위장거래(끼워넣기거래) 해당여부 및 장기부과제척기간 해당여부

주 문

1. 피고가 2019. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제2항 표의 순번 제1 내지 10의 ‘경정 총 결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 같은 표 ‘취소청구세액’란 기재 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2019. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제1항 표의 ‘경정 총 결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 ‘취소청구세액’란 기재 상당액 부분, 같은 목록 제2항 표 순번 제11 내지 18의 ‘경정 총결정세액(가산세포함)’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 각 ‘취소청구세액’ 기재 상당액 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 10. 25. 설립되어 통신장비 제조 및 구축 서비스업을 영위하고 있는 회사이고, 소외 박AA은 2011. 3. 1.부터 원고의 부사장으로 근무하고 있는 자이다.

주식회사 BB(이하 ‘BB’이라 한다), 주식회사 CC(이하 ‘CC’이라 한다), 주식회사 DD(이하 ‘DD’이라 한다), EE 주식회사(이하 ‘EE’이라 한다)는 컴퓨터 및 주변기기 도소매업, 정보화시스템 기획, 개발업 등의 사업을 영위한 회사로(이하 BB, CC, DD, EE을 통칭하여 ‘이 사건 사업장’이라 한다), 모두 박AA이 자신의 명의 또는 배우자, 친인척의 명의를 빌려 설립하거나 인수하였다.

주식회사 FF(이하 ‘FF’라고 한다), GG 주식회사(이하 ‘GG’이라 한다)는 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, 네트워크 유지보수 서비스업을 영위하는 회사이다(FF, GG을 통칭하여 ‘이 사건 거래처’라고 한다).

나. ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2019. 2. 14.부터 2019. 6. 18.까지 원고의 2013 내지 2017 사업연도 법인세 통합조사를 실시하였다가 2019. 4. 25. 조세범칙조사로 전환하면서 조사범위를 2009 내지 2017 사업연도로 확대하였다(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다).

조사 결과, 조사청은 ‘원고가 실제 공급자[HH 주식회사(이하 ‘HH’이라 한다) 외 다수 회사(이하 통칭하여 ‘공급업체’라 한다)]로부터 직접 재화 및 용역을 공급받을 수 있었음에도, 박AA을 통해 이 사건 사업장을 설립하여 아래 그림과 같이 가공거래를 하였고, 이 사건 거래처를 불필요하게 끼워넣기하는 방식으로 공급가액을 3배가량 부풀리고 매출원가를 허위로 과다계상함으로써 해당 금액을 사외유출하였다‘고 보고(이와 관련된 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다), 이에 대한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 원고가 2009 내지 2017 사업연도 과세기간에 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처로부터 수취한 10,336,042,490원 상당의 매입세금계산서(상세 내역은 별지 2와 같다. 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)의 매입세액을 각 과세기간의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 경정하고 세금계산서불성실가산세를 적용하여 별지 1 목록 제2항 표의 “경정 총 결정세액”란 기재와 같이 부가가치세(가산세 포함)를 재산정한 후 2019. 7. 1. 원고에게 위 표의 “고지세액”란 기재와 같이 부가가치세(가산세 포함)를 각 증액경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다). 동시에 위 공급가액 상당액을 손금불산입하여 별지 1 목록 제1항 표의 ‘’경정 총 결정세액“란 기재와 같이 각 법인세(가산세 포함)를 재산정하고 원고에게 위 표의 ”고지세액“란 기재와 같이 각 법인세(가산세 포함)를 증액경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2019. 9. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2021. 6. 25. 이 사건 각 처분에 관한 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 당사자 간에 선택한 거래 관계는 그 자체로서 존중되어야 한다. 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처의 물적·인적 실체를 부인할 수 없고, 이 사건 거래의 각 당사자들이 독립된 경제적 주체로서 각자의 역할을 충실히 수행하였으므로, 이 사건 거래는 실체 없는 ‘끼워넣기’ 거래에 해당하지 않는다.

2) 설령 그렇게 보지 않는다 하더라도, ① 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처 모두 매출세액에 대해 부가가치세 신고 및 납부를 완료하여 실제 부가가치세의 조세수입 감소가 발생하지 않았고, 원고에게 이 사건 거래로 인하여 부가가치세 수입의 감소가 발생하리라는 인식 자체도 존재하지 않았다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분의 부과제척기간은 5년으로 보아야 하고, 2009년 제1기 내지 2013년 제2기분 부가가치세 및 가산세 부과처분 부분은 과세처분 당시 부과제척기간 5년이 도과하였으므로 취소되어야 한다. 또한 ② 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처 모두 법인세를 사실대로 신고․납부하였고 이를 탈루한 사실이 없으므로 이 사건 법인세 부과처분의 부과제척기간 역시 5년으로 보아야 하고, 2009 내지 2013 사업연도 법인세 및 가산세 부과처분 부분은 과세처분 당시 부과제척기간 5년이 도과하였으므로 취소되어야 한다.

