부동산매매업자에 대한 장기보유특별공제 적용 여부

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 10. 8. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 83,565,381원(가산세

포함)의 부과 처분 중 35,824,342원2)을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산업(공장용지매매업)을 영위하는 자로 2023. 10. 20. 화성시 서신면 ㅁㅁ리 2503-3 외 6필지 합계 73,790㎡를 BBB 외 15명과 공동으로 취득하였고, 이후 위 토지를 분할하여 원고는 별지 1 목록 기재와 같은 각 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 소유하게 되었다.

나. 원고는 2017. 4. 3., 2017. 6. 13., 2017. 12. 28. 이 사건 토지를 3차례에 걸쳐 양도하면서 다음과 같이 토지 등 매매차익예정신고를 하였다.

다. 원고는 2018. 5. 29. 이 사건 토지의 양도에 따른 소득금액을 계산하면서 이 사건 토지 매매가액에 단순경비율을 적용하여 2017년 귀속 종합소득세 136,996,005원을 신고, 납부하였다.

라. 피고는 2019. 6. 20.부터 2019. 7. 9.까지 원고에 대한 종합소득세 조사를 실시하였다. 조사 결과 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 단순경비율에 의한 소득금액을 부인하였고, 이 사건 토지의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 이 사건 토지의 취득가액을 개별공시지가로 평가한 13,329,998원으로 판단하여 2019. 10. 8. 원고에게 2017년 귀속 종합소득세 259,207,710원을 증액 경정, 고지하였다.

마. 원고가 위 처분에 불복하여 2019. 10. 10. 이의신청을 제기하였는바, 피고는 2019. 12. 6.경 이 사건 토지의 취득가액을 실지거래가액으로 하는 한편, 일부 필요경비를 인정하여 2017년 귀속 종합소득세 중 48,918,500원을 감액 경정, 고지하였고, 2019. 12. 20. 원고의 나머지 이의사유에 관하여는 기각결정을 하였다.

바. 원고는 ‘피고가 2019. 10. 8. 원고에게 한 2017년 귀속 종합소득세 210,289,210원(= 259,207,710원 – 48,918,500원)의 부과처분’에 불복하여 2020. 3. 19. 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2021. 6. 22. ‘피고는 원고의 자본적 지출액 및 취득세 등의 필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 결정을 하였다.

사. 피고는 2021. 8. 13. 필요경비 96,596,597원을 추가로 공제하여 2017년 귀속 종합소득세 중 126,723,829원을 다시 감액 경정[피고가 2019. 10. 8. 원고에게 한 2017년 귀속 종합소득세 부과처분 중 최종 경정된 금액 83,565,381원(= 259,207,710원 – 48,918,500원 – 126,723,829원, 가산세 15,890,144원 포함)에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다], 고지하였다.

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 8. 28. 조세심판을 청구하였으나, 2021. 12. 2.경 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

주위적으로, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액 산정시 장기보유특별공제가 적용되어야 한다. 이 경우 구 소득세법 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액은 139,406,255원이고, 동조 제1항 제2호의 비교산출세액은 172,820,347원이므로 다액인 172,820,347원이 원고의 종합소득 산출세액이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 원고가 최초 신고, 납부한 136,996,005원을 제외한 35,824,342원(= 172,820,347원 – 136,996,005원)을 초과하는 부분은 위법하다.

예비적으로, 이 사건 처분은 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제143조 제3항 제1호 또는 제1의2호에 의한 방법을 따르지 않고 원고의 종합소득과 과세표준을 임의로 계산하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 주위적 청구에 대한 판단

다음과 같은 이유에 의하면, 구 소득세법 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액 산정시 장기보유특별공제를 적용하지 않음이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

1) 구 소득세법 제64조 제1항 제1호는 ‘종합소득 산출세액’이라고 규정되어 있을 뿐 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 명시적인 규정이 존재하지 않고, 부동산매매업자의 사업소득에 관한 종합소득 과세표준의 계산방법은 소득세법 제19조 제2항이 적용된다.

2) 소득세법 시행령 제122조 제2항 문언상 ‘법 64조 제1항에 따른 주택등매매차익’이라고 규정하고 있다는 이유만으로 구 소득세법 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액에도 위 시행령 규정에 의하여 당연히 장기보유특별공제가 적용되는 것이라고단정할 수 없다.

3) 부동산매매업자의 대하여 장기보유특별공제를 필요경비로 규정하고 있는 법령이 없고, 장기보유특별공제는 소득세법상 필요경비항목에도 포함되지 않는다.

4) 양도소득과 종합소득은 별개의 소득으로 그 입법취지에 따라 공제항목은 얼마든지 다르게 설정될 수 있는 것이고, 이로 인하여 동일한 주체에 대한 양도소득과 종합소득의 과세표준이 달라지는 것도 당연한 결과이다.

5) 구 소득세법 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액 산정시 장기보유특별공제를 적용하지 않음으로 인해서 동조 제1호의 세액이 동조 제2호의 세액보다 다액이 된다는 이유만으로 이 것이 부동산매매업자에 대한 차별 취급이라고 볼 수 없다.

6) 원고는 갑 제1호증의 3에 의하면 피고가 2021. 8. 13. 원고의 2017년 귀속 종합소득세 중 126,723,829원을 다시 감액 경정하였을 때 구 소득세법 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액 산정시 소득세법 시행령 제122조 제2항 제2호의 양도소득기본공제액을 차감했으므로 동조 제2항 제3호의 장기보유특별공제도 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 이는 종합소득산출세액계산서상 1. 종합소득산출세액 비교 중 ‘(라)소

득공제(양도소득기본공제)’라는 항목의 표제에서 구 소득세법 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액과 동조 제1항 제2호의 비교산출세액을 표로 한 번에 표시하기 위하여 기재된 것으로 보일 뿐, 피고가 종합소득 산출세액에서 양도소득기본공제액을 차감한 것으로 보이지 않는다[비교산출세액시 공제된 양도소득기본공제액(2,500,000원)과 종합소득 산출세액시 공제된 공제액(4,585,009원)의 액수도 다르다].

나. 예비적 청구에 대한 판단

앞서 본 바와 같이, 조세심판원은 2021. 6. 22. ‘피고는 원고의 자본적 지출액 및 취득세 등의 필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 원고가 불복과정에서 제출한 증명서류 등을 바탕으로 실지조사에 따라 이 사건 토지의 실제 매입비용 및 자본적 지출액 등 확인되는 실제 경비액 96,596,597원을 추가로 공제하여 2021. 8. 13. 2017년 귀속 종합소득세 중 126,723,829원을 다시 감액 경정한 것으로 보인다. 따라서 이 사건 처분은 ‘구 소득세법 시행령 제143조 제3항의 소득금액을 추계경정하는 경우’에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이지 아니한다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.