원고가 이 사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 독립적으로 공사용역을 제공한 사업자임.

문서번호

대전지방법원-2023-구합-204148

결정유형

국승

세목

국기

생산일자

2025.04.24

귀속연도

2017~2021

제목

원고가 이 사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 독립적으로 공사용역을 제공한 사업자임.

요지

원고가 이 사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 독립적으로 공사용역을 제공한 사업자임. 원고는 필요경비 인정 요건을 충족하지 못하였고, 주택건설용역은 관련 법에 의해 등록한 자가 공급하는 경우에만 면세가 적용되므로 이 사건 처분은 실질과세 원칙이나 과잉금지 원칙을 위반한 것이 아님

내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

관련법령

국세기본법 제14조【실질과세】

상세내용

사 건 2023구합204148 부가가치세등부과처분취소

원 고 이OO

피 고 홍성세무서장

변 론 종 결 2025. 3. 13.

판 결 선 고 2025. 4. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 8. 17. 원고에 대하여 한, 2017년 제1기 부가가치세 44,472,050원의,

2017년 제2기 부가가치세 129,668,010원의, 2021년 제2기 부가가치세 15,144,554원의,2017 과세연도 종합소득세 108,253,715원의, 2021 과세연도 종합소득세 108,253,715원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 7. 26. 정OO(이하 ‘건축주’라고 한다)와 하남시 OO동 868-4 지

상에 상가주택을 신축하는 ‘미사 R2-8-5 상가주택신축공사’(이하 ‘제1공사’라고 한다)계약을 체결하면서, 건축주 정OO, 시공자 원고, 도급금액 710,000,000원(VAT 별도),공사기간은 2016. 8. 14.부터 2017. 1. 31.까지로 정하였다(이하 ‘제1공사계약’이라고 하고, 신축된 상가주택을 ‘이 사건 상가주택’이라고 한다).

나. 원고는 2016. 9. 1. 건축주와 용인시 처인 OO읍 OO리 156-3 외 1필지 지상에

근린생활시설을 신축하는 ‘근린생활시설 신축공사’(이하 ‘제2공사’라고 한다) 계약을 체

결하면서, 건축주 정OO, 시공자 원고, 도급금액 260,000,000원(VAT 별도), 공사기간은 2016. 9. 1.부터 2016. 12. 25.까지로 정하였다(이하 ‘제2공사계약’이라고 하고, 신축된 근린생활시설을 ‘이 사건 근린생활시설’이라 하며, 제1,2공사계약을 통칭하여 ‘이 사건 공사계약’이라고 한다).

다. 건축주는 제1공사계약과 관련하여 이 사건 상가주택에 지하층을 추가하는 것으

로 설계를 변경하고 2016. 10. 4. 건축허가사항 변경허가를 받았다. 제1,2공사가 완공

된 이후 건축주는 2017. 3. 8. 이 사건 근린생활시설에 대하여 소유권보존등기를 마쳤

고, 2017. 10. 25. 이 사건 상가주택에 대하여 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 원고는 2018. 8. 29. 건축주를 상대로 제1공사와 관련하여 미지급 공사대금 및 설계변경에 따른 추가 공사대금의 지급을 청구하는 소를 제기하였고, 정OO는 원고에

대하여 하자보수공사대금 및 준공지연에 따른 손해배상 청구의 반소를 제기하였다. 위

사건에서 법원은 ‘건축주는 원고에게 하자보수비용 등을 공제한 미지급 공사대금

186,567,998원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라’는 내용의 원고 일부 승소 판결을

하였고, 위 판결은 2021. 10. 18. 확정되었다[수원지방법원 성남지원 2018가합1519(본소), 2018가합411086(반소), 수원고등법원 2020나24881(본소), 2020나24898(반소), 대법원 2021다255525(본소), 2021다255532(반소), 이하 ‘선행 민사판결’이라고 한다].