3) 세무조사에서도 적법절차의 원칙은 준수되어야 한다. 조사청은 원고에 대한 세무조사 범위를 당초 2013 내지 2017 사업연도에서 2009 내지 2017 사업연도로 확대하면서 원고의 동의 없이 원고의 PC자료에서 2009 내지 2012 사업연도 관련 과세자료(이하 ‘쟁점 과세자료’라 한다)를 수집하였는바, 이는 적법절차원칙에 위반한 과세자료 확보로서 위법한 압수에 해당한다. 따라서 이에 기초한 2009 내지 2012 사업연도 법인세 및 2009년 제1기 내지 2012년 제2기분 부가가치세 부과처분 부분(각 가산세 포함)은 위법한 세무조사에 의한 것으로써 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 3 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 관련자들의 지위

박AA은 ① 2010. 4. 2. 배우자인 이□□을 대표이사로 하여 컴퓨터 및 주변기기 도소매업 등을 목적으로 하는 BB을 설립하였고, ② 2011. 6. 24. 처남 이JJ을 대표이사로 하여 정보화시스템 기획·개발업을 목적으로 하는 CC을 설립한 후 2019. 10. 23. 대표이사로 취임하였으며, ③ 2011. 10. 27. 처형인 이KK을 대표이사로 하여 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업 등을 목적으로 하는 DD을 설립하고 2019. 11. 4. 대표이사로 취임하였고, ④ 2012. 3. 2. LL 주식회사를 인수하여 대표이사로 취임한 뒤 업종을 정보화시스템 기획·개발로, 회사명을 EE으로 변경하였다. 즉 이 사건 사업장의 대표자 및 주주들은 박AA의 가족 또는 지인들로 구성되어 있으며, 그 실소유자는 박AA이었던 것으로 보인다.

GG은 2005. 11. 3. 설립되어 2016. 10. 11. 폐업되었고, FF는 2004. 9. 1. 설립되어 2020. 6. 30. 폐업되었다.

박AA은 2001. 5. 28.부터 주식회사 MM(이하 ‘MM’라 한다)에서 근무하였는데, 퇴직 전 직위는 부장으로 EMP(기업, 군, 공공) 사업 부문 영업을 담당하였다. 박AA은 2010. 9. 1.부터 BB에서 근무하였고, 2011. 3. 1.부터 원고의 부사장으로 근무하고 있다.

2) 이 사건 군 사업의 내용

주식회사 NN건설(이하 ‘NN건설’이라 한다)은 2010년경 지명경쟁 전자입찰을 통해 ○○ 용산에 있는 기존 국방부 부지에 지상 10층, 지하 4층 규모의 PP신청사 건물을 신축하는 “국방부 PP 신청사 구축사업(일명 00사업, 이하 ‘00사업’이라 한다)”의 시공사로 선정되었고, 그 직후인 2010. 12.경 최저가입찰을 통해 통신공정 부분을 원고에게 하도급하였다. 00사업은 2011. 12.경 완공될 예정이었으나 실제로는 2012. 8.경 완공되었다. 주식회사 OO(이하 ‘OO’이라 한다)은 2010년경 지명경쟁 전자입찰을 통해 ○○ ○○구 ○○동에 있는 QQ(**)를 안양으로 이전하는 사업인“QQ 이전사업(일명 @@ 사업, 이하 ‘@@ 사업’이라 하고, 00사업과 통칭하여 ‘이 사건 군 사업’이라 한다)”의 시공사로 선정되었고, 그 직후 네트워크공사 부분을 RR(rr)에 하도급하였는데, RR는 2012. 2.경 입찰을 통해 통신공정 부분을 원고에게 다시 하도급하였다. @@ 사업은 2012. 11.경 완공될 예정이었으나 실제로는 2015. 12.경 완공되었다.

3) 관련 고발사건 경과

당초 조사청은 원고의 대표이사 장ff과 박AA 등을 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등), 조세범처벌법위반 등 혐의로 고발하였는데, ○○지방검찰청은 2020. 4. 1. ‘① BB이 원고에게 물품을 공급하고 원고는 여기에 고정적 마진을 붙여 사업을 수주한 계약금액에 맞춰 군부대 공사현장에 납품하기로 한 양자 간 제휴 내지 합의가 있었던 것으로 이 사건 군 사업은 실질적으로 BB의 사업인 점, ② 원고가 거래에 관여하였다고 볼 수 있는 객관적인 증거가 없고 박AA이 이 사건 사업장 명의로 공급업체로부터 물품을 매입한 것으로 보일 뿐 박AA이 이 사건 군 사업 수행을 위해 원고에 입사하였다고 보기는 어려운 점, ③ BB이 그 실질이 없는 위장 회사라고 보이지 않아 BB이 제출한 매입처별 세금계산서합계표도 허위 기재되었다고 볼 수 없고, 박AA이 군관계자로부터 품목이나 수량이 노출되지 않아야 한다는 주의를 듣고 안전장치로 CC, DD, EE을 동원하여 장비를 분할 매수하였다고 봄이 타당하다고 판단되므로 이 사건 사업장이 위장회사라고 보이지 않는 점, ④ 이 사건 거래처는 이 사건 군 사업에 납품된 장비의 장애처리나 무상유지보수에 도움을 주기 위한 업체로 보이고, 위 장비가 이 사건 거래처를 거치지 않고 공급업체에서 군부대 공사현장으로 바로 운송되었다는 것만으로 실물거래가 없다고 할 수 없으므로 이 사건 거래처와의 거래를 허위거래로 단정할 수는 없는 점 등을 종합하면 각 세금계산서는 계약상의 합의에 의한 실질적인 거래 과정에서 수수한 것으로 볼 수 있고 달리 허위거래라고 인정할 만한 증거가 없다’는 이유로 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다.

