통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 부채로서 이월과세 요건인 '소멸하는 사업장의 순자산가액'에서 공제할 수 있는 채무인지 여부

상세내용

주 문

1. 원고의 피고 서울특별시 ▲▲▲구청장에 대한 소를 각하한다.

2. 원고의 피고 ▲▲▲세무서장에 대한 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 ▲▲▲세무서장이 2022. 3. 2. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 2,028,977,350

원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,649,242원을 초과하는 부분 및 피고 서울특별시 ▲▲▲

구청장이 2022. 3. 15. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 지방소득세 200,073,170원(가산세 포

함)의 부과처분 중 13,764,924원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1991. 8. 31. □□□시 ■■■동 109-6 대 1,083.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라

한다)를 취득하고, 이 사건 토지 지상에 철골조 슬래브지붕 3층 제1, 2종 근린생활시설

을 신축한 후 1996. 8. 29. 소유권보존등기를 마쳤으며(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고,

이 사건 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다), 1996. 9. 15.경부터 이

사건 건물에서 부동산 임대업을 영위하였다(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다).

나. 원고는 이 사건 각 부동산을 공동담보로 2차례에 걸쳐 합계 10억 원을 차용하

면서(이하 ‘이 사건 부채’라 한다), 이 사건 각 부동산에 관하여 2017. 2. 13. 근저당권

자 주식회사 CCC은행(이하 ‘CCC은행’이라 한다), 채무자 원고, 채권최고액 6억 원의

근저당권설정등기를, 2017. 5. 17. 근저당권자 CCC은행, 채무자 원고, 채권최고액 6억

원의 근저당권설정등기를 마쳤다(이하 ‘이 사건 각 근저당권’이라 한다).

다. 원고는 2018. 9. 30. 주식회사 AAA(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)과 사

이에, 이 사건 사업에 관한 권리·의무 일체를 자산 합계 5,046,745,870원(이 사건 토지

의 감정평가액 4,896,516,000원과 이 사건 건물의 감정평가액 142,793,100원 포함), 부

채 합계 1,232,965,870원(이 사건 부채 10억 원 포함), 순자산가액 3,813,780,000원(=

5,046,745,870원 – 1,232,965,870원)으로 평가하여 원고가 이를 이 사건 법인에 포괄적

으로 현물출자하고(기준일 2018. 9. 30.), 이 사건 법인으로부터 위 순자산가액에 상응

하는 이 사건 법인의 보통주식 381,378주(1주당 금액 10,000원)를 교부받기로 정한 중

소기업통합계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다).

라. 원고는 2018. 12. 11. 상법 제422조에 따라 서울동부지방법원 2018비합****호

로 이 사건 현물출자에 관하여 감정인의 감정보고서를 인가받았고, 이 사건 법인은

2018. 12. 14. 이 사건 현물출자계약에서 정한 원고의 주식을 포함하여 3,898,780,000

원 상당의 보통주식 389,878주(1주당 금액 10,000원)를 발행하고 그 등기를 마쳤다.

마. 이 사건 각 부동산에 관하여, 2019. 1. 28. 이 사건 법인에게 2018. 9. 30. 현물

출자를 원인으로 소유권이전등기가 마쳐졌고, 2019. 2. 19. 이 사건 각 근저당권이 모

두 말소되었으며, 2019. 4. 12. 근저당권자 주식회사 BBB은행, 채무자 이 사건 법인,

채권최고액 12억 원의 근저당권설정등기가 마쳐졌다.

바. 원고는 2019. 4. 1. △△△세무서장에게 이 사건 각 부동산에 관하여 양도소득을

예정신고하면서 조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다) 제31조(중소기업 간의 통합에

대한 양도소득세의 이월과세 등)에 따른 양도소득세 이월과세의 적용을 신청하였다.

