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판례 / 등기부등본상 거래가액보다 실제 분양가액이 낮더라도 실제 거래가액으로 입증되는 분양가액을 기준으로 과세되어야 함
판례 정보 서울행정법원 일반행정

등기부등본상 거래가액보다 실제 분양가액이 낮더라도 실제 거래가액으로 입증되는 분양가액을 기준으로 과세되어야 함

원고는 공동으로 토지를 매수한 뒤 다세대주택을 신축·분양하였고, 2019년에 분양한 7세대의 세대별 분양가액을 135,000,000원으로 하여 종합소득세 기한 후 신고를 하였다. 피고는 등기부등본 및 분양계약서상 거래가액 195,000,000원을 기준으로 원고가 수입금액을 과소신고하였다고 보아 2019년 귀속 종합소득세를 경정고지하였다. 법원은 종합소득세 과세표준은 실질과세 원칙에 따라 실거래가액을 기준으로 산정되어야 하고, 이 사건 7세대의 실제 분양가액이 세대별 195,000,000원이라고 인정하기 어렵다고 보았다. 이에 따라 195,000,000원을 전제로 한 과세처분은 위법하다고 판단하여 이를 취소하였다.

서울행정법원-2024-구합-76119 2025.09.11 마지막 업데이트 2026.05.26

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2024-구합-76119
사건구분
구합
선고일
2025.09.11
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 등기부등본 및 분양계약서상 거래가액과 실제 분양가액이 다른 경우 종합소득세 과세표준 산정 기준
  • 이 사건 7세대의 실제 세대별 분양가액이 195,000,000원인지 여부
  • 과세처분 취소소송에서 수입금액 및 과세표준에 관한 입증책임의 소재
  • 실질과세 원칙에 따라 사업소득 수입금액을 어떻게 확정할 것인지 여부

판례 포인트

  • 종합소득세 과세표준은 실질과세 원칙에 따라 실거래가액을 기준으로 산정하는 것이 원칙이다.
  • 과세처분 취소소송에서 과세표준, 수입 및 필요경비에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다.
  • 등기부등본, 부동산 매매계약서, 부동산거래신고 및 취득세 신고·납부 금액이 동일하더라도 그것만으로 실제 거래가액을 단정할 수 없다고 보았다.
  • 분양대행계약의 내용, 실제 계좌 입금액, 별도 금원 수령 증거의 부재가 실제 분양가액 판단의 중요한 근거가 되었다.
  • 매수인이 신고가액을 실취득금액이라고 회신하였더라도, 매매계약서와 등기 및 세무상 이해관계 등을 고려하여 그 진술의 신빙성을 제한적으로 보았다.
  • 공동으로 신축·분양한 다른 사업자들이 세대별 분양가액 135,000,000원으로 종합소득세를 신고하고 별도 부과처분을 받지 않은 사정도 고려되었다.

자주 묻는 질문

Q 등기부등본상 거래가액이 1억 9,500만 원이어도 실제 분양가액이 1억 3,500만 원이면 종합소득세는 어떤 금액을 기준으로 과세되나요?

A 서울행정법원은 종합소득세 과세표준은 실질과세 원칙에 따라 실거래가액을 기준으로 산정하는 것이 원칙이라고 보았습니다. 이 사건에서는 등기부등본과 계약서에는 세대당 1억 9,500만 원이 기재되어 있었지만, 실제 수령한 분양대금이 세대당 약 1억 3,500만 원 수준으로 인정되어 등기부상 금액을 전제로 한 과세처분이 취소되었습니다.

Q 분양계약서와 등기부에 적힌 금액만으로 실제 분양가액을 인정할 수 있나요?

A 법원은 분양계약서, 등기부등본, 부동산거래신고 및 취득세 신고가 모두 1억 9,500만 원으로 되어 있다는 사정만으로 실제 분양가액이 그 금액이라고 단정할 수 없다고 보았습니다. 분양대행계약의 내용과 원고 계좌로 실제 입금된 금액, 별도 금원 지급 증거가 없는 점 등을 함께 고려했습니다.

