취득세등경정거부처분취소 청구의 소

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【판결요지】

과거 공사 착공 사실만으로는 취득세 감면 제도가 장래에도 동일하게 유지될 것이라는 기대를 법적으로 보호받아야 할 신뢰로 보기 어려워 신뢰보호원칙에 위배되지 아니하므로 , 2020년에 이르러서야 부동산을 취득한 원고의 취득세 감면 주장을 배척한 과세관청의 거부처분은 적법함

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고, 상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 위 사유를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.

「상고심절차에 관한 특례법」 제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 모두 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심법원에 제출된 증거들에 이 법원에서 제출된 증거를 보태어 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결이유는 아래와 같이 고치거나 원고가 이 법원에서 새로 하는 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지 2를 포함하여 이를 그대로 인용한다'1).

○ 제1심판결 제6쪽 아래에서 4행부터 3행까지의 “취득세의 면제에 대해서는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고”를 “등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고”로 고친다.

○ 제1심판결 제8쪽 아래에서 2행과 1행 사이에 아래 내용을 추가한다.

“또한 부칙이란 원래 본칙에 부수하여 그 시행기일, 경과적 조치, 그 밖에 관련되는 법령의 개폐 등에 관한 사항을 그 내용으로 하고 있는 것인 만큼 본칙과 독립하여 존재할 수 없고 그 본칙에 대한 부수적, 보충적 효력을 지니고 있다고 할 것인데(대법원 1985. 10. 22. 선고 85누500 판결 등 참조), 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조 규정에 대하여 보면, 종전 조특법에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 지특법에서 규정하도록 일원화하면서 법체계의 통일성 및 개정의 시차에 따른 법 집행상의 혼란을 방지하기 위한 과정에서 법률 제12955호 지특법에 위 부칙과 관련된 본칙 규정이 존재하지 아니한 채 부칙만 규정하게 된 것이므로, 위 부칙 제23조 규정은 법률 제12955호 지특법보다 먼저 개정된 조특법 본칙 규정인 ‘법률 제12853호 조특법 제120조(삭제) 및 조특법 부칙 제76조(2010. 1. 1. 법률 제9921호)에 관한 개정조항’에 대하여 부수적, 보충적 효력만을 지니고 있다고 봄이 타당하다.”

 
2.  추가 판단

가. 원고 주장의 요지

2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사인 원고는 법률 제7216호 조특법 제120조 제4항 제3호에 따른 취득세 감면이 계속해서 유지되리라고 신뢰하면서 이 사건 사업에 따른 건축공사에 착공하는 등 이 사건 건물 취득의 원인행위를 하였다. 따라서 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조를 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 감면을 인정하는 취지로 해석하여 원고의 취득세 감면을 인정하지 아니한 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법리

가) 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전ㆍ후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조).

다) 일반적으로 법률은 현실상황의 변화나 입법정책의 변경 등으로 언제라도 개정될 수 있는 것이기 때문에 원칙적으로 법률의 개정은 예측할 수 있다고 보아야 한다(헌법재판소 2004. 8. 26. 선고 2003헌마337 결정 참조). 또한 납세의무자로서는 구법질서에 의거하여 적극적인 신뢰행위를 하였다든가 하는 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 과세기간 중에 변함없이 유지되리라고 신뢰하고 기대할 수는 없다. 그렇게 되면 국가 조세ㆍ재정정책의 탄력적ㆍ합리적 운용이 불가능하기 때문이다(헌법재판소 1998. 11. 26. 선고 97헌바58 결정 참조).

2) 구체적 판단

다툼 없는 사실, 갑 제1, 10, 15, 21호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배되는 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) 2005. 4. 28. 설립ㆍ등기된 원고는 2006. 7. 11. 이 사건 부지 위에 이 사건 건물을 신축하는 내용의 건축허가를 받아 2007. 7. 2. 건축공사에 착공하였고, 위 공사는 2010. 12.경 중단되었다가 2016년경 재개되었으며, 원고는 2020. 7. 14. 이 사건 건물의 소유권을 취득하였다.