사. 피고 ▲▲▲세무서장은 2021. 10. 4.경부터 2021. 11. 18.경까지 원고에 대한 세무

조사를 실시한 결과, ‘① 이 사건 부채 10억 원은 이 사건 사업과 관계없는 채무로서

통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액에서 공제할 수 없으므로 이 사건 현물

출자로 원고가 취득하는 주식가액 3,813,780,000원이 통합으로 인하여 소멸하는 이 사

건 사업장의 순자산가액 4,813,780,000원1)보다 크지 않고, ② 신청기간을 도과한 후에

이월과세의 적용을 신청하였으므로 조특법 제31조, 조특법 시행령 제28조 제1항, 제3

항에서 정한 양도소득세 이월과세의 요건을 충족하지 못하였다’고 판단하였다.

아. 이에 따라 피고 ▲▲▲세무서장은 2022. 3. 2. 원고에 대하여 2018년 귀속 양도소

득세 2,028,977,350원(가산세 포함)을, 피고 서울특별시 ▲▲▲구청장은 2022. 3. 15. 원고

에 대하여 2018년 귀속 지방소득세 200,073,170원(가산세 포함)을 각 결정·고지하였다.

자. 원고는 위 각 부과처분에 불복하여 2022. 5. 16. 심판청구를 제기하였으나, 조세

심판원은 2023. 8. 23. ‘원고가 2018년 귀속 양도소득세의 확정신고기한인 2019. 5. 31.

이내인 2019. 4. 1. 과세표준을 신고하였음’을 이유로 각 부과처분 중 무신고가산세의

100분의 50에 상당하는 금액을 감면하는 것으로 세액을 경정하도록 하고, 나머지 심판

청구는 기각하는 결정을 하였다(이하 피고 ▲▲▲세무서장의 당초 양도소득세 부과처분

중 위 경정결정을 통하여 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 갑 제8 내지 12호증, 을 제1호증의 각

기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 피고 서울특별시 ▲▲▲구청장에 대한 소의 적법 여부에 관한 판단

구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제86조

제1항은 ‘소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자

는 지방소득세를 납부할 의무가 있다’고 규정하고, 구 지방세법 제103조의7 제1항은

‘거주자가 소득세법 제110조에 따라 양도소득과세표준 확정신고를 하는 경우에는 해당

신고기한까지 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준과 세액을 대통령령으로 정하

는 바에 따라 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 확정신고·납부하여야 한다’고 규정

하고 있다. 한편 구 지방세법 제103조의59 제1항 제5호, 제3항에 따르면, 세무서장 또

는 지방국세청장은 국세기본법 또는 소득세법에 따라 소득세를 환급한 경우 원칙적으

로 환급한 날이 속하는 달의 다음 달 15일 내에 대통령령으로 정하는 지방자치단체의

장에게 통보하여야 하고, 지방자치단체의 장이 위 통보를 받은 경우 해당 소득세와 동

일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는

경우 이를 환급하여야 한다.

이와 같은 지방소득세의 관련 규정에 비추어 보면, 양도소득세 부과처분과 함께 개

인지방소득세 부과처분이 이루어진 경우 특별한 사정이 없는 한 개인지방소득세 부과

처분의 위법사유를 다투는 납세의무자로서는 관할 세무서장을 상대로 한 소송에서 양

도소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 충분하고, 이와 별도로 개인지방소득세 부과

처분의 취소를 구하는 소를 제기할 필요가 없다(대법원 2023. 8. 18. 선고 2023두

40588 판결 등 참조).

따라서 원고로서는 피고 서울특별시 ▲▲▲구청장을 상대로 개인지방소득세 부과처분

의 취소를 별도로 구할 소의 이익이 있다고 보기 어려우므로, 원고의 피고 서울특별시

▲▲▲구청장에 대한 소는 부적법하다.

4. 이 사건 처분의 위법 여부(피고 ▲▲▲세무서장에 대한 청구에 관하여)

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 부채는 일반기업회계기준에 따라 이 사건 사업장의 재무제표상 부채로

계상되므로 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호에 따라 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업

장의 순자산가액’ 산정 시 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’ 중 하나로서 공제되어야 한

다. 피고들은 부채가 사업과 관련성이 있는 부채여야 공제대상에 해당된다고 보았으나

관련 조특법령에는 공제대상 부채를 사업 관련성이 있는 부채로 한정하는 취지의 규정

이 없다. 또한 현물출자한 이 사건 각 부동산의 시가가 정당하게 평가되었으므로, 이 사

건 현물출자는 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 정한 ‘통합으로 인하여 소멸하는

사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합

으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상일 것’이라는 요건을 충족하였다.

