주택임대사업자등록을 합산배제신고와 같은 소급효를 인정할 수 없음

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

 피고가 2024. 11. 28. 원고에 대하여 한 2024년도 종합부동산세 등 375,864,100원의부과처분을 취소한다.

 이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 임대사업자등록 등

   1) 원고는 부동산 개발업, 분양대행업 등을 영위할 목적으로 2008. 4. 16. 설립된 법인으로, 천안시 동남구 000번지에 OO파크빌을 신축하여그중 87세대에 관하여는 2016. 4. 원고 명의로 소유권보존등기를 마치고, 나머지 121세대에 관하여는 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다가 담보신탁을 목적으로 2017.7. 소외 OO신탁 주식회사(이하 ‘신탁회사’라 한다) 명의로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

2) 원고 명의로 보존등기가 마쳐진 기등록 주택

   원고 명의로 등기되어 있는 원고 소유 87채 주택에 관하여, 원고는 2022. 11.28. OO파크빌 101동 101호를 포함한 81채 주택에 관하여 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)에 따른 임대사업자등록을 하였고, 2023. 5. 30. OO파크빌 103동 302호를 포함한 6채 주택에 대하여 추가로 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록을 하였다(이하 위 87채 주택을 ‘기등록 주택’이라 한다).

 3) 신탁회사 앞으로 이전등기가 마쳐진 이 사건 담보신탁주택

  가) 또한 원고는 신탁회사 앞으로 이전등기가 마쳐져 있는 OO파크빌 101동 104호를 포함한 121채 주택에 대하여도 지방자치단체에 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록을 신청하였는데, 천안시장은 위 각 주택에 관하여 신탁회사 명의로 신탁등기가 마쳐져 있다는 이유로 원고가 위 각 주택의 소유자임을 증빙할 수 있는 서류를보완·제출할 것을 원고에게 요구하였고, 이후 2023. 9. 18. 보완이 없다는 이유로 원고의 임대사업자등록 신청을 반려하였다(이하 위 121채 주택을 ‘이 사건 담보신탁주택’이라 한다).

   나) 그 후 원고는 2024. 10. 15. 이 사건 담보신탁주택에 관하여 다시 천안시장에게 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록을 신청하여, 천안시장이 2024. 10.22. 이를 수리하였다.

 4) 한편 원고는 2023. 9. 7. 피고에게 원고의 사업자등록상 ‘사업의 종류’에 ‘주거용 건물 임대업’을 추가하는 내용의 사업자등록 정정신고를 하였다.

나. 원고에 대한 2021 ~ 2023년도 종합부동산세 부과처분 및 이에 대한 불복절차

 1) 피고는 2021 ~ 2023년도 원고의 종합부동산세 과세표준을 산출함에 있어 다음 표와 같이 기등록 주택이 2023년도부터 과세표준 합산대상에서 배제되는 것으로보아, 원고에게 2021년도 귀속 종합부동산세 1,249,708,010원 및 농어촌특별세253,160,080원, 2022년도 귀속 종합부동산세 753,709,290원 및 농어촌특별세150,741,850원, 2023년도 귀속 종합부동산세 320,392,940원 및 농어촌특별세64,078,580원을 각 부과하였다.

 2) 그러자 원고는 기등록 주택 및 이 사건 담보신탁주택 전부가 2021 ~ 2023년도 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 배제되어야 한다고 주장하면서 2023.12. 18. 위 종합소득세 등 부과처분에 대한 경정청구를 하였으나, 피고는 2024. 2. 20.원고의 경정청구를 거부하였다. 이에 원고가 조세심판원에 위 거부처분에 대한 심판청구를 하였으나 2024. 7. 15. 기각되었으며, 원고가 위 거부처분의 취소를 구하는 소를제기하여 이 법원 2024구합00000호로 계속 중이다.

 다. 이 사건 처분

  1) 이후 피고는 2024년도 원고의 종합부동산세 과세표준을 산출함에 있어 기등록 주택만이 과세표준 합산대상에서 배제되고 이 사건 담보신탁주택은 과세표준 합산대상에 포함되는 것으로 보아, 원고에게 2024. 11. 28. 2024년도 종합부동산세 등375,864,100원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

  2) 이에 원고는 이 사건 담보신탁주택이 과세표준 합산대상에서 배제되어야 한다고 주장하면서 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 2025. 5. 20.기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 7, 8, 10 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

 가. 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록의 소급효 관련 주장

  이 사건 담보신탁주택에 관한 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록은 다음과같이 소급하여 효력이 발생한다고 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

 1) 천안시장이 2024. 10. 22. 이 사건 담보신탁주택에 관한 원고의 임대사업자등록 신청을 수리한 것은 그 이전에 있었던 임대사업자등록 거부처분을 직권으로 취소한 것이고, 그 직권취소의 효력은 천안시장이 이 사건 담보신탁주택에 대한 임대사업자등록 거부의사를 외부에 인식 가능한 형태로 표명한 2022. 11. 28. 또는 이메일 답변으로 등록거부를 한 2023. 2. 28.이나 임대사업자등록 신청을 반려한 2023. 9. 18.로소급하여 발생하므로, 이 사건 담보신탁주택에 관한 원고의 임대사업자등록이 위 일자로 소급하여 발생한다고 보아야 한다(제1주장).

