이 사건 토지가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되고 있었다고 인정하기에 부족

주 문

청 구 취 지

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 대표자인 AAA은 2018. 8. 9. 서울 BB구 CC동 662 대 1,006㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 2018. 6. 19. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 원고는 2020. 3. 10. 이 사건 토지에 관하여 2020. 1. 19. 자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 토지에는 무허가건축물인 지하 2층, 지상 4층의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)이 있었고, 2020. 6. 1. 기준으로 이 사건 건물 3, 4층에서는 종교시설인 ‘OOO교회’ 등이 운영되고 있었으나, 나머지 부분에서는 종교시설이 운영되고 있지 않았다.

다. 원고는 이 사건 건물의 1, 2층 일부 호실의 점유자들과 각종 분쟁을 겪다가 2022. 3. 16. 비로소 이 사건 건물의 모든 점유자들을 퇴거시켰고, 2022. 12. 15. 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지를 인도받았다.

라. 서울특별시 BB구청장은 2022년 귀속 재산세의 과세기준일인 2022. 6. 1. 당시 원고가 이 사건 토지를 종교사업에 직접 사용하지 않아 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제2항 본문이 적용되지 않는다고 보고, 2022. 9. 10. 원고에게 2022년 귀속 재산세 23,428,710원, 도시지역분 재산세 6,630,030원, 지방교육세 4,685,740원을 부과하였다(이하 ‘재산세 등 부과처분’이라 한다).

원고는 서울특별시 BB구청장을 상대로 이 법원 2024구단ZZZZZ호로 재산세 등 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나, 2025. 8. 27. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고받았다. 이에 원고가 항소하여 현재 서울고등법원 2025누YYYY호로 항소심이 계속 중이다(이하 ‘이 사건 관련 사건’이라 한다).

마. 피고는 행정안전부장관이 서울특별시 BB구청장으로부터 제출받은 원고의 2022년 귀속 재산세 부과자료를 토대로 2023. 1. 14. 원고에게 2022년 귀속 종합부동산세 106,031,780원, 농어촌특별세 21,206,350원(각주1: 농어촌특별세법 제5조 제1항 제8호는 ‘종합부동산세법에 따라 납부하여야 할 종합부동산세액’을 과세표준으로 하고, 그 세율을 20%로 하여 농어촌특별세액을 산정하도록 규정하고 있다.)을 부과하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6, 7, 20, 21, 28, 30호증, 을 제2, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 종교단체로서 2022년 귀속 종합부동산세의 과세기준일인 2022. 6. 1. 당시 이 사건 토지를 예배 등 종교사업에 직접 사용하였으므로, 이 사건 토지는 종합부동산세법 제6조 제1항, 구 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문에 따라 면제 대상이다.

나. 판단

1) 관련 법리

가) 구 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문은 ‘종교단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세를 면제한다’고 규정하면서, 같은 항 단서로 ‘다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다’고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 지방세특례제한법 시행령 제25조 제1항은 위 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’에 관하여 ‘해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다’고 규정하고 있다. 한편 종합부동산세법 제6조 제1항에서는 지방세특례제한법 등에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정을 종합부동산세를 부과함에 있어서 준용하도록 하고 있다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 등 참조), 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호는 ‘직접 사용’이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다. 구 지방세특례제한법 제50조 제2항에서 종교단체가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 종교사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 종교단체의 종교사업 자체에 사용하는 것인지는 당해 종교단체의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두45680 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들과 갑 제18, 19호증, 을 제5, 9, 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 2022년 귀속 종합부동산세의 과세기준일인 2022. 6. 1. 당시 이 사건 토지가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되고 있었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

