원고의 이 사건 양도는 수익을 목적으로 한 것으로서 사업활동(부동산매매업)으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 인정되므로, 그로 인한 원고의 소득은 소득세법상 사업소득에 해당한다고 봄이 타당하다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 202,914,970원(가산세 포함)의 부과 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 3. 27. ‘○○시 ○○구 ○○○로319번길 6(○○동)’을 사업장소재지로 하여 사업자등록(업태: 부동산, 종목: 임대)을 하였다. 이후 원고는 2003. 3. 31. ○○시 ○○구 ○○동 272-31) 대 604㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 토지 지상에 지상 8층, 지하 3층 규모의 철근콘크리트구조 제2종 근린생활시설 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 2004. 3. 10. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 마친 후 임대사업(이하 ‘이 사건 임대사업’이라 한다)을 영위하여 왔다.

나. 이후 원고는 2016. 10. 5. 이 사건 건물을 지하1층 1개호, 1층 4개호, 2층 2개호, 3층 내지 6층 각 18개호, 7층 13개호, 8층 11개호 합계 103개호로 구분하여 집합건축물에 관한 분할등기를 마쳤다2).

다. 원고는 2016년 10월경부터 같은 해 12월경까지 사이에 위와 같이 분할등기가 된 103개호 중 78개호를 호실별로 여러 매수인들에게 각 양도하였고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 이 사건 양도로 받은 매매대금 합계 10,435,250,000원과 관련하여 2016. 12. 30. 2016년 귀속 양도소득세 합계 1,296,883,590원을 신고·납부하였다.

라. 피고는 이 사건 건물 중 78개호실의 양도로 인한 소득(이하 ‘이 사건 소득’이라한다)을 부동산매매업에 의한 사업소득에 해당하는 것으로 보아 원고의 2016년 귀속 종합소득세 신고서상 수입금액인 678,199,547원에 이 사건 건물의 양도가액 합계 10,435,250,000원을 가산하여 추계소득금액 3,825,239,946원을 산정한 뒤 2022. 4. 20. 원고에게 아래 표의 기재와 같이 2016년 귀속 종합소득세 202,914,970원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2022. 9. 29. 조세심판원에 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2023. 6. 26. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 제9, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 이 사건 토지와 건물을 취득한 후 13년 동안 소유하면서 다른 부동산을취득하는 등 달리 부동산 거래행위를 하지 않은 점, 이 사건 토지와 건물에서 영위하던 이 사건 임대사업에 따른 임대수익이 크게 감소함에 따라 대출금 채무 및 이자를 변제하기 어려워지자 자금압박에서 벗어나기 위한 목적으로 이 사건 건물을 리모델링하여 처분한 것에 불과한 점, 원고가 고액을 들여 리모델링 공사를 한 것은 이 사건 건물의 규모가 상당히 커서 매수자를 찾을 수 없었기 때문이었던 점, 원고는 부동산매매업에 관한 사업자등록을 하지도 않았던 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 양도로 얻은 소득은 종합소득에서 제외되는 양도소득에 해당할 뿐 이를 부동산매매업에 따른 사업소득으로 볼 수 없다. 그럼에도 피고가 이를 사업소득으로 보아 원고에게 종합소득세를 부과한 것은 위법하다.

2) 국세청의 질의회신이나 조세심판원의 결정, 관련 판결 등 선례를 고려하면, 이사건 토지와 건물을 취득한 이후 13년 동안 임대업을 영위하다가 경제적 압박으로 비로소 이를 처분한 것에 불과한 원고가 이 사건 소득을 사업소득으로 판단하지 못했다고 하더라도, 이는 단순한 법률의 부지나 오해를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라 할 것이므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분도 위법하다.

3) 설령 이 사건 양도로 인한 소득을 사업소득으로 보아 종합소득세를 부과하더라도, 원고가 이 사건 토지와 건물을 취득하고 이 사건 건물을 리모델링하는 과정에서 부담하게 된 대출금 채무와 관련하여 지출한 이자 합계 4,745,683,246원 중 원고가 2004년도부터 2016년도까지 이 사건 토지 및 건물의 임대소득과 관련하여 종합소득세를 신고함에 있어서 필요경비로 산입한 2,537,290,621원을 제외한 나머지 2,208,392,625원(= 4,745,683,246원 –2,537,290,621원)은 필요경비로서 추가 공제되어야 한다.