이에 대하여 조사청이 2020. 5. 14. 항고하였고, ○○고등검찰청의 재기수사명령에 따른 재수사결과 2020. 12. 17. 재차 ‘① 이 사건 사업장이 독립된 경제주체로서 거래에 참여하였다고 보이는 점, 보안 유지 등을 위하여 여러 개의 업체를 통해 거래할 필요가 있었던 것으로 보이는 점, 실질적 운영자가 박AA으로 동일하고, 거래 대상 물품 실물이 직접 군부대 공사현장으로 이동한다고 하더라도 물건의 인도가 직접적일 필요는 없으므로 중간 업체의 실체가 없다고 단정할 수 없는 점, 이 사건 사업장에서 직접 원고로 매출한 부분도 있는 점 등을 고려하면 이 사건 사업장이 위장업체라고 단정하기 부족하고, ② 이 사건 사업장이 공급업체들로부터 견적서 등 거래 관련 서류를 주고받으며 업무협의를 한 사실이 인정되고 세금계산서를 수수한 점, 이 사건 거래처가 이 사건 사업장과 구체적인 거래내역을 주고받은 사실이 인정되는 점 등에 비추어 거래당사자 사이에 구체적인 합의가 있었다고 판단되며 재화나 용역의 공급이 없었다고 단정하기 어렵다’는 이유로 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분 결정이 내려졌다. 이에 불복하여 조사청이 2021. 1. 27. 항고하였으나, ○○고등검찰청은 2021. 2. 22. 항고를 각하하였다.

4) 세무조사 당시 관련자들의 진술 내용

가) 이 사건 군 사업의 장비는 HH 등 공급업체에서 이 사건 군 사업 공사현장으로 바로 운송되었다. 한편 조사청의 세무조사 당시 이 사건 사업장에 대하여 세금계산서를 발행한 공급업체 중 하나인 HH의 대표자는 ‘2013. 5.경 원고의 부사장인 박AA으로부터 CMS장비를 납품해달라는 연락을 받아 그에 따라 거래진행을 했었다’, ‘매출세금계산서 발행 단계에서 박AA 부사장이 세 업체(BB, hh정보보호기술, DD)로 나누어 발행해달라는 요청을 받았을 때 업체명을 처음 들었고 사실상 위 세 업체에 대해 아는 게 없다’, ‘원고의 요구에 따라 발행한 것이기 때문에 세금계산서의 금액이 어떻게 산정되었는지 모른다’고 진술하였고, 주문절차도 박AA과 원고의 차장인 박SS를 통해 메일로 받았을 뿐이라고 진술하였다(을 제2호증). HH의 실무 직원 역시 세무조사 당시, ‘원고 부사장 박AA이 HH 사장에게 직접 발주하였고 자신은 발주서를 토대로 원고의 박SS 차장과 업무협의를 하였다’, ‘CMS장비 출고, 검수, 보관 장소가 파주창고였고 검수 후 10일 정도 뒤에 HH의 용달차로 자신이 운전하여 현장으로 납품하였다’, ‘현장에서도 박SS 차장과 수량 확인절차를 진행하였던 것으로 기억한다’고 진술하였고, BB, CC, DD이라는 거래처는 기억에 없다고 진술하였다.

나) 또한 BB에 대하여 세금계산서를 발행한 공급업체인 TT의 대표는, ‘그 당시 원고의 박AA 부사장한테 주로 전화나 이메일로 발주를 받았으며 가끔 제가 원고 사무실로 방문하여 구두로 발주를 받기도 하였는데 장비를 원고 사무실로 직접 들고 가거나 용산현장으로도 직접 출고했었던 것으로 기억하고 박AA이 직접 알려주거나 원고의 직원이 지정하는 장소에서 담당 직원에게 전달하였던 것 같다’, ‘박AA을 보고 거래를 한 것이니까 전달받는 담당자가 중요한 것은 아니었다’, ‘BB 대표자 이름이나 실무자, 소재지를 모르고 BB에 가본 적도 없다’, ‘박AA이 원고가 아닌 BB 쪽으로 세금계산서를 발행해달라고 하였다’는 취지로 진술하였으며, 그 외에 공급업체인 주식회사 UU대표도 ‘자신을 원고의 부사장이라고 소개한 박AA의 납품요청으로 발주를 하였고 박AA에게 대금선납을 요청하자 박AA이 세 개 업체(BB, CC, DD)로 나눠서 매출을 발행해달라고 하며 업체별로 매출수량과 금액을 결정·통보하여 그대로 발행한 것으로, 위 업체들의 상호만 알 뿐 대표자와 실무자를 알지 못한다’, ‘GG과 계약서를 작성한 적이 없고, 발주, 견적 등 거래관련 서류나 연락은 박AA을 통하였으며, GG의 사업자 번호도 박AA이 말해주어 세금계산서를 발행하였다’고 진술하였다. 나머지 공급업체인 주식회사 bb, cc, dd, ee 등의 관계자들도 장비를 원고에게 직접 납품하였고 이 사건 사업장이나 이 사건 거래처를 알지 못하며 원고의 부사장인 박AA, 차장인 박SS의 요청에 따라 이 사건 사업장이나 이 사건 거래처 명의로 세금계산서를 발행하였다고 진술하였다.