2014. 12. 23. 개정된 법률 제12853호 조특법은 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 2016. 12. 31.까지 취득한 부동산에 한하여만 취득세를 감면하여 주는 취지로 개정되었고, 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조도 이와 같은 취지로 해석하여야 한다는 점은 앞서 본 바와 같은바, 이는 원고와 같이 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 불리한 법률의 개정에 해당한다. 그러나 위와 같은 원고의 설립일(2005. 4. 28.), 건축허가일(2006. 7. 11.), 착공일(2007. 7. 2.) 등에 비추어 볼 때, 2016. 12. 31.까지로 새롭게 부여된 일몰기한이 당초 일몰기한이 존재하지 않았을 당시 설립ㆍ등기되어 이 사건 사업에 착수한 원고의 신뢰를 침해할 정도로 부당하게 짧은 것으로 보이지 아니한다.

나) 조특법은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 도모하고 조세재정을 효율적으로 수행하는 것을 목표로 하고 있고(조특법 제1조), 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면은 기업의 구조조정 및 건설경기 활성화를 위한 정책적 고려에서 마련된 제도인바, 조특법 제120조 제4항 제3호의 삭제 및 그에 관한 경과조치는 원칙적으로 조세의 부과에 관한 입법자의 입법형성권의 범위 내에 속한다고 봄이 타당하다. 나아가 이와 같이 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면은 한시적인 경제적 상황에 대처하기 위한 제도로서 그 취지상 정책 목적이 달성되었다고 판단될 경우 지방재정의 확보 및 조세형평을 위해 취득세의 감면을 축소하거나 중지할 것을 당초부터 어느 정도 예정하고 있었는바, 원고로서도 위와 같은 취득세 감면 제도의 취지에 비추어 장래의 어느 시점에 있어서는 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면의 혜택이 변경되거나 중지될 것을 예측할 수 있었을 것으로 보인다.

다) 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 조특법 제120조 제4항 제3호는 2010. 1. 1. 이후 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 2012. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 감면을 인정함으로써 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 감면이 한시적인 조치 내지 혜택임을 분명히 하였고, 이후에도 조특법은 몇 번의 개정을 거치면서 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 범위와 대상을 제한하였다. 이와 같은 입법개정 경과에 비추어 원고와 같이 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기된 프로젝트금융투자회사에 대하여도 취득세 감면의 혜택이 축소되거나 중단될 수 있으리라는 예상은 충분히 가능하였을 것으로 보이므로, 이후 조특법 개정으로 취득세 감면의 혜택이 종료되었다고 하더라도 원고가 종전 규정을 믿고 이 사건 사업을 진행하기 위하여 과도한 비용을 지출하는 등으로 불의의 손해를 입는다거나 납세의무자의 권리가 과도하게 제한되는 것으로 보이지는 않는다.

라) 원고의 주장과 같이 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반하는 것이라고 해석한다면 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득할 경우 영구히 취득세 감면대상이 된다는 것이어서, 법인 설립ㆍ등기가 특정 시점 이전에 이루어졌다는 사정만으로 과도한 감면 혜택이 주어지는 결과에 이르게 된다. 따라서 설령 원고가 설립ㆍ등기 시점의 취득세 감면 제도가 계속하여 동일한 내용으로 시행될 것으로 믿었다고 하더라도, 이는 주관적 기대에 불과할 뿐 그 신뢰가 마땅히 법적인 보호를 받아야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 없다.

마) 조특법이 법률 제9921호로 개정되기 이전인 2007. 7. 2.경 원고가 이 사건 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 착공은 건축물에 대한 공사에 착수하는 행위로서 사실행위에 불과하고, 건축공사의 착공이 이루어진 이후에도 사업이 완료되기 이전에는 사업계획의 변경 등으로 공사의 종기나 내용이 변경될 여지가 있으며, 실제 이 사건 건물의 신축공사도 5년 이상 중단되었다가 착공한 때로부터 13년가량이 지나 완공되었다. 따라서 2010. 1. 1. 이전에 건축공사에 착공하였다고 하여 이 사건 건물의 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아갔다고 보기 어려우므로, 착공 시점에 적용되던 취득세 감면의 혜택이 장래에도 계속해서 동일한 내용으로 유지될 것이라는 원고의 기대는 법적인 보호가치 있는 신뢰로 보기 어렵다.