4) 또한 이 사건 소득을 사업소득으로 보아 종합소득세를 부과하여야 한다면, 원고는 부동산매매업자에 해당한다고 할 것인바, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1항, 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제2항 제3호에 따라 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’의 기재와 같다.

다. 이 사건 소득의 성격에 관한 판단

1) 관련 법리

부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다(대법원 2010. 7. 22. 선고 2008두21768 판결 등 참조).

2) 인정사실

앞서 든 증거에 갑 제14, 18, 19, 27호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

가) 원고가 이 사건 양도와 관련하여 신고한 양도소득세의 내역은 아래 표의 기재와 같다.

나) 원고는 2011. 11. 17. 이 사건 건물 중 지상 4층 453.16㎡, 지상 5층 453.16㎡를 고시원으로 용도변경하였고, 사업자등록증상 부업종(업태: 서비스, 종목: 고시텔)을 추가하였다. 한편 원고의 이 사건 건물에 관한 2010년부터 2015년까지 임대료 신고 내역은 아래 표의 기재와 같다.

다) 원고의 이 사건 임대사업에 관한 표준재무제표상 각 과세연도별 당기순이익 발생 내역(갑 제18호증 참조)은 아래 표의 기재와 같다.

라) 원고는 이 사건 양도 당시 부동산임대업 외에 ‘하*’이라는 상호로 음심점업/

제과점 사업을 영위하고 있었고, 한편 이 사건 양도 이후인 2021. 11. 5. ‘정*기업’이라는 상호로 부동산업/비거주용 건물 개발 및 공급업을 개업하였다.

마) 원고는 2016년 4월경부터 같은 해 11월경까지 2,362,342,063원(= 보수공사 선급금 327,272,727원 + 2016년 매입처별세금계산서합계표상 리모델링 공사비 합계 2,035,069,336원)을 들여 이 사건 건물에 관하여 리모델링 공사를 하였고, 2016. 9. 21. 이 사건 건물 중 일부 지상3층 제2종근린생활시설(사무소) 453.16㎡, 지상4층 및 지상5층 제2종근린생활시설(고시원) 각 453.16㎡, 지상7층 제2종근린생활시설(기원) 297.14㎡, 지상8층 제2종근린생활시설(골프연습장) 245.20㎡ 를 업무시설(사무소)로 용도변경을 하였는데, 리모델링 공사의 세부내역은 아래 표의 기재와 같다.

바) 원고는 이 사건 건물에 관하여 2016. 3. 28., 2016. 7. 7., 2016. 9. 29. ○○D&C 외 2개 업체와 각 부동산(컨설팅) 및 매매(분양)·임대대행 계약을 체결하였고, 이와 관련하여 인터넷 블로그 등에 홍보문이 게시되기도 하였다. 위 각 부동산(컨설팅) 및 매매(분양), 임대대행 계약 내역 및 계약서의 주요 내용은 아래 표의 기재와 같다.

사) 원고는 이 사건 건물을 103개호로 분할등기하여 그 중 2016년 78개호를 양도한 이후에도 2017년에는 18개호(매매대금 합계 45억 900만 원), 2018년 6개호(매매대금 합계 15억 3,400만 원), 2021년 9개호(매매대금 합계 12억 4,500만 원)를 각 양도하였다.

3) 구체적 판단

앞서 본 법리를 토대로, 앞서 본 사실 및 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면, 원고의 이 사건 양도는 수익을 목적으로 한

것으로서 사업활동(부동산매매업)으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 인정되므로, 그로 인한 원고의 소득은 소득세법상 사업소득에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 원고는 1동의 건물이었던 이 사건 건물과 그 부지인 이 사건 토지의 처분을 용이하게 하기 위하여 이 사건 양도에 앞서 이 사건 건물을 103개의 호실로 구분하여

집합건물로 구분등기를 마쳤다. 이를 위하여 원고가 투입한 이 사건 건물의 리모델링 공사비용도 약 20억 원에 이른다. 이와 같이 건물의 구분행위를 통한 당해 건물에 대한 구분등기와 건물부지인 토지에 대한 대지권등기는 실질적으로 토지의 분할 등과 같은 개발행위와 유사하다.