다) 나아가 FF의 대표자는 원고에 대한 이 사건 군 사업 관련 매출에 관하여, ‘실제 장비를 납품했던 것은 아니고 다만 과거 2007년 군 프로젝트 수주당시 박AA의 군 프로젝트 수주 사업제안에 장비컨설팅에 참여를 한 사실이 있고 그에 대한 대가를 수주가 확정된 후에 유지보수를 참여하면서 받기로 보장받았다’, ‘수주가 될지 안될지도 모르고 수주로 이어지면 FF의 매출로 이어지기 때문에 장비설계 등에 도움을 주는 것이었고 향후에 일정부분 참여를 보장받았는데 이것은 IT업종의 관행이다’, ‘실제 장비납품이 없음에도 원고에 매출세금계산서를 발급한 것은 원고가 전산유지보수 수주를 못하는 바람에 장비설계 당시 참여한 대가를 지급받기 위해 장비납품 세금계산서를 마진 5%를 붙여 발행한 것이다’, ‘이 사건 사업장에서 매입금액의 5%를 가산하였고 박AA으로부터 받은 연락내용에 따라 발행일자, 공급가액을 기재하여 발행하였다’, ‘이 사건 군 사업은 박AA과 원고의 박SS 차장으로부터만 연락을 받았다’, ‘이 사건 사업장은 @@ 사업 관련 박AA이 세금계산수취 회사를 지정해주면서 처음 알게 되었고, 이 사건 사업장의 실무자 또는 직원을 만나거나 이 사건 사업장을 찾아간 적은 없으며, 따로 계약서도 작성하지 않았다’고 진술하였다.

라) 반면 GG 대표자는 2010년경 BB으로부터 네트워크 기술 지원을 받은 적이 있고, 2013년부터는 BB에 대하여 메일이나 전화로 구두발주를 하였으나 별도의 계약서는 작성하지 않았고, BB이 국방부로 바로 납품을 하면 대표와 직원이 가서 검수하는 등 이 사건 사업장과도 실거래를 하였고 원고와도 실거래를 하였으므로 이 사건 사업장으로부터 수취하거나 원고에 대하여 발행한 각 세금계산서는 허위가 아니고, 매입처인 이 사건 사업장의 위치 등은 알지 못하나 박AA의 소개로 매입을 진행한 것이라고 진술하였다. 그러나 GG의 다른 직원들은, 외국계 회사가 고객사였고, 이 사건 사업장과 이 사건 군 사업을 전혀 모르며, 국방부에 출입하거나 이 사건 군 사업 관련 장비를 취급, 설치, 장애처리, 유지보수 등을 한 사실도 없다고 진술하였다.

마) 박AA은 2019. 4. 4. 세무조사를 받으면서 군 관련 사업을 키워나가고자 BB을 설립한 것인데 특별히 직원을 스카우트한다거나 연구개발을 강화하는 등의 활동을 한 바는 없고, 공공분야 입찰을 위해서는 회사의 업력이 길어야 하므로 LL을 인수하여 업종을 변경하고 EE을 설립한 것이라고 진술하였다. 한 개의 법인을 설립해서 운영하지 않고 원고에 입사한 후에도 여러 회사를 설립하여 운영한 이유를 묻는 조사자의 질문에는 “이런 상황(범칙혐의로 세무조사를 받는 상황)이 될 줄 알았으면 원고에 입사하지 않고 그냥 4개 회사(이 사건 사업장)를 운영했을 것입니다.”라고만 답하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거들, 갑 제3 내지 8, 41, 42, 47 내지 50호증, 을 제2 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 이 사건 거래의 위장거래(끼워넣기 거래) 해당 여부

1) 관련 법리

구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 이때 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 것의 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 ‘끼워넣기거래’를 들 수 있는데, 이때 어느 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래로서 끼워넣기 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조).

한편 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것이므로, 부가가치세법령상 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 참조).

2) 구체적 판단

위와 같은 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 인정사실에다 갑 제9 내지 29, 33 내지 38, 51 내지 56호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 거래가 실물의 이동을 수반하지 않은 가공거래로서 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고가 제출하는 증거만으로는 그와 달리 이 사건 거래가 실체와 부합하는 진정한 거래라는 사실을 인정하기 부족하며 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다.

① 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의 불기소처분 사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조).

② 이 사건 사업장 중 BB을 제외한 나머지 회사는 원고가 00사업의 통신공정 부분을 하도급 받은 이후 비로소 박AA에 의해 설립되거나 인수된 것이며, 원고가 하도급받은 이 사건 군 사업 공정이 모두 종료된 2016년 이후부터는 매출이 거의 발생하지 않았다. 이 사건 세금계산서 중 이 사건 사업장 명의로 발급된 세금계산서는 모두 원고와 동일한 IP주소에서 발급되었고, 심지어 BB의 직원으로 등재되었던 자도 BB의 사업장 소재지나 대표자를 전혀 모르고 있으며 오히려 원고를 위해 근무한 것이라고 진술하였다. 원고가 제출한 갑 제15 내지 29호증의 각 기재로는 이 사건사업장이 서류상으로 각 주식회사의 외관을 갖추었음을 인정할 수 있을 뿐이고, 그 대

표자나 직원으로 등재된 자들조차 회사의 실질을 알지 못하였던 이상, 위 증거만으로 이 사건 사업장이 별개의 실체나 사업에 필요한 인적·물적 설비를 갖추고 있었다고 인정하기 어렵다.

③ 나아가 공급업체, 이 사건 거래처의 대표자 및 직원들이 한 진술을 모두 보더라도 이 사건 사업장이나 이 사건 거래처가 이 사건 군 사업 현장으로의 재화의 운송, 해당 재화의 보관이나 납품, 재화나 용역의 제공에 직접적으로 관여한 것이 발견되지 않고, 그 외 재화나 용역의 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관한 합의나 이 사건 거래에 따른 권리·의무를 이 사건 사업장 등에 실제 귀속시키고자 하는 의사의 합치가 있었다고 보기도 어렵다.