마. 피고는 2022. 7. 6.부터 원고에 대하여 2016 ~ 2017과 2021 과세연도에 대한 개

인통합조사를 실시하였고, 원고가 이 사건 공사와 관련한 공사대금 946,363,636원과

제1공사의 추가공사대금 105,061,816원, 지연손해금 33,173,322원을 신고 누락하였다고 판단하여, 2022. 8. 9. 원고에 대하여 아래와 같이 부가가치세 합계 189,284,600원 및 종합소득세 합계 122,798,330원을 결정 고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2022. 8. 22. 이의신청을 거쳐 2022. 12. 31.조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2023. 4. 4. 원고가 부가가치세법상 사업자에 해당한다고 판단하여 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거]

다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

아래와 같은 이유로 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 원고는 ① 계속적·반복적으로 건설용역을 제공한 것이 아니고, ② 건축주에 종속

된 지위에 있을 뿐 독립된 지위에 있지 않았으므로, 부가가치세법 제2조 제3호의 사업

자에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 원고가 사업자라고 하더라도, 원고는 이 사건 공사와 관련하여 지출한 금액에 대

하여 비용공제를 받지 못하였고, 이 사건 상가주택과 관련하여 조세특례제한법 제106

조 제1항 제4호에 따른 면세 혜택을 받지 못하였으므로 이 사건 부과처분은 실질과세

원칙에 반한다.

다. 이 사건 부과처분으로 원고가 부담하여야 할 세액이 실제 원고가 납부하여야 할

세액을 초과하고, 이로 인하여 원고가 입게 되는 불이익이 이 사건 부과처분으로 얻게

되는 공익보다 크므로 과잉금지의 원칙에 반한다.

3. 관련 법규

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 부가가치세법상 사업자 해당 여부

1) 관련 법리

가) 부가가치세법 제2조 제3호는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로

재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있

는데, 여기서 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'란 부가가치를 창출하

여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다(대법원 1989. 2. 14. 선고 88누5754 판결, 대법원 2010. 9. 9.선고 2010두8430 판결 등 참조).

나) 민사재판에서 다른 민사사건 등의 판결에서 인정된 사실에 구속받는 것은 아니

라고 할지라도 이미 확정된 관련 민사사건에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한

유력한 증거가 되므로 합리적인 이유를 제시하지 않고 이를 배척할 수 없고(대법원

2020. 7. 9. 선고 2020다208195 판결 참조), 이는 행정재판 역시 마찬가지이다.

2) 판단

앞서 인정한 사실과 증거에 갑 제11 내지 21호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재

및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 원고가 이

사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 사

업성과 독립성을 갖추고 건설용역을 제공하였으므로, 부가가치세법 제3조 제1항 제1

호, 제2조 제3호의 사업자에 해당한다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 원고는 시공자로서 건축주와 사이에 2016. 7. 제1공사계약을 체결하고, 2016.

9. 제2공사계약을 체결하였으며, 위 각 계약에 따라 이 사건 공사와 추가공사를 모두

수행하였고, 그에 대한 공사대금을 지급받았다. 원고는 1992년부터 건축사사무소 및

건설회사 등에서 근무한 경력이 있고, 이 사건 공사계약 체결 당시 원고는 건축주에게

’디엠건설 대표이사’라고 표기된 명함을 교부하였는데, 위 명함에는 원고가 설계 및 시

공을 담당하는 것으로 기재되어 있다. 이 사건 공사계약에는 ‘제11조(안전관리 및 재해보상)’이라는 제목 하에 ‘원고는 산업재해를 예방하기 위하여 안전시설의 설치 및 보험의 가입 등 적정한 조치를 하여야 하고, 이 때 건축주는 계약금액에 안전관리비 및 보험료 상당액을 계상하여야 한다’고 규정되어 있고, 같은 맥락에서 제1계약의 계약특기사항에는 ‘10. 고용, 산재보험은 공사비에 포함된다’고 기재되어 있다. 원고는 이 사건공사 이후인 2021. 2. 7. 위 상호와 유사한 상호로 건설업 사업자등록을 하였다. 위와같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 사건 공사 당시에도 사업상 독립적으로 건설용역을 제공하는 사업자에 해당한다.

나) 이에 대하여 원고는 이 사건 공사는 실질적으로 건축주가 수행한 것이고, 원고

는 건축주에게 종속되어 공사를 수행하고 수수료 명목의 대금을 받았을 뿐이며 일회성

의 용역제공에 불과하므로 부가가치세법상 사업자에 해당하지 않는다고 주장한다.

살피건대, 제1계약의 공사이행확인서에 따르면 제1공사는 건축주 직영공사라고 명

시되어 있고, 또 이 사건 공사 과정에서 건축주가 설계변경과 관련하여 적극적이고 구

체적인 지시를 하였으며, 이 사건 상가주택과 근린생활시설에 대하여 건축주 명의로

소유권보존등기를 마친 사실이 인정되기는 하나, 위와 같은 사정만으로는 앞서 본 판

단을 뒤집고, 원고가 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 제공하는 자가 아니라 건축

주에게 종속되어 피용자로서 노무를 제공한 것이라고 할 수 없다.