 
3.  결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 모두 기각한다.

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주1) 이 사건과 동일한 쟁점에 관한 수원지방법원 2023. 7. 6. 선고 2022구합67976 판결은 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’ 및 ‘종전의 규정’은 모두 법률 제12853호 조특법의 해당 부분을 가리키는 것이며, 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조는 법률 제12853호를 통해 개정된 조특법 부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.> 제76조 중 ‘2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산’ 부분 역시 인용하고 있다고 판단하여 해당 사건 원고의 청구를 기각하였다. 이에 대하여 위 원고가 항소하였으나 2025. 1. 8. 항소가 기각되었고(수원고등법원 2023누14127), 2025. 6. 12. 위 원고의 상고도 기각되어(대법원 2025두33157) 위 판결이 확정되었다.

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【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

가. 원고는 2005. 4. 28. 서울 영등포구 ○○○(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)에서 오피스, 판매시설, 호텔 기타부속시설을 건축·개발하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위할 목적으로 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제6호(이후 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정된 법인세법에서 제51조의2 제1항 제9호로 조항이 이동되었다)의 요건을 갖춘 프로젝트금융투자회사(이하 ‘프로젝트금융투자회사’라 한다)로 설립된 법인이다.

나. 원고는 이 사건 사업과 관련하여, 2006. 7. 11. 이 사건 부지 위에 건축물 4개 동(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 건축허가를 받고 2007. 7. 2. 착공하였으나, 2010. 12.경 공사가 중단되었다가 2016년경 공사를 재개하여 2020. 7. 14. 이 사건 건물의 소유권을 취득하였다.

다. 원고는 2020. 9. 4. 이 사건 건물에 관하여 그 취득가액인 ○○○원을 과세표준으로 하여, 취득세 ○○○원, 지방교육세 ○○○원 및 농어촌특별세 ○○○원을 신고ㆍ납부하였다.

라. 원고는 2021. 8. 19. ‘이 사건 건물 취득에 관한 취득세, 지방교육세 및 그에 따른 농어촌특별세(이하 ’취득세 등‘이라 한다)가 50% 감면되어야 한다’는 취지로 피고에게 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 8. 23. 위 경정청구에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같고, 이 사건에서 쟁점이 되는 조항들의 목록은 아래와 같다(법률의 개정 연혁이 복잡하여 개정된 법률 번호만을 표시하기로 한다).

순번	구분	내용
1	법률 제7216호 개정일: 2004. 7. 26. 시행일: 2004. 7. 26.	조세특례제한법 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
2	법률 제9921호 개정일: 2010. 1. 1. 시행일: 2010. 1. 1.	조세특례제한법 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지취득하는 부동산
조세특례제한법 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
3	법률 11614호 개정일: 2013. 1. 1. 시행일: 2013. 1. 1.	조세특례제한법 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」 제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 「지방세법」 제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
4	법률 제12853호 개정일: 2014. 12. 23. 시행일: 2015. 1. 1.	제120조 삭제
조세특례제한법 부칙 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
조세특례제한법 부칙 제76조<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>를 아래와 같이 개정 이 법 시행전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
5	법률 제12955호 개정일: 2014. 12. 31. 시행일: 2015. 1. 1.	지방세특례제한법부칙 제23조 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사가 2010. 1. 1. 이전에 설립등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

 
3.  이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

아래와 같은 이유에서, 2009. 12. 31. 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사인 원고가 취득하는 부동산에는 법률 제7216호 조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 약칭한다) 제120조 제4항 제3호가 계속 적용되어야 하고, 따라서 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 50% 감면되어야 한다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

1) 법률 제12955호 지방세특례제한법(이하 ‘지특법’이라 약칭한다) 부칙 제23조의 ‘종전의 규정’은 개정된 법령이 개정ㆍ시행되기 전에 시행ㆍ적용 중이던 구법(舊法), 즉 법률 제9921호 조특법 부칙 제76조가 2014. 12. 23. 개정되기 전의 부칙 제76조에 따라 2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되고 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 조특법 제120조 제4항 제3호를 뜻한다. 이와 같이 해석하는 것이 조세법률주의에 따른 엄격해석원칙에 부합한다.