④ 이에 대하여 원고는 세무조사 과정에서 있었던 각 진술인들의 진술을 신뢰할 수 없다고 주장하나, 대부분의 공급업체 대표자들 및 FF 대표자가 ‘박AA이 사업을 진행하였고 박AA의 요청으로 세금계산서를 발행하였을 뿐 원고 외에 나머지 회사를 알지 못한다’고 일치된 진술을 하고 있는 점, GG 직원들 역시 이 사건 거래에 관하여 전혀 알지 못하고 관련 업무를 수행한 적도 없다고 진술하고 있는 점, 달리 세무조사 과정에서 한 진술자들의 진술이 의사에 반하여 강제로 이루어진 것이라고 볼 만한 자료도 존재하지 않는 점 등을 종합하여 보면, 각 진술인들의 진술이 사실을 정확히 알지 못한 상태에서 진술하였다거나 허위로 진술한 것이라고 보기 어려울 따름이다.

⑤ 원고는 이 사건 사업장과 이 사건 거래처가 이 사건 거래에서 일정한 역할과 책임을 부담하였다고 주장하며 갑 제33호증의 메일을 제출하고 있다. 그러나 갑 제33호증 메일 중 원고가 지적하는 2013. 6. 14. CC이 정대갑에게 보낸 “Re:세금계산서 발행요청” 부분(갑 제33호증 16, 17면)을 보면, CC이 2013.5. 31. HH에 세금계산서 발행요청을 하여 HH이 2013. 6. 7. CC에 발주서 작성을 요청하였고, 이에 CC이 2013. 6. 14. 와 이정보통신에 발주일자가 2013. 5. 1.로 기재된 발주서를 보낸 것으로 그 순서 및 내용에 비추어 보더라도 세금계산서 발행을 위해 발주서가 작성된 것으로 보일 뿐 CC의 선주문(발주서)에 따라 HH이 CC에 장비를 납품한 뒤에 세금계산서가 발행되는 정상적 거래 과정이 순차적으로 이루어진 것으로 보이지 아니한다.

⑥ 또한 원고는 갑 제33호증 중 2013. 12. 23. HH 직원 정◯◯이 박AA에게 보낸 “HH입니다”라는 메일(갑 제33호증 18, 19면)을 근거로 2013. 8. 5. 이미 CC과 CMS자재류납품계약을 체결하는 등 실거래가 있었으므로 이에 반하는 CC의 대표자나 직원의 진술을 신뢰할 수 없다고도 주장하나, 위 2013. 8. 5.자 CMS자재류납품계약서가 첨부된 메일은 2013. 12. 23. 박AA에게 발송된 것으로 위 납품계약서에 CC과 HH의 날인도 되어있지 않은바, 오히려 2013. 12. 23.에 2013. 8. 5.로 소급하여 납품계약서를 작성하려 하였던 것으로 보일 뿐이다. 즉 이로써 2013. 8. 5. 당시 HH이 CC과 이미 거래를 하고 있었다고 인정하기는 어렵고, HH 대표자나 직원의 진술이 허위라고 보기도 어렵다. 그 외에 이 사건 사업장과 공급업체 사이에 견적서와 발주서를 주고받은 사실은 확인되나, 이는 앞서 본 공급업체 관계자들의 진술에 비추어 볼 때 세금계산서의 발행만을 위해 작성되었던 것으로 보일 뿐이다.

⑦ 원고가 제출한 갑 제34 내지 38호증의 각 거래내역에 의하면 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처 사이에 자금 흐름이 있었음이 확인된다. 그러나 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처가 수취한 금원은 이 사건 거래의 외형을 창출하는데 협조한 대가로 보이고, 위 현금흐름 역시 그에 따른 세금계산서 발행의 외관을 만들기 위한 자금거래였을 가능성을 배제하기 어렵다. 결국 박AA의 요청에 따라 이 사건 거래 관련 세금계산서를 사실과 달리 나누어 발행하였다는 진술인들의 일치된 진술을 위 자금 흐름만으로 배척하기 어렵고, 달리 이 사건 사업장과 이 사건 거래처가 거래당사자로서 실질적인 역할을 담당하였다고 인정하기에는 부족하다.

⑧ 원고는 국방부의 요청에 따라 이 사건 사업장을 이용하여 이 사건 군 사업에 사용될 장비를 분할 매수하여 구매처나 장비의 종류 파악을 어렵게 하고 장비의 전체수량을 쉽게 파악할 수 없도록 한 것이라고 주장한다. 원고가 이 사건 군 사업을 하도급받을 당시 시행중이던 구 국방정보화업무훈령(2014. 7. 9. 국방부훈령 제1683호로 전부개정되기 전의 것) 제41조 제7호는 ‘사업관리기관은 누출금지정보[별표A6]에 관한 내용을 참조하여 계약 문서를 작성하여야 한다’고 규정하고 있고, [별표A6] 누출금지정보의 범위 가이드에 “⑥ 보안시스템 및 정보보호시스템 도입 현황, ⑦ 방화벽ㆍIPS 등 정보보호제품 및 라우터ㆍ스위치 등 네트웍장비 설정 정보”가 포함되어 있기는 하다. 그러나 위 규정은 그 내용 자체를 보더라도 해당 가이드의 내용을 참조하여 계약문서를 작성하여야 함을 규정한 것뿐이고, 국방부나 이 사건 군 사업 시공사가 원고와의 계약서 등에 기밀로 할 사항을 기재하는 것 등이 충분히 가능함에도 정작 원고가 이러한 내용이 기재되어 있는 문건 등을 제출하지는 못하고 있다. 결국 위 규정의 존재만으로 국방부나 이 사건 군 사업 시공사들이 구두로 원고에게 장비 분할 매수를 요청하였음을 뒷받침하는 사정이 된다고 보기는 어려우며, 달리 원고의 주장을 인정할 만한 증거가 없다[박AA 스스로도 2019. 4. 4. 세무조사를 받을 당시에 그와 같은 진술을 한 바 없으며, 설령 국방부 측에서 그러한 요청을 하였다고 하더라도 이 사건 사업장의 매출세금계산서가 동일한 장소에서 발행되었고 이 사건 사업장의 대표이사나 주주가 모두 박AA과 관련이 있는 자들이어서 그 추적이 오히려 용이한 것으로 보이는 점을 고려하면, 이 사건 사업장을 이용한 분할 매수 방법이 그러한 정보누출금지(기밀 유지)에 적합한 방법이었다고 보이지도 아니한다].