나) 원고는 위와 같이 구분된 이 사건 건물의 개별 호실의 매매(분양)를 위하여 3개의 부동산 컨설팅 업체와 사이에 부동산 컨설팅 및 매매·임대대행 계약을 체결하면서 그 매매 또는 임대차 금액의 8%를 수수료로 지급하기로 약정하였다. 이와 같은 비교적 고율의 수수료가 설정된 것은 그 수수료가 부동산 컨설팅 업체로 하여금 이 사건 건물의 개별 호실의 처분에 있어 보다 높은 금액에 이를 처분하도록 하는 유인이 되어 원고로서는 보다 많은 수익을 기대할 수 있다는 데에 그 주된 동기가 있다고 보인다. 나아가 위 컨설팅 계약에는 이 사건 건물 각 호실의 매매(분양)를 위하여 부동산 컨설팅 업체가 원하는 효과적인 광고행위를 원고가 지원하여주기로 하는 조항이 포함되어 있는데, 이에 따라 실제 인터넷을 통한 홍보문 게재 등 광고까지 이루어진 것으로 보인다.

다) 이에 따라 원고는 2016. 10.경부터 같은 해 12.경까지 위와 같이 구분된 이 사건 건물의 103개 호실 중 일부인 78개 호실을 수인에게 순차로 매도하였고, 그 매도가액의 합계액은 10,435,250,000원에 이른다. 원고는 그 이후에도 2017년 18개 호실, 2018년 6개 호실, 2021년 9개 호실을 추가로 양도하였다.

라) 이와 같은 이 사건 건물에 관한 구분행위 및 분할의 성격과 경과, 양도의 태양과 수단, 규모 및 경위 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 건물의 구분행위를 통하여 이 사건 토지와 건물의 통상적인 가치나 효용을 증대시키고, 부동산 컨설팅 업체를 통하여 이 사건 건물의 개별 호실을 높은 가격에 매도함으로써 많은 수익을 얻고자 하였던 것으로 봄이 옳고, 결국 이 사건 양도는 수익을 목적으로 한 것으로서 사업활동(부동산매매업)으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는 행위에 해당한다고 할 것이다.

마) 원고는 이 사건 임대사업 등의 경영 악화, 조세채무 등의 지체에 따른 압류 조치 등 경제적 어려움으로 상당한 규모와 가액의 이 사건 토지와 건물을 매도하는 과정에서 매수자를 찾을 수 없어 부득이하게 이 사건 건물을 분할하여 매각하였던 것이라는 취지로 주장하나, 앞서 본 이 사건 건물의 리모델링의 규모와 비용, 매도(양도)에 관한 컨설팅 계약의 내용과 체결경위, 양도의 태양 등 이 사건 양도에 이르는 일련의 경과를 참작하면, 원고에게 이 사건 토지와 건물을 매각할 필요성이 있었다는 점은 별론으로 하더라도 이 사건 토지와 건물의 매각을 특별히 빠른 시일 내에 처리해야할 만큼 급박한 사정이 있었다고 볼 만한 뚜렷한 정황이 확인되지 않고, 오히려 위와 같은 매매의 경과는 부동산매매를 통해 고도의 수익을 추구하는 수단에 보다 가깝다고 보일뿐인 점에 더하여 이 사건 임대사업에 따른 임대수입금액 및 당기순이익의 수액, 원고의 사업이력과 자산규모 등에 비추어 보면, 원고가 내세우는 사정이나 제출된 증거들만으로는 원고가 경제적 어려움으로 이 사건 토지와 건물을 긴급하고 불가피하게 매각할 수밖에 없었다고 단정하기 어렵다.

바) 원고는, 소득세법 2015년 기본통칙 64-122…1(이하 ‘기본통칙 규정’이라 한다) 제1항 제1호에 따르면 부동산매매업자에 해당하기 위해서는 부동산매매업으로 사업자등록을 하였어야 하고, 과세기간인 2016년도에 1회 이상 부동산을 취득하였어야하나, 원고는 이에 해당하는 사실이 없으므로 원고를 부동산매매업자로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 양도에 따른 소득을 사업소득으로 보는 것은 부당하다는 취지로도 주장하나, 기본통칙 규정 제1항 제1호는 ‘부동산의 매매(건물을 신축하여 판매하는 경우를 포함한다)를 사업목적으로 나타내어 부동산을 매매하는 경우’를 부동산매매업의 범위로 규정하고 있을 뿐, 부동산매매업으로 사업자등록을 해야 한다고 규정하고 있지 아니하고, 달리 위 규정 중 ‘사업목적으로 나타내어’의 문언을 원고의 주장과 같이 사업자등록을 요구한다는 취지로 해석할 근거를 찾아볼 수 없는바, 기본통칙 규정에 의하더라도 이 사건 양도를 부동산매매업에 의한 소득에 해당한다고 볼 수 있다. 나아가 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로(대법원 2007. 2. 8. 선고 2005두5611 판결 등 참조), 부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 기본통칙 규정에 따른 부동산매매업에 해당하는지 여부에 따라 결정되는 것이 아니라, 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하는 것인데, 이 사건 양도가 사업활동(부동산매매업)으로 볼 수 있을 정도로 계속적이고 반복적으로 이루어졌다는 점은 앞서 본 바와 같다. 따라서 기본통칙 규정에 근거한 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이기 어렵다(원고는 토지의 개발이 아닌 건물의 리모델링 만이 이루어진 이 사건에서 위 기본통칙 규정이 적용될 수 없음에도 피고가 새로운 해석에 기초하여 이 사건 처분에 나아갔음을 전제로 이 사건 처분이 세법 해석의 기준 및 소급과세 금지에 관한 국세기본법 제18조 제3항에 반한다는 취지로 주장하기도 하나, 위에서 본 바와 같은 이유로 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이지 아니한다).