Q 종합소득세 과세처분 취소소송에서 과세표준 입증책임은 누구에게 있나요?

A 이 판결은 종합소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거가 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있다고 전제했습니다. 과세표준은 수입에서 필요경비를 공제한 것이므로, 수입과 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다고 보았습니다.

Q 매수인이 실취득금액을 등기부상 금액이라고 회신하면 실제 거래가액으로 인정되나요?

A 법원은 매수인이 실취득금액을 1억 9,500만 원이라고 회신한 사정만으로 그 진술을 그대로 믿기 어렵다고 보았습니다. 매수인에게는 높은 취득가액으로 인정되는 것이 향후 양도차익 신고에서 유리할 수 있고, 실제로 원고 계좌에 송금된 금액 외 별도 금원이 지급되었다는 자료가 없다는 점이 함께 고려되었습니다.

Q 실제 받은 분양대금이 계약상 1억 3,500만 원과 정확히 일치하지 않아도 실거래가액으로 볼 수 있나요?

A 법원은 원고가 세대별로 받은 금액이 분양대행계약상 1억 3,500만 원과 정확히 일치하지는 않지만 크게 차이나지 않는다고 보았습니다. 실제 매수인들과의 분양계약 금액은 다소 차이가 있을 수 있고, 추가로 돈을 받았다는 증거가 제출되지 않은 점을 근거로 등기부상 1억 9,500만 원을 실제 분양가액으로 인정하기 어렵다고 판단했습니다.

Q 서울행정법원 2024구합76119 판결에서 2019년 귀속 종합소득세 부과처분은 왜 취소되었나요?

A 서울행정법원은 이 사건 7세대의 실제 분양가액이 세대당 1억 9,500만 원임을 인정하기 어렵다고 판단했습니다. 분양대행계약에는 신고금액과 실제 매매대금이 구분되어 있었고, 원고가 실제로 받은 금액도 세대당 약 1억 3,500만 원 수준이었으며 별도 금원 지급 증거가 없었습니다. 이에 따라 1억 9,500만 원을 전제로 한 2019년 귀속 종합소득세 부과처분을 취소했습니다.

판결 내용

  • 종소
등기부등본상 거래가액보다 실제 분양가액이 낮더라도 실제 거래가액으로 입증되는 분양가액을 기준으로 과세되어야 함 국패
  • 서울행정법원-2024-구합-76119
  • 귀속년도 : 2019
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2026.01.08.
  • 생산일자 : 2025.09.11.
  • 진행상태 : 완료
관련 법령
소득세법 제24조
요지 판결내용 상세내용

요지

종합소득세의 과세표준은 실질과세의 원칙에 따라 실거래가액을 기준으로 산정하는 것이 원칙이므로 등기부등본상 거래가액보다 분양가액이 낮더라도 실제 거래가액으로 입증되는 분양가액을 기준으로 사업소득이 과세되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2024구합76119 부가가치세세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 7. 24.

판 결 선 고

2025. 9. 11.

주 문

1. 피고가 20✕✕. ✕. ✕✕. 원고에게 한 2019년 귀속 종합소득세 ✕✕✕원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

 주문 기재와 같다.

이유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2017. 4. 25. ✕✕시 ✕✕읍 ✕✕로 ✕✕✕ 토지 외 7필지의 토지를 BBB, CCC, DDD(이하 원고와 통칭하여 ‘원고 등’이라 한다)과 각각 구분하여 매수한 후 2017. 6. 13. 주택신축판매업을 개시하였다. 원고 등은 위 토지상에 7개동 56세대의 다세대주택 aaaaa(이하 ‘aaaaa’이라 한다)을 신축하여 분양하였는데, 그중 aaaaa 101동은 지상 1층부터 4층까지 층별로 2세대씩 총 8세대로 구성되어 있는 다세대주택으로 2018. 7. 13. 원고 명의로 소유권보존등기를 마친 뒤 분양이 이루어졌다.