다) 한편, 원고는, 이 사건 공사는 건축주의 책임과 계산으로 이루어졌고, 원고는

수수료 명목의 금원만을 지급받았을 뿐 이 사건 공사계약에 기재된 공사대금 상당의

이익을 취득하지 않았다고 주장한다. 살피건대, 제1계약 공사계약 특수조건과 계약특기

사항에 따르면 원고는 건축주와 사이에, 공사대금은 건축주 명의 계좌로 입금하고 원

고에게 건축주 명의 직불카드를 교부하여 사용하도록 하는 방식으로 지급하도록 정하

였고, 건축주는 원고에게 위 계약에 따른 방식으로 공사대금을 지급하였던 것으로 보

인다. 뿐만 아니라 선행 민사판결에서 원고가 제1공사 시공의 대가로 건축주로부터 계

좌로 698,000,000원을 지급받은 사실과 건축주는 원고에게 공사대금으로서 제1공사대금의 부가가치세에 해당하는 71,000,000원을 지급할 의무가 있다고 인정하였다. 원고의이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

라) 오히려, 원고와 건축주가 주고받은 대화 내역을 살펴보면 원고가 이 사건 공사

현장에 대한 관리 감독 권한을 가지고 독립적으로 공사를 수행한 것으로 보이고, 부가

가치세 및 종합소득세에 대한 부담을 덜기 위하여 ‘건설사 계약서’를 작성하지 않은 정

황이 드러난다.

나. 실질과세원칙 위반 여부

1) 관련 법리

과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기

초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하는 것이지만, 필요

경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실

관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명

이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세

의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요는 납세의무자에게

돌아간다고 할 것이다(대법원 2013. 2. 15. 선고 2012두942 판결 참조).

2) 판단

앞서 인정한 사실과 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고가 필요경비를

공제하지 않고, 이 사건 상가주택 공급과 관련하여 조세특례제한법에 따른 면세를 적

용하지 않았다고 하더라도 이 사건 처분이 실질과세의 원칙이나 과잉금지원칙을 위반

하였다고 할 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적

법하다.

가) 종합소득세 산정에 관하여, 원고는 이 사건 공사 관련하여 지출한 경비에 대한

증빙을 제출하지 못하고 있다. 원고가 제출한 입출금 내역(갑 제22 내지 25호증)만으로는 원고가 건축주로부터 지급받은 공사대금 중 이 사건 공사와 관련하여 지출한 경비를 확인하기 어렵다.

나) 부가가치세 산정에 관하여, 원고는, 이 사건 상가주택의 2층 내지 4층은 주택

법 제2조 제6호의 국민주택규모 이하의 주택에 해당하므로 조세특례제한법 제106조

제1항 제4호에 따라 위 주택 부분의 공급에 대하여는 부가가치세가 면세된다고 주장한

다.

조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따르면 대통령령으로 정하는 국민주택 및

그 주택의 건설용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 위 조항의 위임을 받

은 같은 법 시행령 제106조 제4항에 따르면 법 제106조 제1항 제4호에서 대통령령으

로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역이란 ‘주택법 제2조 제1호에 따른 주택으로

서 그 규모가 같은 조 제6호에 따른 국민주택규모(기획재정부령으로 정하는 다가구주

택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다) 이하인 주택의 건설용

역으로서 건설산업기본법･전기공사업법･소방시설공사업법･정보통신공사업법･주택법･하

수도법 및 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률(이하 앞서 열거한 법률를 통틀어 ’관

련 법률‘이라고 한다)에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것을 말하는바, 원고가 제출

한 증거들만으로는 제1공사 당시 원고가 관련 법률에 따라 등록을 하였다는 사실이 확

인되지 않는다. 이 사건 상가주택의 주택 부분에 위 조세특례제한법의 부가가치세 면

세 조항이 적용될 수 없다.

다. 비례의 원칙 위반 여부

이 사건 부과처분은 부가가치세법 및 소득세법에 따라 적법하게 이루어진 것으로,

위 나.항에서 본 바와 같이 세액 산정 과정이 위법하다고 볼 수 없다. 부가가치세법과

소득세법에 따른 조세 부과처분은 기속행위이므로 피고에게 원고가 주장하는 사정을

참작하여 과세 여부를 결정할 재량권이 있다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 이 사건 처

분이 비례의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.