라. 가산세 감면사유 존재 주장에 관한 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결, 대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조).

2) 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 양도로 얻은 소득을 사업소득이 아닌 양도소득으로 잘못 보아 그에 따른 양도소득세를 신고·납부한 것은 단순한 법률의부지 또는 착오에 불과하고, 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

가) 원고가 가산세를 부과 받은 근본적인 원인은, 원고가 이 사건 양도로 얻은 소득을 사업소득이 아닌 양도소득으로 보아, 그에 따른 종합소득세를 신고·납부한데 있다.

나) 가산세가 면제되기 위해서는 납세자에게 단순한 법률의 부지나 오해를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어야 하는데, 구 소득세법 제19조는 사업소득에 관하여 ‘부동산업 및 임대업에서 발생하는 소득’(제12호), ‘제1호부터 제19호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득’(제20호)이라고 규정하고 있는바, 구체적 사안에 있어서 포섭판단의 문제를 넘어 위와 같은 구 소득세법상 사업소득의 정의에 대하여 세법해석상 견해의 대립이 있었다고 보기 어렵다.

다) 원고는 이 사건 사업으로 인한 소득을 양도소득으로 본 근거에 관하여 국세청의 질의회신, 조세심판원의 결정이나 판결례들을 들고 있으나, 이는 그 구체적 사실관계나 법적쟁점이 이 사건과 달라 원용하기에 적절하지 않다.

라) 원고는 부동산매매업으로 사업자등록을 신청한 사실이 없었으므로 이 사건 양도에 따른 소득을 사업소득으로 볼 수 없었다고도 주장하나, 구 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지의 여부를 판단함에 있어 사업자등록 여부만으로 이를 준별 할 것이 아니므로, 위와 같은 사정 역시 종합소득세 신고납부 의무 위반을 정당화하는사유가 될 수 없다.

마. 필요경비 산입 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 구 소득세법 제80조 제3항에 의하면, 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하며, 다만 대통령령이 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 구 소득세법 시행령 제143조 제1항은 추계조사결정을 할 수 있는 사유로 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우를 규정하고, 같은 조 제3항 제1호는 추계결정을 하는 방법으로 수입금액에서 ‘매입비용과 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액’(가목), 종업원의 급여 등으로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액’(나목)과 ‘수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액’(다목)을 공제하여 기준소득금액을 산정한다고 정하고 있다.

나) 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담한다. 그러나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조).

2) 인정사실

앞서 든 증거에 갑 제10, 21, 22호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

가) 원고가 2003년도부터 2017년도까지 각 금융기관으로부터 대출받은 내역(이하 아래 표 기재 각 대출금을 통틀어 ‘이 사건 각 대출금’이라 한다) 및 이 사건 각 대출금별 원고가 2003. 3. 31.부터 2016. 10. 5.까지 지급한 이자 내역을 정리하면 아래표의 기재와 같다.

나) 원고가 이 사건 임대사업과 관련하여 2004년부터 2016년까지 각 과세연도 별로 신고한 이자비용은 합계 2,537,290,621원이다.

다) 이 사건 토지 매매계약서(갑 제10호증의 1 참조)상 매매대금 총액은 3,235,000,000원이고, 이 중 잔금 1,905,000,000원의 지급일은 2002. 4. 15.로 약정되었으며, 이 사건 토지 매도인이 원고에게 작성하여 준 매매대금 영수증(갑 제10호증의 2참조)에는 매도인이 원고로부터 2003. 3. 31. 매매잔금으로 (미지급한 중도금 1억 원을포함한) 2,005,000,000원을 지급받은 것으로 기재되어 있다.