 나. 원고는 2018년에 aaaaa 101동 중 402호를 분양하였으나 2018년 귀속 종합소득세 신고를 하면서 그 수입금액을 누락하였고, 2019년에 나머지 7세대(이하 ‘이 사건 7세대’라 한다)를 분양한 후 aaaaa 101동의 각 세대별 분양가액을 135,000,000원으로 보고, 2021. 11. 3.경 2018년 귀속 종합소득세에 대한 수정신고 및 2019년 귀속 종합소득세에 대한 기한 후 신고를 하였다.

 다. 피고는 2018년 귀속 종합소득세에 대한 수정신고는 그대로 받아들인 반면 2019년 귀속 종합소득세에 대한 기한 후 신고에 대해서는 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액을 등기부등본상 거래가액인 195,000,000원으로 보고 원고가 수입금액을 420,000,000원[= 7세대 × 60,000,000원(195,000,000원 –135,000,000원)] 과소신고하였다는 이유로 2023. 12. 11. 원고에게 2019년 귀속 종합소득세 199,033,430원을 경정고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 25 내지 28호증, 을 제1, 2, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

 가. 원고 주장의 요지

원고는 이 사건 7세대를 매수한 사람들의 신속하고 원활한 대출을 위하여 매매계약서 및 등기부등본상 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액을 195,000,000원으로 과다하게 기재하였으나 실제 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액은 135,000,000원이므로 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액이 195,000,000원임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

 나. 인정사실

  1) 원고 등은 2018. 10. 31. 분양대행자 EEE과 aaaaa 50세대(56세대 중 101동 402호 등 6세대 제외)의 분양대행계약(이하 ‘이 사건 분양대행계약’이라 한다)을 체결하였는데, 위 계약서 제2조에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

  2) 원고 등은 이 사건 분양대행계약 제2조 제5호에 따라 2018. 10. 31. 분양대행자로부터 공통계좌로 매매계약금 100,000,000원(= aaaaa 세대당 2,000,000원 × 50세대)을 수령하였고, 각 매수인으로부터는 별도로 계약금을 수령하지 않았다.

  3) 원고는 이 사건 7세대에 관하여 각 매수인과 사이에 분양가액을 각 195,000,000원으로 기재한 분양계약서를 작성하였고, 이후 위 계약서를 근거로 각 세대에 대한 소유권이전등기절차 및 취득세 신고․납부절차가 마쳐졌다.

  4) 이 사건 7세대에 관한 각 분양계약서의 기재내용 및 원고의 분양대금 수수내역은 다음과 같다.

  5) 이 사건 7세대 중 201호 매수인 FFF는 201호의 실거래금액을 확인하여 달라는 피고의 요청에 2021. 12. 24.경 201호의 실취득금액은 195,000,000원이고 201호 매수와 관련하여 이면계약서를 작성하지 않았다고 회신하였으나, 한편으로 2023. 12. 31. 201호를 매수하면서 분양대금을 건축주 계좌에 송금한 것 외에 계약금이나 현금을 지급한 사실이 없다는 내용의 거래사실확인서를 작성하였다.

  6) 등기부등본에 의하면 이 사건 7세대 중 101호 매수인 GGG은 2022. 1. 6. 101호를 PPP에게 195,000,000원에 매도하였다고 기재되어 있고, 이 사건 7세대 중 202호 매수인 HHH은 2019. 9. 5. 202호를 JJJ에게 195,000,000원에 매도하였다고 기재되어 있다. 위 HHH은 2019. 9. 30. 양도소득세 예정신고 시 202호의 취득가액을 195,000,000원으로 기재하였다.

  7) BBB은 2021년에 ◯◯세무서장에게 aaaaa의 각 세대별 분양가액을 135,000,000원으로 하여 2018년 내지 2020년 귀속 각 종합소득세를 신고하였고, CCC은 2021년에 ✕✕세무서장에게 aaaaa의 각 세대별 분양가액을 135,000,000원으로 하여 2018년 내지 2020년 귀속 각 종합소득세를 신고하였는데, 각 세무서장으로부터 별다른 부과처분을 받지않았다.

