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판례 / 이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음
판례 정보 서울행정법원 일반행정

이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음

원고는 2019년 서울 소재 이 사건 각 주택을 양도하면서 AAAAAA로부터 받은 공사 관련 매입세금계산서의 공급가액 합계를 자본적 지출로 보아 양도소득세 필요경비에 산입하여 신고·납부하였다. 피고는 2019년 귀속 양도소득세 조사를 거쳐 해당 지출을 소득세법상 자본적 지출로 볼 수 없다고 보아 필요경비를 부인하고 양도소득세를 경정·고지하였다. 법원은 공사도급계약서, 매입세금계산서, 입금증 등만으로 실제 공사 시행 및 지출 사실, 그리고 각 주택의 내용연수 연장 또는 가치의 실질적 증가를 객관적으로 인정하기 부족하다고 판단하였다. 이에 원고의 처분취소 청구를 기각하였다.

서울행정법원-2024-구단-50622 2025.01.17 마지막 업데이트 2026.05.29

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2024-구단-50622
사건구분
구단
선고일
2025.01.17
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 이 사건 각 주택 관련 공사비용이 소득세법상 자본적 지출액으로서 양도소득세 필요경비에 해당하는지 여부
  • 원고가 제출한 공사도급계약서, 매입세금계산서, 입금증 등으로 실제 공사 시행 및 지출 사실을 인정할 수 있는지 여부
  • 공사비용 지출로 이 사건 각 주택의 내용연수가 연장되거나 가치가 실질적으로 증가하였다고 볼 수 있는지 여부
  • 필요경비 발생 사실에 관한 입증 필요성이 납세의무자에게 인정되는지 여부

판례 포인트

  • 자본적 지출액은 자산 취득 또는 완성 이후 유형자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위한 비용이어야 한다.
  • 필요경비는 납세의무자에게 유리하고 그 발생 사실이 납세의무자의 지배영역에 있는 경우 납세의무자에게 입증의 필요성이 인정될 수 있다.
  • 특수관계자가 작성하거나 발급한 공사도급계약서, 매입세금계산서, 입금증은 실제 공사 및 지출과 부합하는지 엄격히 심사될 수 있다.
  • 주택 양도계약서에 노후화와 하자 관련 특약이 기재되어 있고 고액 공사 내역이 매매대금에 반영되지 않은 사정은 자본적 지출 인정에 불리한 요소로 고려되었다.
  • 공사기간, 세금계산서 발급일, 대금 지급일, 노무비 자료가 서로 일치하지 않는 경우 실제 공사 시행 및 지출 사실 인정이 어려울 수 있다.

자주 묻는 질문

Q 노후 주택 공사비를 양도소득세 필요경비로 인정받으려면 어떤 점이 입증되어야 하나요?

A 서울행정법원은 자본적 지출액은 자산 취득 또는 완성 후 유형자산의 내용연수를 연장하거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위해 지출한 비용이라고 보았습니다. 이 사건에서는 원고가 제출한 자료만으로 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도의 공사를 실제로 했고 그로 인해 내용연수나 가치가 증가했다고 객관적으로 확인하기 어렵다고 판단했습니다.

Q 공사도급계약서와 세금계산서, 입금증이 있어도 주택 공사비가 필요경비로 부인될 수 있나요?

A 이 판례에서는 원고가 공사도급계약을 체결하고 매입세금계산서를 받았으며 공사대금 상당액을 입금한 사실은 인정되었습니다. 그러나 법원은 그 자료만으로 실제 공사 시행과 지출 사실, 그리고 주택의 가치 증가를 인정하기에는 부족하다고 보아 필요경비 산입을 인정하지 않았습니다.

Q 배우자가 대표인 회사와 체결한 공사계약은 양도소득세 필요경비 판단에서 어떻게 보았나요?

A 법원은 공사계약을 체결하고 세금계산서를 발급한 회사의 당시 대표가 원고의 배우자였고, 이후 원고가 그 회사의 사내이사가 된 사정을 보았습니다. 이러한 특수관계에서는 계약서, 세금계산서, 입금증 작성이 용이하므로 실제 내용과 부합하는지 더 엄격하게 심사할 필요가 있다고 판단했습니다.

Q 매매계약서에 노후화와 누수 관련 특약이 있으면 공사비의 자본적 지출 인정에 영향을 줄 수 있나요?

A 이 사건 각 주택의 매매계약서에는 오래된 건물, 누수, 노후화 하자 책임 등에 관한 특약이 기재되어 있었습니다. 법원은 신축 비용에 육박하는 공사를 했다는 주장에도 매매계약서에 그런 특약이 있고 공사 내역이 매매대금에 반영되지 않은 점을 이례적인 사정으로 보았습니다.

