에게 이 사건 매매목적물 매매대금88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따른27,000,000,000원의 초과액5,824,000,000원을 공제한82,676,000,000원만을 지급하고 이 사건 매매목적물에 대한 소유권을 이전받은 것은,원고가 감액된 이 사건 매매목적물의 매매대금을 지급한 것이 아니라 거래의 편의를 위하여 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 의하여○○○○○○에게 가지는5,824,000,000원의 채권을 자동채권으로 하여○○○○○○의 원고에 대한 잔금 채권과 대등액에서 상계한 잔액을 지급한 것으로 보아야 한다.
7)법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로,법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다(대법원1993. 4. 27.선고92누15895판결).원고가 작성한 재무상태표 및 계정 조정조서에 이 사건 매매목적물 매매대금으로 원고가○○○○○○에82,676,000,000원을 지급하였다고 기재되어 있다고 하더라도,앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산매매계약 및 이 사건 부동산매매변경계약에 따라 실제로○○○○○○에게 지급한 이 사건 매매목적물의 매매대금은88,500,000,000원이므로,원고가 작성한 재무상태표 및 계정 조정조서에도 불구하고 이 사건 매매목적물에 대한 취득세 등의 과세표준 역시88,500,000,000원으로 보는 것이 합리적이다.
 
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■지방세기본법

제50조(경정 등의 청구)

①이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터90일 이내(법정신고기한이 지난 후5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
 
2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

■구 지방세법(2021. 12. 28.법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제10조(과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.다만,연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며,취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다.이하 이 절에서 같다)으로 한다.
②제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다.다만,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조제1항 또는「법인세법」제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
 
3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

■구 지방세법 시행령(2021. 12. 31.대통령령32293호로 개정되기 전의 것)

제18조(사실상취득가격의 범위 등)

③법 제10조 제5항 제3호에서“대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
 
2. 법인장부:금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서.다만,법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변,화재,교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다. 
끝. 

관련 법령

지방세기본법 제50조 구 지방세법 제10조 구 지방세법 시행령 제18조 상고심절차에 관한 특례법 제4조 상고심절차에 관한 특례법 제5조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 조세심판원 2023. 8. 29. 기각 결정 이 사건 부동산매매계약 이 사건 부동산매매변경계약

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