쟁점금액을 손금에 산입하여야 하는지 여부 등

상세내용

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 12. 22. 원고에게 한 2021 사업연도 법인세 176,723,900원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1.처분의경위

가. AAAAAAAA조합(조합원 **명)은 BB CC구 DD동 ***-* 잡종지 ****.*㎡(이하 이 사건 토지’) 지상 기존 건축물을 철거하고 건축물을 신축하는 내용의 사업을진행한 결과, 2020. 5.경 EEE 주상복합 건축물 총연면적 *,***.***㎡, 도시형생활주택 ***대, 근린생활시설 **호, 오피스텔 **호(이하 ‘이 사건 건축물’)가 신축되었다.

나. 원고와 주식회사 FFFFFF(이하 ‘FFFFFF’)은 주식회사 GGGGGG(이하 ‘GGGGGG’, 2014. 2.경 공사 포기), 주식회사 HHHHHH(이하 ‘HHHHHH’)이 순차 진행했던 이 사건 건축물 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’)를 이어받기로 하고, 2018. 11.경 AAAAAAAA건축조합과 사이에 이 사건 공사 도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’)을 체결하였다. 이 사건 도급계약 중 이 사건과 관련된 내용은 아래와 같다(시행사는 원고를, 시공사는 FFFFFFF을 각각 지칭함).

다. 원고는 2019. 5. 21.경 FFFFFFF과 사이에 아래와 같은 내용의 동업계약을체결하였다(‘갑’은 FFFFFFF을, ‘을’은 원고를 각각 지칭함, 이하 ‘이 사건 동업계약’).

라. 원고는 AAAAAAAA건축조합의 재건축사업과 관련하여 별지1 ‘(주)IIIIII경정청구 이유’ 기재와 같이(이하 AAAAAAAA건축조합은 ‘조합’, FFFFFFF은 ‘시공사’라고만함) 2021 사업연도 법인세 176,723,900원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2022. 12. 22. 청구이유와 사실관계가 상이하다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ’이 사건 처분‘).

바. 한편, 이 사건 도급계약과 관련한 (세금)계산서 발급‧수취 내역은 아래와 같다.

1) 조합 발급

2) 시공사 발급

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 4 내지 8, 11, 12, 19, 20호증, 을 2, 3, 9, 11 내지 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 도급계약서에 확정지분제 방식을 취하는 것으로 기재하였기 때문에 원고와 시공사가 토지 지분 계산서 기재 매매대금을 부담하지 않고, 원고와 시공사가 공사대금 계산서 기재 공사대금을 모두 부담한 것으로 보아야 하며, 원고와 시공사는 GGGGGG 및 HHHHHH에 대한 기성 공사대금 *,***,***,***원을 모두 지급하였다. 그런데 세무대리인의 착오로 ① 토지 지분 계산서 중 공급가액 *,***,***, *00원 계산서의 발급‧수취가 있었고, ② 공사대금 계산서 중 공급가액 *,***,***,000원 계산서의 발급‧수취가 있었고, ③ 공급가액 ***,***,***원의 기성공사 지분 계산서 발급‧수취가 누락되었다. 따라서 위 토지 지분 계산서 중 공급가액 *,***,***,***원이 아니라, 위 공사대금 계산서 중 공급가액 *,***,***,***원과 위 기성공사 지분 누락액 ***,***,***원 및 이에 대한 부가가치세 **,***,***원 합계액의 2/3(이 사건 동업계약에서 원고와 시공사 사이에 정한 원고 지분)에 해당하는 *,***,***,***원을 법인세법 제19조의 손비로 보아야 하고, 결국 피고는 2021 사업연도 법인세액 중 ***,***,***원을 감액하는 내용의 경정을 하여야 한다.

나. 관련 규정

법인세법 제19조 제1항은 원칙적으로 ‘손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다’라고, 제2항은 원칙적으로 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로한다’라고 각 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제32조 제1항은 ‘사업자가 재화 또는용역을 공급하는 경우에는 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다’라고,제7항은 ‘세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적으면 수정세금계산서를 발급할 수있다’라고 각 규정하고 있다.