설령 이 사건 부채가 이 사건 사업과 관련성이 있는 부채여야 공제대상에 해당

된다고 보더라도, 이 사건 부채는 사업용 고정자산을 담보로 받은 대출로서 자기자본

을 타인자본으로 대체시켜 투하자본을 회수한 것이므로 사업 관련성이 인정된다.

2) 원고는 2018년 귀속 양도소득 과세표준 확정신고기한인 2019. 5. 31. 이전인

2019. 4. 1. 이월과세 신청서를 제출하였으므로 신청기간을 도과하지 않았다.

나. 판단

1) 조특법은 제2조 제1항 제6호에서 ‘이월과세(移越課稅)’란 개인이 해당 사업에

사용되는 사업용 고정자산 등(이하 이 호에서 ‘종전사업용 고정자산 등’이라 한다)을

현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서

는 ｢소득세법｣ 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신

이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용 고정자

산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산

한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한

다고 규정하고, 제31조 제1항에서 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간

의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산(이하 ’

사업용 고정자산‘이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인

(이하 이 조에서 ’통합법인‘이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서

는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있다.

그 위임에 따라 마련된 조특법 시행령 제28조 제1항은 조특법 제31조 제1항에

서의 ‘대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합’이란 제29조 제3항에

따른 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자가 당해 기업의 ‘사업장별

로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것’으로서

다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다고 규정하면서, 그 요건 중 하나로 ‘통합으로 인

하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분

의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가

한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다) 이상’

인 경우에 한하여 이월과세를 적용받도록 정하고 있다(제2호).

이처럼 양도소득세 이월과세의 요건으로 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의

중소기업자가 취득하는 주식 또는 지분 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순

자산가액 이상일 것’을 규정한 이유는, 중소기업 간의 통합을 장려하여 생산 또는 경영

규모의 적정화를 유도하기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 통합법인에 그대

로 승계되도록 해야 하는데, 소멸되는 사업장의 중소기업자가 출자금액을 부당하게 축

소시키는 것을 방지하기 위함이다. 여기에 조특법 시행령 제28조 제1항에서 정한 ‘사업

장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것’의

문언 내용 및 취지를 보태어 보면, 이월과세 요건인 순자산가액 즉 ‘현재의 시가로 평

가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 계산함에

있어서 그 자산이나 부채는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 자산이나 부채로

한정하는 것이 타당하다.

2) 앞서 든 증거들 및 을 제2 내지 7호증, 을 제9호증(가지번호 있는 것은 가지

번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정 등을

종합하면, 이 사건 부채는 이 사건 사업과 관련이 없는 부채이므로, 통합으로 인하여

소멸하는 사업장의 순자산가액에서 공제할 수 없다고 봄이 타당하다.

     가) 원고는 피고 ▲▲▲세무서장으로부터 이 사건 부채가 이 사건 사업과 관련성

이 있는지에 관하여 소명요청을 받았으나, 구체적인 소명자료를 제출하지 않았다.

     나) 이 사건 사업은 부동산 임대업으로서 임대용 부동산의 취득 이외에 별다른 자

산의 취득이 필요하지 않은데, 이 사건 부채는 원고가 이 사건 각 부동산을 소유하고 이

사건 사업을 개시한 1996. 9. 15.경으로부터 약 20년이 지난 2017. 2. 13.경(이 사건 현물

출자계약을 불과 약 1년 8개월 앞둔 시점이기도 하다) 내지 2017. 5. 17.경 발생하였다.

     다) 원고의 2019. 4. 1. 자 양도소득세 신고서(을 제3호증의 1)와 그에 첨부된

취득가액 자료(을 제3호증의 6)에 의하면, 이 사건 토지의 취득가액은 262,531,300원이

고 이 사건 건물의 취득 당시로 계산된 기준시가는 149,053,563원인바(을 제3호증의 6

제9면), 이 사건 각 부동산의 취득가액을 훨씬 초과하는 10억 원의 이 사건 부채가 이

사건 사업과 관련된 것으로 보이지 않는다.

