국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유 해당 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 3. 28. 원고에게 한 [별지1] 목록 기재 각 법인세 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 및 특정매입거래계약에 의한 영업방식

1) 원고는 1993. 8. 26. 설립되어 2005. 8. 16. 그 목적사업에 ‘가방, 구두, 지갑 등의 피혁제품 제조 및 판매 등’을 추가하는 것으로 변경 등기를 마친 이래, 현재까지 ‘듀퐁’, ‘쟈딕앤볼테르’ 등 남성의류와 신변잡화 및 여성용 패션잡화 등을 수입·제조·판매하는 사업을 영위하고 있는 회사이다.

2) 원고는 백화점(‘영업장소로서의 백화점’과 ‘백화점을 운영하는 회사’ 모두를 지칭한다. 이하 같다) 또는 대리점(이하 위 ‘백화점’과 통틀어 ‘판매점’이라 한다)과 사이에, 판매점들이 원고가 수입·제조한 물품을 외상으로 매입하여 판매한 후, 그 판매수입에서 수수료를 공제한 나머지 금액을 원고에게 지급하고, 판매되지 아니한 재고품은 반품하기로 하는 내용의 ‘특정매입거래계약’을 체결하였으며, 위와 같은 계약 내용에 따라 원고의 특정 브랜드 상품·제품을 판매점들에 납품·판매(이하 ‘이 사건 특정매입거래’라 한다)하여 왔다(아래 거래 흐름도 참조).

나. 이 사건 특정매입거래 관련 1, 2차 세무조정

1) 원고는 2003 ~ 2017 사업연도 법인세를 각 신고·납부함에 있어, 재고반품조건부 재화공급의 손익귀속시기를 회계상 “판매점이 최종 소비자에게 판매하는 날이 속하는 사업연도”(이하 ‘소비자 판매시점’이라 한다)로, 세무상 “재화를 판매점에 인도하는 날이 속하는 사업연도”(이하 ‘판매점 인도시점’이라 한다)로 봄에 따라,¹⁾ 아래 [표1]과 같이 ① 각 방식에 따른 차액(해당 사업연도에 판매점에 인출된 기말 재고자산에 대한 매출액에서 매출원가를 차감한 금액,²⁾ 이하 ‘당기매출 조정분’이라 한다)을 익금산입(유보)하였다가(이하 ‘당기매출분 세무조정’이라 한다), ② 중복된 과세를 피하기 위하여 그 다음 사업연도에 위 당기매출 조정분을 다시 익금불산입(자동추인, △유보)하여 추인(이하 ‘전기매출 조정분’이라 한다)하는 세무조정(이하 ‘전기매출분 세무조정’이라 하고, 위와 같이 완료된 상태를 통틀어 ‘1차 세무조정’이라 한다).

2) 그 후 원고는 기획재정부 유권해석³⁾에 따라 특정매입계약에서 매출의 손익귀속시기를 회계와 동일하게 ‘소비자 판매시점’이 된다고 보아, 2018. 12. 20. 피고에게 이 사건 특정매입거래에 따른 매출의 손익귀속시기를 변경하여 제1차 세무조정을 제거하는 세무조정(이하 ‘2차 세무조정’이라 한다)을 하여 아래 [표2]와 같이 산출한 2003 ~ 2017 사업연도 법인세 경정청구(이하 ‘당초 경정청구’라 한다)를 하였다.⁴⁾

[표2] 당초 경정청구시 청구세액

[표3] 당초 경정청구 결과

3) 이에 대하여 피고는 2019. 3. 27. 원고에게, [표3] 기재와 같이 당초 경정청구 중 ① 통상적 경정청구 기간이 도과하지 아니한 2013 ~ 2017 사업연도분의 경우 ‘인용’하여 ㉠ 환급세액이 발생하는 2014, 2016 사업연도분 법인세 합계 316,367,100원을 환급하고, ㉡ 추가 납부세액이 발생하는 2013, 2015, 2017 사업연도분 법인세 합계 160,676,920원을 경정·고지하는 한편, ② 2003 ~ 2012 사업연도분의 경우 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다는 이유로 ‘각하’하여 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 위 ①을 ‘1차 경정’이라 하고, ②를 ‘2019. 3. 27.자 거부처분’이라 한다).