⑨ 원고는 이 사건 거래처를 통해 납품을 함으로써 통신장비에 하자가 발생하는 경우 이 사건 거래처 등을 통해 해결하고자 하였다고 주장한다. 그러나 원고와 이 사건 거래처 사이에 하자보증에 관한 합의가 존재함을 뒷받침할 어떠한 증거도 없으며,

오히려 이 사건 거래처의 직원들은 원고나 국방부의 업무를 한 적이 없다고 진술하고 있으므로, 원고의 주장을 그대로 받아들일 수 없다. 나아가 이 사건 군 사업이 최종적으로 2015. 12. 완료된 후 이 사건 군 사업의 계약서상 하자보증기간(24 ~ 36개월)이 지나기도 전인 2016년에 이 사건 거래처 중 하나인 GG이 폐업한 점, 원고나 이 사건 거래처가 이 사건 군 사업의 하자보증기간에 실제 하자보수를 수행하였다고 볼 증거도 전혀 없는 점 등을 보더라도 원고의 주장을 그대로 믿기 어렵다.

⑩ 원고는 갑 제9 내지 14호증의 각 메일 및 갑 제51 내지 56호증의 이 사건 군 사업 관련 시방서 등 박AA이 보관하고 있던 자료를 제출하면서 박AA이 원고에 입사하기 전부터 이 사건 군 사업을 준비하였던 사정에 비추어 보아도 박AA이 BB을 통해 이 사건 군 사업을 추진하였고 원고와는 협업 관계에 있었던 것이며, 이 사건 거래는 박AA이 이 사건 사업장의 실소유주로서 실제로 행한 것으로써 원고가 행한 끼워넣기 거래가 아니라는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 제출한 자료들은 박AA이 MM에서 근무하던 기간에 이 사건 군 사업 관련 업무를 한 사실이 있음을 뒷받침할 뿐이고, 더 나아가 박AA의 행위가 원고의 부사장으로서가 아닌 이 사건 사업장의 실소유주로서의 행위라거나 이 사건 거래가 끼워넣기 거래가 아님을 뒷받침하는 사정이라고 보기는 어렵다. 또한 박AA이 공급업체에도 스스로를 원고의 부사장이라고 소개하였고 공급업체가 BB을 비롯한 이 사건 사업장의 실체를 알지 못하였던 사정에 비추어 보면, 공급업체 역시 거래 상대방이 실제로 원고라고 인식하였으나 세금계산서 발행만을 박AA의 요청에 따라 각 회사로 하였던 것으로 보일 따름이다.

마. 이 사건 각 처분의 부과제척기간

1) 관련 규정

구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세․증여세를 제외한 나머지 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우에는 ‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년’, 제1의2호에서 납세자가 부정행위를 하여 가산세 부과대상이 되는 경우에는 ‘해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년’으로 규정하고 있다.

2) 이 사건 법인세 부과처분의 부과제척기간

가) 관련 법리

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결, 대법원 2021. 12. 30. 선고 2021두33371 판결 등 참조). 한편 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의 2 제1항은 “법 제26조의2 제1항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.”라고 규정하고, 조세범 처벌법 제3조 제6항 제5호는 ‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’을 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 하나로 들고 있다.

나) 구체적 판단

앞서 든 인정사실 및 증거들에 의하면, 원고는 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처로부터 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 수취하였고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위신고한 사실을 알 수 있다. 즉 원고는 이 사건 세금계산서를 이용하여 부풀려진 공급가액 상당액을 매입으로 손금산입함으로써 손금의 과다계상, 법인세 과세표준을 과소계상하였는바, 이로써 원고에게 법인 소득에 대한 적극적 은닉의도가 있었음을 추단할 수 있다. 이러한 사실과 다른 세금계산서 수취 및 그에 따른 법인세 신고가 수년간 지속되어 온 점, 원고의 위와 같은 행위로 인하여 부과되지 못한 법인세액이 가산세를 포함하여 51억 원을 넘는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위로 신고한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 한다.

따라서 이 사건 법인세 부과처분에는 10년의 부과제척기간이 적용되고, 그에 따른 가산세 역시 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호에 따라 10년의 부과제척기간이 적용된다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

3) 이 사건 부가가치세 부과처분의 부과제척기간

가) 관련 법리

납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 하기 위해서는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2019. 9. 9. 선고 2019두31730 판결 등 참조).

