토지와 일괄양도한 철거예정건물을 양도한 것이 재화의 공급에 해당하는지 여부

상세내용

사 건 2024누20086 부가가치세 경정처분 취소

원 고 AAA

피 고 BBB세무서장

변 론 종 결 2024. 6. 14.

판 결 선 고 2024. 7. 19.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2022. 8. 22. 원고에 대하여 한 634,229,860원의 부가가치세(가산세 포함) 경정처분을 취소한다.

이 유

 1. 처분의 경위

  가. 원고와 원고 동생 CCC은 2021. 3. 8. 주식회사 DDD(이하 ‘본건 회사’라고 한다)와 본건 회사에 원고 소유의 00 BBB구 0동(이하 ‘0동’이라고 한다) 0000-1토지, 0동 0000-6 토지, 0동 0000-16 토지와 위 각 지상에 있는 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다), 0동 0000-8 토지 중 원고 소유의 4/13 지분, 0동 1382-10 토지 중 원고 소유의 1/2 지분, CCC 소유의 1/2 지분, 0동 0000-300 토지 중 원고 소유의 1/2지분, CCC 소유의 1/2 지분(아래에서는 원고가 단독으로 소유하고 있는 위 각 토지와 원고 등이 공동으로 소유하고 있는 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 토지’라고 한다)을 매매대금 650억 원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라고 한다). 이 사건 매매계약에 의하면 이 사건 건물에 대한 매매대금은 이 사건 건물이 노후하고 본건 회사의 사업 시행을 위하여 철거예정인 관계로 별도의 가액이 없는 것으로 정해져 있고, 이 사건 토지에 대한 매매대금의 경우 평당 7,050만 원, 합계 650억 원으로 정해져 있다.

  나. 본건 회사는 2021. 4. 8. 이 사건 토지와 이 사건 건물에 관하여 2021. 3. 8. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 이후 이 사건 건물이 철거됨에 따라 2021. 11. 16. 이 사건 건물에 관하여 멸실등기가 마쳐졌다.

  다. 원고는 2021. 6. 30. 이 사건 토지 중 원고 소유 부분의 양도가액을 537억 3,500만원, 이 사건 건물의 양도가액을 0원, 취득가액 42,059,017,907원, 기타 필요경비를 1,127,658,855원으로 하여 2021귀속 양도소득세 3,058,582,197원을 예정신고·납부하였다.

  라. 00지방국세청장은 이 사건 토지와 이 사건 건물의 일괄양도와 관련하여 원고에 대한 조사를 실시하여, 원고가 매매대금을 이 사건 토지 중 원고 소유 부분과 이 사건 건물로 구분하지 않고 해당 매매대금 전체를 이 사건 토지 중 원고 소유 부분에 대한 금액으로만 신고한 부분에 대하여, 구 부가가치세법 제29조(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다), 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조에 따라 매매대금을 매매계약일 현재의 이사건 토지 중 원고 소유 부분과 이 사건 건물의 기준시가로 안분계산한 금액(이 사건 토지 중 원고 소유 부분 48,724,421,896원, 이 사건 건물 4,555,071,003원)을 이 사건 토지 중 원고 소유 부분과 이 사건 건물의 양도가액으로 하여 부가가치세를 산정하여 과세할 것을 피고에게 통보하였다. 이에 피고는 2022. 8. 22. 원고에게 이 사건 건물양도와 관련하여 2021년 제1기분 귀속 부가가치세 634,229,860원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라고 한다).

  마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 11. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 4. 26. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1호증, 을1 내지 4호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 2. 원고의 주장, 3. 관계 법령
이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 해당 부분 기재와같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

 4. 판단

  가. 이 사건 건물을 양도한 것이 ’재화의 공급‘에 해당하는지 여부

  1) 관련 법리

    구 부가가치세법 제9조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법 시행령 제18조 제1항 제1호는 ‘매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것’을 ‘재화의 공급’으로 규정하고 있다. 매매계약 당시 매수인이 현존 건물을 그대로 사용할 의도가 없어 그 건물이 어차피 철거될 운명에 처해 있고 또한 실제로 매도인이 매수인 측과의 약정에 따라 잔대금지급일 이전에 이를 철거하고 매도인 이름으로 멸실신고 및 멸실등기를 함으로써 매수인에게 인도와 소유권이전등기를 경료해 줄 대상이 존재하지 않게 되었다는 등 특별한 사정이 있는 경우에는 매매계약 당시 건물이 현존하였고, 그 토지 가격 속에 건물 값을 보상하는 의미의 금액이 포함되어 있다고 하더라도, 여기에는 부가가치세의 과세요건으로서의 재화(건물)의 공급은 없었다고 보아야 할 것이지만(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누747 판결, 1989. 1. 17. 선고 88누4713 판결 등 참조), 일반적으로는 건물 및그 부지인 토지를 한꺼번에 매도하는 매매계약에 있어서, 그 매매대금을 대지와 건물을 포함하여 토지의 평당가로 정하여 매도하였고 그 중 건물의 가액을 특정하지 않았다고 하더라도, 위 매매계약에 의하여 건물 역시 매매의 목적물로서 매도된 것으로 보아 부가가치세의 과세요건인 재화의 공급이 있었다고 보아야 할 것이다.

  2) 구체적 판단
앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 건물이 이 사건 매매계약의 목적물로서 양도된 것으로 봄이 타당하므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    가) 이 사건 매매계약상으로 이 사건 건물이 매매대상으로 특정되어 있는 이상, 원고와 본건 회사 사이에 이 사건 건물을 매매의 목적물로 삼겠다는 의사가 분명하게 합치되었던 것으로 보인다.