다. 조세심판원 결정에 따른 2차 경정

1) 원고는 이에 불복하여 2019. 6. 24. 조세심판원에 심판청구를 하면서, ① 주위적으로 “2003 ~ 2012 사업연도분 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 아래 [표4]와 같이 환급세액이 발생하는 2003, 2004, 2006, 2011 사업연도분 환급세액 합계 987,101,180원⁵⁾을 지급하여야 한다.”고 주장하고, ② 예비적으로, “설령 ‘과세기간 외의 과세기간’을 해당 결정 또는 경정으로 직접 영향을 받는 과세기간이라고 좁게 보더라도 적어도 전기매출 조정분에 대한 세무조정의 부인은 종전 부과세액을 한도로 이루어져야 하므로, 2012 사업연도에 대한 전기매출 조정분에 대한 세무조정으로 15억 9,700만 원만큼 부인하는 처분을 하여야 한다.”고 주장하였다.

[표4] 조세심판원 심판청구세액(주위적)

2) 조세심판원은 2021. 2. 17. “피고가 원고에게 한 2019. 3. 27.자 거부처분 중 2003 ~ 2011 사업연도분에 대한 원고의 심판청구는 각하하고, 2012 사업연도분에 대한 거부처분은 취소한다.”는 일부 인용 결정을 하였는바, 그 이유는 다음과 같다.

가) 2012 사업연도분

“국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 후발적 경정청구의 취지는 경정청구기간이 경과한 과세기간에 이미 익금산입 되었던 ‘특정금액’을 과세관청이 귀속시기를 달리하여 다른 과세기간의 과세소득으로 경정하여 과세함으로써 이중으로 과세되는 경우 납세의무자가 본래 익금산입한 과세기간에 경정을 구할 수 있도록 한 것인데, 피고가 1차 경정을 함으로써 2012 사업연도에 이미 익금산입된 당기매출 조정분(15억 9,700만 원)을 2013 사업연도로 그 귀속시기를 달리하여 경정함에 따라 2012 사업연도의 당기매출 조정분(15억 9,700만 원)이 이중과세 되었으므로, 이에 비추어 ‘2013 사업연도의 전기매출 조정분’에 대한 경정은 ‘2012 사업연도의 당기매출 조정분’에 대한 후발적 경정청구 사유가 된다. 그러나 이러한 후발적 경정청구와 무관한 2012 사업연도의 전기매출 조정분에 대한 새로운 경정을 할 수 있다고 보기 어려우므로(2012 사업연도의 전기매출 조정분은 2013 사업연도에 경정된 과세소득과 무관함), 2012 사업연도 당기매출 조정분의 감액경정을 넘어, 피고가 ‘2012 사업연도 전기매출 조정분을 경정하면 납부세액이 발생한다’는 이유로 2012 사업연도분 경정청구를 거부한 것은 위법하다.”

나) 2003 ~ 2011 사업연도분

“위와 같이 이중과세되는 과세소득은 2012 사업연도 당기매출 조정분에 불과하고, 피고는 2012 사업연도 전기매출 조정분에 대해 증액경정을 하지도 아니하였는바, 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정사유가 발생하였다고 보기 어려우므로, 후발적 사유 없이 제기된 원고의 2003~2011 사업연도에 대한 경정청구에 대한 거부처분을 대상으로 한 부적법한 심판청구에 해당한다.”

3) 피고는 위와 같은 조세심판원의 결정에 따라 환급을 하기로 하고, 2021. 3. 5. 원고에게 2012 사업연도 법인세 96,041,508원을 감액경정 하였다(이하 ‘2차 경정’이라 하고, 2019. 3. 27.자 거부처분 중에서 위 2차 경정으로 감액되지 아니하고 아래와 같이 남은 2003, 2004, 2006, 2011 사업연도분 각 법인세 경정청구에 대한 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[표5] 이 사건 처분 내역(경정청구 거부)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 2차 경정 당시 2012 사업연도 당기매출 조정분 외에 전기매출 조정분에 대한 경정청구를 인정하지 아니하고, 2011 사업연도 이전 사업연도의 후발적 경정청구 사유가 인정되지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하다.

1) 피고의 1, 2차 경정 결과 원고의 2012 사업연도 전기매출 조정분 세무조정사항이 산출 가능함에도, 당기매출 조정분 세무조정사항만을 경정함으로써 결과적으로 2012사업연도의 과세표준 및 세액이 정당하지 않은 것이 되었는바, 이는 조세정의에 부합하지 아니한다.

2) 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 법문상 ‘과세기간 외의 과세기간’을 ‘직전한 개의 과세기간’으로 한정하고 있지 아니하고, 납세자의 권익을 보호하고자 하는 후발적 경정청구의 취지를 고려할 때 위 규정을 좁게 해석할 이유가 없다.

3) 백화점, 대리점 등이 보유한 기말재고자산은 당해 사업연도 뿐 아니라 직전 사업연도 내지는 몇 년 전 사업연도의 입고 분으로 구성되므로, 2013 사업연도의 과세표준을 경정할 경우, 2011 내지 2012 사업연도에 반출된 재고자산 등이 포함되어 위 사업연도가 모두 ‘과세기간 외의 과세기간’에 해당하게 된다.

