이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원,2017 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원의 각 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 0000년부터 원고의 유가증권 등의 매매, 중개, 인수 등의 처리업무 효율성 제고, 주문속도 개선, 복잡한 업무처리 간소화, 고객정보분석 및 영업활동 지원 강화, 사용자 편의성 강화, 365일 24시간 이체․출금․체크카드 서비스 지원 등 투자 관련 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템 (이하 ‘이 사건 전산시스템’이라 한다)의 개발을 BBBBBBB 주식회사 등 12개 업체(이하 ‘이 사건 수탁업체들’이라 한다)에 위탁하고 개발비용을 지급하였다.

나. 원고는 0000. 0. 00. 피고에게 이 사건 전산시스템 개발 과정에서 이 사건 수탁업체들에 지출한 위탁 개발비용 중 연구개발비 명목 금원(이하 ‘쟁점 연구개발비용’이라 한다)1)과 2011 내지 2014 사업연도에 지출한 인력개발비 명목 금원2)(이하 ‘쟁점 인력개발비용’이라 하고, 쟁점 연구개발비용과 통칭하여 ‘쟁점 비용’이라 한다)이 연구․ 인력개발비 세액공제(이하 연구개발비에 대한 세액공제를 ‘쟁점 세액공제’라 한다)의 적용대상[구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호]에 해당한다고 주장하면서, 별지1 표 ‘경정청구액(당기사용액)’란 기재 각 금액 상당의 2016 및 2017 사업연도3) 각 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 피고는 0000. 00. 00. 쟁점 비용이 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당[구 조특법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제8조 제1항 [별표 6](이하 ‘이 사건 별표’라 한다) 제1호 (나)목 1)의 괄호규정]하여 쟁점 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 쟁점 연구개발비용에 대한 세액공제 관련

1) 구 조특법 제9조 제2항 제1호는‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 “자체” 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구ㆍ인력개발비에 해당한다’고 규정하고 있으므로, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(구 조특법 제9조 제5항, 이하 ’서비스활동‘이라 한다)의 “위탁”연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 원고는 이 사건 전산시스템을 위탁개발하였으므로 이 사건 전산시스템이 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(구 조특법 제9조 제5항, 이하 ‘과학기술활동’이라 한다)에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 비용에 대하여 쟁점 세액공제를 적용받을 수 있다.

2) 앞서 든 증거, 갑 제4 내지 11, 13, 15, 16호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 전산시스템의 개발이 과학기술활동에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

가) 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여,축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을, ‘과학기술’이란 ‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다. 연구개발, 그중 과학기술활동에 해당하기 위해서는 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두56510 판결 등 참조).

나) 앞서 본 이 사건 전산시스템의 수행 기능들을 놓고 살필 때, 이 사건 전산시스템은 이와 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션들이 이미 개발되어 있는 상태에 서, 위 솔루션들을 응용 또는 개선하는 방식으로 개발된 것이라 할 수 있다. 이미 개발되어 있는 기존 소프트웨어의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없더라도, 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’이라고 보기는 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 위탁개발방식으로 이 사건 전산시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였고, 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 전산시스템과 본질적으로 다르지 않다. 또한 원고가 수탁사나 재수탁사와 체결한 이 사건 전산시스템 개발 관련 계약에 ‘완료 기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 수탁사가 배상하여야 할 ‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 수탁사의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보인다. 이처럼 이 사건 전산시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지와는 거리가 멀다.

다) 위와 같이 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 그 목표와 결과 등에 비추어 볼 때 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다.

이 사건 전산시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 원고가 영위하는 금융투자서비스 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다.

3) 종합하면, 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않는다. 따라서 쟁점 연구개발비용과 관련하여 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

나. 쟁점 인력개발비용에 대한 세액공제 관련

1) 원고는 쟁점 인력개발비용이, 원고 소속 직원들이 투자매매업, 투자중개업, 신탁업 등 금융 관련 업무를 수행함에 있어 반드시 필요한 직무수행능력을 습득․향상시키기 위하여 이수하여야 하는 교육과정으로서 근로자직업능력 개발법 제24조에 따라 고용노동부장관의 인정을 받은 직업능력개발훈련의 실시에 소요되는 비용에 해당하여, 이 사건 별표 제2호 (나)목 및 구 조특법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제7조 제9항 제5호 소정의 인력개발비에 해당한다고 주장한다.

2) 그러나 원고가 제출한 증거들(갑 제21, 22호증의 각 기재)만으로는 각 사업연도에 별지2의 표 기재와 같은 금액의 비용이 사이버연수비, 외부위탁교육비, 금융투자협회교육비 명목으로 각 지출되었다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 또한, 2014. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도의 인력개발비에 대해서는 연구전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원의 위탁훈련비만 공제대상에 포함되고 비연구전담부서 직원의 위탁훈련비는 공제대상에서 제외하는 것으로 이 사건 별표 제2호가 개정되었는바, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주장하는 2014 사업연도의 인력개발비가 연구전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원에 대한 위탁훈련비에 해당한다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 따라서 쟁점 인력개발비용에 대하여 이 사건 별표 제2호 (나)목의 인력개발비의 세액공제가 적용되어야 한다는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.