  2) 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 후문은 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자 등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자 등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 규정은 민간임대주택법상의 임대사업자등록이 합산배제 신고기한 후에 이루어진 경우에도 유추적용되어야 한다. 따라서 이 사건 담보신탁주택에 관한 임대사업자등록이 2024. 10. 22. 이루어졌다하더라도 위 조항의 유추적용에 따라 2024년도 과세기준일에 이 사건 담보신탁주택에관한 민간임대주택법상의 임대사업자등록이 유효하게 이루어진 것으로 보아야 한다(제2주장).

나. 하자의 승계 주장

 천안시장의 임대사업자등록 거부처분은 이 사건 처분의 선행처분으로서 위 거부처분의 위법성이 이 사건 처분에 그대로 승계되므로, 이 사건 처분 역시 위법하다.

3. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록의 소급효 관련 주장에 대한 판단

  1) 관련 규정

   종합부동산세법은 제8조 제1항에서 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준 산정방법에 대하여 정하는 한편, 같은 조 제2 제1호에서 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’은 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 않는다고 규정하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 구 종합부동산세법 시행령(2024. 11. 12. 대통령령 제34994호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제3조 제1항 전문에서 위 대통령령으로 정하는 주택에 해당하려면 ‘민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는주택’에 해당하여야 한다고 하면서, 후문에서 ‘과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로본다’고 규정하고 있다. 2) 구체적 판단가) 위와 같은 관련 규정에 비추어 먼저 제1주장에 관하여 보건대, 이 사건담보신탁주택에 관하여 2024. 10. 22. 이루어진 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록은 원고가 2024. 10. 15. 천안시장에게 다시 임대사업자등록 신청을 하여 그 신청이 수리된 것이지 그 전에 있었던 천안시장의 임대사업자등록 신청 반려처분이 취소된 것이아니므로, 위와 같은 임대사업자등록이 위 반려처분의 직권취소에 해당하여 그 효력이위 반려처분이 이루어진 때 등으로 소급하여 발생한다고 볼 수 없다.

 나) 나아가 제2주장에 관하여 보건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 구 종합부동산세법시행령 제3조 제1항 후문은 어디까지나 임대사업자가 주택 보유현황 신고기간 종료일까지 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 하는경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 세무서(국가) 사업자등록을 한것으로 보겠다는 내용이고, 위와 같은 규정이 민간임대주택법에 따른 시장·군수·구청장(지방자치단체)에 대한 임대사업자등록에 유추적용된다고 볼 합리적인 이유가 없다. 결국 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

 나. 하자의 승계 주장에 대한 판단

  1) 관련 법리

    두 개 이상의 행정처분이 연속적으로 행하여지는 경우 선행처분과 후행처분이 서로 결합하여 1개의 법률효과를 완성하는 때에는 선행처분에 하자가 있으면 그 하자는 후행처분에 승계되는 것이므로 선행처분에 불가쟁력이 생겨 그 효력을 다툴 수 없게 된 경우에도 선행처분의 하자를 이유로 후행처분의 효력을 다툴 수 있는 것이며, 반면 선행처분과 후행처분이 서로 독립하여 별개의 법률효과를 목적으로 하는 때에는 선행처분에 불가쟁력이 생겨 그 효력을 다툴 수 없게 된 경우에는 선행처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효인 경우를 제외하고는 선행처분의 하자를 이유로 후행처분의 효력을 다툴 수 없는 것이 원칙이다(대법원 1994. 1. 25. 선고 93누8542 판결 등참조).

  2) 구체적 판단

    위 법리에 비추어 보건대, 천안시장이 원고의 임대사업자등록 신청을 반려한처분과 피고의 원고에 대한 이 사건 처분은 서로 독립하여 별개의 법률효과를 목적으로 하는 것으로서 양자가 서로 결합하여 1개의 법률효과를 완성하는 선행처분과 후행처분의 관계에 있다고 볼 수 없고, 원고가 천안시장의 임대사업자등록 신청 반려처분을 다투지 않아 위 처분에 불가쟁력이 생겼을 뿐만 아니라 위 처분이 당연무효라고 볼만한 사정도 없으므로, 천안시장의 임대사업자등록 신청 반려처분의 하자를 이유로 피고의 이 사건 처분의 효력을 다툴 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

5. 결론

 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.