3) 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 사실 및 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 대출금과 관련하여 원고가 지출한 이자 합계 4,745,683,246원 중 원고가 2004년도부터 2016년도까지 이 사건 토지 및 건물의 임대소득과 관련하여 종합소득세를 신고함에 있어서 필요경비로 산입한 2,537,290,621원을 제외한 나머지 2,208,392,625원(= 4,745,683,246원 – 2,537,290,621원)이 공제되어야 할 필요경비임이 증명되었다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

가) 피고가 이 사건 양도에 따른 원고의 2016년 소득금액 계산에 있어 구 소득세법 제80조 제1항, 제3항, 같은 법 시행령 제143조 제1항 제1호, 제3항에 따라 추계결정을 하였고, 당시 원고가 당초 양도소득세로 신고한 취득가액 및 필요경비를 전액

주요경비로 산입하여 소득금액을 계산하였다.

나) 구 소득세법 시행령은 장부가 없는 사업소득자의 소득금액을 추계함에 있어서, 총수입금액에 표준소득률을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 하던 종전 표준소득률 방식을 폐지하고, 매입비용 등은 지출증빙이 있는 경우에만 비용으로 인정하여 소득금액을 계산하도록 하는 기준경비율 제도를 도입하였는데, 이는 사업자의 장부 기장을 저해하고 고소득 자영업자의 절세수단으로 이용되고 있던 표준소득률 제도를 폐지함으로써 기장문화 및 증빙에 의한 근거과세가 이루어질 수 있도록 한 것이므로 (2000. 12. 29. 개정된 구 소득세법 시행령 개정이유 참조), 기준경비율 제도 하에서는주요경비의 존재를 객관적인 증빙에 의하여 증명해야 함이 원칙이다.

다) 원고가 제출한 이자산정내역, 대출금거래내역 등 자료만으로 이 사건 각 대출금별 대출목적, 구체적인 사용처와 개별 사용처별 사용금액 및 사용일자 등을 뚜렷하게 확인하기 어렵다. 원고가 이 사건 임대사업 외에도 자금이 소요되는 다른 사업들을 영위하고 있었다는 점에서 이 사건 각 대출금이 이 사건 토지 및 건물에 관한 임대사업이 아닌 다른 사업과 관련된 용도로 사용되었을 가능성을 배제할 수 없다. 여기에 원고 스스로도 2004년부터 2016년까지 이 사건 임대사업에 관한 종합소득세를 신고함에 있어서 제무제표상 이 사건 각 대출금 전부가 아니라 이 사건 토지 및 건물에서 영위한 임대사업과 밀접한 대출금만을 장기차입금으로 공시하여 그에 상응하는 일부의 이자비용만을 필요경비로 산입하였다는 점을 고려할 때, 이와 달리 이 사건 토지와 건물을 담보로 한 이 사건 각 대출금 전부에 대한 이자가 이 사건 토지와 건물에 직접 투입된 필요비용에 해당한다고 보기 어렵다.

바. 장기보유특별공제 주장에 관한 판단

구 소득세법 시행령 제122조 제2항 제3호는 ‘구 소득세법 제64조 제1항에 따른’주택등매매차익은 해당 주택의 매매가액에서 구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 차감한 것으로 하도록 규정하고 있으므로, 위 규정에 따른 장기보유 특별공제의 적용대상이 되기 위해서는 구 소득세법 제64조 제1항의 적용대상이어야 한다고 할 것인바, 구 소득세법 제64조 제1항은 ‘같은 법 제104조 제1항 제8호 및 제10호의 어느 하나에 해당하는 주택의 매매차익’에 관하여 규정하고 있고, 구 소득세법 제104조 제1항 제8호는 ‘같은 법 제104조의3에 따른 비사업용토지’를, 같은 항 제10호는‘미등기양도자산’을 각 규정하고 있다. 그런데 이 사건 건물이 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 및 제10호에서 규정한 부동산에 해당하지 않음은 분명하므로, 이 사건 양도에 따른 매매차익에는 구 소득세법 시행령 제122조 제2항 제3호에 따른 장기보유 특별공제가 적용될 수 없다. 따라서이 부분 원고의 주장 역시 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

사. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.