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 규정형식, 입법 취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 된다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 참조).

나) 구체적 판단

⑴ 앞서 인정한 사실 및 위 법리에 의하면, 피고가 2019. 7. 1. 원고에 대하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2013년 제2기 부가가치세 및 가산세의 부과제척기간 기산일은 이를 부과할 수 있는 날인 2014. 1. 26.인바(구 국세기본법 제26조의2 제5항, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호, 부가가치세법 제49조 제1항 본문), 2019. 7. 1. 기산일로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백하고, 2009년 제1기 내지 2013년 제2기분에 해당하는 각 부가가치세 및 가산세 역시 부과제척기간 기산일로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백하다.

⑵ 이에 대하여 피고는, 원고가 끼워넣기 거래인 이 사건 거래를 통해 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 발급받은 것은 부정행위에 해당하므로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제1의2호에 따라 장기부과제척기간 10년이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 인정사실로 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고에게 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 부가가치세 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어렵고, 달리 이 점을 인정할 만한 증거가 없다.

① 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처는 모두 각 거래에 따른 부가가치세를 신고하며 그 납부까지 모두 완료하였고 이후 피고에 의해 이 사건 거래가 부인되기 전까지 이를 환급받은 바도 없어 이 사건 거래 전체 과정에서 부가가치세의 세수일실은 발생하지 않았다.

② 이에 대하여 피고는, 방위산업의 경우 원가가산방식의 보상이 이루어지는데 원고가 끼워넣기 거래를 통하여 매입가액을 부풀려 원가를 상승시킴으로써 부당한 이득을 취하였다고 주장한다. 그러나 이 사건 군 사업은 지명경쟁 전자입찰로 진행되어 NN건설과 OO이 각 그 시공사로 선정되었고, 위 NN건설 등이 실시한 최저가입찰에서 원고가 최저가 투찰로 낙찰자로 선정된 것임은 앞서 본 바와 같은바, 피고의 주장은 이와 다른 전제에서 하는 것일 뿐 아니라 그 자체로도 매입세액의 공제 등으로 인한 국가의 조세수입 감소와 무관하다.

⑶ 그렇다면 원고가 이 부분 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받은 행위 자체는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 규정된 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분에 10년의 부과제척기간을 적용할 수는 없다고 볼 것이다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기 내지 2013년 제2기분의 각 부가가치세 부과처분 및 가산세 부분은 부과제척기간을 도과한 것이어서 위법하다.

4) 소결

이 사건 법인세 부과처분에 대하여는 10년의 부과제척기간이 적용되어야 하므로 이 사건 법인세 부과처분은 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하다. 그러나 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하므로 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기 내지 2013년 제2기분의 각 부가가치세 부과처분 및 가산세 부분은 5년의 부과제척기간 경과 후에 이루어져 위법하다.

바. 이 사건 세무조사의 위법 여부

1) 관련 규정

구 국세기본법 제81조의10은 제1항에서 ‘세무공무원은 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 또는 서류 등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다’, 제2항에서 ‘제81조의6 제3항 각 호의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다’고 각 규정하고, 제5항에서 ‘납세자가 제2항에 따라 일시 보관하고 있는 장부등의 반환을 요청한 경우로서 세무조사에 지장이 없다고 판단될 때에는 요청한 장부등을 즉시 반환하여야 한다’고 규정하고 있으며, 제3항에서 ‘세무공무원은 제2항에 따라 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하고자 하는 경우 납세자로부터 일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일시보관증을 교부하여야 한다’고 규정하면서 제7항에서 장부등의 일시 보관 방법 및 절차 등을 대통령령에서 정하도록 규정하고 있다.

위 위임에 따라 구 국세기본법 시행령 제63조의11은 제1항에서 세무공무원이 법 제81조의10 제2항에 따라 장부등을 일시 보관하려는 경우 그 일시 보관 전에 납세자 등에게 고지하여야 할 사항을 규정하고 있고, 제2항에서 ‘납세자등은 조사목적이나 조사범위와 관련이 없는 등의 사유로 일시 보관에 동의하지 아니하는 장부등에 대해서는 세무공무원에게 일시 보관할 장부등에서 제외할 것을 요청할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 정당한 사유 없이 해당 장부등을 일시 보관할 수 없다’고 규정하고 있으며, 제3항에서 ‘세무공무원은 해당 세무조사를 종결할 때까지 일시 보관한 장부등을 모두 반환하여야 한다’고 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

가) 앞서 든 증거들, 갑 제39, 40호증, 을 제17, 18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 조사청은 2019. 2. 14.부터 2019. 6. 18.까지 원고의 2013 내지 2017 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 사실, ② 당시 조사 담당 공무원은 원고의 장부등을 가져가며 2019. 2. 14. 일시보관증을 교부하였는데(갑 제39호증에는 2018. 2. 14.로 기재되어 있으나 2019. 2. 14.의 오기라는 점에 관하여 당사자 사이에 다툼이 없다) 첨부된 “일시보관 서류 등의 목록”에는 각 서류 목록 외에 “외장하드”가 기재되어 있는 사실, ③ 조사청은 2019. 4. 25. 조세범칙조사로 전환하면서 세무조사범위를 2009 내지 2017 사업연도로 확대하였던 사실, ④ 원고에 대한 세무조사를 담당하였던 세무 공무원인 김gg가 검찰에서 ‘원고 대표 장ff이 일시 보관 조사에 동의를 해서 당시 장ff이 사용하던 컴퓨터를 분석하던 중 쟁점 과세자료를 확인하였다’는 취지로 진술한 사실, ⑤ 결과적으로 조사청이 쟁점 과세자료를 특정하여 원고로부터 일시보관동의서를 받은 적은 없고, 위 자료에 관하여 압수수색영장을 받은 적은 없었던 사실이 각 인정된다. 나아가 ⑥ 쟁점 과세자료는 조사청이 최초 세무조사 당시 일시 보관하고 있던 외장하드(원고와 세무공무원 김gg는 “PC자료”라고 하나, “일시보관 서류 등의 목록”에는 컴퓨터가 아닌 “외장하드”만이 기재되어 있으므로 위 PC자료는 외장하드를 지칭하는 것으로 보인다)에서 발견된 것으로 보이고, 원고로부터 임의로 추가 제출받은 것이 아님은 분명하며, 다만 그 발견 시점이 조세범칙조사로 전환하기 전인지 그 이후인지는 명확하지 않아 보인다.

