이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ‘AAA의원’(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)을 운영하고 있는 의사이다.

나. 원고는 AAA 주식회사 및 BBB(이하 순서대로 ‘이 사건 제1, 2거래처’라고 하고, 이를 통틀어 ‘이 사건 각 거래처’라고 한다)와 사이에 병원관리용역 및 결제대행계약을 체결하였다.

다. 원고가 이 사건 사업장에서 환자들에게 의료용역을 제공하였는데, 이 사건 각 거래처가 환자들로부터 직접 위 의료용역대금을 지급받은 후 환자들에게 매출세금(또는 면세)계산서 또는 현금영수증을 발행하였고, 원고는 이 사건 각 거래처로부터 위 대금에서 병원관리용역 및 결제대행 수수료를 공제한 나머지 금원을 지급받으면서 이에 대한 매출세금계산서를 발행하였다.

라. 피고는 2019. 5. 3.부터 2019. 9. 5.까지 원고 등에 대한 세무조사를 한 결과 이 사건 각 거래처가 원고의 신용카드위장가맹점에 해당한다고 보아 2019. 12. 2. 이 사건 각 거래처의 매출과 제반비용을 실사업자인 원고에게 귀속시켜 다음과 같이 2016년제1기부터 2018년 제2기까지의 부가가치세 421,006,390원과 2016년부터 2018년까지의 종합소득세 303,813,880원을 경정‧고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐서 2020. 10. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2023. 5. 30. ‘이 사건 각 거래처가 원고와 별개의 실사업자로 원고에게 병원경영지원 용역을 제공하였고, 원고는 환자들에게 직접 의료용역을 제공한 것으로 보아 세금계산서 발급의무 위반 행위가 있었는지 여부 등을 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 결정을 하였다.

바. 피고는 위 결정 취지에 따라 재조사를 한 결과 이 사건 각 거래처가 환자들로부터 직접 의료용역대금을 지급받은 부분의 매출을 원고의 매출로 보아 원고의 종합소득세를 산출하고, 이 사건 각 거래처가 환자에게 매출세금(또는 면세)계산서 또는 현금영수증을 발행한 행위, 원고가 이 사건 각 거래처에 매출세금계산서를 발행한 행위를 모두 부인하고 그에 따라 원고가 발행한 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 계산서’라고 한다)가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 원고에 대하여 다음과 같이 부가가치세 및 종합소득세를 감액경정하였다(이하 피고의 원고에 대한 2019. 12. 2.자 처분 중 위 감액경정에 따라 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2. 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 기획재정부는 2006. 12.경 병원지원경영회사(MSO）제도의 도입을 권고하였다. 이에 원고는 경제활동을 함에 있어 선택할 수 있는 여러 가지 법률관계 중 하나로 위 병원지원경영회사(MSO）제도를 도입하여 이 사건 각 거래처와 병원관리용역 및 결제대행에 관한 계약을 체결하였고, 그에 부합하는 세무 및 회계처리를 하였다. 더욱이 원고가 선택한 법률관계에 의하더라도 조세수입일실이 전혀 발생하지 않으므로 그 거래의 정당성을 배제할 이유가 없다. 따라서 피고는 원고가 선택한 법률관계를 존중하여야 함에도 불구하고 특별한 사정이 없이 원고가 선택한 법률관계를 부인하고 이 사건 각 처분을 하였다.

2) 과세관청은 2016. 7.경에도 원고와 이 사건 제2거래처에 관한 세무조사를 하였는데, 과세관청은 기획재정부의 2006. 12.경 권고방안을 존중하여 원고와 이 사건 제2거래처를 각자 독립된 납세주체로 인정한 후 원고와 이 사건 제2거래처 사이에 이루어진 세금계산서 수수행위를 정당하다고 판단하였다. 그러나 피고는 이를 뒤집고 이 사건 각 처분을 하였는바, 이는 신의성실의 원칙에 위반된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 사실과 다른 세금계산서 해당 여부

가) 부가가치세법상 '계약상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하거나 역무를 제공하는 자 등 재화 또는 용역을 공급하거나 또는 공급받는 자'에 해당하여 그 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조).

나) 앞서 든 증거들, 갑 제1 내지 4, 6 내지 17호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고가 선택한 법률관계라는 사정만으로 정당화될 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 각 거래처가 환자들로부터 지급받은 의료용역대금은 원고가 환자들에게제공한 의료용역에 대한 대가이고, 의료법 등에서는 의료인(의료기관)이 아닌 자의 의료행위를 엄격하게 금지하고 있으며 이를 위반한 경우 처벌하도록 규정하고 있다.

② 이 사건 각 거래처는 환자에게 직접적인 의료행위를 할 수 있는 의료기관이 아니다. 또한 이 사건 각 거래처는 의료행위와 직접적인 관련이 없는 병원경영(구매, 인력관리, 진료비 청구, 경영컨설팅, 마케팅 등)에 필요한 서비스를 제공하였을 뿐이다.

③ 원고가 이 사건 제1거래처와 체결한 병원관리용역 및 결제대행 계약에 의하더라도, 이 사건 제1거래처는 원고에게 병원관리 및 결제대행 용역을 제공하고, 원고로부터 그에 대한 수수료를 지급받는 것으로 규정하고 있다.

④ 원고가 제출한 갑 제1호증(2006년 기획재정부 서비스산업 경쟁력강화 종합대책)을 보더라도, ‘병원경영지원회사는 의료행위와 관계없는 병원경영 전반(구매, 인력관리,진료비 청구, 마케팅 등)에 관한 서비스를 제공하는 회사’로 명시하고 있고, 위 진료비 청구가 직접 의료용역 제공이 가능하다거나 병원경영지원회사를 공급자로 하는 세금계산서 발행을 의미한다고 볼 수는 없다.

⑤ 위 ① 내지 ④ 사정에 의하면, 원고는 환자들로부터 의료용역대금을 직접 지급받고 환자들에게 이에 대한 세금계산서를 발행한 후 이를 원고의 매출로 세무 및 회계처리를 하여야 하고, 이 사건 각 거래처는 원고로부터 병원관리 및 결제대행 용역대금을 지급받은 후 원고에게 이에 대한 세금계산서를 발행하였어야 한다.

2) 신의성실의 원칙 위반 여부

가) 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것인바, 납세의무자에게 신의성실의원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것이다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006두14865 판결 등 참조).

나) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 과세관청이 2016. 7. 28.부터 2016. 9. 9.까지 이 사건 사업장과 이 사건 제2거래처에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 사업장이 직원 계좌로 입금된 현금 84,000,000원을 수입금액에서 누락한 것과 이 사건 제2거래처가 현금 51,500,000원을 수입금액에서 누락한 것을 확인한 점, ② 당시 원고가 이 사건 제2거래처에 매출세금계산서를 발급하지 않았던 점, ③ 과세관청이 당시 원고와 이 사건 제2거래처 사이에 이루어진 세금계산서 수수행위를 정당하다고 판단하였다고 볼 만한 사정을 찾아볼 수 없는 점, ④ 앞서 본 바와 같이 2006년 기획재정부 서비스산업 경쟁력강화 종합대책의 내용이 병원경영지원회사가 직접 의료용역 제공이 가능하다거나 병원경영지원회사를 공급자로 하는 세금계산서 발행이 가능하다는 의미로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 신의성실의 원칙을 위반하여 이 사건 각 처분을 하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.