Q 공사기간과 세금계산서 발급일, 노무비 자료가 맞지 않으면 자본적 지출 인정에 문제가 되나요?

A 법원은 일부 주택의 공사도급계약서상 공사기간, 세금계산서 발급일, 공사대금 지급일, 노무비지급대장 및 지출품의서의 작업기간이 서로 일치하지 않는 점을 지적했습니다. 이러한 불일치는 실제 공사 시행과 지출 사실을 인정하기 어렵게 하는 사정으로 고려되었습니다.

Q 서울행정법원 2024구단50622 사건에서 양도소득세 부과처분 취소청구는 어떻게 결론났나요?

A 서울행정법원은 2025년 1월 17일 원고의 청구를 기각했습니다. 원고가 주장한 각 주택 공사비를 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비에 산입하기 어렵다고 판단하여, 세무서장의 2019년 귀속 양도소득세 경정·고지 처분을 유지했습니다.

판결 내용

  • 양도
이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음 국승
  • 서울행정법원-2024-구단-50622
  • 귀속년도 : 2019
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2025.07.23.
  • 생산일자 : 2025.01.17.
  • 진행상태 : 완료
관련 법령
소득세법 제97조
요지 판결내용 상세내용

요지

자본적 지출액이란 자산의 취득 또는 완성 이후에 유형자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용인데, 원고가 제출한 자료만으로 원고가 주장하는 공사 이후에 이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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[세 목]

양도

[판결유형]

국승

[사건번호]

서울행정법원-2024-구단-50622(2025.1.17)

[직전소송사건번호]

[심판청구 사건번호]

조심-2023-서-3500(2023.10.16)

[제 목]

 이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음

[요 지]

자본적 지출액이란 자산의 취득 또는 완성 이후에 유형자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용인데, 원고가 제출한 자료만으로 원고가 주장하는 공사 이후에 이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음

[판결내용]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[관련법령]

구 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음

사 건

2024구단50622 양도소득세과처분취소

원 고

○○○

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2024. 11. 8.

판 결 선 고

2025. 1. 17.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 24. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 152,619,460원(가산세 포함)의 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2019. 10. 15.부터 2019. 12. 31.까지 서울 aaa 토지 및 그 지상주택(이하 ’이 사건 제1 주택‘이라 한다), 같은 동 bbb 토지 및 그 지상주택(이하 ’이 사건 제2 주택‘이라 한다), 같은 동 ccc 토지 및 그 지상주택(이하 ’이 사건 제3 주택‘이라 하고, 이 사건 제1, 2, 3 주택을 통칭하여 ’이 사건 각 주택‘이라 한다)을 아래 표1 기재와 같이 각 양도하였다.

<표1, 이 사건 각 주택에 대한 2019년 귀속 양도소득세 신고내용 요약>

(단위: ㎥, 천원)

신고내용 생략

나. 원고는 이 사건 각 주택에 대한 공사비용으로 주식회사 AAAAAA(이하 ’AAAAAA‘이라 한다)로부터 공급가액 합계 ***원의 매입세금계산서를 아래 표2 기재와 같이 수취하여 이를 자본적 지출(이하 ’이 사건 자본적 지출액‘이라 한다)로 보아 양도소득세 필요경비에 산입하여 위 표1 기재와 같이 2019년 귀속 양도소득세 ***원을 신고․납부하였다.

<표2, AAAAAA로부터 수취한 매입세금계산서 내역>

(단위: 천원)

세금계산서 내역 생략

다. 피고는 2022. 2. 15.부터 2022. 3. 6.까지 원고에 대한 2019년 귀속 양도소득세 조사를 실시하여 이 사건 자본적 지출액을 소득세법상 자본적 지출로 볼 수 없다고 보고 필요경비를 부인하여, 2022. 5. 24. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 ***원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7 내지 9, 15, 16, 26, 29 내지 33, 49 내지 52, 62호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 각 주택은 준공된 후 50년 정도가 경과하여 대대적인 보수 및 시설개량을 통해 전세 보증금을 올려 받아 매수자의 자금 부담을 덜어 주어야 매도가 가능하였으므로 이 사건 각 주택의 양도 이전에 AAAAAA과 도급계약을 체결하여 철거, 수장, 창호, 전기, 도시가스, 상하수도, 난방 공사를 진행하였다. 따라서 매입세금계산서의 공급가액 합계 ***원은 자본적 지출에 해당하여 필요경비로 공제되어야 하므로 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

한편, 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로서 취득가액(제1호), 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제2호), 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제3호)을 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령제30395호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항 제3호에서 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용을 자본적 지출액 등의 하나로 규정하고 있다.