가) 서울특별시 BB구청은 ‘2022년 재산세 과세자료 정비 계획’에 따라 2022. 5. 16.부터 같은 달 31.까지 ‘종교단체 감면 대상 부동산의 과세기준일 현재 직접 사용 여부 현장 확인’ 등을 조사하기로 하였는데, 세무 담당 공무원 NNN은 2022. 5. 29.부터 같은 해 6. 7.까지 이 사건 토지가 포함된 등촌 2, 3동을 조사한 다음 2022. 6. 10. 출장결과보고서를 제출하면서 ‘이 사건 토지가 2022. 6. 1. 기준으로 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되지 않았다’는 취지로 보고한 바 있고, NNN이 촬영한 이 사건 건물의 사진 파일명에는 2022. 5. 29.(일요일) 11:30경, 2022. 6. 1.(수요일) 09:00경 및 2022. 6. 5.(일요일) 12:30경의 기재가 확인된다.

나) 서울특별시 BB구청 소속 세무 담당 공무원 NNN은 이 사건 관련 사건에 증인으로 출석하여 ‘이 사건 건물 근처에 거주하고 있어서 촬영한 사진이 남아 있는 날짜 이외에도 2022. 5. 29.부터 2022. 6. 7.까지 사이에 이 사건 건물을 수차례 방문하여 확인하였는데, 이 사건 건물 주변에 펜스가 설치되어 있었고, 펜스 내부로 들어갈 방법이 전혀 없었으며, 이 사건 건물에서 종교 행사를 하는 모습을 보지 못했다. 이 사건 건물에 불이 켜져 있지 않았고, 주말에도 이 사건 건물 주변에 인기척이 없었다’는 취지로 진술한 바 있다.

다) 원고는 2022. 6. 1. 당시 이 사건 건물을 교회사무실, 예배당, 총회사무실, 신학교 사무실 등으로 사용하였다고 주장하면서 ‘OOO교회’의 사진들(갑 제26, 27호증)을 제출하였으나, 그 촬영일시를 확인할 수 있는 자료가 없다.

또한 원고는 이 사건 건물을 철거하기 전까지 교회로 사용하였다고 주장하면서 ‘OOO교회’의 주보들(갑 제37호증)을 제출하였으나, 원고가 제출한 주보들의 내용이 매우 유사한 점, 원고가 2022. 6. 9. 이 사건 건물의 철거공사 계약을 체결하고 2022. 9. 6. 이 사건 건물의 해체허가서를 교부받은 다음 2022. 12. 15. 이 사건 건물에 대한 철거 집행을 완료하였음에도 ‘OOO교회’의 주보는 2022. 1. 2.부터 2022. 12. 25.까지 계속하여 발행된 점 등에 비추어 보면, 위 주보들만으로 이 사건 토지가 이 사건 처분의 과세기준일 무렵 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되었다고 인정하기는 어렵다.

라) 서울특별시 BB구청장과 피고는 원고에게 이 사건 토지에 관한 2021년 귀속 재산세 및 종합부동산세 등을 부과하면서 이 사건 건물 2, 3, 4층에 해당하는 부분에 대한 재산세 및 종합부동산세 등을 면제하였으나, 이는 서울특별시 BB구청장과 피고가 2021년 귀속 재산세 및 종합부동산세의 과세기준일(2021. 6. 1.)을 기준으로 하여 이 사건 건물 2, 3, 4층이 원고의 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되고 있다고 본 것일 뿐이다.

마) 종합부동산세법 제6조 제1항에 따라 준용되는 구 지방세특례제한법 제50조 제2항은 부동산을 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 경우에 종합부동산세 면제 혜택을 제공하는 규정이므로, 위 규정에 따라 종합부동산세를 면제받기 위해서는 이 사건 건물의 해당 부분이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되고 있었다는 점이 적극적으로 입증되어야 한다. 따라서 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 건물이 과거 불법점유자들에 의하여 점유되어 원고가 이 사건 토지의 사용에 제한을 받았다는 사정만으로는 위 규정에 따라 이 사건 토지에 대한 종합부동산세가 면제된다고 보기 어렵고, 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분이 국세기본법 제1조가 정한 공정과세의 원칙에 위배된다고 보기도 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.