 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 24, 29 내지 34호증, 을 제3 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 다. 구체적 판단

  위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액이 실제 195,000,000원임을 인정하기 어려우므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

  1) 종합소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

  2) 종합소득세의 과세표준은 실질과세의 원칙에 따라 실거래가액을 기준으로 산정하는 것이 원칙이다. 이 사건 분양대행계약 제2조 제1호는 aaaaa의 매매대금 신고금액을 세대당 195,000,000원으로 정하고 있고, 같은 조 제2호는 aaaaa의 매매대금 매매대금을 세대당 135,000,000원으로 정하고 있는바, 위 계약의 내용상 이 사건 7세대는 매매대금의 신고는 세대당 195,000,000원으로 하되 실제 대금은 세대당 135,000,000원을 수령하기로 약정한 것으로 보인다. 이 사건 7세대에 관한 부동산 매매계약서의 각 세대별 분양가액이 195,000,000원으로 기재되어 있고, 부동산거래신고, 취득세 신고․납부 모두 위 금액으로 이루어진 것은 이 사건 분양대행계약의 내용에 따른 것으로 볼 수도 있으므로 이를 근거로 이 사건 7세대의 각 세대별 실제 분양가액이 195,000,000원이라고 단정할 수 없다.

  3) 원고는 이 사건 7세대와 관련하여 각 세대별로 분양대행자로부터 계약금 2,000,000원을 수령한 것 외에 매수인으로부터 원고의 계좌로 130,000,000원에서 140,000,000원 사이의 금액합계 965,800,000원을 수령하여, 총 979,800,000원을 수령하였다[총 979,800,000원(= 2,000,000원 × 7세대 + 965,800,000원)]. 원고가 세대별로 수령한 금액이 이 사건 분양대행계약 제2조 제2호에서 정한 135,000,000원과 정확히 일치하지는 않으나 크게 차이나지 않고(분양대행계약과 달리 실제 매수인들과의 분양계약 금액은 다소간 차이가 있을 수 있다고 보인다), 위 금액 외에 별도의 금원을 받았다는 증거는 제출되지 않았다.

  4) 이 사건 7세대 중 201호 매수인 KKK는 201호의 실거래금액을 확인하여 달라는 피고의 요청에 201호의 실취득금액은 195,000,000원이고 이면계약서를 작성하지 않았다고 진술하였으나, 이 사건 7세대의 매수인의 입장에서는 분양가액이 195,000,000원으로 작성된 매매계약서가 존재하고 소유권이전등기절차와 취득세 신고․납부도 위 금액으로 이루어진 이상 위와 같이 진술하는 것이 자연스러운 점, 향후 201호를 매도하여 양도차익을 신고할 때 취득가액이 높을수록 양도차익이 적게 발생하므로 위와 같이 진술하는 것이 매수인에게 유리한 점 등을 고려하면, 매수인 KKK의 위와 같은 진술은 이를 그대로 신빙하기 어렵다. 더구나 KKK는 201호를 매수하면서 분양대금을 건축주 계좌에 송금한 것 외에 별도의 돈을 지급하지 않았다고 진술하였는데, 원고 계좌로 송금된 140,000,000원 외의 돈이 원고에게 지급되었다고 볼 자료가 없다.

  5) 이 사건 7세대 중 101호 매수인과 202호 매수인은 각 세대를 다시 195,000,000원에 매도한 것으로 보인다. 이 사건 7세대의 실제 분양가액을 195,000,000원으로 보는 경우 위 매수인들이 취득가액 그대로 매도하였다는 것인데, 취득세를 고려하면 취득가액 그대로 매도하는 경우 매수인들에게 손해가 발생하게 되므로 특별한 사정이 없는 경우 이는 부자연스럽다.

  6) 원고와 함께 aaaaa을 신축하고 이 사건 분양대행계약을 체결하여 분양한 BBB과 CCC의 경우에는 종합소득세 신고 시 aaaaa의 각 세대별 분양가액이 135,000,000원으로 인정되었다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

소득세법 제24조 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결

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