원고를 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정한 처분이 위법한지

상세내용

판 결

사 건 2025구합20735 제2차납세의무자지정처분동무효확인 청구

원 고 A

피 고 ○○세무서장

변 론 종 결 2026. 3. 26.

판 결 선 고 2026. 4. 23.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2025. 6. 12. 원고를 주식회사 S건설의 제2차납세의무자로 지정하여 한 별지 1 목록 기재 각 부과처분은 무효임을 확인한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 주식회사 S건설(설립당시 상호가 ‘○○건설 주식회사’였으나 2014. ○. ○○. ‘주식회사 S건설’로 변경되었다. 이하 상호변경 전후를 통틀어 ‘이 사건 회사’라 한다)은 1998. ○. ○. 건축공사업 등을 목적으로 하여 자본금 2억 1,000만 원(발행주식 21,000주)로 설립된 회사이다.

 나. 원고는 2013 사업연도 이후 이 사건 회사의 발행주식 21,000주 중 5,720주(지분율 27.2%)를 보유하고 있었고, 원고의 매형(원고 누나의 남편)이자 이 사건 회사의 대표이사인 B은 이 사건 회사의 발행주식 중 7,640주(지분율 36.4%)를 보유하고 있었다. 2013년 이후 이 사건 회사의 주주현황은 아래 표 기재와 같다.

 다. 피고는 2025. 6. 12. 원고가 이 사건 회사의 과점주주로 제2차 납세의무자에 해당하는 것으로 보아, 별지 1 목록 기재와 같이 이 사건 회사의 체납세액에 관하여 국세기본법 제39조 제2호에 따라 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 과세처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였고, 위 처분은 2025. 6. 17. 원고에게 송달되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 2 기재와 같다. 3. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

 이 사건 처분에는 아래와 같이 실체적, 절차적으로 중대․명백한 하자가 있어 무효이다.

 1) 실체적 하자

 원고는 B에게 명의를 빌려주어 이 사건 회사의 주주명부에 원고의 이름이 등재된 것일 뿐, 실제 이 사건 회사의 주식을 소유하고 있는 주주가 아니다. 따라서 피고가 원고를 이 사건 회사의 과점주주로 보고 한 이 사건 처분은 중대․명백한 하자가 있으므로 무효이다.

2) 절차적 하자

 피고는 원고에게 이 사건 처분 전 행정절차법 제22조, 제21조에 따라 처분의 원인이 되는 사실과 법적 근거 등을 통지하고, 의견제출의 기회를 주었어야 한다. 또한 피고는 원고가 실질주주가 아닐 수 있다는 명백한 정황을 인지하였으므로, 원고에게 과세예고통지 및 과세전적부심사의 기회를 보장하였어야 한다. 그럼에도 피고는 위와 같은 절차를 거치지 아니하고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 그 하자가 중대․명백하여 무효이다.

 나. 실체적 하자 주장에 관한 판단

    1) 관련 법리

      가) 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호 소정의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 등 참조).

      나) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고, 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고, 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별하는 데에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰할 필요가 있다. 이러한 관점에서 볼 때 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하나, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있어 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고는 할 수 없으므로 이처럼 과세요건 사실을 오인한 과세처분을 당연무효라고는 할 수 없다(대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결, 대법원 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결 등 참조).

    2) 구체적인 판단 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 증거와 갑 제1 내지 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들 즉, 원고는 이 사건 회사의 주주명부상 2013년부터 이 사건 발행주식 중 5,720주(27.24%)를 소유한 것으로 기재되어 있었고, 그 이후로 달리 원고의 주식 소유 현황의 변동에 관하여 피고에게 관련 명세서 등이 제출되었다고 볼 만한 자료는 찾을 수 없는 점 등에 비추어 보면 피고로서는 특별한 사정이 없는 한 원고를 이 사건 회사의 과점주주로 신뢰하여 제2차 납세의무자로 지정하고 과세할 수밖에 없었다고 봄이 타당하다. 따라서 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계를 정확히 조사하여 실체가 드러나지 않은 한 이를

인할 만한 객관적 사정이 있었다고 할 것이므로, 설령 원고가 실제 과점주주가 아니고, 피고 또한 실제 과점주주가 아닌 원고에게 과세처분을 하여 그 처분에 하자가 있다고 하더라도 그 처분의 하자는 외관상 명백하다고는 할 수 없어 피고의 처분이 당연무효가 되는 것은 아니다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

   다. 절차적 하자 주장에 관한 판단

      1) 살피건대, 행정절차법 제3조는 그 적용범위를 규정하면서, 제2항 제9호에서 ‘해당 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 거칠 필요가 없다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항’에 대하여는 이 법을 적용하지 않는다‘고 규정하고 있고, 이에 따라 행정절차법 시행령 제2조 제5호는 ‘조세관계법령에 의한 조세의 부과․징수에 관한 사항’을 적용 제외사유로 규정하고 있다. 따라서 이 사건 처분에 관하여는 행정절차법의 적용을 받지 아니하므로, 원고의 이에 관한 주장은 이유 없다.

       2) 과세예고통지가 처분의 사전통지로서 가지는 기능과 목적, 제2차 납세의무 제도의 의의 및 제2차 납세의무자에 대한 납부고지의 실질적 성격 등을 고려하면, 주된 납세의무자에 대한 조세의 부과 단계에서 과세예고통지 등 절차적 권리를 부여하는 것 이외에, 이미 확정된 주된 납세의무의 징수 단계에 이르러 제2차 납세의무자에게 과세예고통지가 별도로 이루어져야 한다고 볼 수 없으므로(대법원 2025. 9. 4. 선고 2024두47074 판결 참조), 피고가 이 사건 처분 전 과세예고통지를 하지 않았다고 하여 절차상 하자가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

4. 결론 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 2]

관계 법령

■ 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것)

제39조(출자자의 제2차 납세의무)

  법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

 가. 합자회사의 유한책임사원

 나. 유한책임회사의 사원

 다. 유한회사의 사원

■ 행정절차법 제3조(적용 범위)

② 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 대하여는 적용하지 아니한다. 9. 「병역법」에 따른 징집ㆍ소집, 외국인의 출입국ㆍ난민인정ㆍ귀화, 공무원 인사 관계 법령에 따른 징계와 그 밖의 처분, 이해 조정을 목적으로 하는 법령에 따른 알선ㆍ조정ㆍ중재(仲裁)ㆍ재정(裁定) 또는 그 밖의 처분 등 해당 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 거칠 필요가 없다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

■ 행정절차법 시행령 제2조(적용제외) 법 제3조제2항제9호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항을 말한다.

5. 조세관계법령에 의한 조세의 부과ㆍ징수에 관한 사항. 끝.