     라) 원고는, 2017. 2. 13. 이 사건 부채 중 5억 원을 차용한 후 이를 2017. 2.

14. 원고와 원고의 아들 김석태가 각자 대표이사로 재직하고 있던 DDD 주식회사

(이하 ‘DDD’이라 한다)에 지급하였고, 2017. 5. 17. 나머지 5억 원을 차용한 후

2017. 5. 24. 역시 DDD에 이를 지급하였는데, 원고와 DDD 사이에 채권·채무

관계를 확인할 수 있는 자료가 없다.

     마) 이 사건 사업과 관련 없는 이 사건 부채로 인하여 이 사건 사업에 관한 주된

자산인 이 사건 각 부동산의 가치가 축소되었고, 원고가 순자산가액 산정 시 이 사건 부

채에 대응하는 DDD에 대한 자산(구상금이나 대여금 등)을 계상하거나 가산하지 않은

이상, 이 사건 현물출자가 조특법 시행령 제28조 제1항에서 정한 바에 따라 ‘이 사건 사

업에 관한 주된 자산인 이 사건 각 부동산을 모두 승계한 것’에 해당한다고 볼 수 없다.

     바) 이 사건 법인이 2018. 12. 11. 법원으로부터 이 사건 현물출자에 관한 신주

발행 감정보고서를 인가받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이에 대한 법원의 심

사는 현물출자의 목적물을 과대평가하는 등의 방법으로 회사의 자본충실을 해하는 것

을 방지하여 금전출자자와 회사채권자를 보호하기 위한 것으로 외형적·형식적 사항에

집중되어 있고, 변경결정을 할 때에도 제도의 취지상 제한적·소극적 변경만이 가능할

뿐이다. 따라서 위와 같은 사정만으로는 조특법에서 정한 이월과세의 요건까지 승인받

은 것으로 볼 수 없다.

3) 한편 원고는 ‘당초 자기 자본으로 임대용 부동산을 취득하였다가 그 후 투하

자본의 회수를 위하여 새로 차입한 금원을 자본인출금으로 사용한 경우에도, 초과인출

금 상당의 부채에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 차입금채무는 부동산임

대업을 영위하는 데 필요한 자산에 대응한 부채로서 사업에 직접 사용된 부채에 해당

한다고 보아야 할 것이고, 따라서 그 차입금의 지급이자는 총수입금액을 얻기 위하여

직접 사용된 부채에 대한 지급이자로서 필요경비에 해당한다고 보아야 한다’라는 취지

의 대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두1799 판결, 대법원 2010. 1. 14. 선고 2009두11874

판결 등을 근거로, 이 사건 부채 역시 원고가 투하한 자본을 회수한 것이므로 이 사건

사업과 관련성이 있다는 취지로 주장한다.

그러나 위 대법원 판례 사안들은 동일인이 임대사업을 계속 영위하는 과정에서

총 수입금액을 얻기 위하여 사용하거나 소비한 비용(차입금의 지급이자)을 필요경비로

공제해 주는 사안에 관한 것으로, 개인이 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는

소득에 대한 과세시기를 통합법인이 이를 양도하는 시점으로 늦추고 아울러 그 납세의

무자도 개인이 아닌 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지

원하려는 취지에서 마련된 조세특례제도인 이월과세에 그대로 적용하기는 어렵다.

4) 결국 이 사건 사업장의 순자산가액에서 이 사건 부채액을 공제할 수 없다. 그렇

다면 이 사건 현물출자는 당해 통합으로 인하여 원고가 취득하는 주식 가액 3,813,780,000

원이 통합으로 인하여 소멸하는 이 사건 사업장의 순자산가액 4,813,780,000원보다 크지

않으므로 조특법 시행령 제28조 제1항의 요건을 충족하지 못하였다. 따라서 이월과세 신

청기간을 준수하였는지 여부에 관하여 나아가 살펴볼 필요 없이 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

따라서 원고의 피고 서울특별시 ▲▲▲구청장에 대한 소는 부적법하므로 이를 각하하

고, 원고의 피고 ▲▲▲세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주

문과 같이 판결한다.