    나) 이 사건 건물은 BBB구 0동 00로 00번길 도로변에 위치하고 있고 2007. 9. 6.경에는 지상 3층으로 증축되어 병원, 약국 등으로 이용되어 왔으며 원고는 그 임대료로 연간 약 3억 원 상당의 매출을 올렸던 점, 이 사건 건물의 현황 등에 비추어, 이 사건 매매계약 당시에도 이 사건 건물 자체의 가치가 있었던 것으로 볼 수 있다(원고가 제출한 갑2 내지 4호증의 기재만으로 이 사건 건물의 가치가 없었음을 인정하기에 부족하다).

    다) 본건 회사는 이 사건 건물에 관하여 소유권이전등기를 마친 후 소유자로서 이사건 건물에 따른 건축물 철거ㆍ멸실신고 등의 각종 행정적 의무를 스스로 부담한 것으로 보인다. 본건 회사가 이 사건 건물의 취득 후 철거하였다는 사정은 이 사건 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정에 있어 고려되어야 할 요소는 아니다.

    라) 따라서 이와 같이 이 사건 매매계약상 잔대금 지급일 당시 이 사건 건물이 철거되었거나 멸실신고 및 멸실등기가 이루어져서 매수인에게 인도와 소유권이전등기를경료해 줄 대상이 존재하지 않았다고 볼 수 없는 이상 건물(재화)의 공급이 이루어지지 않았다고 볼 수는 없다.

  나. 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호(이하 ‘이 사건 부가가치세법 규정’이라고한다)의 적용 여부

  1) 관련 규정
구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우의 과세표준에 대해서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다”고만 규정하고 있었으나, 위 조항 역시 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지를 위하여 2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되면서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다”고 규정하고 각 호에서는 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’(제1호),‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’(제2호)를규정함으로써 위 제2호의 내용을 추가하였다.다만 토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화를 위하여, 부가가치세법이 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정됨에 따라 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어 “다만, 다른법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다”고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항이 신설되어 “법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다”고 규정하면서 각 호에서 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우’(제1호), ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’(제2호)를 규정하였는데, 위 부가가치세법 및 같은 법 시행령의 개정 규정(이하 ‘개정 부가가치세법령 규정’이라고 한다)은 2022. 1. 1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용된다.

  2) 구체적 판단

    가) 이 사건 부가가치세법 규정의 해석
법률을 해석할 때 입법 취지와 목적, 제정·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 사용할 수 있으나, 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 이러한 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결 참조). 살피건대, 이 사건 부가가치세법 규정의 입법취지는 사업자가 토지와 그 토지에정착된 건물을 함께 공급하는 경우 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지하기 위하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 대통령령에 따라 안분계산한 금액과 30퍼센트 이상 차이가 있는 경우 대통령령에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 한 것인 점, 그 문언이 간주규정의 형태를 취하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 부가가치세법 규정은 규정의 요건에 해당하는 경우, 즉 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 그 토지에 정착된 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는경우’에는 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’는간주규정에 해당하고, 위 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정에 해당하지는 않는다.한편 이 사건 처분 이후에 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서 및 부가가치세법 시행령 제64조 제2항의 규정이 신설되었으나, 그 부칙 제7조에 의하면, 개정 부가가치세법의 시행(2022. 1. 1.) 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 종전의 규정에 따르도록 규정되어 있고, 부가가치세법시행령 제64조 제2항은 2022. 2. 15. 신설되어 그때부터 시행되는 규정인바, 위 각 법률규정의 문언에 비추어 보면 2021년에 이루어진 이 사건 토지 및 건물의 양도에 위 개정부가가치세법령이 적용된다고 해석할 수 없다.

    나) 이 사건 처분의 적법여부

      (1) 원고가 이 사건 매매를 통해 본건 회사에 이 사건 토지 중 원고 소유 부분과 이 사건 건물을 일괄하여 양도한 사실, 그 양도가액을 기준시가로 안분계산할 경우이 사건 토지 중 원고 소유 부분의 가액이 48,724,421,896원, 이 사건 건물의 가액이4,555,071,003원인 사실은 앞서 본 바와 같다.

      (2) 원고가 구분한 이 사건 토지 중 원고 소유 부분의 실지거래가액 537억 3,500만 원, 이 사건 건물의 실지거래가액 0원은 위와 같이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있으므로, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 건물의 부가가치세법상 공급가액을 계산함에 있어서는 이 사건 부가가치세법 규정에 의하여 기준시가에 따라 안분계산한 금액으로 기준으로 하여야 한다.

      (3) 그리고 개정 부가가치세법령 규정이 신설된 것은 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용한 경우로서 토지와 건물 등의 가액구분이 당사자의 진정한 합의에 기한 것으로 인정되는 예외적인 상황의 경우 관련 법령에 따라 안분 계산한 금액을 기준으로 과세하는 것은 불합리하다는 인식에서 이를 수정하여 과세기준을 합리화하기 위한 것으로 보이기는 한다. 그러나 신설 규정이 적용되는 시점을 언제부터로 할지는 광범위한 입법재량의 영역에 놓여있다고 할 것인데, 입법자는위 예외규정을 그 시행 이전으로 소급하여 적용하는 것을 허용하게 되면 조세행정의 원활한 운영이 어려워질 수 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 위 예외규정의 적용시기를 위 개정 법률 규정 시행 이후 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우부터 적용하도록 규정한 것이므로, 이를 두고 합리적인 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수는 없다.

      (4) 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

 5. 결론

    그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.