2) 갑 제18, 21, 22, 34, 41, 42, 53, 55, 56호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 각 주택에 관하여 AAAAAA과 사이에 상하수도, 난방, 창호 등 공사도급계약을 체결하고, AAAAAA로부터 공급가액 합계 ***원의 매입세금계산서를 제공받았으며, AAAAAA에게 위 공급가액에 해당하는 합계 ***원을 입금한 사실은 인정할 수 있다.

3) 앞서 든 증거들, 갑 제11 내지 13, 63호증, 을 제1, 4 내지 9호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 의하여 인정할 수 있는 아래의 사실과 사정을 종합하면, 위 2)항 기재 인정사실 및 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 실제로 이 사건 각 주택에 관하여 위 공사도급계약서 기재와 같은 공사를 시행하고, 매입세금계산서 기재와 같이 합계 ***원의 지출하였다는 사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니 한다.

① 원고와 이 사건 각 주택에 관한 공사도급계약을 체결하고, 매입세금계산서를 발급한 AAAAAA의 당시 대표인 사내이사 DDD은 원고의 배우자이고, 현재 사내이사는 원고(2023. 9. 14. 취임)로서 이러한 원고와의 특수관계를 고려하면, 앞서 본 공사도급계약서, 매입세금계산서 및 입금증을 작성함이 용이하므로 당사자와 무관한 제3자인 수급인보다는 위와 같은 자료의 실제와 부합 여부를 더욱 엄격하게 심사할 필요가 있다.

② 이 사건 제1 주택의 양도 계약서 특약사항 제5항에는 ’본 건물은 1967년도 건축한 주택으로 당초 매도자 제시가격 ***백만원이었으나 오래된 건물이고 거실천정누수가 있음을 감안하여 금액을 절충하여 ****백만원에 계약 체결하였으며 매수인은 건물 노후화로 인한 하자에 대해서는 매도인에게 수리나 보수를 요구하지 않기로 한다‘고, 이 사건 제2 주택의 양도 계약서 특약사항 제5항에는 ’본 건물은 1970년도 건축한 주택으로 오래된 건물임을 감한하여 노후화로 인한 하자에 대하여 잔금일 이전은 매도인이 책임을 지고 잔금일 이후에는 매수인이 책임 지기로 한다‘고, 이 사건 제3 주택의 양도 계약서 특약사항 제4항에는 ’건물의 노후화로 인한 누수 등의 발생 시 잔금일을 기준으로 그 이전은 매도인이 잔금일 이후는 매수인이 책임지기로 한다‘고 각 정하였는데, 원고가 위 각 매매계약을 체결하기 전에 AAAAAA과 체결한 공사도급계약에 따른 공사대금은 양도 당시 연와조 구조의 건물을 신축하는데 소요되는 비용에 육박하는 평당 300만 원을 초과하고 그와 같은 공사를 하였음에도 이 사건 각 주택의 매매계약서에 위와 같은 특약사항을 기재하고 그 공사 내역을 매매대금에 반영하지 않은 것은 너무나 이례적이다(특히, 이 사건 제3 주택의 양도 매매계약서 특약사항 제9호에는 ’매매대금 총 ***만 원 중 건물대금 5,000만 원, 토지대금 ***만 원을 합한 금액이다‘라고 기재하였는데, 이 사건 제3 주택에 대한 공사도급금액은 이를 초과하는 ***만 원이다).

③ 자본적 지출액이란 자산의 취득 또는 완성 이후에 유형자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용인데, 원고가 제출한 자료만으로 원고가 주장하는 공사 이후에 이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 합계 ***원의 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없다.

④ 원고가 이 사건 제2 주택에 관한 2019. 10. 1. 체결한 공사도급계약서에 의하면, 공사기간은 2019. 10. 18.부터 2019. 11. 10.까지로 기재되어 있으나, 공사기간 종기 이전인 2019. 10. 24. ***만 원의 매입세금계산서를 발급받고 공사대금 전부를 지급하였고, 노무비지급대장에는 그 이후인 2019. 10. 26.까지 노무자들이 공사를 진행한 것으로 기재되어 있고(갑 제43호증), 노무자 BBB에 대한 지출품의서에는 작업기간이 2019. 11. 1.부터 2019. 11. 30.로 기재되어 있어 위 공사도급계약서와 일치하지 않는다.

⑤ 원고가 이 사건 제3주택에 관한 2019. 11. 22. 체결한 공사도급계약서에 의하면, 공사기간은 2019. 11. 22.부터 2019. 12. 31.까지로 기재되어 있으나, 노무비지급대장에는 위 공사기간 이전인 2019. 11. 4.부터 발생한 노무비가 기재되어 있다(갑 제57호증).

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없어 기각한다.

이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음

관련 법령

구 소득세법 제97조 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 조심-2023-서-3500(2023.10.16)

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