다. 판단

처분의 경위 등, 위 증거들 및 을 1, 4 내지 8, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 이 사건 도급계약서 등 원고가 제출한 증거만으로는 세무대리인의 착오로 ① 토지 지분 계산서 중 공급가액 ***,***,***원 계산서의 발급‧수취가 있었고, ② 공사대금 계산서 중 공급가액 *,***,***,***원 계산서의 발급‧수취가 있었고, ③ 공급가액 ***,***,***원의 기성공사 지분 계산서 발급‧수취가 누락되었음을 확인할 수 없고, 그 밖에 이 사건 처분에 어떤 위법이 있다고 보기 어렵다. 이와 다른 취지에서 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 통상의 확정지분제 방식 공사 도급과 달리, 원고는 시행사로서 시공사와 함께 기성 공사를 이어받았고, 원고와 시공사가 조합과 사이에 이 사건 도급계약을 체결할당시 GGGGGG 등 이전 시공사들과 사이에 조합원들이 우선 배정받을 도시형생활주택, 근린생활시설, 오피스텔의 종류 및 전용면적, 계약면적의 비율 등은 이미 정해진상태였으며, 원고와 시공사는 일반분양 예정분을 확정적으로 취득하기로 하였다. 이에 따라 원고와 시공사는 일반분양 예정분의 대지 지분과 기성공사지분을 인수할 필요가 있었던 것으로 보인다. 실제로 원고와 시공사는 2019. 3.경 조합으로부터 이 사건토지 *,***㎡ 중 45.7% 지분(원고 일반분양분 대지권 비율), 22.9% 지분(시공사 일반분양분 대지권 비율)을 매매대금

*,***,***,***원에 매수한다는 내용의 부동산매매계약을체결하였고, 이 사건 동업계약서에도 조̇합̇지̇분̇을̇ 제̇외̇한̇ 나̇머̇지̇ 공̇동̇사̇업̇지̇분̇의 ̇1/3과2/3가 원고와 시공사의 지분임을 명시하였으며, 토지 지분 계산서 및 기성공사 지분계산서가 각각 발급‧수취되었고, 원고는 오른쪽 기재와 같이 회계처리를 하였다. 따라서 원고가 제출하는 사유와 증거만으로는① 공급가액 *,***,***,***원 토지 지분 계산서의 착오 발급‧수취, ③ 공급가액 ***,***,***원의 기성공사 지분계산서 발급‧수취 누락이 있었다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

2) 원고는, 원고와 시공사가 공사대금 계산서 기재 공사대금을 모두 부담한 것으로보아야 한다고 주장하지만, 원고가 조세심판과정에서 제출한 별지2 ‘FFFFFFF 건축비 지급내역’을 보더라도, 조합이 부담하는 공사대금을 별도로 산정하고 있다. 또한“정산사항이고 세금계산서 사항이 아니다” 등의 원고 대표이사와 세무사의 통화 녹취내용(갑 22, 23호증)만으로 세무대리인의 착오로 공사대금 계산서가 발급‧수취되었다는원고의 주장사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 ② 공급가액 *,***,***,***원 공사대금 계산서의 착오 발급‧수취가 있었다는 원고의 주장도받아들일 수 없다.

3) 원고의 주장은 아래에서 보는 바와 같이 그 내용 자체가 납득하기 어려운 데다가 모순적이기까지 한데, 이는 원고가 시공사 등과 다른 분쟁(예컨대, 수익 정산 등)을염두에 두고 있기 때문으로 짐작될 뿐, 기록을 살펴보아도 달리 감액 경정 사유 해당 근거를 찾을 수 없다.

- 원고 주장의 핵심은 원고와 시공사가 GGGGGG 및 HHHHHH에 대한기성 공사대금 *.***,***,***원을 모두 지급한 것에 나아가 원고와 시공사가 공사대금계산서 기재 공사대금에 시공사 부담분 *.***,***,***원을 더한 *.***,***,***원 상당의공사를 하였다는 것이지만, 이를 뒷받침할만한 객관적 근거가 없다.

- 원고는 시공사와 함께 *.***,***,***원 상당의 공사를 하였다고 주장하면서 아래와 같은 내용의 민간건설공사 표준도급계약서(갑 7호증)를 제출하였을 뿐이고, 위 공사예정비 *.***,***,***원이 기업회계기준을 적용하여 합리적으로 추정한 공사원가라는 증명이 없으며, 조달자금 계좌에서 확인되는 별지2 ‘FFFFFFF 건축비 지급내역’ 합계액*.***,***,***원도 위 *.***,***,***원에 훨씬 못 미친다

- 이 사건 도급계약에서 예정한 건설사업비는 대출금(토지담보대출, 사업비대출) **억 원, 원고와 시공사의 고유자금 *억 원, 합계 **억 원에 불과하고, 그마저도 담보대출금 30억 원이 실행되면 그 중 상당 부분은 GGGGGG과 HHHH에 대한 기성공사대금을 변제한다는 것이며, 사업자금 대부분을 대출받아 조달함에 따라 상당한 ‘이자비용’을 지출할 것이므로, 원고와 시공사가 다른 방법으로 나머지 자금을 조달하지 않고서는 기성 공사대금을 지급하는 것에 나아가 *.***,***,***원 상당의 공사를 할 수 없을 것으로 보인다. 그런데 원고와 시공사가 다른 방법으로 나머지 자금을조달하였다고 볼 아무런 자료가 없다.

- 또한 원고가 시공사와 함께 GGGGGG 및 HHHHHH에 대한 기성 공사대금 *.***,***,***을 모두 지급하였다는 주장사실은 GGGGGG과 HHHHHH이 조합에 발급한 아래 세금계산서 내역과도 불일치한다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.