4) 이 사건의 경우 2013 ~ 2017 사업연도의 이 사건 특정매입거래 손익에 대한 경정은 이와 동일한 사실관계를 기초로 하는 법인세 과세표준의 신고가 최초로 발생한 2003 ~ 2012 사업연도까지의 과세표준에 동시에 영향을 미치게 되므로, ‘경정으로 인하여 경정대상이 되는 과세기간 외의 과세기간’은 2003 ~ 2012 사업연도 전체 과세기간을 의미한다.

5) 원고와 달리 후발적 경정청구를 인정받아 과다 납부한 세액을 환급받은 동종업계 다른 회사의 사례와 비교하여 불합리한 차별의 결과가 발생하고 형평에 어긋난다.

나. 관계 법령

[별지2] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) (전제적 판단) 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 사유의 해석

가) 이 사건에서 원·피고 사이에 다투어지는 여러 사정들이 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경청청구 사유(이하 ‘제4호 사유’라 한다)에 해당되는지 여부가 문제되므로, 먼저 전제적 판단으로서 위 제4호에서 말하는 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”의 의미에 관하여 살펴본다.

나) 조세법률관계는 조세채무가 성립된 후에는 원칙적으로 ‘소급하여’ 변경시킬 수 없다. 그러나 담세력 자체의 소급적 소멸 또는 그러한 사실에 관한 소급적 공적 확인이 있는 일정한 경우에 예외를 인정할 필요가 있고, 우리 법상 ‘후발적 경정청구’는 ① 과세의 기초를 이루는 법률관계가 실체적, 후발적으로 변동하거나⁶⁾, ② 판결이나 행정행위를 통하여 과세의 기초가 된 법률관계나 사실상태가 절차상 다른 내용으로 확인된경우를⁷⁾7) 원칙적인 대상으로 한다. 제4호 사유 중 과세관청의 ‘결정이나 경정’은 법률관계 자체를 변경시키는 형성력(대세효)이 있으므로 그로써 과세의 기초를 이루는 법률관계가 실체적, 후발적으로 변동된 경우에 해당하고, 특히 기간과세에서 기간의 귀속이 중복됨에 따라 세액의 모순확정이 발생하는 경우 이에 해당한다. 국세기본통칙 45의2–0…1(2019. 12. 23. 신설)은 “손익의 귀속시기를 변경하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 것은 제4호 사유에 해당한다.”고 규정하고 있다.

이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있으므로, 단지 법령에 대한 해석이 최초의 신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 여기에 포함되지 않는다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결, 대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 등 참조).

2) 원고가 주장하는 사유가 제4호 사유에 해당하는지 여부

앞서 본 사실 및 증거들에다가 갑 제4호증, 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 원고의 주장과 같은 사유는 제4호 사유에 해당하지 않으므로, 2003 ~ 2011 사업연도분 경정청구에 대하여 같은 이유에서 후발적 경정청구 사유가 인정되지 아니함을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 피고는 1차 경정 당시 이루어진 ‘2013 사업연도 전기매출 조정분에 대한 경정’이 ‘2012 사업연도의 당기매출 조정분’에 대한 후발적 경정청구 사유(제4호 사유)에 해당한다는 조세심판원 결정에 따라 2차 경정을 하면서, ‘2012 사업연도 전기매출 조정분’은 2013 사업연도에 경정된 과세소득과 무관하다는 이유, 즉 제4호 사유에 해당하지 않아 ‘2012 사업연도의 전기매출 조정분’에 대한 경정이 불가능함을 전제로, 원고에게 2012 사업연도 법인세 96,041,508원을 환급하였다.

② 만일, 피고가 2차 경정 당시 ‘2012 사업연도 전기매출 조정분’을 반영하여 경정결정 할 수 있었다면, 원고는 2012 사업연도분 법인세 환급의 결과가 아니라 납부세액이 발생하게 된다. 결국 ‘2012 사업연도 전기매출분’까지는 종전의 방식에 따라 1차 세무조정된 상태, ‘2012 사업연도 당기매출분’부터는 2차 경정에 따라 2차 세무조정된 상태라는 전제에서 원고는 2012 사업연도 법인세를 환급받았음을 알 수 있다.

(이에 대해 원고는 동일한 사업연도(2012년)에 발생한 같은 유형의 거래에 서로 다른 손익귀속시기 기준이 적용되어 위법하다고 주장하므로 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고가 2012 사업연도의 경우 당기매출분 세무조정만을 제거하고 전기매출분 세무조정을 제거하지 아니함으로써 하나의 과세기간인 2012 사업연도에 손익귀속시기에 관한 서로 다른 기준이 혼재하게 되었으나, 이는 부과제척기간 도과로 2012 사업연도 전기 매출분 세무조정을 제거할 수 없게 되는 제척기간제도에 따른 부득이한 결과에 불과하므로, 동일한 사업연도에 하나의 손익귀속시기 기준이 적용되어야 한다는 원칙에 반한다고 볼 수 없다.)