나) 그런데 앞서 본 인정사실로 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 세무공무원이 세무조사범위 확대 후 원고로부터 쟁점 과세자료에 대한 별도의 일시보관동의서를 받지 않았다고 하더라도, 이것만으로 이 사건 세무조사가 위법하다고는 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 구 국세기본법 제81조의10은 세무조사에서 납세자의 권익을 보장하기 위하여 2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되면서 신설된 조항으로서, 세무공무원이 납세자의 동의를 받아야 장부등을 일시 보관할 수 있고, 납세자가 반환을 요청한 경우 이를 반환하도록 함으로써 장부등 원본의 제출 및 세무관서의 장기간 보관으로 인하여 납세자의 사업에 지장이 초래되는 것을 방지하기 위한 것이었다.

더하여 구 국세기본법 제85조가 납세자에게 과세자료의 제출과 그 수집에 협조할 의무를 부과하고 있는 점, 구 국세기본법 제81조의10에 따른 구 조사사무처리규정(2020. 7. 10. 국세청훈령 제2379호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제3항에서 납세자에게 ‘일시보관 서류 등의 목록’을 제공하도록 하였으나, 이 역시 일차적으로는 세무공무원이 일시 보관하고 있던 장부등을 반환할 때 그 누락 등을 방지하기 위한 목적이라고 보이고, 여기에 구 조사사무처리규정이 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기는 어려운 점까지 더하여 보면, 위 규정들이 형사소송법의 압수수색 요건에 준하는 것으로서 세무조사 시 수집된 장부등에 대한 증거능력을 좌우하는 것으로까지 보기는 어렵고, 위 규정에 따라 원고에게 교부된 ‘일시보관 서류 등의 목록’에 일시 보관에 동의한 외장하드 등 물건 자체의 목록에 더하여 외장하드 내부의 파일 목록까지 탐색·특정하여 기재하여야 한다거나 그러하지 아니할 경우 세무조사 자체가 위법하게 된다고 보기도 어렵다.

② 원고는 2019. 2. 14.경 세무공무원에게 외장하드와 장부등 과세자료를 제출하였고 일시보관증을 받았는바, 당시 세무공무원이 원고에게 교부한 ‘일시보관 서류 등의 목록’에는 외장하드가 포함되어 있었다. 달리 세무공무원이 별도의 행위를 통해 원고의 사무실이나 대표이사 등으로부터 쟁점 과세자료를 추가 확보하였던 것은 아니며, 원고가 세무공무원에게 일시 보관 중인 외장하드나 장부등 자료의 반환을 요청하였다거나, 구 국세기본법 시행령 제63조의11 제2항에 따라 쟁점 과세자료를 일시 보관할 장부등에서 제외할 것을 요청하였다는 등의 사정도 보이지 아니한다.

③ 조사청이 최초 법인세 통합조사를 실시하였다가 조세범칙조사로 전환하면서 조사범위를 확대한 것 자체에는 어떠한 위법도 발견되지 않는다. 또한 세무공무원에게 납세의무자 또는 관계인에게 필요에 따라 질문을 하고, 관계서류, 장부 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있는 권한이 부여되어 있어(구 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호, 구 부가가치세법 제74조 제1항, 제2항, 구 법인세법 제122조 등) 세무공무원이 원고에게 조사범위가 확대된 과세기간에 관한 자료를 요청하였을 경우원고로서는 마땅히 이를 제출할 의무도 있다.

다) 설령 쟁점 과세자료의 제출에 관하여 별도로 원고의 동의를 받지 않은 것에 절차적 하자가 있다고 보더라도, 과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 점, 앞서 본 바와 같이 쟁점 과세자료는 세무공무원이 요청하는 경우 원고가 제출할 의무가 있는 자료로 보이고, 이 사건 각 처분은 기본적으로 원고가 작성한 과세자료와 관련자들의 진술 내용 등 객관적 증거들을 근거로 하여 이루어진 것이고 쟁점 과세자료만으로 이루어진 것이라고 보기도 어려운 점 등을 고려하면, 이로 인하여 원고의 이 사건 각 처분에 대한 방어권 행사가 실질적으로 침해되었다고 보기도 어렵다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

사. 소결

앞서 본 바와 같이 이 사건 각 처분 중 2009년 제1기 내지 2013년 제2기분 각 부가가치세 및 가산세 부분은 처분 당시 이미 부과제척기간을 도과하였으므로 위법하여 취소되어야 하나, 이를 제외한 나머지 부가가치세 부과처분 및 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.