2) 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조에 관한 법률안은 2014. 11. 12. 발의되었고, 이는 2014. 12. 31. 그대로 국회 본회의에서 가결된 반면, 2014. 12. 23. 개정된 법률 제9921호 조특법 부칙 제76조는 그보다 늦은 2014. 12. 2. 발의되었다. 따라서 2014. 11. 12. 발의된 법률 규정에 있는 ‘종전의 규정’이 2014. 12. 2. 발의된 법률안 규정을 지칭한다고 볼 수는 없다.

3) 개정 입법경과에 비추어 보면, 2010. 1. 1. 이후, 2014. 12. 31. 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사의 경우에는 법률 제12853호 조특법 부칙 제72조를 통해 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 관하여는 2015. 12. 31.까지 감면을 적용하도록 일몰규정의 기한을 연기하고, 2009. 12. 31. 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사의 경우에는 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조를 통해 종전 법률 제9921호 조특법 부칙 제76조에 따른 감면을 그대로 유지하고자 한 것이 입법자의 의사였음을 알 수 있다.

나. 판단

앞서 든 증거와 갑 제8 내지 17호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 법률 제12955호 부칙 제23조의 ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’ 및 ‘종전의 규정’은 2014. 12. 23. 개정된 법률 제12853호의 ‘조특법 부칙 제76조<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>’ 및 이를 전제로 한 취득세 등의 감면 규정을 가리킨다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장을 받아들이지 아니한다.

1) 관계 법령의 개정 연혁

가) 2004. 7. 26. 개정된 법률 제7216호 조특법 제120조 제4항 제3호를 통해 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세의 50%를 감면하는 내용의 규정이 신설되었다. 이는 대규모 개발사업의 효율적 추진을 지원하고 민간 자본의 참여를 촉진하여 투자회사의 창업 및 활성화 등을 유도하기 위한 목적에 기인한 것이었다.

나) 2010. 1. 1. 개정된 법률 제9921호 조특법 제120조는 프로젝트금융투자회사가 2012. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세 50% 감면 규정이 적용되도록 하였는데, 당시 부칙 제76조는 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여는 위 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 부동산 취득시기의 제한 없이 취득세 감면 규정이 적용되도록 규정하였다.

다) 이후 2013. 1. 1. 개정된 법률 제11614호 조특법 제120조에서는 그 부동산 취득기한을 2014. 12. 31.까지 연장하였다.

라) 2014. 12. 23. 개정된 법률 제12853호(시행일 2015. 1. 1.) 조특법 제120조에서는 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면규정이 삭제되었고, 부칙 제72조에 “2014. 12. 31. 이전에 설립 · 등기한 프로젝트금융회사가 2015. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 규정하였으며, 조특법 부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.> 제76조를 “이 법 시행 전에 설립 · 등기한 프로젝트금융회사가 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세의 면제에 대해서는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 개정하였다.

마) 한편 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 지특법을 개정하면서 조특법에 규정되어 있던 지방세에 관한 감면 규정 중 일부가 지특법으로 이관되었는데, 지특법 부칙 제23조는 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010. 1. 1. 전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하였다.

2) 법률 제12853호 및 법률 제12955호 부칙 제23조의 개정 취지

가) 법률 제12853호 조특법이 부칙 제76조 개정을 통해 2010. 1. 1. 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 2016. 12. 31.까지 취득한 부동산에 대해서만 취득세를 감면하도록 규정한 것은, ① 당초 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면은 대규모 개발사업의 효율적 추진과 민간 자본의 참여를 촉진하기 위해 도입된 것인데 시간이 경과하면서 그러한 정책적 목적이 상당 부분 달성되었다고 판단됨에 따라 특정 주체에게 계속 감면 혜택을 주는 것이 적절하지 않은 점, ② 2010. 1. 1. 전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 부동산 취득기한의 제한 없이 부동산 취득세를 계속 감면할 경우 2010. 1. 1. 이후에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사와의 형평성 문제가 발생할 수 있어 그 취득기한을 2016. 12. 31.까지로 제한함으로써 특정 시점 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사가 무기한으로 감면 혜택을 받는 것을 방지하기 위한 점 등을 고려하였던 것으로 보인다.