③ ‘2013 사업연도 전기매출 조정분’에 대한 1차 경정으로 세액의 중복적인 모순확정이 발생하는 부분은 ‘2012 사업연도 당기매출 조정분’에 그치고, ‘2012 사업연도 당기매출 조정분’에 대한 2차 경정으로 이미 부과제척기간이 도과한 ‘2012 사업연도 전기매출 조정분’을 경정할 수 없는 이상, 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유는 ‘2012 사업연도 당기매출 조정분’에 한하여 인정될 뿐, ‘2012 사업연도 전기매출 조정분’에 대해서는 인정되지 아니하므로 ‘경정으로 인하여’ 영향을 받는다고 볼 수 없다.

④ 이처럼 ‘2012 사업연도 전기매출 조정분’에 대한 피고의 새로운 경정이 없었던 이상 ‘2011 사업연도 당기매출 조정분’에 대해 세액의 중복적인 모순확정을 비롯한 후발적 경정청구 사유가 발생한 것으로 볼 수 없고, 나아가 2003, 2004, 2006 사업연도의 경우에도, 그 이전의 사업연도에 대한 피고의 새로운 경정이나 결정이 있었다는 점에 대한 주장·입증이 없는 이상 마찬가지로 ‘경정으로 인하여’ 영향을 받는다고 볼 수 없어 제4호 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

⑤ 원고는 ‘손익의 귀속시기’를 ‘판매점 인도시점’에서 ‘소비자 판매시점’으로 변경한 과세관청의 유권해석에 따라 세무조정을 하게 되면서 이 사건과 같은 경정청구 사유가 발생하게 되었으므로 제4호 사유에 해당한다는 취지로도 주장한다. 그러나 법령의 해석·적용기준에 관한 행정청 내부의 유권해석은 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없고, 법령에 대한 해석이 최초의 신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유가 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 점은 앞서 본바와 같다.

⑥ 원고는 2013 사업연도 과세표준에 반영된 전기분 세무조정(익금불산입)에는 2012 사업연도에 판매점으로 인도된 상품만 포함되어 있는 것이 아니라, 2011 사업연도 나아가 그 이전 사업연도에 판매점에 인도된 상품도 포함되어 있으므로, 이 경우 당해 기말재고가 관련된 모든 사업연도의 세무조정을 모두 제거하여야 비로소 이중과세의 문제가 전부 해소될 수 있는 것이라는 취지로도 주장한다. 그러나 원고가 위 주장 취지에 따라 2012 사업연도 말 기말재고 가운데 2003, 2004, 2006, 2011 사업연도에 백화점에 인도된 상품·제품을 특정한 후, 해당 상품·제품의 인도시점이 속한 사업연도의 과세표준에서 해당 상품·제품의 매출총이익을 제외한 정당세액을 산출하여 후발적 경정청구를 하는 것이 가능한지 여부는 별론으로 하고, 문제된 과세기간 전부의 전기매출분 세무조정과 당기매출분 세무조정을 제거할 것을 전제로 한 이 사건 경정청구는 허용될 수 없다.

⑦ 이에 대하여 원고는, 2012 사업연도 당기매출분 세무조정만을 제거하고 2012 사업연도 전기매출분 세무조정은 제거하지 않은 피고의 조치가 위법하다거나, 이 사건과 달리 기존의 세무조정을 부인함에 따라 환급결정만이 존재하는 사례에서는 기존 세무조정의 부인에 따른 세액을 모두 환급해 주었는데, 이 사건에서는 2011 이전 사업연도에 대한 환급을 거부하고 있는 것은 조세형평에 반한다는 취지로도 주장한다. 그러나 ㉠ 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙일 뿐만 아니라(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 등 참조), ㉡ 피고로서는 앞서 본 바와 같이 2013 사업연도와 연동되어 후발적 경정청구 사유가 존재하는 2012 사업연도 당기매출분 세무조정만을 제거할 수 있을 뿐, 2012 사업연도 전기매출분 세무조정을 제거하는 내용의 경정결정은 할 수 없는 점, ㉢ 후발적 경정청구의 인정범위에 관한 명확한 선례나 지침이 없던 상태에서 원고와 유사한 다른 동종업체가 과거 법인세를 환급받은 사실이 있다는 사정만으로는 조세형평에 반한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 김순열 판사 지은희 판사 김도형

[별지2]

관계 법령

■ 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것)

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

끝.