나) 법률 제12955호 지특법은 종전 조특법에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 지특법으로 이관하여 일원화하면서, 프로젝트금융투자회사 등에 대한 부동산 취득세의 경우 프로젝트금융투자회사의 활성화 등 위 감면 규정을 도입할 당시의 정책적 목적이 어느 정도 달성되었다는 점을 고려하여 그 감면 혜택을 종료하되, 기존에 설립된 회사들의 신뢰 보호를 위하여 법률 제12955호 부칙 제23조에서 종전의 규정에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 일정 기간 동안 예외 규정을 적용하도록 한 것으로 보인다.

다) 그런데 이 사건 사업의 경우 원고는 설립일로부터 15년이 지난 후에야 이 사건 부동산을 취득하였는바, 위에서 살펴본 프로젝트금융회사에 대한 부동산 취득세 감면의 제도적 취지 및 개정 취지에 부합한다고 보기 어렵다.

3) 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조의 해석

가) 앞서 본 개정 연혁 및 입법 취지에 비추어 볼 때, 법률 제12955호 지특법 개정을 통해 지방세 감면 규정을 이관하면서 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면제도에 대해 법률 제12853호에서 드러난 입법 의사와 반대되는 입법을 하려는 의도가 있었다고 보기는 어렵다. 원고의 주장과 같이 해석한다면, 2010. 1. 1. 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득할 경우 영구히 취득세 감면대상이 되는 것이어서, 위 개정 연혁 및 취지에 부합하지 않는다.

나) 법률 제12955호 지특법과 제12853호 조특법은 각기 2015. 1. 1. 시행되어 모두 효력을 갖게 되는데, 원고 주장과 같이 해석한다면, 원고와 같이 2010. 1. 1. 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2017. 1. 1. 이후 취득하는 부동산에 대하여 법률 제12955호는 취득세 면제를, 법률 제12853호는 취득세 부과를 규정하는 것이 되어 서로 모순되는 내용을 규정한 것이 되고, 결국 법률 제12853호 조특법에서 법률 제9921호의 부칙 제76조를 개정한 부분은 무익하게 되는 것이어서, 법령의 체계적 해석 측면에서도 부합하지 아니한다.

다) 오히려 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조에서 ‘법률 제9921호 조특법 부칙 제76조’ 부분은 법률 제12853호를 통해 개정된 조특법 부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.> 제76조를 의미하고, 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사, 즉 프로젝트금융투자회사가 2010. 1. 1. 전에 설립ㆍ등기한 경우에는 종전의 규정, 즉 취득세 등 감면 규정이 적용된다고 해석하는 것이 타당하다. 다시 말해 2010. 1. 1. 전에 설립등기한 프로젝트금융투자회사가 법률 제12853호를 통해 개정된 조특법 부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.> 제76조에 따라 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대하여는 종전과 같이 50%의 취득세 감면 규정을 적용한다고 해석하는 것이 문언상으로나 체계적으로 부합하는 해석이다.

라) 이처럼 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조는 법률 제12853호를 통해 개정된 조특법 부칙 제76조의 규정을 인용하였으므로 동일 조항 내의 어구 반복을 피하기 위하여 종전 감면규정의 적용 시한을 명기하지 않은 것으로 보이고, 원고와 같이 해석할 경우에는 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조에서 굳이 ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’ 부분을 인용한 이유가 설명되지 않는다.

마) 더욱이 농어촌특별세는 조특법, 지특법 등에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우에 그 감면되는 세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세법 제5조에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 하는데, 이는 다른 세금에 추가적으로 부과되는 부가 방식의 목적세로서 보완적 성격을 지닌다. 그런데 구 농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27. 대통령령 제26125호로 개정되기 전의 것) 제4조 제6항 제1호에 따르면, 조특법 제120조 제4항에 따른 감면의 경우에 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있었다.

그런데 법률 제12853호 조특법이 제120조를 삭제하자, 구 농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27. 대통령령 제26125호로 개정되고 2022. 2. 15. 대통령령 제32431호로 개정되기 전의 것) 제4조 제6항 제1호는 농어촌특별세 비과세 대상에서 조특법 제120조를 삭제하였는데, 그 부칙 제4조 제1항은 ‘프로젝트금융회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치’라는 제목으로 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있다. 위 시행령의 문언에 비추어 보면, 법률 제12955호 지특법 또한 위와 같은 취지로 개정되었음을 추단할 수 있다.

만일 이와 같이 해석하지 않고 원고의 주장과 같이 해석한다면, 2010. 1. 1. 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2017. 1. 1. 이후에 부동산을 취득하는 경우에 취득세는 50% 감면을 받으면서도 농어촌특별세 비과세 규정은 적용받지 못하는 결과가 발생하는바, 이는 취득세와 농어촌특별세 사이의 체계적 정합성에 반한다.

결론

 
4.  결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

별지 1



별지 2

관계 법령

■ 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것)

제51조의2(유동화전문회사등에 대한 소득공제)

① 다음 각호의 1에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다.

 
6.  제1호 내지 제5호와 유사한 투자회사로서 다음 각목의 요건을 갖춘 법인일 것

 
가.  회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본시설투자, 자원개발 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것

 
나.  본점외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근인 임원을 두지 아니할 것

 
다.  한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것

 
라.  상법 그 밖의 법률의 규정에 의한 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것

 
마.  발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조제2항 각호의 1에 해당하지 아니하고 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것

 
바.  이사가 기업구조조정투자회사법 제12조 각호의 1에 해당하지 아니할 것

 
사.  감사는 기업구조조정투자회사법 제17조의 규정에 적합할 것. 이 경우 동조중 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.

 
아.  자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것

■ 조세특례제한법(2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정된 것)

제120조(취득세의 면제등)

④ 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 
3.  프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

■ 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 것)

제120조(취득세의 면제 등)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

 
3.  프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산

부칙 <법률 제9921호, 2010. 1. 1.>

제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치)

이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

■ 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 것)

제120조(취득세의 면제 등)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」 제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 「지방세법」 제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

 
3.  프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

■ 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정된 것)

제120조

삭제

부칙<법률 제12853호, 2014. 12. 23.>

제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치)

2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>

제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치)

이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.<개정 2014. 12. 23.>

■ 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정된 것)

부칙 <제12955호, 2014. 12. 31>

제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치)

법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 「법인세법」 제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

■ 구 농어촌특별세법(2015. 12. 15. 법률 제13554호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

 
12.  기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것

■ 구 농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27. 대통령령 제26125호로 개정된 것)

제4조(비과세)

⑥ 법 제4조제12호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

 
1.  「조세특례제한법」 제10조, 제10조의2, 제11조, 제12조, 제12조의2, 제13조, 제14조, 제18조, 제18조의2, 제30조, 제30조의3, 제33조, 제63조, 제63조의2, 제64조, 제76조제1항, 제98조의3, 제98조의5, 제104조의8제1항·제3항, 제104조의21, 제121조의2부터 제121조의4까지, 제121조의13, 제121조의15, 제126조의2, 제126조의6, 제126조의7제9항 및 「지방세특례제한법」 제31조의4, 제57조의2제1항(「법인세법」 제44조제2항 각 호의 요건을 충족하거나 같은 조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 합병의 경우로 한정한다), 제57조의2제3항제2호에 따른 감면

부칙<대통령령 제26125호, 2015. 2. 27.>

제4조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치)

① 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조제6항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제72조에 따라 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조제6항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

■ 구 농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27. 대통령령 제26125호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

⑥ 법 제4조제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

 
1.  「조세특례제한법」 제10조, 제10조의2, 제11조, 제12조, 제12조의2, 제13조, 제14조, 제18조, 제18조의2, 제30조, 제30조의3, 제33조, 제63조, 제63조의2, 제64조, 제76조제1항, 제91조의9, 제91조의10, 제91조의11, 제98조의3, 제98조의5, 제104조의8제1항ㆍ제3항, 제104조의21, 제119조제1항제6호, 제120조제1항제6호, 제120조제2항(「법인세법」 제44조제2항 각 호의 요건을 충족하거나 같은 조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 합병의 경우에 한정한다)ㆍ제4항, 제121조의2부터 제121조의4까지, 제121조의13, 제121조의15, 제126조의2 및 제126조의6에 따른 감면

 
끝.